BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-344A06
Chromosome19 (Build37)
Map Location 16,368,832 - 16,499,552
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGnaq
Upstream genePomc-ps1, LOC667482, Psat1, LOC100041424, Cep78, LOC100042048, E030024N20Rik, LOC624438
Downstream geneGna14, LOC666665, Vps13a, Foxb2, A230083H22Rik, Gcnt1, Rfk
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-344A06.bB6Ng01-344A06.g
ACCGA126628GA126629
length1,1611,159
definitionB6Ng01-344A06.b B6Ng01-344A06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,498,379 - 16,499,552)(16,368,832 - 16,369,993)
sequence
gaattcttaagggaccaaccttgcttacctctagtcatatagtttaattg
gcccaggatagcctaaatattaaagtttgtccaacatttaagttattaat
aaatttttgtaacttcagattacagtgtgcaatttacattggcagccagt
tcttttgggatcacactcttgtttgacagttatccgggggctagtgccta
taaaaggaacagtggaacagaataacacaaagtagacaggtattaaatat
aaacatttcagcagattccatggagaaaagacatcatggcccagcgtcag
ctgagaggaccacacggagaccatcgagggcaggtggccatcttggacta
agcctcatcttgccctctctctcttcctggtgttgaaacttagacaaaag
caaagacataaaatactatgacttgactgaggaagctgtaaatggcgagt
tgactctgtattaacttgtattaaccattcagtccaggtaagaaaccagc
tacatatattatatgtctaagaatattggcctacaaacatcaagccccat
gtgaattctcgaaaacaatgtgtgactggcaaacagaatcacatcctgtc
ctataagaaggagggtttggtagtggcccacttcccagctaactttggca
atatctggaaatatttttggttgtcaaaactcaaggagaggggttaaaat
acctagtgaatagaggccaggatatctaagcatgcatttcatgggacagc
ttccacccaagacaaattcatacacagagaccccagcctaatatcactac
tgagcaaactagagaaaaatcagtctagattcttaagagaaaagcaaagg
aagaaaatgcaagatttatctatattaaagttagctaccaccaagggcag
gcacagcggaggcagtgagcataaggaatagttgggcaacctaggactct
acttgtcttggctgtgcatgcctcttctctataatgcatttgggatctgg
ctgtttactgcatgtactatgtacacacacacacacacacacacacacaa
cacacacacttttcgaaacaatacacctaacaacttggacttcactgcaa
tgggctcaggtacacctccctataacatgaaaataagactctcctgcaat
aaagtgatcaa
gaattctccatgtagatcacactggccttgaactcacagagatcctcctg
cttcaggctcagggaggtacacatcacctcaccaaactgaagtaaagaat
cttgaaccagagttaatttgggaatcaactatcaaattatttgtcctctc
tcttgcatgcttgcccaagattttgtccacccagtagcccatgccttctg
gataaagttgaacagtgtcattgatttgccaagaacagaaattgttacat
tagctactgtcattaggtgtcccaaagcctatgtgtgaaaggctaagcct
ccaggatagtagtaggagacagtggatctctaggaggtggaacaaagggg
actgtgggatttctgacccttcctgttctttcttaggctgcccagtaatg
gtttctgggatttgatctgccatctacttgtgccaagatatcttgttctg
tcacaggctcatagtaagggggcagtctacgatgggctctctcaaaccct
gagaggcaaaattaaaaattattgcttttctcaagaaatttgctgtagtg
aaaagaatcttactaacacagcaacccttctgtgctaatgaaggattatg
tgaattaaagctctatattacgataaaaatgatcagtcaagcctgacttc
tacttatgattaacacatggctcaaaaagagctgttattatttgtgagct
gccctagaagctagtgaaatactgctgatcatcagggctcctgtgaggaa
aaggtggatagccctagagctagaaatgacagctttgcagcaggaaaagg
aaagagcagtgcgcaacccctgtgcatcttgggaaaggaagggagcactg
ttttgcttgtgtccagcttgggagaaggtgcactgtaatttcagtacagg
tctcttacttttatttttaaaatttagatgagcatacacagtaatgattt
ttgctctctgttttcatacatgcattcgtcgccctccaacatccctccca
actgtgcctgttcccctctgcctgtttcccattcttttgctgtctagcgc
atgtgtaatacccttctgtttgcttgtattctaaggtgtttccacccttc
tgtgatcccttctcttgaattcaatgatgtatataatgtattaatgggtt
ccatttgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_16498379_16499552
seq2: B6Ng01-344A06.b_47_1207 (reverse)

seq1  TTGATCACTTTTATGCAGGGAGAGTCTTATTTCATTGGTTTTATAGGGAG  50
      |||||||||||  |||| |||||||||||||   ||  | ||||||||||
seq2  TTGATCACTTTATTGCA-GGAGAGTCTTATT---TTCATGTTATAGGGAG  46

seq1  GTGTACTTGAAGCCCATTGCAGGTGAAGTCCAAGGTTGTTAGGTGTATTG  100
      |||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GTGTACCTG-AGCCCATTGCA-GTGAAGTCCAA-GTTGTTAGGTGTATTG  93

seq1  TTTGGAAAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACA  150
      ||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGAAAAGTGTGTGTGT-TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACA  142

seq1  TAGTACATGCAGGTAAAACAGCCAGATTCCCAAATGCATTATAGAAGAAG  200
      ||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
seq2  TAGTACATGCAG--TAAACAGCCAGA-TCCCAAATGCATTATAG-AGAAG  188

seq1  AGGCATGCACAGCCCAAGACAAGTAGAGTCCTAGGTTGCCCAACTATTCC  250
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATGCACAG-CCAAGACAAGTAGAGTCCTAGGTTGCCCAACTATTCC  237

seq1  TTATGCTCACTGCCTCCGCTGTGCCTGCCCTTGGTGGTAGCTAACTTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCTCACTGCCTCCGCTGTGCCTGCCCTTGGTGGTAGCTAACTTTAA  287

seq1  TATAGATAAATCTTGCATTTTCTTCCTTTGCTTTTCTCTTAAGAATCTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGATAAATCTTGCATTTTCTTCCTTTGCTTTTCTCTTAAGAATCTAG  337

seq1  ACTGATTTTTCTCTAGTTTGCTCAGTAGTGATATTAGGCTGGGGTCTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATTTTTCTCTAGTTTGCTCAGTAGTGATATTAGGCTGGGGTCTCTG  387

seq1  TGTATGAATTTGTCTTGGGTGGAAGCTGTCCCATGAAATGCATGCTTAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGAATTTGTCTTGGGTGGAAGCTGTCCCATGAAATGCATGCTTAGA  437

seq1  TATCCTGGCCTCTATTCACTAGGTATTTTAACCCCTCTCCTTGAGTTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTGGCCTCTATTCACTAGGTATTTTAACCCCTCTCCTTGAGTTTTG  487

seq1  ACAACCAAAAATATTTCCAGATATTGCCAAAGTTAGCTGGGAAGTGGGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCAAAAATATTTCCAGATATTGCCAAAGTTAGCTGGGAAGTGGGCC  537

seq1  ACTACCAAACCCTCCTTCTTATAGGACAGGATGTGATTCTGTTTGCCAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACCAAACCCTCCTTCTTATAGGACAGGATGTGATTCTGTTTGCCAGT  587

seq1  CACACATTGTTTTCGAGAATTCACATGGGGCTTGATGTTTGTAGGCCAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATTGTTTTCGAGAATTCACATGGGGCTTGATGTTTGTAGGCCAAT  637

seq1  ATTCTTAGACATATAATATATGTAGCTGGTTTCTTACCTGGACTGAATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTAGACATATAATATATGTAGCTGGTTTCTTACCTGGACTGAATGG  687

seq1  TTAATACAAGTTAATACAGAGTCAACTCGCCATTTACAGCTTCCTCAGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATACAAGTTAATACAGAGTCAACTCGCCATTTACAGCTTCCTCAGTC  737

seq1  AAGTCATAGTATTTTATGTCTTTGCTTTTGTCTAAGTTTCAACACCAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCATAGTATTTTATGTCTTTGCTTTTGTCTAAGTTTCAACACCAGGA  787

seq1  AGAGAGAGAGGGCAAGATGAGGCTTAGTCCAAGATGGCCACCTGCCCTCG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGGGCAAGATGAGGCTTAGTCCAAGATGGCCACCTGCCCTCG  837

seq1  ATGGTCTCCGTGTGGTCCTCTCAGCTGACGCTGGGCCATGATGTCTTTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCTCCGTGTGGTCCTCTCAGCTGACGCTGGGCCATGATGTCTTTTC  887

seq1  TCCATGGAATCTGCTGAAATGTTTATATTTAATACCTGTCTACTTTGTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGGAATCTGCTGAAATGTTTATATTTAATACCTGTCTACTTTGTGT  937

seq1  TATTCTGTTCCACTGTTCCTTTTATAGGCACTAGCCCCCGGATAACTGTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTGTTCCACTGTTCCTTTTATAGGCACTAGCCCCCGGATAACTGTC  987

seq1  AAACAAGAGTGTGATCCCAAAAGAACTGGCTGCCAATGTAAATTGCACAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAGAGTGTGATCCCAAAAGAACTGGCTGCCAATGTAAATTGCACAC  1037

seq1  TGTAATCTGAAGTTACAAAAATTTATTAATAACTTAAATGTTGGACAAAC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATCTGAAGTTACAAAAATTTATTAATAACTTAAATGTTGGACAAAC  1087

seq1  TTTAATATTTAGGCTATCCTGGGCCAATTAAACTATATGACTAGAGGTAA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATATTTAGGCTATCCTGGGCCAATTAAACTATATGACTAGAGGTAA  1137

seq1  GCAAGGTTGGTCCCTTAAGAATTC  1174
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGTTGGTCCCTTAAGAATTC  1161

seq1: chr19_16368832_16369993
seq2: B6Ng01-344A06.g_65_1223

seq1  GAATTCTCCATGTAGATCACACTGGCCTTGAACTCACAGAGATCCTCCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCATGTAGATCACACTGGCCTTGAACTCACAGAGATCCTCCTG  50

seq1  CTTCAGGCTCAGGGAGGTACACATCACCTCACCAAACTGAAGTAAAGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGGCTCAGGGAGGTACACATCACCTCACCAAACTGAAGTAAAGAAT  100

seq1  CTTGAACCAGAGTTAATTTGGGAATCAACTATCAAATTATTTGTCCTCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAACCAGAGTTAATTTGGGAATCAACTATCAAATTATTTGTCCTCTC  150

seq1  TCTTGCATGCTTGCCCAAGATTTTGTCCACCCAGTAGCCCATGCCTTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCATGCTTGCCCAAGATTTTGTCCACCCAGTAGCCCATGCCTTCTG  200

seq1  GATAAAGTTGAACAGTGTCATTGATTTGCCAAGAACAGAAATTGTTACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAGTTGAACAGTGTCATTGATTTGCCAAGAACAGAAATTGTTACAT  250

seq1  TAGCTACTGTCATTAGGTGTCCCAAAGCCTATGTGTGAAAGGCTAAGCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTACTGTCATTAGGTGTCCCAAAGCCTATGTGTGAAAGGCTAAGCCT  300

seq1  CCAGGATAGTAGTAGGAGACAGTGGATCTCTAGGAGGTGGAACAAAGGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGATAGTAGTAGGAGACAGTGGATCTCTAGGAGGTGGAACAAAGGGG  350

seq1  ACTGTGGGATTTCTGACCCTTCCTGTTCTTTCTTAGGCTGCCCAGTAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGGGATTTCTGACCCTTCCTGTTCTTTCTTAGGCTGCCCAGTAATG  400

seq1  GTTTCTGGGATTTGATCTGCCATCTACTTGTGCCAAGATATCTTGTTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGGGATTTGATCTGCCATCTACTTGTGCCAAGATATCTTGTTCTG  450

seq1  TCACAGGCTCATAGTAAGGGGGCAGTCTACGATGGGCTCTCTCAAACCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGGCTCATAGTAAGGGGGCAGTCTACGATGGGCTCTCTCAAACCCT  500

seq1  GAGAGGCAAAATTAAAAATTATTGCTTTTCTCAAGAAATTTGCTGTAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGCAAAATTAAAAATTATTGCTTTTCTCAAGAAATTTGCTGTAGTG  550

seq1  AAAAGAATCTTACTAACACAGCAACCCTTCTGTGCTAATGAAGGATTATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAATCTTACTAACACAGCAACCCTTCTGTGCTAATGAAGGATTATG  600

seq1  TGAATTAAAGCTCTATATTACGATAAAAATGATCAGTCAAGCCTGACTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTAAAGCTCTATATTACGATAAAAATGATCAGTCAAGCCTGACTTC  650

seq1  TACTTATGATTAACACATGGCTCAAAAAGAGCTGTTATTATTTGTGAGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTATGATTAACACATGGCTCAAAAAGAGCTGTTATTATTTGTGAGCT  700

seq1  GCCCTAGAAGCTAGTGAAATACTGCTGATCATCAGGGCTCCTGTGAGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTAGAAGCTAGTGAAATACTGCTGATCATCAGGGCTCCTGTGAGGAA  750

seq1  AAGGTGGATAGCCCTAGAGCTAGAAATGACAGCTTTGCAGCAGGAAAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGGATAGCCCTAGAGCTAGAAATGACAGCTTTGCAGCAGGAAAAGG  800

seq1  AAAGAGCAGTGCGCAACCCCTGTGCATCTTGGGAAAGGAAGGGAGCACTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGCAGTGCGCAACCCCTGTGCATCTTGGGAAAGGAAGGGAGCACTG  850

seq1  TTTTGCTTGTGTCCAGCTTGGGAGAAGGTGCACTGTAATTTCAGTACAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTTGTGTCCAGCTTGGGAGAAGGTGCACTGTAATTTCAGTACAGG  900

seq1  TCTCTTACTTTTATTTTTAAAAATTTAGATGAGCATACACAGTAATGATT  950
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTACTTTTATTTTT-AAAATTTAGATGAGCATACACAGTAATGATT  949

seq1  TTTGCTCTCTGTTTTCATACATGCATTCGTCGCCCTCCAACATCCCTCCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTCTCTGTTTTCATACATGCATTCGTCGCCCTCCAACATCCCTCCC  999

seq1  AACTGTGCCTGTTCCCCTCTGCCTGTTTCCCATTCTTTTGCTGTCTTAGC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AACTGTGCCTGTTCCCCTCTGCCTGTTTCCCATTCTTTTGCTGTC-TAGC  1048

seq1  GCATGTGTTATTACCCTTCTGTTTGCTTGTATCTTAAGGTTGTTTCCACC  1100
      ||||||| || |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||
seq2  GCATGTG-TAATACCCTTCTGTTTGCTTGTATTCTAAGG-TGTTTCCACC  1096

seq1  CTTCCTGTGATCCCTTCTC-TGATTTC-ATGATTGTATAT-ATGTATTTA  1147
      ||| ||||||||||||||| ||| ||| |||| ||||||| ||||| |||
seq2  CTT-CTGTGATCCCTTCTCTTGAATTCAATGA-TGTATATAATGTA-TTA  1143

seq1  ATGTGTT-CATTTGAA  1162
      ||| ||| ||||||||
seq2  ATGGGTTCCATTTGAA  1159