BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-313P13
Chromosome19 (Build37)
Map Location 20,025,629 - 20,143,201
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042218
Upstream geneRorb
Downstream geneLOC100041541, Anxa1, LOC100041560, 1500015L24Rik, E030003E18Rik, EG626549, Aldh1a1, Aldh1a7, Tmc1, LOC100042287
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-313P13.bB6Ng01-313P13.g
ACCGA105039GA105040
length988615
definitionB6Ng01-313P13.b B6Ng01-313P13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,025,629 - 20,026,619)(20,142,587 - 20,143,201)
sequence
gaattccctggaactgaaattatagacaattgtgagttgtgatgtgagtg
ctgggaatacagctcaggtccttttgaagaacaatcacaactccgaacca
cggaatcatttctccaggactctgtccttttaaaaatatatatcccccct
tttaagaattgaaaacaaccctgtctcaaaaacacataaaacaaaacaaa
acaaaacagaaaaactttaaaaagctgggcatgatggcgcaagcctttaa
tcccagcactcaggaggcagaggcaggtggatttctgagatcgaggccag
cctggtctacaaagtgagttccaggacagccagggctatacagagaaacg
ctgtctcaaaacacacgcacacacacacacacacacacacacacacacac
acacacacaccaaaacaaaacaaaacaaaacaaaacaaaacaaaacaaga
attgaaaacaaaagaagagattctggggacaataaaacactgtggggcag
ggggctgtgcacagacagcctggtcgccagtctggcaaaggtctgcaacc
ctggtgatgtggttggtggtgatttccacctgcatgggacagaaggtgtt
tggaccatgcctcctgggcccctggctcctgttgtagctacagcctccca
ccccgcagagaggtatgtggtcatcaatcacataggagcagcaacaagcc
ctcccacatgcaaataaggtttccccaaagctttcagaccaacccaatga
gaagtacctgttgttagacccttacccaccccaaaactgtatataagaat
cctatccagaagaattacaggtgtgtgagaactactcctccttctgagcc
ttctgtcctaagagctgtgacaattgggaagaggtctgctctcctgaaat
gctgcctgatggtccacttcactccttactggctactcagccctctccgt
agcccagctctgacctcattcagttcagggtgcagagt

gaattccaaattggtgtctgataacttattccaatggaacacattgtttc
ttttcttaaaacagagatcttttcttagtactcattttcagttggatgtt
ttaaatagacatggcaatagaatgcaagatgaacaacttttatagcccta
tgttcctcaagcacttctcctaccctttatgtagcaactgatgctgtatt
ttaaacaaattttagcattcttatttaacactacttttaatgtctttagt
gctaactcattaatgaattacataattttgactcaaatctaattgctctc
aatgaaattctcagtgtataatgcacatagttgagactaattataatgac
acttttctgttttttctcttactagtaaacttatttagcacctgtgctga
taaaacagaatcaacctcctataattgatagatatactaattagttttat
atcttgagaaggtttacatttttcattattatattcaatattttccttaa
tgctcagtatttgctatctcactgaaatatatcacatgtttttgattata
tatatatatatatatatgtatatatatgatagatagatagatgatagata
gatagatagatagat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_20025629_20026619
seq2: B6Ng01-313P13.b_48_1035

seq1  GAATTCCCTGGAACTGAAATTATAGACAATTGTGAGTTGTGATGTGAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTGGAACTGAAATTATAGACAATTGTGAGTTGTGATGTGAGTG  50

seq1  CTGGGAATACAGCTCAGGTCCTTTTGAAGAACAATCACAACTCCGAACCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAATACAGCTCAGGTCCTTTTGAAGAACAATCACAACTCCGAACCA  100

seq1  CGGAATCATTTCTCCAGGACTCTGTCCTTTTAAAAATATATATCCCCCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAATCATTTCTCCAGGACTCTGTCCTTTTAAAAATATATATCCCCCCT  150

seq1  TTTAAGAATTGAAAACAACCCTGTCTCAAAAACACATAAAACAAAACAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGAATTGAAAACAACCCTGTCTCAAAAACACATAAAACAAAACAAA  200

seq1  ACAAAACAGAAAAACTTTAAAAAGCTGGGCATGATGGCGCAAGCCTTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACAGAAAAACTTTAAAAAGCTGGGCATGATGGCGCAAGCCTTTAA  250

seq1  TCCCAGCACTCAGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGATCGAGGCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCACTCAGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGATCGAGGCCAG  300

seq1  CCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACG  350

seq1  CTGTCTCAAAACACACGCACACACACACACACACACACACACACACACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCAAAACACACGCACACACACACACACACACACACACACACACAC  400

seq1  ACACACACACCAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAA  450
      ||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACAC-----CAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAA  445

seq1  CAAGAATTGAAAACAAAAGAAGAGATTCTGGGGACAATAAAACACTGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAATTGAAAACAAAAGAAGAGATTCTGGGGACAATAAAACACTGTGG  495

seq1  GGCAGGGGGCTGTGCACAGACAGCCTGGTCGCCAGTCTGGCAAAGGTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGGGGCTGTGCACAGACAGCCTGGTCGCCAGTCTGGCAAAGGTCTG  545

seq1  CAACCCTGGTGATGTGGTTGGTGGTGATTTCCACCTGCATGGGACAGAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCTGGTGATGTGGTTGGTGGTGATTTCCACCTGCATGGGACAGAAG  595

seq1  GTGTTTGGACCATGCCTCCTGGGCCCCTGGCTCCTGTTGTAGCTACAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTGGACCATGCCTCCTGGGCCCCTGGCTCCTGTTGTAGCTACAGCC  645

seq1  TCCCACCCCGCAGAGAGGTATGTGGTCATCAATCACATAGGAGCAGCAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACCCCGCAGAGAGGTATGTGGTCATCAATCACATAGGAGCAGCAAC  695

seq1  AAGCCCTCCCACATGCAAATAAGGTTTCCCCAAAGCTTTCAGACCAACCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCTCCCACATGCAAATAAGGTTTCCCCAAAGCTTTCAGACCAACCC  745

seq1  AATGAGAAGTACCTGTTGTTAGACCCTTACCCACCCCAAAACTGTATATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGAAGTACCTGTTGTTAGACCCTTACCCACCCCAAAACTGTATATA  795

seq1  AGAATCCTATCCAGAAGAATTACAGGTGTGTGAGAACTACTCCTCCTTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCCTATCCAGAAGAATTACAGGTGTGTGAGAACTACTCCTCCTTCT  845

seq1  GAGCCTTCTGTCCTAAGAGCTGTGACAATTGGGAAGAGGTCTGCTCTCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTTCTGTCCTAAGAGCTGTGACAATTGGGAAGAGGTCTGCTCTCCT  895

seq1  GAAATGCTGCCTGATGGTCCACTTCACTCCTTACTGGCTACTCAG-CCTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GAAATGCTGCCTGATGGTCCACTTCACTCCTTACTGGCTACTCAGCCCTC  945

seq1  TCCGTAGCCCAGC-CTGACCTCATTCAGTTCAGGGTGCAGAGT  991
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGTAGCCCAGCTCTGACCTCATTCAGTTCAGGGTGCAGAGT  988


seq1: chr19_20142587_20143201
seq2: B6Ng01-313P13.g_69_683 (reverse)

seq1  ATCTATCTATCTATCTATCTATCATCTATCTATCTATCATATATATACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCTATCTATCTATCTATCATCTATCTATCTATCATATATATACAT  50

seq1  ATATATATATATATATATAATCAAAAACATGTGATATATTTCAGTGAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATAATCAAAAACATGTGATATATTTCAGTGAGAT  100

seq1  AGCAAATACTGAGCATTAAGGAAAATATTGAATATAATAATGAAAAATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATACTGAGCATTAAGGAAAATATTGAATATAATAATGAAAAATGT  150

seq1  AAACCTTCTCAAGATATAAAACTAATTAGTATATCTATCAATTATAGGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTTCTCAAGATATAAAACTAATTAGTATATCTATCAATTATAGGAG  200

seq1  GTTGATTCTGTTTTATCAGCACAGGTGCTAAATAAGTTTACTAGTAAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATTCTGTTTTATCAGCACAGGTGCTAAATAAGTTTACTAGTAAGAG  250

seq1  AAAAAACAGAAAAGTGTCATTATAATTAGTCTCAACTATGTGCATTATAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACAGAAAAGTGTCATTATAATTAGTCTCAACTATGTGCATTATAC  300

seq1  ACTGAGAATTTCATTGAGAGCAATTAGATTTGAGTCAAAATTATGTAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGAATTTCATTGAGAGCAATTAGATTTGAGTCAAAATTATGTAATT  350

seq1  CATTAATGAGTTAGCACTAAAGACATTAAAAGTAGTGTTAAATAAGAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAATGAGTTAGCACTAAAGACATTAAAAGTAGTGTTAAATAAGAATG  400

seq1  CTAAAATTTGTTTAAAATACAGCATCAGTTGCTACATAAAGGGTAGGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAATTTGTTTAAAATACAGCATCAGTTGCTACATAAAGGGTAGGAGA  450

seq1  AGTGCTTGAGGAACATAGGGCTATAAAAGTTGTTCATCTTGCATTCTATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTTGAGGAACATAGGGCTATAAAAGTTGTTCATCTTGCATTCTATT  500

seq1  GCCATGTCTATTTAAAACATCCAACTGAAAATGAGTACTAAGAAAAGATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGTCTATTTAAAACATCCAACTGAAAATGAGTACTAAGAAAAGATC  550

seq1  TCTGTTTTAAGAAAAGAAACAATGTGTTCCATTGGAATAAGTTATCAGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTTAAGAAAAGAAACAATGTGTTCCATTGGAATAAGTTATCAGAC  600

seq1  ACCAATTTGGAATTC  615
      |||||||||||||||
seq2  ACCAATTTGGAATTC  615


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |