BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-304I14
Chromosome19 (Build37)
Map Location 16,991,837 - 17,132,470
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA230083H22Rik
Upstream genePsat1, LOC100041424, Cep78, LOC100042048, Gnaq, E030024N20Rik, LOC624438, Gna14, LOC666665, Vps13a, Foxb2
Downstream geneGcnt1, Rfk, Pcsk5, Eef1a1-ps1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-304I14.bB6Ng01-304I14.g
ACCGA098068GA098069
length1,1741,087
definitionB6Ng01-304I14.b B6Ng01-304I14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,131,272 - 17,132,470)(16,991,837 - 16,992,920)
sequence
gaattctatctttcaatccaaagatgacagtccctctctctctctccttt
gtttcattccagcataagggtcacatgctttgtcttgccctgtggttctg
taggacctgacctttctgtcccctctaccttcctcattatcaccatcact
ccctcattgtgttccccaagtccccacgtccaatcagttcccaggtatat
agccacatactattattctctccatgataccatactttacccctaagtct
agaatgatgtaaagtttggagtaaacggactatcttattgataacaaaaa
tgttatagaatttatggtcacatgggaaatcattagtgcatatgtaaagt
gtggtaattttcaaagtttaggtcatcatatggggtccaagagacacaga
gggaatacctacagggcttgtctctaagcttgaggtatgaagcgaaggga
aggaaccttgtgtttccacatataagatacttcaattctatctcaatcca
caccacattattaagcagtcttcagagaatcaacaccagtccaatcccag
aaggaaacttctatctattttatgatgaatgctctttggaaattaagcaa
atcctactggtcacttatctcaatctcgagatatccttgtctacttagat
tatcgggagaaatgagccactgtatagtgccccttctggaaagaaagggt
ttacaaataactattctggatcagttgttaagacttatagctgtgtataa
gagagagtgtgtgtgtgtacatgcatgccagagaatgcctctctcccttt
gacccattattgcagacttaaaaacaagcatgcgttcaaatggtactgtg
agctgccgatgatgtatcgctcccatatctcattattctctgctaaatgt
gataataatgcgatctgttaacataaaagtttggctccacaaagcagctg
ggaaatggacaaccacaatatgcataaatctggctcctaccatcggccac
actctgcttgaacacatattgttagagcacctctcattggtgggcttctc
gtaagcaaatacttgcattaggctcagctggggcctcagcatcagccagg
ttgggaaaatattcagttctcagcgaagctggacttgaatcctcacgtct
ttagggaactcgtttggctcagga
gaattcacagagactgtcttaataataaaggagagagagagagagagaga
gagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagtgagttttg
gtctatggctttagaggttctagagcaggtaggtaggtagctccattgct
gtgggcttctaacaagcaacaaacaggtaggaggtatattgaaaagctgt
ccacttcatgagccagggagcaatgagagagagaaacagaaaacaacacc
aaccaaccaaccaaccagggtcccacaatccccttcaagggcacgtctcc
agtgacaaagcttcctccctctaggccttaccctgcaaaatctcccagta
atgctgatatgctagaatctaaaccatcagcatggtgaccttcagaaggt
gttcaatacctacactatgataagcactgatcacaggcttcagttgttta
catctgttctcatttcatttctgctgctgtgataaaacaccctgacaaag
gacaacttagggaggacagggcttctctggcctataaatccaggttagag
cccactgttgtggggacacaataatgtcagggcagggcaggaactgacag
tgtcaccttcatagtcaagagcagagagtgaataaaccagggggtctgtg
cttgcttggttggtagatactcagccagctttgtctattctagacacagt
tcagagcccagtctaggaaatggtgccacccacattctgtcctgttctta
acctggacattagccataccacaagaataggcaggctcacataccttcca
acgtccattcctgtcttagatgcttggaataacatgtttatggaaatgtt
caactgcttcaaggataatctttgctaatctttactattacctgactgct
atataagcttggatgaagcagatgtgagaatcagaaacatagtagaaggc
tggtcagaaggctggctatttcagatttttagggcccaaggactttttac
atgaattactgaatataaacagccacagaggaggaaaattatattacttg
gatttaggcctagatctttactatctaccccaaggac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_17131272_17132470
seq2: B6Ng01-304I14.b_47_1220 (reverse)

seq1  TCCTGAGCTGACACAGTCCTCTCCAGACCTGGCAAACGAG-TCCTAAAAG  49
                           ||| ||   | |||||||| |||  ||||
seq2  ---------------------TCCTGA---GCCAAACGAGTTCCCTAAAG  26

seq1  ACGTGAGGATTCAAGTTCTGGCTTCTGCTGAGAACTGAATATTTT-CCAA  98
      ||||||||||||||| ||  ||||| ||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACGTGAGGATTCAAG-TCCAGCTTC-GCTGAGAACTGAATATTTTCCCAA  74

seq1  ACTGCCTGATGCTGA-GCCCCAGCTGAGCCCTAATGCAAGTATTTTGCTT  147
       ||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  CCTGGCTGATGCTGAGGCCCCAGCTGAG-CCTAATGCAAGTA-TTTGCTT  122

seq1  ACGAG-AGCCCACCAATGAGAGGTGCTTCTAACAATATGTG-TCAAGCAG  195
      ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  ACGAGAAGCCCACCAATGAGAGGTGC-TCTAACAATATGTGTTCAAGCAG  171

seq1  AGTGTGGCCGATGGTAGGAGCCAGATTTATGCATATTGTGGTTGTCCATT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGGCCGATGGTAGGAGCCAGATTTATGCATATTGTGGTTGTCCATT  221

seq1  T-CCAGCTGCTTTTGTGGAGCCAAACTTTTTATGTTAACAGATCGCATTA  294
      | |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCTGC-TTTGTGGAGCCAAAC-TTTTATGTTAACAGATCGCATTA  269

seq1  TTATCACATTTAGCAGAGAATAATGAGATATGGGAGCGATACATCATCGG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCACATTTAGCAGAGAATAATGAGATATGGGAGCGATACATCATCGG  319

seq1  CAGCTCACAGTACCATTTGAACGCATGCTTGTTTTTAAGTCTGCAATAAT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCACAGTACCATTTGAACGCATGCTTGTTTTTAAGTCTGCAATAAT  369

seq1  GGGTCAAAGGGAGAGAGGCATTCTCTGGCATGCATGTACACACACACACT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCAAAGGGAGAGAGGCATTCTCTGGCATGCATGTACACACACACACT  419

seq1  CTCTCTTATACACAGCTATAAGTCTTAACAACTGATCCAGAATAGTTATT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTATACACAGCTATAAGTCTTAACAACTGATCCAGAATAGTTATT  469

seq1  TGTAAACCCTTTCTTTCCAGAAGGGGCACTATACAGTGGCTCATTTCTCC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAACCCTTTCTTTCCAGAAGGGGCACTATACAGTGGCTCATTTCTCC  519

seq1  CGATAATCTAAGTAGACAAGGATATCTCGAGATTGAGATAAGTGACCAGT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATAATCTAAGTAGACAAGGATATCTCGAGATTGAGATAAGTGACCAGT  569

seq1  AGGATTTGCTTAATTTCCAAAGAGCATTCATCATAAAATAGATAGAAGTT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTTGCTTAATTTCCAAAGAGCATTCATCATAAAATAGATAGAAGTT  619

seq1  TCCTTCTGGGATTGGACTGGTGTTGATTCTCTGAAGACTGCTTAATAATG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCTGGGATTGGACTGGTGTTGATTCTCTGAAGACTGCTTAATAATG  669

seq1  TGGTGTGGATTGAGATAGAATTGAAGTATCTTATATGTGGAAACACAAGG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTGGATTGAGATAGAATTGAAGTATCTTATATGTGGAAACACAAGG  719

seq1  TTCCTTCCCTTCGCTTCATACCTCAAGCTTAGAGACAAGCCCTGTAGGTA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCCCTTCGCTTCATACCTCAAGCTTAGAGACAAGCCCTGTAGGTA  769

seq1  TTCCCTCTGTGTCTCTTGGACCCCATATGATGACCTAAACTTTGAAAATT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTCTGTGTCTCTTGGACCCCATATGATGACCTAAACTTTGAAAATT  819

seq1  ACCACACTTTACATATGCACTAATGATTTCCCATGTGACCATAAATTCTA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACACTTTACATATGCACTAATGATTTCCCATGTGACCATAAATTCTA  869

seq1  TAACATTTTTGTTATCAATAAGATAGTCCGTTTACTCCAAACTTTACATC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATTTTTGTTATCAATAAGATAGTCCGTTTACTCCAAACTTTACATC  919

seq1  ATTCTAGACTTAGGGGTAAAGTATGGTATCATGGAGAGAATAATAGTATG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAGACTTAGGGGTAAAGTATGGTATCATGGAGAGAATAATAGTATG  969

seq1  TGGCTATATACCTGGGAACTGATTGGACGTGGGGACTTGGGGAACACAAT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTATATACCTGGGAACTGATTGGACGTGGGGACTTGGGGAACACAAT  1019

seq1  GAGGGAGTGATGGTGATAATGAGGAAGGTAGAGGGGACAGAAAGGTCAGG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGTGATGGTGATAATGAGGAAGGTAGAGGGGACAGAAAGGTCAGG  1069

seq1  TCCTACAGAACCACAGGGCAAGACAAAGCATGTGACCCTTATGCTGGAAT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACAGAACCACAGGGCAAGACAAAGCATGTGACCCTTATGCTGGAAT  1119

seq1  GAAACAAAGGAGAGAGAGAGAGGGACTGTCATCTTTGGATTGAAAGATAG  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAAAGGAGAGAGAGAGAGGGACTGTCATCTTTGGATTGAAAGATAG  1169

seq1  AATTC  1199
      |||||
seq2  AATTC  1174

seq1: chr19_16991837_16992920
seq2: B6Ng01-304I14.g_70_1156

seq1  GAATTCACAGAGACTGTCTTAATAATAAAGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGAGACTGTCTTAATAATAAAGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  50

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTGAGTTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTGAGTTTTG  100

seq1  GTCTATGGCTTTAGAGGTTCTAGAGCAGGTAGGTAGGTAGCTCCATTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATGGCTTTAGAGGTTCTAGAGCAGGTAGGTAGGTAGCTCCATTGCT  150

seq1  GTGGGCTTCTAACAAGCAACAAACAGGTAGGAGGTATATTGAAAAGCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCTTCTAACAAGCAACAAACAGGTAGGAGGTATATTGAAAAGCTGT  200

seq1  CCACTTCATGAGCCAGGGAGCAATGAGAGAGAGAAACAGAAAACAACACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTCATGAGCCAGGGAGCAATGAGAGAGAGAAACAGAAAACAACACC  250

seq1  AACCAACCAACCAACCAGGGTCCCACAATCCCCTTCAAGGGCACGTCTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAACCAACCAACCAGGGTCCCACAATCCCCTTCAAGGGCACGTCTCC  300

seq1  AGTGACAAAGCTTCCTCCCTCTAGGCCTTACCCTGCAAAATCTCCCAGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACAAAGCTTCCTCCCTCTAGGCCTTACCCTGCAAAATCTCCCAGTA  350

seq1  ATGCTGATATGCTAGAATCTAAACCATCAGCATGGTGACCTTCAGAAGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGATATGCTAGAATCTAAACCATCAGCATGGTGACCTTCAGAAGGT  400

seq1  GTTCAATACCTACACTATGATAAGCACTGATCACAGGCTTCAGTTGTTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAATACCTACACTATGATAAGCACTGATCACAGGCTTCAGTTGTTTA  450

seq1  CATCTGTTCTCATTTCATTTCTGCTGCTGTGATAAAACACCCTGACAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTTCTCATTTCATTTCTGCTGCTGTGATAAAACACCCTGACAAAG  500

seq1  GACAACTTAGGGAGGACAGGGCTTCTCTGGCCTATAAATCCAGGTTAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACTTAGGGAGGACAGGGCTTCTCTGGCCTATAAATCCAGGTTAGAG  550

seq1  CCCACTGTTGTGGGGACACAATAATGTCAGGGCAGGGCAGGAACTGACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTGTTGTGGGGACACAATAATGTCAGGGCAGGGCAGGAACTGACAG  600

seq1  TGTCACCTTCATAGTCAAGAGCAGAGAGTGAATAAACCAGGGGGTCTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACCTTCATAGTCAAGAGCAGAGAGTGAATAAACCAGGGGGTCTGTG  650

seq1  CTTGCTTGGTTGGTAGATACTCAGCCAGCTTTGTCTATTCTAGACACAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTGGTTGGTAGATACTCAGCCAGCTTTGTCTATTCTAGACACAGT  700

seq1  TCAGAGCCCAGTCTAGGAAATGGTGCCACCCACATTCTGTCCTGTTCTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGCCCAGTCTAGGAAATGGTGCCACCCACATTCTGTCCTGTTCTTA  750

seq1  ACCTGGACATTAGCCATACCACAAGAATAGGCAGGCTCACATACCTTCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGACATTAGCCATACCACAAGAATAGGCAGGCTCACATACCTTCCA  800

seq1  ACGTCCATTCCTGTCTTAGATGCTTGGAATAACATGTTTATGGAAATGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTCCATTCCTGTCTTAGATGCTTGGAATAACATGTTTATGGAAATGTT  850

seq1  CAACTGC-TCAAGGATAATCTTTGCTAATCTTTACTATTACCTGACTGCT  899
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGCTTCAAGGATAATCTTTGCTAATCTTTACTATTACCTGACTGCT  900

seq1  ATATAAGCTT-GATGAAGCAGATGTGAGAATCAGAAACAATAGTAGAAGG  948
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATATAAGCTTGGATGAAGCAGATGTGAGAATCAGAAAC-ATAGTAGAAGG  949

seq1  CTGGTCAGAAGGCTGGCTATTTCAGA-TTTTAGGG-CCAAAGACTTTTAC  996
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||  
seq2  CTGGTCAGAAGGCTGGCTATTTCAGATTTTTAGGGCCCAAGGACTTTTTA  999

seq1  AATGAATTACTGAATTATAAACAG-CACAGA-GAGGAAAATTATA-TACT  1043
       ||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||
seq2  CATGAATTACTGAA-TATAAACAGCCACAGAGGAGGAAAATTATATTACT  1048

seq1  TGGATTTTAGGCCTAGATCTTTACTATCTACCCCAAAGGAC  1084
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGGA-TTTAGGCCTAGATCTTTACTATCTACCCC-AAGGAC  1087