BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-325B10
Chromosome19 (Build37)
Map Location 58,766,632 - 58,926,341
singlet/doubletdoublet
Overlap genePnliprp1, Pnliprp2, 1700019N19Rik, Hspa12a
Upstream geneAtrnl1, Gfra1, LOC100043503, 1700011F14Rik, Pnlip
Downstream gene6430537H07Rik, 4930506M07Rik, LOC668626, Vax1, LOC668627, Kcnk18, Slc18a2, Pdzd8, LOC100034727, LOC100043073, Emx2os, Emx2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-325B10.bB6Ng01-325B10.g
ACCGA113238GA113239
length4631,037
definitionB6Ng01-325B10.b B6Ng01-325B10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,925,873 - 58,926,341)(58,766,632 - 58,767,668)
sequence
ctttgttcatacaaagccataaatccatgcgttctggaaattaggacttg
atacactgaagagttaggcccttactgtgtctgcctgagccagagaggta
gaggtctccatggactggggattgttagctagaaggtcttctgtctccct
tgaggtctgtttgttggagaaagttccttcttagtgtcttacctttggtt
tgacttcatcttggtaggttcctcagagacagtgccctcttcaggctggg
tcagccccctttcagaggcccatgctaaataaaaatctaaataaagattt
atggactcccagatagggaaaactatcaaagtatcaaggagctagtgaaa
catctacaaagatgtctcaatttcctcaggcagtctctaatgggttaaag
caactgtgtctgttttgctagccaggttgtgggcaggtgcctggggcggg
aggggggaggcgg
gcacagcgtccagctgcacagatagatgactacatgtggacatctgaagt
gtgttgaaagaaaacacacactagagagactattactgtatgcatgtgga
ggagcccaagagtgtaaagtaagctcctgaacttgatccccatgatcaaa
tcagctaaaatcaaacctgtcaaagaatgagccaggcacagaatctatac
attttaaccatgcagaaaattaggtccatccccttctctgagagcgtggg
cccccctccaggtacacatccccaccaccaccaccccatcaagtctctga
cagattaggtgcatactctcccatgggacagacaaggcagcccagttggg
gaacagatactacaatcaggtgatagctatagggatagccccctctccag
tttgaacagtagaattaggatgctgttaacattagccacaaggtgcccta
aaaaatcccttagactatgtgaagatctaggcgttgctagattgatgcca
cagaggcttattgggtttctgtggtggaataattgatctcccttttcttt
cttttctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctccctc
cctccctccctgtctctccctcccttccattcttccttcttcttcctctt
cttcttcttcttcttcttctccacctcctccttcttcctctccctctccc
tttccttctccttctcctcctcttcttctccctctcctcctcctccatca
tcgtcatcataatcatcaatctatatagactactatgcaaccttagttct
taattttcagtaccatatactcactgtatgtatatagcgacatttcataa
agatacatttgtaggtaaatttgaatgcaatgggtccaaaaccaaaataa
tttttcagctatctaagtggttgttctgaataggtggtttattgctttgc
tctgtgcatgatgagaatctttattattcatagctaccacggattacctt
cgagatctatgaccatactgcttaaccacctgatgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_58925873_58926341
seq2: B6Ng01-325B10.b_47_515 (reverse)

seq1  CCGCCTCCCCCCTCCCGCCCCAGGCACCTGCCCACAACCTGGCTAGCAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCCTCCCCCCTCCCGCCCCAGGCACCTGCCCACAACCTGGCTAGCAAA  50

seq1  ACAGACACAGTTGCTTTAACCCATTAGAGACTGCCTGAGGAAATTGAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACACAGTTGCTTTAACCCATTAGAGACTGCCTGAGGAAATTGAGAC  100

seq1  ATCTTTGTAGATGTTTCACTAGCTCCTTGATACTTTGATAGTTTTCCCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGTAGATGTTTCACTAGCTCCTTGATACTTTGATAGTTTTCCCTA  150

seq1  TCTGGGAGTCCATAAATCTTTATTTAGATTTTTATTTAGCATGGGCCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGAGTCCATAAATCTTTATTTAGATTTTTATTTAGCATGGGCCTCT  200

seq1  GAAAGGGGGCTGACCCAGCCTGAAGAGGGCACTGTCTCTGAGGAACCTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGGGCTGACCCAGCCTGAAGAGGGCACTGTCTCTGAGGAACCTAC  250

seq1  CAAGATGAAGTCAAACCAAAGGTAAGACACTAAGAAGGAACTTTCTCCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATGAAGTCAAACCAAAGGTAAGACACTAAGAAGGAACTTTCTCCAA  300

seq1  CAAACAGACCTCAAGGGAGACAGAAGACCTTCTAGCTAACAATCCCCAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAGACCTCAAGGGAGACAGAAGACCTTCTAGCTAACAATCCCCAGT  350

seq1  CCATGGAGACCTCTACCTCTCTGGCTCAGGCAGACACAGTAAGGGCCTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGAGACCTCTACCTCTCTGGCTCAGGCAGACACAGTAAGGGCCTAA  400

seq1  CTCTTCAGTGTATCAAGTCCTAATTTCCAGAACGCATGGATTTATGGCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCAGTGTATCAAGTCCTAATTTCCAGAACGCATGGATTTATGGCTT  450

seq1  TGTATGAACAAAGGAATTC  469
      |||||||||||||||||||
seq2  TGTATGAACAAAGGAATTC  469

seq1: chr19_58766632_58767668
seq2: B6Ng01-325B10.g_79_1115

seq1  GCACAGCGTCCAGCTGCACAGATAGATGACTACATGTGGACATCTGAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGCGTCCAGCTGCACAGATAGATGACTACATGTGGACATCTGAAGT  50

seq1  GTGTTGAAAGAAAACACACACTAGAGAGACTATTACTGTATGCATGTGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGAAAGAAAACACACACTAGAGAGACTATTACTGTATGCATGTGGA  100

seq1  GGAGCCCAAGAGTGTAAAGTAAGCTCCTGAACTTGATCCCCATGATCAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCCAAGAGTGTAAAGTAAGCTCCTGAACTTGATCCCCATGATCAAA  150

seq1  TCAGCTAAAATCAAACCTGTCAAAGAATGAGCCAGGCACAGAATCTATAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTAAAATCAAACCTGTCAAAGAATGAGCCAGGCACAGAATCTATAC  200

seq1  ATTTTAACCATGCAGAAAATTAGGTCCATCCCCTTCTCTGAGAGCGTGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAACCATGCAGAAAATTAGGTCCATCCCCTTCTCTGAGAGCGTGGG  250

seq1  CCCCCCTCCAGGTACACATCCCCACCACCACCACCCCATCAAGTCTCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCTCCAGGTACACATCCCCACCACCACCACCCCATCAAGTCTCTGA  300

seq1  CAGATTAGGTGCATACTCTCCCATGGGACAGACAAGGCAGCCCAGTTGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTAGGTGCATACTCTCCCATGGGACAGACAAGGCAGCCCAGTTGGG  350

seq1  GAACAGATACTACAATCAGGTGATAGCTATAGGGATAGCCCCCTCTCCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGATACTACAATCAGGTGATAGCTATAGGGATAGCCCCCTCTCCAG  400

seq1  TTTGAACAGTAGAATTAGGATGCTGTTAACATTAGCCACAAGGTGCCCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAACAGTAGAATTAGGATGCTGTTAACATTAGCCACAAGGTGCCCTA  450

seq1  AAAAATCCCTTAGACTATGTGAAGATCTAGGCGTTGCTAGATTGATGCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATCCCTTAGACTATGTGAAGATCTAGGCGTTGCTAGATTGATGCCA  500

seq1  CAGAGGCTTATTGGGTTTCTGTGGTGGAATAATTGATCTCCCTTTTCTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCTTATTGGGTTTCTGTGGTGGAATAATTGATCTCCCTTTTCTTT  550

seq1  CTTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTC  600

seq1  CCTCCCTCCCTGTCTCTCCCTCCCTTCCATTCTTCCTTCTTCTTCCTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTCCCTGTCTCTCCCTCCCTTCCATTCTTCCTTCTTCTTCCTCTT  650

seq1  CTTCTTCTTCTTCTTCTTCTCCACCTCCTCCTTCTTCCTCTCCCTCTCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCTTCTTCTTCTTCTCCACCTCCTCCTTCTTCCTCTCCCTCTCCC  700

seq1  TTTCCTTCTCCTTCTCCTCCTCTTCTTCTCCCTCTCCTCCTCCTCCATCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTCTCCTTCTCCTCCTCTTCTTCTCCCTCTCCTCCTCCTCCATCA  750

seq1  TCGTCATCATAATCATCAATCTATATAGACTACTATGCAACCTTAGTTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTCATCATAATCATCAATCTATATAGACTACTATGCAACCTTAGTTCT  800

seq1  TAA-TTTCAGTACCATATACTCACTGTATGTATATAGCGACATTTCATAA  849
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTCAGTACCATATACTCACTGTATGTATATAGCGACATTTCATAA  850

seq1  AGATACATTTGTAGGTAAATTTGAATGCAATGGGTCCAAAACCAAAATAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACATTTGTAGGTAAATTTGAATGCAATGGGTCCAAAACCAAAATAA  900

seq1  -TTTTCAGCTATCTAAGT-GTTGTTCTGAATAGGTGGTTTATTGCTTTGC  947
       ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCAGCTATCTAAGTGGTTGTTCTGAATAGGTGGTTTATTGCTTTGC  950

seq1  TCTGTGCATGAGTGAGAATCTTTATTA-TCAAAGCTACCACGGGATTACC  996
      ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||
seq2  TCTGTGCATGA-TGAGAATCTTTATTATTCATAGCTACCAC-GGATTACC  998

seq1  TTCGAGATCTATGACCATACTGCTTTAACCACCTTGATGCT  1037
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
seq2  TTCGAGATCTATGACCATACTGC-TTAACCACC-TGATGCT  1037