BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-293A07
Chromosome19 (Build37)
Map Location 7,538,749 - 7,716,710
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRtn3, 5730596K20Rik, Hrasls3, Lgals12, Hrasls5
Upstream geneSlc22a12, LOC629372, Rps6ka4, Ccdc88, Prdx5, 0610038D11Rik, Esrra, 1700019N12Rik, Kcnk4, Gpr137, Bad, Plcb3, Ppp1r14b, Fkbp2, Vegfb, Dnajc4, Nudt22, Trpt1, BC032204, Stip1, D930010J01Rik, Flrt1, Otub1, Cox8a, Nat11, Rcor2, Mark2, AI846148, EG665419, 2700081O15Rik, LOC100039547
Downstream geneLOC433217, Slc22a19, LOC666543, BC014805, LOC632903, AB056442, LOC620946, LOC623030, 9530053H05Rik, EG434674, LOC100039705, D630002G06Rik, EG633120, EG666601, LOC100039749, C730048C13Rik, LOC100040004, LOC666612, EG623402, Slc22a8, Slc22a6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-293A07.bB6Ng01-293A07.g
ACCGA089505GA089506
length1,0811,027
definitionB6Ng01-293A07.b B6Ng01-293A07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,715,635 - 7,716,710)(7,538,749 - 7,539,770)
sequence
gaattccagagcttatggccttataaacagcttggaaataaaagggacca
ctgtccagaaagtggtctatggcacctgtgtcttcatcctcctaactgac
tcagaacgtcacctgggcatcctaaaccactgcttataggctgacaaatc
tgcaagtaaccagcacatggacacactctcaaaaatgtgttttttaatgg
atgagggaacataattgctgatttactttgcccatggagtcagagaagtg
agcaagaggtgggtaagttcactattagagtcactaaactactgtggggg
agctgtttgctaaccaaagaaattcctgtttgtttgtttgtttgtttgtt
tgtttgtttgtttctttgtttgttagacatcaaatggcccaagaggtcag
tatcaataaagagtccactaaaacatgacagtgctcatttaaagctaaag
gaaatgtgctcataaagacctggtgtttaggctctgcttcaaaggaagtc
ttgacacagataatattttgagttaagagactaatagaagaattatgaga
gcccagctgatcttataggtgtcagggagacagggaaatgaaccaggtgt
actagcttcatggcagttgtgatgagcagaaatgcgggtttgcctgactg
ggccaggatggctacacatagaacacatagaatgttggggaagggcataa
gaattccaacaaagaaatacaccaggcttgggcatccaaaaagctaaatg
agacatcaagtttgggttgctgagaaagggtaggaggacaaaaaccaagg
tggttcattgtgtctgtttacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacactctctctctctctctctctctttctctctcaggaaaaaagc
ccctttagcaagcagcctaaaagagctcctaaacaccctgaaggctccat
ccatcttgcccgtgcgtgcatatttccttcctccataatttcctagcatt
tccagagctacggaaaaaccattcttcccctttggttgacttccgtgctt
cccccagagttaaaatccatggaacagtttc
gaattccattggtatattaactacaaatatatttattaaaaaaacttgac
ttcctagtttatataacctgtcatggaaataagttaatataatttatttt
gtaaaaacatgagttttactcaatacaaattaatgacatcttccttcctt
ccttgatacatgcatatgtccctgaaacctgataatggtaaataatctat
atttcagcattaaaaatataaaataatttttgttgttcacggactgagcc
tggtctttctgcatgacaaggtaaaaccttaaccactgagttatagtccc
agcccacaaatcatttttaaatctaaaaatgttctaatgaatgactgcta
tggattgtatgctatggtttggatagataaaaaagtagcatgtttgcaac
aagactaaagggttacgggatacagaaaagattagttgggttagtaatag
ggattcaagttccctgctggtggcaacgtccaaaaaggcttctgtgaaat
ctgactgctttagccccagggttgttttgttttgttttgttttttcgaga
cagggtttctctgtgtagccctggctgtcctggaactcactctgtagacc
aggctggcctcgaactcagaaatccgcctgcctctgcctcccgagtgctg
ggattaaaggcgtgtgccaccacgcccagctagtcccagggttttaattg
ttaactgaatataaccaaatatacttctttttaaaggcagtctagaaatt
tccattattggcgaccctaaagtacaatttaatcatctgccaagtggctt
cttcacacaatgaatgagctgacttccagactacagagctcccctaaact
gactttttaatcctttaaaaaaatatttatttaatttatgtataatgtac
actgtagctgtctttcaggcacaccagaagaagggcattggatcccatta
caggttgatgtgagccacatgttgttgcttggaatgaactcagaacctct
ggaagaagcagtcaggtgctccttaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_7715635_7716710
seq2: B6Ng01-293A07.b_48_1128 (reverse)

seq1  GAAACTGTTCCCATGGATTTT-ACTCTGTGG--AGCACCGAAGTCACCCA  47
      ||||||||| ||||||||||| |||||| ||  ||||| ||||||| |||
seq2  GAAACTGTT-CCATGGATTTTAACTCTGGGGGAAGCACGGAAGTCAACCA  49

seq1  AAGAG--AG-ATGGTTTTTCCCGTAGCTCTGGAAATGCTAGGAAA-TATG  93
      ||| |  || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AAGGGGAAGAATGGTTTTT-CCGTAGCTCTGGAAATGCTAGGAAATTATG  98

seq1  GAGGAAGGAAATATGCACGCACGGGCAAGATGGATGGAGCCCTCAGGGTG  143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GAGGAAGGAAATATGCACGCACGGGCAAGATGGATGGAGCCTTCAGGGTG  148

seq1  TTTAGGAGCTCTTTTAGGCTGCTTGCT-AAGGGGCTTTTTTCCCTGAGAG  192
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  TTTAGGAGCTCTTTTAGGCTGCTTGCTAAAGGGGCTTTTTT-CCTGAGAG  197

seq1  AGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  247

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTAAACAGACACAATGAACCACCTTGGTTTTTGTCCT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTAAACAGACACAATGAACCACCTTGGTTTTTGTCCT  297

seq1  CCTACCCTTTCTCAGCAACCCAAACTTGATGTCTCATTTAGCTTTTTGGA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACCCTTTCTCAGCAACCCAAACTTGATGTCTCATTTAGCTTTTTGGA  347

seq1  TGCCCAAGCCTGGTGTATTTCTTTGTTGGAATTCTTATGCCCTTCCCCAA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCAAGCCTGGTGTATTTCTTTGTTGGAATTCTTATGCCCTTCCCCAA  397

seq1  CATTCTATGTGTTCTATGTGTAGCCATCCTGGCCCAGTCAGGCAAACCCG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTATGTGTTCTATGTGTAGCCATCCTGGCCCAGTCAGGCAAACCCG  447

seq1  CATTTCTGCTCATCACAACTGCCATGAAGCTAGTACACCTGGTTCATTTC  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCTGCTCATCACAACTGCCATGAAGCTAGTACACCTGGTTCATTTC  497

seq1  CCTGTCTCCCTGACACCTATAAGATCAGCTGGGCTCTCATAATTCTTCTA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCTCCCTGACACCTATAAGATCAGCTGGGCTCTCATAATTCTTCTA  547

seq1  TTAGTCTCTTAACTCAAAATATTATCTGTGTCAAGACTTCCTTTGAAGCA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCTCTTAACTCAAAATATTATCTGTGTCAAGACTTCCTTTGAAGCA  597

seq1  GAGCCTAAACACCAGGTCTTTATGAGCACATTTCCTTTAGCTTTAAATGA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTAAACACCAGGTCTTTATGAGCACATTTCCTTTAGCTTTAAATGA  647

seq1  GCACTGTCATGTTTTAGTGGACTCTTTATTGATACTGACCTCTTGGGCCA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGTCATGTTTTAGTGGACTCTTTATTGATACTGACCTCTTGGGCCA  697

seq1  TTTGATGTCTAACAAACAAAGAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATGTCTAACAAACAAAGAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACA  747

seq1  AACAAACAGGAATTTCTTTGGTTAGCAAACAGCTCCCCCACAGTAGTTTA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACAGGAATTTCTTTGGTTAGCAAACAGCTCCCCCACAGTAGTTTA  797

seq1  GTGACTCTAATAGTGAACTTACCCACCTCTTGCTCACTTCTCTGACTCCA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTCTAATAGTGAACTTACCCACCTCTTGCTCACTTCTCTGACTCCA  847

seq1  TGGGCAAAGTAAATCAGCAATTATGTTCCCTCATCCATTAAAAAACACAT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAAAGTAAATCAGCAATTATGTTCCCTCATCCATTAAAAAACACAT  897

seq1  TTTTGAGAGTGTGTCCATGTGCTGGTTACTTGCAGATTTGTCAGCCTATA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGAGTGTGTCCATGTGCTGGTTACTTGCAGATTTGTCAGCCTATA  947

seq1  AGCAGTGGTTTAGGATGCCCAGGTGACGTTCTGAGTCAGTTAGGAGGATG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTGGTTTAGGATGCCCAGGTGACGTTCTGAGTCAGTTAGGAGGATG  997

seq1  AAGACACAGGTGCCATAGACCACTTTCTGGACAGTGGTCCCTTTTATTTC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACACAGGTGCCATAGACCACTTTCTGGACAGTGGTCCCTTTTATTTC  1047

seq1  CAAGCTGTTTATAAGGCCATAAGCTCTGGAATTC  1076
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTGTTTATAAGGCCATAAGCTCTGGAATTC  1081

seq1: chr19_7538749_7539770
seq2: B6Ng01-293A07.g_68_1094

seq1  GAATTCCATTGGTATATTAACTACAAATATATTTATTAAAAAAACTTGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTGGTATATTAACTACAAATATATTTATTAAAAAAACTTGAC  50

seq1  TTCCTAGTTTATATAACCTGTCATGGAAATAAGTTAATATAATTTATTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAGTTTATATAACCTGTCATGGAAATAAGTTAATATAATTTATTTT  100

seq1  GTAAAAACATGAGTTTTACTCAATACAAATTAATGACATCTTCCTTCCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAACATGAGTTTTACTCAATACAAATTAATGACATCTTCCTTCCTT  150

seq1  CCTTGATACATGCATATGTCCCTGAAACCTGATAATGGTAAATAATCTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGATACATGCATATGTCCCTGAAACCTGATAATGGTAAATAATCTAT  200

seq1  ATTTCAGCATTAAAAATATAAAATAATTTTTGTTGTTCACGGACTGAGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAGCATTAAAAATATAAAATAATTTTTGTTGTTCACGGACTGAGCC  250

seq1  TGGTCTTTCTGCATGACAAGGTAAAACCTTAACCACTGAGTTATAGTCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTTTCTGCATGACAAGGTAAAACCTTAACCACTGAGTTATAGTCCC  300

seq1  AGCCCACAAATCATTTTTAAATCTAAAAATGTTCTAATGAATGACTGCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCACAAATCATTTTTAAATCTAAAAATGTTCTAATGAATGACTGCTA  350

seq1  TGGATTGTATGCTATGGTTTGGATAGATAAAAAAGTAGCATGTTTGCAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTGTATGCTATGGTTTGGATAGATAAAAAAGTAGCATGTTTGCAAC  400

seq1  AAGACTAAAGGGTTACGGGATACAGAAAAGATTAGTTGGGTTAGTAATAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTAAAGGGTTACGGGATACAGAAAAGATTAGTTGGGTTAGTAATAG  450

seq1  GGATTCAAGTTCCCTGCTGGTGGCAACGTCCAAAAAGGCTTCTGTGAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTCAAGTTCCCTGCTGGTGGCAACGTCCAAAAAGGCTTCTGTGAAAT  500

seq1  CTGACTGCTTTAGCCCCAGGGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTGCTTTAGCCCCAGGGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCGAGA  550

seq1  CAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACC  600

seq1  AGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTG  650

seq1  GGATTAAAGGCGTGTGCCACCACGCCCAGCTAGTCCCAGGGTTTTAATTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTAAAGGCGTGTGCCACCACGCCCAGCTAGTCCCAGGGTTTTAATTG  700

seq1  TTAACTGAATATAACCAAATATACTTCTTTTTAAAGGCAGTCTAGAAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTGAATATAACCAAATATACTTCTTTTTAAAGGCAGTCTAGAAATT  750

seq1  TCCATTATTGGCGACCCTAAAGTACAA-TTAATCATCTGCCAAGTGGCTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTATTGGCGACCCTAAAGTACAATTTAATCATCTGCCAAGTGGCTT  800

seq1  CTTCACACAATGAATGAGCTGACTTCCAGACTACAGAGCTCCCCTAAACT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACACAATGAATGAGCTGACTTCCAGACTACAGAGCTCCCCTAAACT  850

seq1  GACTTTTAAATCCTTTAAAAAAATATTTATTTATTTTATGTAT-ATGTAC  898
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
seq2  GACTTTTTAATCCTTTAAAAAAATATTTATTTAATTTATGTATAATGTAC  900

seq1  ACTGTAGCTGTC-TTCAGGCACACCAGAAG-AGGGCATTGGATCCCATTA  946
      |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAGCTGTCTTTCAGGCACACCAGAAGAAGGGCATTGGATCCCATTA  950

seq1  CAGATGATTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCT  996
      ||| |   ||||||||| ||||| |||||| |||| ||||||||| ||||
seq2  CAGGTTGATGTGAGCCA-CATGTTGTTGCTTGGAA-TGAACTCAGAACCT  998

seq1  CTGGAAG-AGCAGTCA-GTGCT-CTTAAC  1022
      ||||||| |||||||| ||||| ||||||
seq2  CTGGAAGAAGCAGTCAGGTGCTCCTTAAC  1027