BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-294F09
Chromosome19 (Build37)
Map Location 27,643,420 - 27,769,761
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSmarca2, Gm815, LOC100042576, Vldlr, LOC100042588, Kcnv2, D19Bwg1357e, LOC667868
Downstream geneLOC100042612, Rfx3, LOC666997, LOC433235, Glis3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-294F09.bB6Ng01-294F09.g
ACCGA090491GA090492
length1,12396
definitionB6Ng01-294F09.b B6Ng01-294F09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,768,652 - 27,769,761)(27,643,420 - 27,643,515)
sequence
gaattccactccacttcactgctttctcagctcagtgactcaaccgaact
gcctgattagaactcagagatttgcaagtctcttgtctcctgagttctgg
gattaaaggcatgtaccaccatgcctggacctaagcttctctttacctaa
aactttctctgtatcaggctggccttgaactcagatatcggcttgactct
gtctcttgggattaaagtcatgtctgtattctagcaaatcacacaagcct
ataaagtctttggatgtgatctcttgccagagcagccatgttgctggaat
aaaattcctctacacaaatccaaacaacaatatcagctcctctagttaag
aaacacaaatagccaacagttcttcagaaagtgttcagtgtctttgaagt
ctggggaaatgcctgtgaatggtgttaagtgacatggtttggattggtcc
aaacacccactcccaggctttgtaaggctattcttgttgagttggtatgt
cagctggcaaaccctcccgtgatgcctcttctggtgttgccacagaccca
acaaaagacttgtgttgaatggtacattcttagattagccatgcaggctg
tgctgttagaacagaacaacagagagtcgggtggtggcagaggcagctgt
gtggccacagtgactgatttacacaggctgggaaggagtgtgggcagcag
gagcggggcggtggacataaagaaatagcaggagagttgaaatggaagaa
ttaaagctgcaaggagccagaaacaagaaactgcaggccttggtgtccag
aaactgctgtgaattggggttgatgcgtggctggcaactttgcctcctgg
tgccaggcattccttacgcccttgtttctgggatgagttttaaagaagtg
tcaacgcccttgaggccaagagtctgagacacctggccaagagctataac
actgcgtggctttaataggtaaggaatcctgaaactgtagacctacacaa
aaattctctaaacacagctaggctgtccacaggattcccaacaggtaagc
aagaccagcttgcaatggttagcctacacctaagactcaaggatttaccc
tagaattgagcccagtgggttct
agtgactagcttttcataatggcatgactctgttctaagatttagtttta
ttaattattttgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_27768652_27769761
seq2: B6Ng01-294F09.b_47_1169 (reverse)

seq1  AGAA-CCACTGGGCTCAATTCTAGGGGTATTCC-TGGGTCTTGGTTGTA-  47
      |||| |||||||||||||||||||||  | ||| || ||||| | |||| 
seq2  AGAACCCACTGGGCTCAATTCTAGGGTAAATCCTTGAGTCTTAGGTGTAG  50

seq1  GCTAA-CATTGCAAGCTGGTCTTGCTTA-CTGTTGGG-ATTCTGT-GACA  93
      ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| || |||| ||||
seq2  GCTAACCATTGCAAGCTGGTCTTGCTTACCTGTTGGGAATCCTGTGGACA  100

seq1  G-CTAGCTGTG-TTAGAGA--TTTTGTGTAGGTCTACAGTTTCAGGATTC  139
      | ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGCTGTGTTTAGAGAATTTTTGTGTAGGTCTACAGTTTCAGGATTC  150

seq1  CTTACCTATTAAAGCCACGCAGTGTTATAGCTCTTGGCCAGGTGTCTCAG  189
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCTATTAAAGCCACGCAGTGTTATAGCTCTTGGCCAGGTGTCTCAG  200

seq1  ACTCTTGGCCTCAA-GGCGTTGACACTTCTTTAAAACTCAT-CCAGAAAC  237
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACTCTTGGCCTCAAGGGCGTTGACACTTCTTTAAAACTCATCCCAGAAAC  250

seq1  AAGGGCGTAAGGAATGCCTGGCACCAGGAGGCAAAGTTGCCAGCCACGCA  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCGTAAGGAATGCCTGGCACCAGGAGGCAAAGTTGCCAGCCACGCA  300

seq1  TCAACCCCAATTCACAGCAGTTTCTGGACACCAAGGCCTGCAGTTTCTTG  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCCCAATTCACAGCAGTTTCTGGACACCAAGGCCTGCAGTTTCTTG  350

seq1  TTTCTGGCTCCTTGCAGCTTTAATTCTTCCATTTCAACTCTCCTGCTATT  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGGCTCCTTGCAGCTTTAATTCTTCCATTTCAACTCTCCTGCTATT  400

seq1  TCTTTATGTCCACCGCCCCGCTCCTGCTGCCCACACTCCTTCCCAGCCTG  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATGTCCACCGCCCCGCTCCTGCTGCCCACACTCCTTCCCAGCCTG  450

seq1  TGTAAATCAGTCACTGTGGCCACACAGCTGCCTCTGCCACCACCCGACTC  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATCAGTCACTGTGGCCACACAGCTGCCTCTGCCACCACCCGACTC  500

seq1  TCTGTTGTTCTGTTCTAACAGCACAGCCTGCATGGCTAATCTAAGAATGT  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTGTTCTGTTCTAACAGCACAGCCTGCATGGCTAATCTAAGAATGT  550

seq1  ACCATTCAACACAAGTCTTTTGTTGGGTCTGTGGCAACACCAGAAGAGGC  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTCAACACAAGTCTTTTGTTGGGTCTGTGGCAACACCAGAAGAGGC  600

seq1  ATCACGGGAGGGTTTGCCAGCTGACATACCAACTCAACAAGAATAGCCTT  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACGGGAGGGTTTGCCAGCTGACATACCAACTCAACAAGAATAGCCTT  650

seq1  ACAAAGCCTGGGAGTGGGTGTTTGGACCAATCCAAACCATGTCACTTAAC  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGCCTGGGAGTGGGTGTTTGGACCAATCCAAACCATGTCACTTAAC  700

seq1  ACCATTCACAGGCATTTCCCCAGACTTCAAAGACACTGAACACTTTCTGA  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTCACAGGCATTTCCCCAGACTTCAAAGACACTGAACACTTTCTGA  750

seq1  AGAACTGTTGGCTATTTGTGTTTCTTAACTAGAGGAGCTGATATTGTTGT  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTGTTGGCTATTTGTGTTTCTTAACTAGAGGAGCTGATATTGTTGT  800

seq1  TTGGATTTGTGTAGAGGAATTTTATTCCAGCAACATGGCTGCTCTGGCAA  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATTTGTGTAGAGGAATTTTATTCCAGCAACATGGCTGCTCTGGCAA  850

seq1  GAGATCACATCCAAAGACTTTATAGGCTTGTGTGATTTGCTAGAATACAG  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCACATCCAAAGACTTTATAGGCTTGTGTGATTTGCTAGAATACAG  900

seq1  ACATGACTTTAATCCCAAGAGACAGAGTCAAGCCGATATCTGAGTTCAAG  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGACTTTAATCCCAAGAGACAGAGTCAAGCCGATATCTGAGTTCAAG  950

seq1  GCCAGCCTGATACAGAGAAAGTTTTAGGTAAAGAGAAGCTTAGGTCCAGG  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCCTGATACAGAGAAAGTTTTAGGTAAAGAGAAGCTTAGGTCCAGG  1000

seq1  CATGGTGGTACATGCCTTTAATCCCAGAACTCAGGAGACAAGAGACTTGC  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTGGTACATGCCTTTAATCCCAGAACTCAGGAGACAAGAGACTTGC  1050

seq1  AAATCTCTGAGTTCTAATCAGGCAGTTCGGTTGAGTCACTGAGCTGAGAA  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTCTGAGTTCTAATCAGGCAGTTCGGTTGAGTCACTGAGCTGAGAA  1100

seq1  AGCAGTGAAGTGGAGTGGAATTC  1110
      |||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTGAAGTGGAGTGGAATTC  1123

seq1: chr19_27643420_27643515
seq2: B6Ng01-294F09.g_72_167

seq1  AGTGACTAGCTTTTCATAATGGCATGACTCTGTTCTAAGATTTAGTTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACTAGCTTTTCATAATGGCATGACTCTGTTCTAAGATTTAGTTTTA  50

seq1  TTAATTATTTTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  96
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTATTTTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  96