BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-289D01
Chromosome19 (Build37)
Map Location 30,664,963 - 30,823,264
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrkg1
Upstream geneC030046E11Rik, D19Wsu12e, Mlana, 9930021J03Rik, Ranbp6, Il33, Trpd52l3, Uhrf2, Gldc, EG625917, Mbl2, LOC100042088, LOC668020, EG546723, Dkk1
Downstream geneLOC625995, Cstf2t, 8430431K14Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-289D01.bB6Ng01-289D01.g
ACCGA086658GA086659
length1,1251,140
definitionB6Ng01-289D01.b B6Ng01-289D01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,664,963 - 30,666,096)(30,822,120 - 30,823,264)
sequence
gaattctcccttcagcctcctgagaagctggggttacaggaatgagctaa
cagacagggctcccagcattttattgaggaggtaaaataaatatatgtag
aataagagagtaagattatatataagattatagatgtacacagaagaagg
agggtgagtgagggaaatgggttcaagtctatatatttataatagctttc
catgtaatggtcccatagttttaatgtggggcttcacatttttagaatat
atcagagaactaagcagcctttgtttttctacattaagctcagtcatgca
tatcaagttccccagaggtacagagcaaccatgtactcagaactcaagga
tgacacaaggaacagaaaagggaggatcagaacacagcccctggagatag
aggactgaatctgcactgttactgcctatccagccaattctcccaagggg
accgaattcttcagtcgcccattgttatcctgccgagttggagtgtaact
tactccgaaacccagtttgtcacacgtgaccagccaaactgtaatctcaa
gtggcatgagaaaaaaacattgatgagtggacaatcttacaattgcaggc
tgaattttagtgctgttggtatgattattgttctaataaaggaacttaat
accaatttcacagagctctgagagcattgctggtccctcttctgtacagc
ttattatattttcatgtttaatcttacctacaaatctcctgttttaataa
acagaaaatagagaaaagttttcacacacagtagtgaattgaaaatgtag
aacaacacgaagactgttaggtgctaattcactgatcaaaacattaacat
tttgtaaaagtcagcaagttctgaggagtgggaccatatctatcctattt
atcagagtatatccaggactgctatcacctgtcacaaaaatcatgcctca
ttattaatttacatactagagtatatgcagtgatatggtagcttagtaca
gatgtgatctgatcctgtatcacacagagttctttgttatgctcatttac
ctgtagttaacatatcaagtactactatattagattattacctaacagga
aggagatctattaacatatatatgt
gaattcacttagtcagtaacatctagagtcaaacaaatcacacgtattgt
attccccttgatcccaaaattatttcataattattgttgctataattatt
gtaactatatttcaccctattttctcttctgcccagtcattgtgtaatca
gtatttattgacaagagaaaacataaatggtgagaattgtttacacaaac
ttgagccaggagattctagacagaagcatttcagtatcaagtctggattg
aaccaagatatgaggacagagaaatctgcatctgaacaacacaaggataa
ccagtacacaaaaacattatgcttataaagatcatcaacatctgtagtag
aaatttttagttataggagtttgtagttgtgtgcttgtttcttttgaaga
tacaagaggaaattgtgagatcaacatttctgaaaaatccccaaactaca
ctgtgctttgagtgtgtctttaagtaaattatgaaaaggtagcttttagc
cacactttagtaacaaattactcacaacactggtgttttcatgttaatgt
atgtgtcattcagaaatcttgcttagcgatgtcattagatatcctgatca
cccaatggttagaaagaatcagagaagttacagaaagtttcatttgagag
attgtattctaatcagctcttgaaggcttgcacaagaagaattgggtaac
agattataacgtgtgatagacacatcagaatagacatttagcagctggaa
aattagcaaacaagattttattcagaagtgacaggggaaagaattcacaa
aactccacttctaaggagctaaggacaggtgatggatttggggtgacagg
tagttttctttaagggtaaggccccctaggacataaaacactccagggaa
tgccccacaaccaggaatatatgtatagcaaaaaaaatggacttgatgga
ttattataagacccaagacaagccataatttcagtggcaggtaggaaagt
gggggaagagtcagaagggggcaacattatctttagactactcccttgat
gattagtggaaatgagtcggtgggggacatttcatcttcactatcaggga
atttaatttcttctgtgagtattcttcttacatgcaactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_30664963_30666096
seq2: B6Ng01-289D01.b_45_1169

seq1  GAATTCTCCCTTCAGCCTCCTGAGAAGCTGGGGTTACAGGAATGAGCTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCCTTCAGCCTCCTGAGAAGCTGGGGTTACAGGAATGAGCTAA  50

seq1  CAGACAGGGCTCCCAGCATTTTATTGAGGAGGTAAAATAAATATATGTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAGGGCTCCCAGCATTTTATTGAGGAGGTAAAATAAATATATGTAG  100

seq1  AATAAGAGAGTAAGATTATATATAAGATTATAGATGTACACAGAAGAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGAGAGTAAGATTATATATAAGATTATAGATGTACACAGAAGAAGG  150

seq1  AGGGTGAGTGAGGGAAATGGGTTCAAGTCTATATATTTATAATAGCTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGAGTGAGGGAAATGGGTTCAAGTCTATATATTTATAATAGCTTTC  200

seq1  CATGTAATGGTCCCATAGTTTTAATGTGGGGCTTCACATTTTTAGAATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAATGGTCCCATAGTTTTAATGTGGGGCTTCACATTTTTAGAATAT  250

seq1  ATCAGAGAACTAAGCAGCCTTTGTTTTTCTACATTAAGCTCAGTCATGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAGAACTAAGCAGCCTTTGTTTTTCTACATTAAGCTCAGTCATGCA  300

seq1  TATCAAGTTCCCCAGAGGTACAGAGCAACCATGTACTCAGAACTCAAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAGTTCCCCAGAGGTACAGAGCAACCATGTACTCAGAACTCAAGGA  350

seq1  TGACACAAGGAACAGAAAAGGGAGGATCAGAACACAGCCCCTGGAGATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACAAGGAACAGAAAAGGGAGGATCAGAACACAGCCCCTGGAGATAG  400

seq1  AGGACTGAATCTGCACTGTTACTGCCTATCCAGCCAATTCTCCCAAGGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTGAATCTGCACTGTTACTGCCTATCCAGCCAATTCTCCCAAGGGG  450

seq1  ACCGAATTCTTCAGTCGCCCATTGTTATCCTGCCGAGTTGGAGTGTAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGAATTCTTCAGTCGCCCATTGTTATCCTGCCGAGTTGGAGTGTAACT  500

seq1  TACTCCGAAACCCAGTTTGTCACACGTGACCAGCCAAACTGTAATCTCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCCGAAACCCAGTTTGTCACACGTGACCAGCCAAACTGTAATCTCAA  550

seq1  GTGGCATGAGAAAAAAACATTGATGAGTGGACAATCTTACAATTGCAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCATGAGAAAAAAACATTGATGAGTGGACAATCTTACAATTGCAGGC  600

seq1  TGAATTTTAGTGCTGTTGGTATGATTATTGTTCTAATAAAGGAACTTAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTTAGTGCTGTTGGTATGATTATTGTTCTAATAAAGGAACTTAAT  650

seq1  ACCAATTTCACAGAGCTCTGAGAGCATTGCTGGTCCCTCTTCTGTACAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATTTCACAGAGCTCTGAGAGCATTGCTGGTCCCTCTTCTGTACAGC  700

seq1  TTATTATATTTTCATGTTTAATCTTACCTACAAATCTCCTGTTTTAATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATATTTTCATGTTTAATCTTACCTACAAATCTCCTGTTTTAATAA  750

seq1  ACAGAAAATAGAGAAAAGTTTTCACACACAGTAGTGAATTGAAAATGTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAAATAGAGAAAAGTTTTCACACACAGTAGTGAATTGAAAATGTAG  800

seq1  AACAACACGAAGACTGTTAGGTGCTAATTCACTGATCAAAACATTAACAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACACGAAGACTGTTAGGTGCTAATTCACTGATCAAAACATTAACAT  850

seq1  TTTGTAAAAGTCAGCAAGTTCTGAGGAGTGGGACCATATCTATCCTATTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAAAAGTCAGCAAGTTCTGAGGAGTGGGACCATATCTATCCTATTT  900

seq1  ATCAGAGTATATCCAGGACTGCTATCACCTGTCACAAAAATCATGCCTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAGTATATCCAGGACTGCTATCACCTGTCACAAAAATCATGCCTCA  950

seq1  TTATTAATTAACAATACTAGAGTAATATGCAGTGATATGGTAGCTTAGTA  1000
      ||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAATTTAC-ATACTAGAGT-ATATGCAGTGATATGGTAGCTTAGTA  998

seq1  CAGATGTTGATCTGATCCTGTATCAACAACAGAAGTTCTTTG-TATGCTT  1049
      |||||| ||||||||||||||||||   |||| ||||||||| ||||| |
seq2  CAGATG-TGATCTGATCCTGTATCA--CACAG-AGTTCTTTGTTATGC-T  1043

seq1  CATTTTAACCTGTAGTTAACATATCAAAGTACTACTATATTAGATTATAA  1099
      |||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
seq2  CATTT--ACCTGTAGTTAACATATC-AAGTACTACTATATTAGATTATTA  1090

seq1  CATAACA-GAAAGAGATCTATTTAACATATATATGT  1134
      | ||||| ||| |||||||| |||||||||||||||
seq2  CCTAACAGGAAGGAGATCTA-TTAACATATATATGT  1125

seq1: chr19_30822120_30823264
seq2: B6Ng01-289D01.g_67_1206 (reverse)

seq1  CAGTTGTATGTAAAGAAGAATCATCAACAAGAAGAAATTAAATACCTTGA  50
      |||||| |||| |||||||||  |||   |||||||||||||| || |||
seq2  CAGTTGCATGT-AAGAAGAATACTCA--CAGAAGAAATTAAATTCCCTGA  47

seq1  TAGTGAGGATGAAATGTTCCCCCAACGAACTCAATTCCACTAATCATC-A  99
      |||||| ||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||| |
seq2  TAGTGAAGATGAAATG-TCCCCCACCG-ACTCATTTCCACTAATCATCAA  95

seq1  GGGAGTAGTCTAAAGATAATGTTGCCCCCTTTCTGACTCCTTCCCCACTT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||
seq2  GGGAGTAGTCTAAAGATAATGTTGCCCCC-TTCTGACTCTTCCCCCACTT  144

seq1  TCCTACCTGCCACTGAAATTATGGCTTGTCTTTGGTCTTATAATAATCCA  199
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCCTACCTGCCACTGAAATTATGGCTTGTCTTGGGTCTTATAATAATCCA  194

seq1  TCAAGTCCATTTTTTTTGCTATACATATATTCCTGGTTGTGGGGCATTCC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTCCATTTTTTTTGCTATACATATATTCCTGGTTGTGGGGCATTCC  244

seq1  CTGGAGTGTTTTATGTCCTAGGGGGCCTTACCCTTAAAGAAAACTACCTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGTGTTTTATGTCCTAGGGGGCCTTACCCTTAAAGAAAACTACCTG  294

seq1  TCACCCCAAATCCATCACCTGTCCTTAGCTCCTTAGAAGTGGAGTTTTGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCCAAATCCATCACCTGTCCTTAGCTCCTTAGAAGTGGAGTTTTGT  344

seq1  GAATTCTTTCCCCTGTCACTTCTGAATAAAATCTTGTTTGCTAATTTTCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCCCTGTCACTTCTGAATAAAATCTTGTTTGCTAATTTTCC  394

seq1  AGCTGCTAAATGTCTATTCTGATGTGTCTATCACACGTTATAATCTGTTA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCTAAATGTCTATTCTGATGTGTCTATCACACGTTATAATCTGTTA  444

seq1  CCCAATTCTTCTTGTGCAAGCCTTCAAGAGCTGATTAGAATACAATCTCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATTCTTCTTGTGCAAGCCTTCAAGAGCTGATTAGAATACAATCTCT  494

seq1  CAAATGAAACTTTCTGTAACTTCTCTGATTCTTTCTAACCATTGGGTGAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGAAACTTTCTGTAACTTCTCTGATTCTTTCTAACCATTGGGTGAT  544

seq1  CAGGATATCTAATGACATCGCTAAGCAAGATTTCTGAATGACACATACAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATATCTAATGACATCGCTAAGCAAGATTTCTGAATGACACATACAT  594

seq1  TAACATGAAAACACCAGTGTTGTGAGTAATTTGTTACTAAAGTGTGGCTA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATGAAAACACCAGTGTTGTGAGTAATTTGTTACTAAAGTGTGGCTA  644

seq1  AAAGCTACCTTTTCATAATTTACTTAAAGACACACTCAAAGCACAGTGTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTACCTTTTCATAATTTACTTAAAGACACACTCAAAGCACAGTGTA  694

seq1  GTTTGGGGATTTTTCAGAAATGTTGATCTCACAATTTCCTCTTGTATCTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGGGATTTTTCAGAAATGTTGATCTCACAATTTCCTCTTGTATCTT  744

seq1  CAAAAGAAACAAGCACACAACTACAAACTCCTATAACTAAAAATTTCTAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGAAACAAGCACACAACTACAAACTCCTATAACTAAAAATTTCTAC  794

seq1  TACAGATGTTGATGATCTTTATAAGCATAATGTTTTTGTGTACTGGTTAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGATGTTGATGATCTTTATAAGCATAATGTTTTTGTGTACTGGTTAT  844

seq1  CCTTGTGTTGTTCAGATGCAGATTTCTCTGTCCTCATATCTTGGTTCAAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTGTTGTTCAGATGCAGATTTCTCTGTCCTCATATCTTGGTTCAAT  894

seq1  CCAGACTTGATACTGAAATGCTTCTGTCTAGAATCTCCTGGCTCAAGTTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACTTGATACTGAAATGCTTCTGTCTAGAATCTCCTGGCTCAAGTTT  944

seq1  GTGTAAACAATTCTCACCATTTATGTTTTCTCTTGTCAATAAATACTGAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAAACAATTCTCACCATTTATGTTTTCTCTTGTCAATAAATACTGAT  994

seq1  TACACAATGACTGGGCAGAAGAGAAAATAGGGTGAAATATAGTTACAATA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAATGACTGGGCAGAAGAGAAAATAGGGTGAAATATAGTTACAATA  1044

seq1  ATTATAGCAACAATAATTATGAAATAATTTTGGGATCAAGGGGAATACAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAGCAACAATAATTATGAAATAATTTTGGGATCAAGGGGAATACAA  1094

seq1  TACGTGTGATTTGTTTGACTCTAGATGTTACTGACTAAGTGAATTC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGTGTGATTTGTTTGACTCTAGATGTTACTGACTAAGTGAATTC  1140