BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-006L10
Chromosome2 (Build37)
Map Location 147,210,083 - 147,335,381
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneA230067G21Rik, LOC668918, Gm114, Xrn2, Nkx2-4, Nkx2-2, LOC100043816, LOC668919, LOC668920, Pax1
Downstream geneLOC640914, A530006G24Rik, LOC100043820, Foxa2, LOC383752, Sstr4, Thbd, Cd93
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-006L10.bB6Ng01-006L10.g
ACCDH843498DH843499
length1,090143
definitionDH843498|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006L10, 5' end.DH843499|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006L10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(147,210,083 - 147,211,185)(147,335,239 - 147,335,381)
sequence
gaattcaaaagaattcagtcatatcctttgggcaattcagcaggtgaaat
acacacggaagttttgtttttggattgatgtgatgtggttgatctaattg
ggcgaataaagttgacatacaacttgctgttagttgctttctgcctcaga
caagcaccttataaagagaaaaggttgatttgggctcacagtttggatga
atccagtctgtgattaatttgatcactgtttttgatctgtgaggagacag
agcatcatggctcagaacacccagaacaccgacattatcagcaactagaa
agaaggaagagacagaacagaagccagggtccctcattcctcctcatggc
tgtgactaaaatgacctaaagacctcacacaaggcccacctgccaatgga
tccactacccctaagagtgccaaggcttgtggactaagccgttcatataa
cggtctttgcaggcagtccagatcctaactatagcacctactctctgaat
tccaggcttgaggaacacaagactgacaacacagcatctgtatacatcta
tatatactctgcatctgggaccaggaggcctgctcgctcttcctgtgctt
aaattttcccagtggcagactggcagacatgcaaacactagtttacagtg
gcttacataaaatacctgtaggtacaagtactaagcaaagacatgaaaac
atatatatctaaggattgaaaatactcaccaaagtggtcagttagcaatt
ttaaaaatttaagtatgtgtgtgtatatgtgtgcatgtagtatgcaataa
gccacctcctagctcctggaacatctgttttttttttaagattgattttt
ttattattattattatatgtaagtacactgtagctgtcttcagacacacc
agaagagggtgttagatctcattatggatggttgtgagccaccatgtggt
tgctggatttgactcagaccttcagaagagcagtcagtgctttcaccgct
gagcatcttcttcagtccttgaacagtttaaaagtaccatgtattgccaa
tctaaaagactggtgtctcatagctggtccccagtagcag
tctatctaaatgtatactctgaagattaatcaatgggtaaatctaaaatg
atgtcttcattgataatcttattaaagatttatttaaaatttttaaaatc
gtatatgtatatgtatatgtatatgtgtatgtgtatgtgtatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_147210083_147211185
seq2: B6Ng01-006L10.b_49_1138

seq1  GAATTCAAAAGAATTCAGTCATATCCTTTGGGCAATTCAGCAGGTGAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAAGAATTCAGTCATATCCTTTGGGCAATTCAGCAGGTGAAAT  50

seq1  ACACACGGAAGTTTTGTTTTTGGATTGATGTGATGTGGTTGATCTAATTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACGGAAGTTTTGTTTTTGGATTGATGTGATGTGGTTGATCTAATTG  100

seq1  GGCGAATAAAGTTGACATACAACTTGCTGTTAGTTGCTTTCTGCCTCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGAATAAAGTTGACATACAACTTGCTGTTAGTTGCTTTCTGCCTCAGA  150

seq1  CAAGCACCTTATAAAGAGAAAAGGTTGATTTGGGCTCACAGTTTGGATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCACCTTATAAAGAGAAAAGGTTGATTTGGGCTCACAGTTTGGATGA  200

seq1  ATCCAGTCTGTGATTAATTTGATCACTGTTTTTGATCTGTGAGGAGACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGTCTGTGATTAATTTGATCACTGTTTTTGATCTGTGAGGAGACAG  250

seq1  AGCATCATGGCTCAGAACACCCAGAACACCGACATTATCAGCAACTAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCATGGCTCAGAACACCCAGAACACCGACATTATCAGCAACTAGAA  300

seq1  AGAAGGAAGAGACAGAACAGAAGCCAGGGTCCCTCATTCCTCCTCATGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGAAGAGACAGAACAGAAGCCAGGGTCCCTCATTCCTCCTCATGGC  350

seq1  TGTGACTAAAATGACCTAAAGACCTCACACAAGGCCCACCTGCCAATGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACTAAAATGACCTAAAGACCTCACACAAGGCCCACCTGCCAATGGA  400

seq1  TCCACTACCCCTAAGAGTGCCAAGGCTTGTGGACTAAGCCGTTCATATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTACCCCTAAGAGTGCCAAGGCTTGTGGACTAAGCCGTTCATATAA  450

seq1  CGGTCTTTGCAGGCAGTCCAGATCCTAACTATAGCACCTACTCTCTGAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTCTTTGCAGGCAGTCCAGATCCTAACTATAGCACCTACTCTCTGAAT  500

seq1  TCCAGGCTTGAGGAACACAAGACTGACAACACAGCATCTGTATACATCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGCTTGAGGAACACAAGACTGACAACACAGCATCTGTATACATCTA  550

seq1  TATATACTCTGCATCTGGGACCAGGAGGCCTGCTCGCTCTTCCTGTGCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATACTCTGCATCTGGGACCAGGAGGCCTGCTCGCTCTTCCTGTGCTT  600

seq1  AAATTTTCCCAGTGGCAGACTGGCAGACATGCAAACACTAGTTTACAGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTCCCAGTGGCAGACTGGCAGACATGCAAACACTAGTTTACAGTG  650

seq1  GCTTACATAAAATACCTGTAGGTACAAGTACTAAGCAAAGACATGAAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTACATAAAATACCTGTAGGTACAAGTACTAAGCAAAGACATGAAAAC  700

seq1  ATATATATCTAAGGATTGAAAATACTCACCAAAGTGGTCAGTTAGCAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATCTAAGGATTGAAAATACTCACCAAAGTGGTCAGTTAGCAATT  750

seq1  TTAAAAATTTAAGTATGTGTGTGTATATGTGTGCATGTAGTATGCAATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAATTTAAGTATGTGTGTGTATATGTGTGCATGTAGTATGCAATAA  800

seq1  GCCACCTCCTAGCTCCTGGAACATCTGTTTTTTTTTTAAGATTGATTTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCTCCTAGCTCCTGGAACATCTGTTTTTTTTTTAAGATTGATTTTT  850

seq1  TTATTATTATTATTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATTATTATTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACC  900

seq1  AGAAGAGGGTGTTAGATCTCATTATGGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGGGTGTTAGATCTCATTATGGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGT  950

seq1  TGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTTCAGAAGAGCAGTCAGTGCTTTTAAC  1000
      |||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||
seq2  TGCT-GGATTTG-ACTCA-GACCTTCAGAAGAGCAGTCAGTGC-TTTCAC  996

seq1  CGCTGAGCCATC-TCTCCAGTCCCTGGAACAGGTTTTAAAAAGTACCATG  1049
      ||||||| |||| ||| |||| ||| ||||||   || ||||||||||||
seq2  CGCTGAG-CATCTTCTTCAGT-CCTTGAACAG---TTTAAAAGTACCATG  1041

seq1  TATTGCAAATTCCTAAAAAGACTGGTGTCTCAGTAGCTGGTCCCACAGTA  1099
      |||||| |||  || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  TATTGCCAAT--CT-AAAAGACTGGTGTCTCA-TAGCTGGTCCC-CAGTA  1086

seq1  GCAG  1103
      ||||
seq2  GCAG  1090

seq1: chr2_147335239_147335381
seq2: B6Ng01-006L10.g_73_215 (reverse)

seq1  CATACACATACACATACACATATACATATACATATACATATACGATTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACACATACACATACACATATACATATACATATACATATACGATTTTA  50

seq1  AAAATTTTAAATAAATCTTTAATAAGATTATCAATGAAGACATCATTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTTAAATAAATCTTTAATAAGATTATCAATGAAGACATCATTTTA  100

seq1  GATTTACCCATTGATTAATCTTCAGAGTATACATTTAGATAGA  143
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTACCCATTGATTAATCTTCAGAGTATACATTTAGATAGA  143