BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-005F17
Chromosome2 (Build37)
Map Location 146,484,562 - 146,602,069
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668918
Upstream geneLOC433482, LOC100043810, Rin2, Nat5, Crnkl1, 4930529M08Rik, LOC100043563, Insm1, A230067G21Rik
Downstream geneGm114, Xrn2, Nkx2-4, Nkx2-2, LOC100043816, LOC668919, LOC668920, Pax1, LOC640914, A530006G24Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-005F17.bB6Ng01-005F17.g
ACCDH842513DH842514
length990489
definitionDH842513|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005F17, 5' end.DH842514|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005F17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(146,601,090 - 146,602,069)(146,484,562 - 146,485,056)
sequence
gaattcttcttgtccaaaaaagaagcattagttctttacagggtcttggg
cctgttttgcttaggcctggggctgcatcatcagctctcctgaggttgag
atctatgggtctaggctgtaactaaacctttgactctcacagatctctag
attgctgattctctctgctgatgttgggattgccagtcaccataagtcaa
tgagtcaattctttagaacaaatctcataaatataaatatgtatttatat
ttatatgtgatatatatagtcagtccctttggtggtttgaatgaacctag
cccccataggctcataatgagtggcattactaggaggtgtagccttgtta
gaataggtatggcctttttggagaaagtatgtcactggggtcaggctttg
aggtttttgatcctcaagccaagctaagtggctcactatctcttcctgct
gcctgcttgctatatttaggcaaaactttaacatggactttatacagatg
agcagagctctttctcataccttcttcatctttagcatcctgcccctagt
attacagccaaccagacccaaactttgatctatgactcctcacttcagtg
taccatagtgtgtttgatctccacctctccacactgcaattttaaaagat
tttttaggtagacaggcaggacatagagtctgtctgtgtagttccctctc
ttaagagcctccatcccaacatgtaggaacagttttgtccagtttactaa
tggtctacagtggaagtgttcatgtggtatttctccatcatggtgggaag
taggcgttacctggctgttgttctaatgcttctgggatttggaaaaagcc
aggttatgtcttctactttctttacattcatttcagaggcttgttgcttc
aggctgggaagagtctgggaagcaggcccctgtgcttgtggatggatcat
aaccttaagaggggtgataggtgtggtggtggagggactc
tgagtatgcatggctgagaagatgggagaccaaaccctctatgactgtgt
ttttctcttccctccatttagtgaagacttggacagacatcacagtagcc
agcaccctgggacatcctcagttgcaaagagtcctgagccttgctctgtg
tgagtcctgagatgatcatttcagacatctttctgagtcaaggtgtaggc
agagggctgtctgtggtcaccagggactctagaataacatttgctgtttg
aagtctcagatccacatgtcactaaagaagaagtgaggaggtctagattg
gtttggtggtcttctcagcacaccggcacacttgagataaaaaaacaaac
aaacaaacatggaccaaatagaatgacccagacttaggggcactgccact
cccacgaggggctctgtgtctcctttctgtcccattgtgaggattgttcc
aagagaggagaggaagggagatgaggatagggaaagaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_146601090_146602069
seq2: B6Ng01-005F17.b_48_1037 (reverse)

seq1  GAGTCCCT----CACCACACACTATCACCCCTC-TAAGGTTATGATCCAT  45
      ||||||||    |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GAGTCCCTCCACCACCACAC-CTATCACCCCTCTTAAGGTTATGATCCAT  49

seq1  CCAC-AGCACAGGGGCCTGCTTCCCAGACTCTT-CCAGCCTGAAGCAAC-  92
      |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  CCACAAGCACAGGGGCCTGCTTCCCAGACTCTTCCCAGCCTGAAGCAACA  99

seq1  AGCCTCTG-AATGAGTGTAAAGAAAGTAGAAGACAT-ACCTGGCTTTTTC  140
      |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGCCTCTGAAATGAATGTAAAGAAAGTAGAAGACATAACCTGGCTTTTTC  149

seq1  CAAATCCCAG-AGCATTAGAACAACAGCCAGGTAACGCCTACTTCCCACC  189
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCCCAGAAGCATTAGAACAACAGCCAGGTAACGCCTACTTCCCACC  199

seq1  ATGATGGAGAAATACCACATGAACACTTCCACTGTAGACCATTAGTAAAC  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGGAGAAATACCACATGAACACTTCCACTGTAGACCATTAGTAAAC  249

seq1  TGGACAAAACTGTTCCTACATGTTGGGATGGAGGCTCTTAAGAGAGGGAA  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAAAACTGTTCCTACATGTTGGGATGGAGGCTCTTAAGAGAGGGAA  299

seq1  CTACACAGACAGACTCTATGTCCTGCCTGTCTACCTAAAAAATCTTTTAA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACAGACAGACTCTATGTCCTGCCTGTCTACCTAAAAAATCTTTTAA  349

seq1  AATTGCAGTGTGGAGAGGTGGAGATCAAACACACTATGGTACACTGAAGT  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCAGTGTGGAGAGGTGGAGATCAAACACACTATGGTACACTGAAGT  399

seq1  GAGGAGTCATAGATCAAAGTTTGGGTCTGGTTGGCTGTAATACTAGGGGC  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGTCATAGATCAAAGTTTGGGTCTGGTTGGCTGTAATACTAGGGGC  449

seq1  AGGATGCTAAAGATGAAGAAGGTATGAGAAAGAGCTCTGCTCATCTGTAT  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGCTAAAGATGAAGAAGGTATGAGAAAGAGCTCTGCTCATCTGTAT  499

seq1  AAAGTCCATGTTAAAGTTTTGCCTAAATATAGCAAGCAGGCAGCAGGAAG  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCCATGTTAAAGTTTTGCCTAAATATAGCAAGCAGGCAGCAGGAAG  549

seq1  AGATAGTGAGCCACTTAGCTTGGCTTGAGGATCAAAAACCTCAAAGCCTG  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGTGAGCCACTTAGCTTGGCTTGAGGATCAAAAACCTCAAAGCCTG  599

seq1  ACCCCAGTGACATACTTTCTCCAAAAAGGCCATACCTATTCTAACAAGGC  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCAGTGACATACTTTCTCCAAAAAGGCCATACCTATTCTAACAAGGC  649

seq1  TACACCTCCTAGTAATGCCACTCATTATGAGCCTATGGGGGCTAGGTTCA  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCTCCTAGTAATGCCACTCATTATGAGCCTATGGGGGCTAGGTTCA  699

seq1  TTCAAACCACCAAAGGGACTGACTATATATATCACATATAAATATAAATA  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAACCACCAAAGGGACTGACTATATATATCACATATAAATATAAATA  749

seq1  CATATTTATATTTATGAGATTTGTTCTAAAGAATTGACTCATTGACTTAT  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTTATATTTATGAGATTTGTTCTAAAGAATTGACTCATTGACTTAT  799

seq1  GGTGACTGGCAATCCCAACATCAGCAGAGAGAATCAGCAATCTAGAGATC  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACTGGCAATCCCAACATCAGCAGAGAGAATCAGCAATCTAGAGATC  849

seq1  TGTGAGAGTCAAAGGTTTAGTTACAGCCTAGACCCATAGATCTCAACCTC  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGAGTCAAAGGTTTAGTTACAGCCTAGACCCATAGATCTCAACCTC  899

seq1  AGGAGAGCTGATGATGCAGCCCCAGGCCTAAGCAAAACAGGCCCAAGACC  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGCTGATGATGCAGCCCCAGGCCTAAGCAAAACAGGCCCAAGACC  949

seq1  CTGTAAAGAACTAATGCTTCTTTTTTGGACAAGAAGAATTC  980
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAAGAACTAATGCTTCTTTTTTGGACAAGAAGAATTC  990

seq1: chr2_146484562_146485056
seq2: B6Ng01-005F17.g_70_564

seq1  GAATTCTGAGTATGCATGGCTGAGAAGATGGGAGACCAAACCCTCTATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAGTATGCATGGCTGAGAAGATGGGAGACCAAACCCTCTATGA  50

seq1  CTGTGTTTTTCTCTTCCCTCCATTTAGTGAAGACTTGGACAGACATCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTTTTCTCTTCCCTCCATTTAGTGAAGACTTGGACAGACATCACA  100

seq1  GTAGCCAGCACCCTGGGACATCCTCAGTTGCAAAGAGTCCTGAGCCTTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCCAGCACCCTGGGACATCCTCAGTTGCAAAGAGTCCTGAGCCTTGC  150

seq1  TCTGTGTGAGTCCTGAGATGATCATTTCAGACATCTTTCTGAGTCAAGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTGAGTCCTGAGATGATCATTTCAGACATCTTTCTGAGTCAAGGT  200

seq1  GTAGGCAGAGGGCTGTCTGTGGTCACCAGGGACTCTAGAATAACATTTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGCAGAGGGCTGTCTGTGGTCACCAGGGACTCTAGAATAACATTTGC  250

seq1  TGTTTGAAGTCTCAGATCCACATGTCACTAAAGAAGAAGTGAGGAGGTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGAAGTCTCAGATCCACATGTCACTAAAGAAGAAGTGAGGAGGTCT  300

seq1  AGATTGGTTTGGTGGTCTTCTCAGCACACCGGCACACTTGAGATAAAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGGTTTGGTGGTCTTCTCAGCACACCGGCACACTTGAGATAAAAAA  350

seq1  ACAAACAAACAAACATGGACCAAATAGAATGACCCAGACTTAGGGGCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAAACAAACATGGACCAAATAGAATGACCCAGACTTAGGGGCACT  400

seq1  GCCACTCCCACGAGGGGCTCTGTGTCTCCTTTCTGTCCCATTGTGAGGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTCCCACGAGGGGCTCTGTGTCTCCTTTCTGTCCCATTGTGAGGAT  450

seq1  TGTTCCAAGAGAGGAGAGGAAGGGAGATGAGGATAGGGAAAGAGA  495
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCAAGAGAGGAGAGGAAGGGAGATGAGGATAGGGAAAGAGA  495