BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-326C24
Chromosome19 (Build37)
Map Location 17,621,051 - 17,773,513
singlet/doubletdoublet
Overlap genePcsk5
Upstream geneGna14, Vps13a, Foxb2, A230083H22Rik, Gcnt1, Rfk
Downstream geneEef1a1-ps1, LOC383440, Ostf1, LOC666712, BC016495, LOC100042193, 2410127L17Rik, LOC100042184
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-326C24.bB6Ng01-326C24.g
ACCGA114058GA114059
length1,1361,115
definitionB6Ng01-326C24.b B6Ng01-326C24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,772,366 - 17,773,513)(17,621,051 - 17,622,171)
sequence
gaattcctatctggacacatttcccctctgtcttcagtgtatctgtcact
ttcgtactgctgtaacagaataccagaattaaacaaattaggtggaggaa
agatccatttggactgatagccctaaattttcaatccatggttgctaggc
ctgttgtgttaggcctgagccaaagcactatttggtggcacaattgtgtg
atagaggaggtctactcacctcatgagggccaggaagcaaaatgagcgag
attccaatatctttttcaatagcatacctctcatcacctaactcccttcc
aatagtctctacctggtaaatgtgcattacccacactagtgcccaaggcc
aatgggccatccttcgatacacagcctgtaggggcacttaagatcccaag
agccacttcctagttatttcctagttctataggtgtatggaacatcttca
gggtcattttagcttctctgcctatgctctcttacattgcactctacttt
taactagttgcccttgtcttatctattaaaatatagtattgtagtatgtt
tctttcatactgtagaccagtaaatagtagtcacttgattcacttgcgaa
attcttgttcttgtatgcttacgtgcacctgaacatgctactagcttagt
atgtgctgccattactactaacttaatttagttagatcatttacttgagt
accatggttgggcattcctgctaatgagtggaatcattgcctgctccatt
ttcacttctggagaagataagagaataaagaaagacaataaaaatatgag
gcctttacatttagtagtaaaaatctgaaacctatgacagaagtaagttt
cacatgatcatcagtttagccttgttctagtattttgagtattgtgctaa
gataccttaactgcctttttttggttgttttgtgtgtgtgttcatcttaa
acagttgtaaaccaataaaagttattaacagaaaaaccattccctgtcta
ttaagtactatacttatatggattacccctagtttgagtagagctatcca
ccttgatagccattgttctccaatttctcagtcctagatagaatcaatag
catgttcaggcagctgaatctgtgaatttgtggtgc
gaattcaagcaatgcatctctagaagctggagaagggaaggtacaggtca
ctttagggtcgcatgggaggtgagcctgctaacatcttgctttgacctag
tgagacccaaggactgacctccaggactggagaatacatatgtattgtat
taaaggtaccaagttgtggtcatttgttgcagcagctgtaggaaactcat
acagcaaagctgcatgtgtgattggtcatctgtgatagatagacatgcct
ttcttactcaggagctctgcctactatgaactgtggggcttgggacgggt
aacttaatttcttatggtcaggtcacaaagctacgtgagcagcatcctgc
aggagaaatgttggtttatatctgctttttctgtaaggaggtcaagtgag
cacctggatattcacttagcattgcctgtaggcaggtcatctctggaggg
aggcattggctctacagtgcttactactcaagggttgccatggcagcccc
gacagggacacacttacagtttcctgttatggtttgtgtctgaaatttta
aaatcctggctgttgcctggtgggttttggaaaagtgtttccatcttgag
gagtctgacttcatcagcggatgaacttcatcagtagatcagtgcatgtg
gtgatgatattaggacatggtagaaagtagggtgcagggcctcattggaa
gaagtagcttgcagctaaagataccacttgccccagctaattcctagttc
tctctgcttcctggacactgtgagttaggcagcctctgtagcatgatcct
gccatgcctactgcctcagtcacacagcaacggatctagctgattttgga
ttgaagtcttgggccaaaataagttcctcctttaattgtaagcatcatat
tgggagacagtagtaggggaaaggaaccttgtggatgctttgtgttcatt
ggggtgtcagcatggtgtgtcatgttgtttcccttctaaaacacagaaaa
gctgagactagaagataagtgactgaatgaaagatgcatgtagtgactgg
agctggaactactcagtctcttgaggctactagtaaggactgttatttaa
atcttcatgttggtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_17772366_17773513
seq2: B6Ng01-326C24.b_46_1181 (reverse)

seq1  GCACCACAGATATCACAGA-TCAGCTGCCTGACCATGCTAATATGATACT  49
      |||||||| || ||||||| |||||||||||| |||||||   |||| ||
seq2  GCACCACAAAT-TCACAGATTCAGCTGCCTGAACATGCTA--TTGATTCT  47

seq1  ATCTAGGAACCTGAAGAAAATGGAGAACAATGGCTATCAAGGGTGGATAG  99
      ||||||||  ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATCTAGGA--CTG-AGAAATTGGAGAACAATGGCTATCAA-GGTGGATAG  93

seq1  CTTCTTAACTCAAACTAGGGGTAATCCATATAAGTAATAAGTACTTAATA  149
      | |||  |||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||
seq2  C-TCT--ACTCAAACTAGGGGTAATCCATATAAGTA--TAGTACTTAATA  138

seq1  GACAGGGAATGGTTTTTCTGTTAATAAACTTTTATTGGTTTACAACTGTT  199
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGGAATGGTTTTTCTGTTAAT-AACTTTTATTGGTTTACAACTGTT  187

seq1  TAAGATGAACACACACACAAAACAACCAAAAAAAGGCAGTTAAGGTATCT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATGAACACACACACAAAACAACCAAAAAAAGGCAGTTAAGGTATCT  237

seq1  TAGCACAATACTCAAAATACTAGAACAAGGCTAAACTGATGATCATGTGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACAATACTCAAAATACTAGAACAAGGCTAAACTGATGATCATGTGA  287

seq1  AACTTACTTCTGTCATAGGTTTCAGATTTTTACTACTAAATGTAAAGGCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTACTTCTGTCATAGGTTTCAGATTTTTACTACTAAATGTAAAGGCC  337

seq1  TCATATTTTTATTGTCTTTCTTTATTCTCTTATCTTCTCCAGAAGTGAAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATTTTTATTGTCTTTCTTTATTCTCTTATCTTCTCCAGAAGTGAAA  387

seq1  ATGGAGCAGGCAATGATTCCACTCATTAGCAGGAATGCCCAACCATGGTA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGCAGGCAATGATTCCACTCATTAGCAGGAATGCCCAACCATGGTA  437

seq1  CTCAAGTAAATGATCTAACTAAATTAAGTTAGTAGTAATGGCAGCACATA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGTAAATGATCTAACTAAATTAAGTTAGTAGTAATGGCAGCACATA  487

seq1  CTAAGCTAGTAGCATGTTCAGGTGCACGTAAGCATACAAGAACAAGAATT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCTAGTAGCATGTTCAGGTGCACGTAAGCATACAAGAACAAGAATT  537

seq1  TCGCAAGTGAATCAAGTGACTACTATTTACTGGTCTACAGTATGAAAGAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCAAGTGAATCAAGTGACTACTATTTACTGGTCTACAGTATGAAAGAA  587

seq1  ACATACTACAATACTATATTTTAATAGATAAGACAAGGGCAACTAGTTAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACTACAATACTATATTTTAATAGATAAGACAAGGGCAACTAGTTAA  637

seq1  AAGTAGAGTGCAATGTAAGAGAGCATAGGCAGAGAAGCTAAAATGACCCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGAGTGCAATGTAAGAGAGCATAGGCAGAGAAGCTAAAATGACCCT  687

seq1  GAAGATGTTCCATACACCTATAGAACTAGGAAATAACTAGGAAGTGGCTC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATGTTCCATACACCTATAGAACTAGGAAATAACTAGGAAGTGGCTC  737

seq1  TTGGGATCTTAAGTGCCCCTACAGGCTGTGTATCGAAGGATGGCCCATTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGATCTTAAGTGCCCCTACAGGCTGTGTATCGAAGGATGGCCCATTG  787

seq1  GCCTTGGGCACTAGTGTGGGTAATGCACATTTACCAGGTAGAGACTATTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGGGCACTAGTGTGGGTAATGCACATTTACCAGGTAGAGACTATTG  837

seq1  GAAGGGAGTTAGGTGATGAGAGGTATGCTATTGAAAAAGATATTGGAATC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGAGTTAGGTGATGAGAGGTATGCTATTGAAAAAGATATTGGAATC  887

seq1  TCGCTCATTTTGCTTCCTGGCCCTCATGAGGTGAGTAGACCTCCTCTATC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCTCATTTTGCTTCCTGGCCCTCATGAGGTGAGTAGACCTCCTCTATC  937

seq1  ACACAATTGTGCCACCAAATAGTGCTTTGGCTCAGGCCTAACACAACAGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAATTGTGCCACCAAATAGTGCTTTGGCTCAGGCCTAACACAACAGG  987

seq1  CCTAGCAACCATGGATTGAAAATTTAGGGCTATCAGTCCAAATGGATCTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCAACCATGGATTGAAAATTTAGGGCTATCAGTCCAAATGGATCTT  1037

seq1  TCCTCCACCTAATTTGTTTAATTCTGGTATTCTGTTACAGCAGTACGAAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCACCTAATTTGTTTAATTCTGGTATTCTGTTACAGCAGTACGAAA  1087

seq1  GTGACAGATACACTGAAGACAGAGGGGAAATGTGTCCAGATAGGAATTC  1148
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAGATACACTGAAGACAGAGGGGAAATGTGTCCAGATAGGAATTC  1136

seq1: chr19_17621051_17622171
seq2: B6Ng01-326C24.g_62_1176

seq1  GAATTCAAGCAATGCATCTCTAGAAGCTGGAGAAGGGAAGGTACAGGTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGCAATGCATCTCTAGAAGCTGGAGAAGGGAAGGTACAGGTCA  50

seq1  CTTTAGGGTCGCATGGGAGGTGAGCCTGCTAACATCTTGCTTTGACCTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGGGTCGCATGGGAGGTGAGCCTGCTAACATCTTGCTTTGACCTAG  100

seq1  TGAGACCCAAGGACTGACCTCCAGGACTGGAGAATACATATGTATTGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACCCAAGGACTGACCTCCAGGACTGGAGAATACATATGTATTGTAT  150

seq1  TAAAGGTACCAAGTTGTGGTCATTTGTTGCAGCAGCTGTAGGAAACTCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGTACCAAGTTGTGGTCATTTGTTGCAGCAGCTGTAGGAAACTCAT  200

seq1  ACAGCAAAGCTGCATGTGTGATTGGTCATCTGTGATAGATAGACATGCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAAAGCTGCATGTGTGATTGGTCATCTGTGATAGATAGACATGCCT  250

seq1  TTCTTACTCAGGAGCTCTGCCTACTATGAACTGTGGGGCTTGGGACGGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTACTCAGGAGCTCTGCCTACTATGAACTGTGGGGCTTGGGACGGGT  300

seq1  AACTTAATTTCTTATGGTCAGGTCACAAAGCTACGTGAGCAGCATCCTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTAATTTCTTATGGTCAGGTCACAAAGCTACGTGAGCAGCATCCTGC  350

seq1  AGGAGAAATGTTGGTTTATATCTGCTTTTTCTGTAAGGAGGTCAAGTGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAAATGTTGGTTTATATCTGCTTTTTCTGTAAGGAGGTCAAGTGAG  400

seq1  CACCTGGATATTCACTTAGCATTGCCTGTAGGCAGGTCATCTCTGGAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGGATATTCACTTAGCATTGCCTGTAGGCAGGTCATCTCTGGAGGG  450

seq1  AGGCATTGGCTCTACAGTGCTTACTACTCAAGGGTTGCCATGGCAGCCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATTGGCTCTACAGTGCTTACTACTCAAGGGTTGCCATGGCAGCCCC  500

seq1  GACAGGGACACACTTACAGTTTCCTGTTATGGTTTGTGTCTGAAATTTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGGACACACTTACAGTTTCCTGTTATGGTTTGTGTCTGAAATTTTA  550

seq1  AAATCCTGGCTGTTGCCTGGTGGGTTTTGGAAAAGTGTTTCCATCTTGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCTGGCTGTTGCCTGGTGGGTTTTGGAAAAGTGTTTCCATCTTGAG  600

seq1  GAGTCTGACTTCATCAGCGGATGAACTTCATCAGTAGATCAGTGCATGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTGACTTCATCAGCGGATGAACTTCATCAGTAGATCAGTGCATGTG  650

seq1  GTGATGATATTAGGACATGGTAGAAAGTAGGGTGCAGGGCCTCATTGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGATATTAGGACATGGTAGAAAGTAGGGTGCAGGGCCTCATTGGAA  700

seq1  GAAGTAGCTTGCAGCTAAAGATACCACTTGCCCCAGCTAATTCCTAGTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTAGCTTGCAGCTAAAGATACCACTTGCCCCAGCTAATTCCTAGTTC  750

seq1  TCTCTGCTTCCTGGACACTGTGAGTTAGGCAGCCTCTGTAGCATGATCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCTTCCTGGACACTGTGAGTTAGGCAGCCTCTGTAGCATGATCCT  800

seq1  GCCATGCCTACTGCCTCAGTCACACAGCAACGGATCTAGCTGATTTTGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGCCTACTGCCTCAGTCACACAGCAACGGATCTAGCTGATTTTGGA  850

seq1  TTGAAGTCTTGGGCCAAAATAAGTTCCTCC-TTAATTGTAAGCATCATAT  899
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGTCTTGGGCCAAAATAAGTTCCTCCTTTAATTGTAAGCATCATAT  900

seq1  TGGGAGACAGTAGTAGGGGAAAGGAACCTTGTGGATGCTTTGTGTTTCAT  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGGGAGACAGTAGTAGGGGAAAGGAACCTTGTGGATGCTTTGTG-TTCAT  949

seq1  TGGGGTGTCAGCAATGGTGTGTCATTGTTGTTTCCCTTCTAAACACA-AG  998
      |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||
seq2  TGGGGTGTCAGC-ATGGTGTGTCA-TGTTGTTTCCCTTCTAAA-ACACAG  996

seq1  AAAAGCTGAGGACTAGAAAGATTAAGTGACTG-ATGAAAGATGCATGGTT  1047
      ||||||||| |||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||  |
seq2  AAAAGCTGA-GACTAG-AAGA-TAAGTGACTGAATGAAAGATGCATG--T  1041

seq1  AGTGACT-GAGCTGGGACTTAACCTCAGTCTC-TGAGGCTAACTAGT-AG  1094
      ||||||| ||||||| |||    ||||||||| ||||||| |||||| ||
seq2  AGTGACTGGAGCTGGAACT---ACTCAGTCTCTTGAGGCT-ACTAGTAAG  1087

seq1  GTCTGTTATTT-AATCCTCATGTTGGTG  1121
      | ||||||||| |||| |||||||||||
seq2  GACTGTTATTTAAATCTTCATGTTGGTG  1115