BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-289N12
Chromosome19 (Build37)
Map Location 29,660,567 - 29,858,470
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC030046E11Rik, D19Wsu12e, Mlana, 9930021J03Rik
Upstream geneGlis3, EG434460, EG627788, Slc1a1, LOC545262, 4430402I18Rik, Ppapdc2, LOC100042006, EG226086, Cdc37l1, LOC672214, Ak3, Rcl1, LOC433238, Jak2, Insl6, Rln1, 5033414D02Rik, Cd274, Pdcd1lg2
Downstream geneRanbp6, Il33, Trpd52l3, Uhrf2, Gldc, EG625917, Mbl2, LOC100042088, LOC668020, EG546723, Dkk1, Prkg1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-289N12.bB6Ng01-289N12.g
ACCGA087133GA087134
length1,1481,061
definitionB6Ng01-289N12.b B6Ng01-289N12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,857,324 - 29,858,470)(29,660,567 - 29,661,629)
sequence
gaattctttgtgcatctttattgaaattaatagaataagtatttgtgtgt
cattctgaattcacttatctataaatacatttacgctatttctgcttaat
ttgatgactatttgattctgttactgagtactatttgaactcaaatttat
agtgtaagctttaaaattagataacgagagtcttccaactgtagttttta
tgattttcacatttgtctgtatcatgatctttacttttccatgtagtttt
agaataattataagttcctatacaaaaaaaacatctgaggggatcttgat
taatactacacaggaattactgattagtttttggtaattgttttctctaa
tttctctccatagtattttgtattataagtcattttaacttgtaattatg
tagaaatttatagtgatgtagtgtagtgacctttatttcttaattctgtc
agattacacttcatctagtgtaaaatgttgctacatacatgtaattttta
attaggaaaattaacttttattgtaccaattagctgggcatggtggtgta
catgtgtagcctcagcacgtggaagaaaatggtaggaagattaggaattc
aagtcatccttggctgtactgggagtttaagggtcaacatggtatgtgtt
ggtctgtgtatgatcctgtctcataaaaccaaatttgggctagggagaag
gcttagtgggtaaagtgcttgctggtgaagcattagacctgagtttgatc
cctattacctctataaaaagctgggtgtggcagcacacatccagtactag
gaggcagaaacgggaggacaccctggctgtgctacccagtcagtctaagc
agttggtgagctccaagctcagtgggagacactgtttcagaaagataagt
tggaaagtgatagaggaagtcacatgatatcaatctctaattacactaag
cacatactcccctgcacacatctgcacatacgcatgcatgcacacattca
ggtacaaacacacacatgcacacaagcttttaaattttaaaaggaaaaca
ggaaaggaaattgtagtatactaaccactatagtgactttagtgaaagtg
tttgtttgtcagctgctttggattggatatagccaaaaagcctctttc
gaattcagctccattctgagctaaatattagccctgtctcagaagtaact
aaacctaaaaagaataaccttttaggtagaaaataaactctaaggattga
taatgaaacatttaaaagtaaaaaatatatgagtgactgttcttaaggat
agccttattagtatattgacttatggtggttttgaggaagtagtagtctc
attaattgggtttgagtacacagatctgatacgtggtctcataattctac
attcactcttgatcactttatctttggttatttatgaagaattagcttgc
caaaatataaacattaatttttttgcaaaactgttgttcattcttctgac
tggtgtttctttaaagtgagctggggaggagtctggataaagatggacgg
cctgagagcctaagcatgcttggttaccctctgatttatatgtgcacttc
tttccttcttcagctcagaatctacctacgaacatccaacctggacaatg
cctttgctcatgtcaccaaagcaccaatggaaacattactgcttagtgtc
ttccgcgacatggtggtagtgtttcgagcagactgttcaatatgccttta
cagtattgaaagaaaatccgatgggtgagttataacagggggtgagtctc
tcttgctcctctttatcaggtttctaaacccctttttccatcttcatatt
ttgtttcattataaggagttttggtggtagtagttgaagaaaagcacaag
aacctgcttttctccctgtgttatggggaggaagactagcattttagctg
agctaagccttagatacttttttcccacaactcacacgttgggggctaat
aaactttccaggtcctgtggaaaggtaaggagctatccccaggaagctcc
cttcatccctgcttacagtgatattgtactgcagccagaaccttatagtg
ttgacttggtcaacttgcagcatgtagcccacggggattattgtcctttg
tcttaaaagtataatattttttaatagtaaatgattaggtgtgacctgaa
gtaatgtgatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_29857324_29858470
seq2: B6Ng01-289N12.b_46_1193 (reverse)

seq1  GAAAGAGCTTTTTTGCTTATAT-CAACCCAAA-CAGCTGAC-AACAAACA  47
      |||||||  ||||||  ||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||
seq2  GAAAGAGGCTTTTTGGCTATATCCAATCCAAAGCAGCTGACAAACAAACA  50

seq1  CTATCACTAAAGTCACTATAGTTGTTAGTATACTACAATTTTCCTTTCTT  97
      || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |
seq2  CTTTCACTAAAGTCACTATAGTGGTTAGTATACTACAA-TTTCCTTTCCT  99

seq1  GTTTTCCTTTTTAAAAATTAAAAGCTTGTGTGCATGTGTGTGTTTGTACC  147
      ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCC-TTTTAAAATTTAAAAGCTTGTGTGCATGTGTGTGTTTGTACC  148

seq1  TGAATGTGTGCATGCATGCGTATGTGCAGATGTGTGCAGGGGAGTATGTG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGTGTGCATGCATGCGTATGTGCAGATGTGTGCAGGGGAGTATGTG  198

seq1  CTTAGTGTAATTAGAGATTGATATCATGTGACTTCCTCTATCACTTTCCA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTGTAATTAGAGATTGATATCATGTGACTTCCTCTATCACTTTCCA  248

seq1  ACTTATCTTTCTGAAACAGTGTCTCCCACTGAGCTTGGAGCTCACCAACT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATCTTTCTGAAACAGTGTCTCCCACTGAGCTTGGAGCTCACCAACT  298

seq1  GCTTAGACTGACTGGGTAGCACAGCCAGGGTGTCCTCCCGTTTCTGCCTC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGACTGACTGGGTAGCACAGCCAGGGTGTCCTCCCGTTTCTGCCTC  348

seq1  CTAGTACTGGATGTGTGCTGCCACACCCAGCTTTTTATAGAGGTAATAGG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTACTGGATGTGTGCTGCCACACCCAGCTTTTTATAGAGGTAATAGG  398

seq1  GATCAAACTCAGGTCTAATGCTTCACCAGCAAGCACTTTACCCACTAAGC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAAACTCAGGTCTAATGCTTCACCAGCAAGCACTTTACCCACTAAGC  448

seq1  CTTCTCCCTAGCCCAAATTTGGTTTTATGAGACAGGATCATACACAGACC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCCCTAGCCCAAATTTGGTTTTATGAGACAGGATCATACACAGACC  498

seq1  AACACATACCATGTTGACCCTTAAACTCCCAGTACAGCCAAGGATGACTT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACATACCATGTTGACCCTTAAACTCCCAGTACAGCCAAGGATGACTT  548

seq1  GAATTCCTAATCTTCCTACCATTTTCTTCCACGTGCTGAGGCTACACATG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAATCTTCCTACCATTTTCTTCCACGTGCTGAGGCTACACATG  598

seq1  TACACCACCATGCCCAGCTAATTGGTACAATAAAAGTTAATTTTCCTAAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCACCATGCCCAGCTAATTGGTACAATAAAAGTTAATTTTCCTAAT  648

seq1  TAAAAATTACATGTATGTAGCAACATTTTACACTAGATGAAGTGTAATCT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATTACATGTATGTAGCAACATTTTACACTAGATGAAGTGTAATCT  698

seq1  GACAGAATTAAGAAATAAAGGTCACTACACTACATCACTATAAATTTCTA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAATTAAGAAATAAAGGTCACTACACTACATCACTATAAATTTCTA  748

seq1  CATAATTACAAGTTAAAATGACTTATAATACAAAATACTATGGAGAGAAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATTACAAGTTAAAATGACTTATAATACAAAATACTATGGAGAGAAA  798

seq1  TTAGAGAAAACAATTACCAAAAACTAATCAGTAATTCCTGTGTAGTATTA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGAAAACAATTACCAAAAACTAATCAGTAATTCCTGTGTAGTATTA  848

seq1  ATCAAGATCCCCTCAGATGTTTTTTTTGTATAGGAACTTATAATTATTCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGATCCCCTCAGATGTTTTTTTTGTATAGGAACTTATAATTATTCT  898

seq1  AAAACTACATGGAAAAGTAAAGATCATGATACAGACAAATGTGAAAATCA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTACATGGAAAAGTAAAGATCATGATACAGACAAATGTGAAAATCA  948

seq1  TAAAAACTACAGTTGGAAGACTCTCGTTATCTAATTTTAAAGCTTACACT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAACTACAGTTGGAAGACTCTCGTTATCTAATTTTAAAGCTTACACT  998

seq1  ATAAATTTGAGTTCAAATAGTACTCAGTAACAGAATCAAATAGTCATCAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTTGAGTTCAAATAGTACTCAGTAACAGAATCAAATAGTCATCAA  1048

seq1  ATTAAGCAGAAATAGCGTAAATGTATTTATAGATAAGTGAATTCAGAATG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGCAGAAATAGCGTAAATGTATTTATAGATAAGTGAATTCAGAATG  1098

seq1  ACACACAAATACTTATTCTATTAATTTCAATAAAGATGCACAAAGAATTC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAAATACTTATTCTATTAATTTCAATAAAGATGCACAAAGAATTC  1148

seq1: chr19_29660567_29661629
seq2: B6Ng01-289N12.g_68_1128

seq1  GAATTCAGCTCCATTCTGAGCTAAATATTAGCCCTGTCTCAGAAGTAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCTCCATTCTGAGCTAAATATTAGCCCTGTCTCAGAAGTAACT  50

seq1  AAACCTAAAAAGAATAACCTTTTAGGTAGAAAATAAACTCTAAGGATTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTAAAAAGAATAACCTTTTAGGTAGAAAATAAACTCTAAGGATTGA  100

seq1  TAATGAAACATTTAAAAGTAAAAAATATATGAGTGACTGTTCTTAAGGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAAACATTTAAAAGTAAAAAATATATGAGTGACTGTTCTTAAGGAT  150

seq1  AGCCTTATTAGTATATTGACTTATGGTGGTTTTGAGGAAGTAGTAGTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTATTAGTATATTGACTTATGGTGGTTTTGAGGAAGTAGTAGTCTC  200

seq1  ATTAATTGGGTTTGAGTACACAGATCTGATACGTGGTCTCATAATTCTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATTGGGTTTGAGTACACAGATCTGATACGTGGTCTCATAATTCTAC  250

seq1  ATTCACTCTTGATCACTTTATCTTTGGTTATTTATGAAGAATTAGCTTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACTCTTGATCACTTTATCTTTGGTTATTTATGAAGAATTAGCTTGC  300

seq1  CAAAATATAAACATTAATTTTTTTGCAAAACTGTTGTTCATTCTTCTGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATATAAACATTAATTTTTTTGCAAAACTGTTGTTCATTCTTCTGAC  350

seq1  TGGTGTTTCTTTAAAGTGAGCTGGGGAGGAGTCTGGATAAAGATGGACGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTTTCTTTAAAGTGAGCTGGGGAGGAGTCTGGATAAAGATGGACGG  400

seq1  CCTGAGAGCCTAAGCATGCTTGGTTACCCTCTGATTTATATGTGCACTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGAGCCTAAGCATGCTTGGTTACCCTCTGATTTATATGTGCACTTC  450

seq1  TTTCCTTCTTCAGCTCAGAATCTACCTACGAACATCCAACCTGGACAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTCTTCAGCTCAGAATCTACCTACGAACATCCAACCTGGACAATG  500

seq1  CCTTTGCTCATGTCACCAAAGCACCAATGGAAACATTACTGCTTAGTGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGCTCATGTCACCAAAGCACCAATGGAAACATTACTGCTTAGTGTC  550

seq1  TTCCGCGACATGGTGGTAGTGTTTCGAGCAGACTGTTCAATATGCCTTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCGCGACATGGTGGTAGTGTTTCGAGCAGACTGTTCAATATGCCTTTA  600

seq1  CAGTATTGAAAGAAAATCCGATGGGTGAGTTATAACAGGGGGTGAGTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATTGAAAGAAAATCCGATGGGTGAGTTATAACAGGGGGTGAGTCTC  650

seq1  TCTTGCTCCTCTTTATCAGGTTTCTAAACCCCTTTTTCCATCTTCATATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCTCCTCTTTATCAGGTTTCTAAACCCCTTTTTCCATCTTCATATT  700

seq1  TTGTTTCATTATAAGGAGTTTTGGTGGTAGTAGTTGAAGAAAAGCACAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTCATTATAAGGAGTTTTGGTGGTAGTAGTTGAAGAAAAGCACAAG  750

seq1  AACCTGCTTTTCTCCCTGTGTTATGGGGAGGAAGACTAGCATTTTAGCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGCTTTTCTCCCTGTGTTATGGGGAGGAAGACTAGCATTTTAGCTG  800

seq1  AGCTAAGCCTTAGATAC-TTTTTCCCACAACTCACACGTTGGGGGCTAAT  849
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAGCCTTAGATACTTTTTTCCCACAACTCACACGTTGGGGGCTAAT  850

seq1  AAACTTTCCAGGTCCTGTGGGAAGGTAAGGAGCTATCCCCAGGAAGCTCC  899
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTTCCAGGTCCTGTGGAAAGGTAAGGAGCTATCCCCAGGAAGCTCC  900

seq1  CTTCATCCCTGC-TACAGTGGATATTGTACTGCAGCCCAGAAACCTTATA  948
      |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||
seq2  CTTCATCCCTGCTTACAGT-GATATTGTACTGCAG-CCAG-AACCTTATA  947

seq1  GTGTTGACTTGGTCAACTTGCAGCATGTAGGCCACGGGGA-TATTGTCCT  997
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||
seq2  GTGTTGACTTGGTCAACTTGCAGCATGTAGCCCACGGGGATTATTGTCCT  997

seq1  TTGTTCTTAAAAGTAT-ATATTTTTTAATAAGTAAATGAATTAGGTGTGA  1046
      ||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||
seq2  TTG-TCTTAAAAGTATAATATTTTTTAAT-AGTAAATG-ATTAGGTGTGA  1044

seq1  ACTGAAGTAATGTGATG  1063
       ||||||||||||||||
seq2  CCTGAAGTAATGTGATG  1061