BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-266P07
Chromosome19 (Build37)
Map Location 15,574,701 - 15,687,899
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTle4, EG433225, EG635497, Pomc-ps1
Downstream geneLOC667482, Psat1, LOC100041424, Cep78, LOC100042048, Gnaq, E030024N20Rik, LOC624438, Gna14, LOC666665
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-266P07.bB6Ng01-266P07.g
ACCGA070219GA070220
length9851,128
definitionB6Ng01-266P07.b B6Ng01-266P07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,574,701 - 15,575,646)(15,686,766 - 15,687,899)
sequence
gaattccaacatcaaagtgctggcatctagggaagtggttcttcattgtg
ctgtaacctagttaaaaacaccacaaaggggtgggggtaataaacaaagg
ttcagaaaagatgaaggggtaataaagtcagcccttaatgatggcattca
tccttcattgaagggaaagccatgtatgacccaattaacggtcccacctt
tcaacaccattacatttcagtgtaagtttaagagggaacaagcattcaag
ccattctagtacctaagttgtaaaccatccagaagtaattgtctctgtgt
tttattgctcaacagcgtgcataaagacattctcatagcatctgagatct
ctgaaatttaacatcatatgcagagctcttaaatacccttccagtatagt
tttccaccagcaatttcatattttctaaaatgataaatctgtatgtggag
atgcatgcacatgtgtgtgcttacacacacacacacacacacacacacac
acacacacaaatggataaatacaacctgctgaatccactattgtgtttgt
gtgtacatgtattcagggctgaccaccttgtagtggacaaccaattaaga
atctcatccctggaagaggctagctcccttccctcagcagtaatcagctg
cctctaactccttgtctaggagggtgacttagtgagattttccccttccc
atatgagtgtgtctattgatagtacctttgttcaggtcttgctttggtag
ccatttctaggacagactgctttacagcagactccctggttttctggttc
ttacaatccttctgctcccttttccatgatgttcatcacagccatagatg
caggcgctgtgatgtagatgaacccactggggcatggatccctgtaatcc
actgatctctttgttttgtccagctgtggttttctgtgatggtctctatt
tgctgtaagagaagctgcaaagagaacaatctgtg

gaattcctttagacatataactgaccacagggaattatctagaacttacg
gaattttgagaaaaactcaggaagacaattgctttaataattagcctctc
agctggcgttttaaagacagctctactgatgacacagcataggattctag
tactgagccttcactctaccctacatgcttttgagctctatatatttgcc
ccttttcctttcctgcaatatggagatggaatttctttactcccaagcct
caagtgtctgtggtcagcagagcaaatgtctgtcctatggtctgcatctt
aattcctgcatctgagactatgctatgcttcgtgaccgaagggactttgt
agctagaaggatgatggtaaaacacagaggttcgtctggattatccaagt
gagagaagaggtatgggaaatagctctaagtgtttttttctttgagtttg
cttgcaaaagtagagaatgttactagataagcttagaagaaagggtttcc
cagaattaaaaggaaccatggtgattgatcttagcttaataaaagaagtt
gatctcagtgtaatgaatgccaagattcacatcacagagtccttgaaaac
ttttccttgtgactctgtaaaacattactacctgtgaggaacctccactt
cacagaacgttcccttcaagaaacgcacagccctatgatagagatggctc
agtggttaagagcacatgttactcttccagactacccaggttgggttcct
agacctatagtggatggctagaactgcctgtgactcctggttcagaggat
ctgatgctctccattggtattcatgggaactgcccaaataccatgcacat
caagacaaaacaggcacacgtatgaacatacatgtacaatttttttaaaa
tcctaaaataattgtatactcctagctcttaaatacttacatgaaatcat
atcatgttgtctcatactgcccactagttaactcctttaataatcaagac
attgaggcccagatgacttcaatgcatttattattgaacagaaatagatc
ttctattttgttgaggacagggctgatttggggcacgttcagactctatt
ctaagagagagatgggtcaaaattattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_15574701_15575646
seq2: B6Ng01-266P07.b_47_992

seq1  GAATTCCAACATCAAAGTGCTGGCATCTAGGGAAGTGGTTCTTCATTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACATCAAAGTGCTGGCATCTAGGGAAGTGGTTCTTCATTGTG  50

seq1  CTGTAACCTAGTTAAAAACACCACAAAGGGGTGGGGGTAATAAACAAAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAACCTAGTTAAAAACACCACAAAGGGGTGGGGGTAATAAACAAAGG  100

seq1  TTCAGAAAAGATGAAGGGGTAATAAAGTCAGCCCTTAATGATGGCATTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAAAAGATGAAGGGGTAATAAAGTCAGCCCTTAATGATGGCATTCA  150

seq1  TCCTTCATTGAAGGGAAAGCCATGTATGACCCAATTAACGGTCCCACCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCATTGAAGGGAAAGCCATGTATGACCCAATTAACGGTCCCACCTT  200

seq1  TCAACACCATTACATTTCAGTGTAAGTTTAAGAGGGAACAAGCATTCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACACCATTACATTTCAGTGTAAGTTTAAGAGGGAACAAGCATTCAAG  250

seq1  CCATTCTAGTACCTAAGTTGTAAACCATCCAGAAGTAATTGTCTCTGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCTAGTACCTAAGTTGTAAACCATCCAGAAGTAATTGTCTCTGTGT  300

seq1  TTTATTGCTCAACAGCGTGCATAAAGACATTCTCATAGCATCTGAGATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGCTCAACAGCGTGCATAAAGACATTCTCATAGCATCTGAGATCT  350

seq1  CTGAAATTTAACATCATATGCAGAGCTCTTAAATACCCTTCCAGTATAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAATTTAACATCATATGCAGAGCTCTTAAATACCCTTCCAGTATAGT  400

seq1  TTTCCACCAGCAATTTCATATTTTCTAAAATGATAAATCTGTATGTGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCACCAGCAATTTCATATTTTCTAAAATGATAAATCTGTATGTGGAG  450

seq1  ATGCATGCACATGTGTGTGCTTACACACACACACACACACACACACACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATGCACATGTGTGTGCTTACACACACACACACACACACACACACAC  500

seq1  ACACACACAAATGGATAAATACAACCTGCTGAATCCACTATTGTGTTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACAAATGGATAAATACAACCTGCTGAATCCACTATTGTGTTTGT  550

seq1  GTGTACATGTATTCAGGGCTGACCACCTTGTAGTGGACAACCAATTAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACATGTATTCAGGGCTGACCACCTTGTAGTGGACAACCAATTAAGA  600

seq1  ATCTCATCCCTGGAAGAGGCTAGCTCCCTTCCCTCAGCAGTAATCAGCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCATCCCTGGAAGAGGCTAGCTCCCTTCCCTCAGCAGTAATCAGCTG  650

seq1  CCTCTAACTCCTTGTCTAGGAGGGTGACTTAGTGAGATTTTCCCCTTCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAACTCCTTGTCTAGGAGGGTGACTTAGTGAGATTTTCCCCTTCCC  700

seq1  ATATGAGTGTGTCTATTGATAGTACCTTTGTTCAGGTCTTGCTTTGGTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAGTGTGTCTATTGATAGTACCTTTGTTCAGGTCTTGCTTTGGTAG  750

seq1  CCATTTCTAGGACAGACTGCTTTACAGCAGACTCCCTGGTTTTCTGGTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTCTAGGACAGACTGCTTTACAGCAGACTCCCTGGTTTTCTGGTTC  800

seq1  TTACAATCCTTCTGCTCCCTTTTCCATGATGTTCATCACAGCCATAGATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAATCCTTCTGCTCCCTTTTCCATGATGTTCATCACAGCCATAGATG  850

seq1  CAGGCGCTGTGATGTAGATGAACCCACTGGGGCATGGATCCCTGTAATCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCGCTGTGATGTAGATGAACCCACTGGGGCATGGATCCCTGTAATCC  900

seq1  ACTGATCTCTTTGTTTTGTCCAGCTGTGGTTTTCTGTGATGGTCTC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATCTCTTTGTTTTGTCCAGCTGTGGTTTTCTGTGATGGTCTC  946


seq1: chr19_15686766_15687899
seq2: B6Ng01-266P07.g_68_1195 (reverse)

seq1  AAAT-ATTTTGACCCATCTCTC---TAG-ATAGAGTCCTGAACGTGGCCC  45
      |||| |||||||||||||||||   ||| ||||||| |||||||||   |
seq2  AAATAATTTTGACCCATCTCTCTCTTAGAATAGAGT-CTGAACGTG---C  46

seq1  CCAAAATCAGGCCCCTGTCCTCAACAAAATAGGAAGAATCCTTATTCTGT  95
      || |||||||  ||||||||||||||||||| |||||   ||  ||||||
seq2  CCCAAATCAG--CCCTGTCCTCAACAAAATA-GAAGA--TCTATTTCTGT  91

seq1  TCAATAATAAATGCATTTGAAGTCATCTGGGCCTCAATGTCTTGATTATT  145
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATAATAAATGCA-TTGAAGTCATCTGGGCCTCAATGTCTTGATTATT  140

seq1  AAAGGAGTTAACTAGTGGGCAGTATGAGACAACATGATATGATTTCATGT  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGTTAACTAGTGGGCAGTATGAGACAACATGATATGATTTCATGT  190

seq1  AAGTTATTTAAGAGCTAGGAGTATACAATTATTTTAGGATTTTAAAAAAA  245
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAG-TATTTAAGAGCTAGGAGTATACAATTATTTTAGGATTTTAAAAAAA  239

seq1  TTGTACATGTATGTTCATACGTGTGCCTGTTTTGTCTTGATGTGCATGGT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACATGTATGTTCATACGTGTGCCTGTTTTGTCTTGATGTGCATGGT  289

seq1  ATTTGGGCAGTTCCCATGAATACCAATGGAGAGCATCAGATCCTCTGAAC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGGCAGTTCCCATGAATACCAATGGAGAGCATCAGATCCTCTGAAC  339

seq1  CAGGAGTCACAGGCAGTTCTAGCCATCCACTATAGGTCTAGGAACCCAAC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGTCACAGGCAGTTCTAGCCATCCACTATAGGTCTAGGAACCCAAC  389

seq1  CTGGGTAGTCTGGAAGAGTAACATGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTAGTCTGGAAGAGTAACATGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCT  439

seq1  ATCATAGGGCTGTGCGTTTCTTGAAGGGAACGTTCTGTGAAGTGGAGGTT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAGGGCTGTGCGTTTCTTGAAGGGAACGTTCTGTGAAGTGGAGGTT  489

seq1  CCTCACAGGTAGTAATGTTTTACAGAGTCACAAGGAAAAGTTTTCAAGGA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACAGGTAGTAATGTTTTACAGAGTCACAAGGAAAAGTTTTCAAGGA  539

seq1  CTCTGTGATGTGAATCTTGGCATTCATTACACTGAGATCAACTTCTTTTA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGATGTGAATCTTGGCATTCATTACACTGAGATCAACTTCTTTTA  589

seq1  TTAAGCTAAGATCAATCACCATGGTTCCTTTTAATTCTGGGAAACCCTTT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCTAAGATCAATCACCATGGTTCCTTTTAATTCTGGGAAACCCTTT  639

seq1  CTTCTAAGCTTATCTAGTAACATTCTCTACTTTTGCAAGCAAACTCAAAG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAAGCTTATCTAGTAACATTCTCTACTTTTGCAAGCAAACTCAAAG  689

seq1  AAAAAAACACTTAGAGCTATTTCCCATACCTCTTCTCTCACTTGGATAAT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAACACTTAGAGCTATTTCCCATACCTCTTCTCTCACTTGGATAAT  739

seq1  CCAGACGAACCTCTGTGTTTTACCATCATCCTTCTAGCTACAAAGTCCCT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACGAACCTCTGTGTTTTACCATCATCCTTCTAGCTACAAAGTCCCT  789

seq1  TCGGTCACGAAGCATAGCATAGTCTCAGATGCAGGAATTAAGATGCAGAC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTCACGAAGCATAGCATAGTCTCAGATGCAGGAATTAAGATGCAGAC  839

seq1  CATAGGACAGACATTTGCTCTGCTGACCACAGACACTTGAGGCTTGGGAG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGACAGACATTTGCTCTGCTGACCACAGACACTTGAGGCTTGGGAG  889

seq1  TAAAGAAATTCCATCTCCATATTGCAGGAAAGGAAAAGGGGCAAATATAT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAAATTCCATCTCCATATTGCAGGAAAGGAAAAGGGGCAAATATAT  939

seq1  AGAGCTCAAAAGCATGTAGGGTAGAGTGAAGGCTCAGTACTAGAATCCTA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTCAAAAGCATGTAGGGTAGAGTGAAGGCTCAGTACTAGAATCCTA  989

seq1  TGCTGTGTCATCAGTAGAGCTGTCTTTAAAACGCCAGCTGAGAGGCTAAT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTGTCATCAGTAGAGCTGTCTTTAAAACGCCAGCTGAGAGGCTAAT  1039

seq1  TATTAAAGCAATTGTCTTCCTGAGTTTTTCTCAAAATTCCGTAAGTTCTA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAAGCAATTGTCTTCCTGAGTTTTTCTCAAAATTCCGTAAGTTCTA  1089

seq1  GATAATTCCCTGTGGTCAGTTATATGTCTAAAGGAATTC  1134
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATTCCCTGTGGTCAGTTATATGTCTAAAGGAATTC  1128


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |