BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-007O18
Chromosome2 (Build37)
Map Location 34,295,456 - 34,425,105
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMapkap1, LOC623448
Upstream geneZbtb43, LOC676764, Lmx1b, LOC100041918, 2610528K11Rik, LOC100041931, Pbx3, LOC665948
Downstream geneLOC623269, Gapvd1, Hspa5, Rabepk, Fbxw2, EG623370, Psmd5, D730039F16Rik, Phf19, Traf1, Hc, AI182371, Rab14, Gsn, Stom, LOC654354, 4930568D16Rik, 4930402F06Rik, Ggta1, LOC666042, LOC100042194
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-007O18.bB6Ng01-007O18.g
ACCDH844350DH844351
length8351,150
definitionDH844350|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007O18, 5' end.DH844351|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007O18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,295,456 - 34,296,289)(34,423,966 - 34,425,105)
sequence
gaattccttgataatagctatgactttgtcttataatactgctaatcctt
cttagctaccatttcttccccaatctagagtcagcagtttcttcagagct
tcttggtcctttttaatggcagcaagggactcagtgaccacagcctgagt
gctgatgtttacagagtagagctttctttgtagctttgttaggataggca
caaataagtaagtcaatgcttgaactgaaatgtacgtttatgattgtaga
ctatttactattttatttgtttctaacaagatctcactatcttgttggta
gcccaggttgctcttgaatctactgtcctcccaccacacctacctagatg
ctgcccttaacccggctagacatttgttgttttgattttatgctcatgtg
tcttttcttcttatgtcaaaatttttggttctggataaaaaaatttctgt
tagaaagtgtatagccaaattattatgtgataaaatcataataattcctc
tctttaaaaattatccactcattattacatgtagactcttctgtttcact
tttctttatgttatagagattacacttttagtttggtagctatataagga
gtttggaatatttttgtaggatttgttgatgggtggaatacaagatatga
gagagaagggttgggcagcttccaagcttgggattgaattgccactggag
aagggcaatgctgtaatggaattaagttaggaaaggaatgagaatttgct
atggtcatggtcactgacacacacctagtgagggtgtcagatatgaagtt
agtgtgtgttggtagtaatggtagggccataaata
gaattccagagttcccatctcaaagctacggatgaagctgttcctttctt
ttaaggccctggatgagacttacatttcatcagtgtgaaaggtcacccag
agcatttggcagaagagaaaattggggctcagtttggtgccaggatttat
ctggaagcttgaacaagaatgggagtcttctgctaccatccgtgggatgt
acttgcggcttcctcctggtctgcttccagcttcgaacagacagttggct
gaaggatgtggtagattatcagacaaggatccaaactggaaagctcaagg
actctggctcatcacaagagtcttatctaggccaggttccaagcacaaat
gcgagctctcagtcccaaggcagaaacttgtcacatcagttcatttgcaa
gtttctctctcacagagtacaaaggcaatcaatcgccacaaccattctca
ggatctgaaattcaggttaccttagagtagtgggctttggaatcagagtg
ctgactacaggttttggtgctctgtggtttctagctggctagctttggga
aagtctcctcacaacgagaatgtccgtaggagagtttggaaaattcgaag
aagcacttggaaaatgttcagtgcaagaatctgtaacagtaggcctcaat
aaccaactgtaagacactgtgggggtgtgactgctttaaaaatgtcatga
gctactcctcctctggagaaaaactgtttatgttatggctttttcaatcc
agtgacattacttataaactgaacctcattatggtgcagcagaaagcacc
tgcttctaatttctcttggtcctccattacaggtcactctcttctctctc
tatctctggtggttccagacctcttcacctgtacccaatgctctaccagc
cacagacagctgcactacgttatttcttaacaccaccactccctgatgat
agtgagcaccagctaccatcctaggaaccttagaggagaacataatgacc
tccttgctgagagcaacatggggcagctaattgctcacacgcttccagaa
gaacgcctgggtgcttctcccagtatggacgtcgtgcacaggaaggccat
tgtaccgaccggacaagcacctcctccaaggtctgctcgtaatgtcatga

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_34295456_34296289
seq2: B6Ng01-007O18.b_48_882

seq1  GAATTCCTTGATAATAGCTATGACTTTGTCTTATAATACTGCTAATCCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGATAATAGCTATGACTTTGTCTTATAATACTGCTAATCCTT  50

seq1  CTTAGCTACCATTTCTTCCCCAATCTAGAGTCAGCAGTTTCTTCAGAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCTACCATTTCTTCCCCAATCTAGAGTCAGCAGTTTCTTCAGAGCT  100

seq1  TCTTGGTCCTTTTTAATGGCAGCAAGGGACTCAGTGACCACAGCCTGAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGTCCTTTTTAATGGCAGCAAGGGACTCAGTGACCACAGCCTGAGT  150

seq1  GCTGATGTTTACAGAGTAGAGCTTTCTTTGTAGCTTTGTTAGGATAGGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATGTTTACAGAGTAGAGCTTTCTTTGTAGCTTTGTTAGGATAGGCA  200

seq1  CAAATAAGTAAGTCAATGCTTGAACTGAAATGTACGTTTATGATTGTAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAAGTAAGTCAATGCTTGAACTGAAATGTACGTTTATGATTGTAGA  250

seq1  CTATTTACTATTTTATTTGTTTCTAACAAGATCTCACTATCTTGTTGGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTACTATTTTATTTGTTTCTAACAAGATCTCACTATCTTGTTGGTA  300

seq1  GCCCAGGTTGCTCTTGAATCTACTGTCCTCCCACCACACCTACCTAGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGGTTGCTCTTGAATCTACTGTCCTCCCACCACACCTACCTAGATG  350

seq1  CTGCCCTTAACCCGGCTAGACATTTGTTGTTTTGATTTTATGCTCATGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCTTAACCCGGCTAGACATTTGTTGTTTTGATTTTATGCTCATGTG  400

seq1  TCTTTTCTTCTTATGTCAAAATTTTTGGTTCTGGATAAAAAAATTTCTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTCTTCTTATGTCAAAATTTTTGGTTCTGGATAAAAAAATTTCTGT  450

seq1  TAGAAAGTGTATAGCCAAATTATTATGTGATAAAATCATAATAATTCCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAGTGTATAGCCAAATTATTATGTGATAAAATCATAATAATTCCTC  500

seq1  TCTTTAAAAATTATCCACTCATTATTACATGTAGACTCTTCTGTTTCACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAAAAATTATCCACTCATTATTACATGTAGACTCTTCTGTTTCACT  550

seq1  TTTCTTTATGTTATAGAGATTACACTTTTAGTTTGGTAGCTATATAAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTATGTTATAGAGATTACACTTTTAGTTTGGTAGCTATATAAGGA  600

seq1  GTTTGGAATATTTTTGTAGGATTTGTTGATGGGTGGAATACAAGATATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGAATATTTTTGTAGGATTTGTTGATGGGTGGAATACAAGATATGA  650

seq1  GAGAGAAGGGTTGGGCAGCTTCCAAGCTTGGGATTGAATTGCCACTGGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAAGGGTTGGGCAGCTTCCAAGCTTGGGATTGAATTGCCACTGGAG  700

seq1  AAGGGCAATGCTGTAATGGAATTAAGTTAGGAAAGGAATGAGAATTTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCAATGCTGTAATGGAATTAAGTTAGGAAAGGAATGAGAATTTGCT  750

seq1  ATGGTCATGGTCACTGACACACACCTAGTGAGGGTGTCAGATATGAAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCATGGTCACTGACACACACCTAGTGAGGGTGTCAGATATGAAGTT  800

seq1  AGTGTGTG-TGGTAGTAATGGTAGGGCCATAAATA  834
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGTGTTGGTAGTAATGGTAGGGCCATAAATA  835

seq1: chr2_34423966_34425105
seq2: B6Ng01-007O18.g_67_1216 (reverse)

seq1  TCATG-CATTAC-AGCAGACCTTGGAGGATGTGC-TGTCCGGTCGGT-CC  46
      ||||| |||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||| | 
seq2  TCATGACATTACGAGCAGACCTTGGAGGAGGTGCTTGTCCGGTCGGTACA  50

seq1  ATGG-CTTCCTGTGCACGCCGTTCATTACTGTGAG-AGCACC--AGCG-T  91
      |||| ||||||||||||| ||| || ||||| ||| ||||||   ||| |
seq2  ATGGCCTTCCTGTGCACGACGTCCA-TACTGGGAGAAGCACCCAGGCGTT  99

seq1  CTTCTTGGAGC-TGTGAGCAATTTAGCTGCCCCCATGTTGCTCTCAGC-A  139
      ||||| | ||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |
seq2  CTTCTGGAAGCGTGTGAGCAA-TTAGCTG-CCCCATGTTGCTCTCAGCAA  147

seq1  GGA-GTCATTATGTTCT-CTCTAAGGTTCCTAGGATGGTAGCTGGTGCTC  187
      ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTCATTATGTTCTCCTCTAAGGTTCCTAGGATGGTAGCTGGTGCTC  197

seq1  ACTTATCATCAGGGAGTGGTGGTTGTAAGAAATAACGGTAGTGCAGCTGT  237
      || ||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||
seq2  AC-TATCATCAGGGAGTGGTGGTGTTAAGAAATAAC-GTAGTGCAGCTGT  245

seq1  CTGTGGCTGGTAGAGCATTGGGTACAGGTGGAGAGGTCTGGAACCA-CAG  286
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
seq2  CTGTGGCTGGTAGAGCATTGGGTACAGGTGAAGAGGTCTGGAACCACCAG  295

seq1  AGATAGAGAGAGAAGAGAGTGACCTGTAATGGAGGACCAAGAGAAATTAG  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGAGAGAGAAGAGAGTGACCTGTAATGGAGGACCAAGAGAAATTAG  345

seq1  AAGCAGGTGCTTTCTGCTGCACCATAATGAGGTTCAGTTTATAAGTAATG  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGTGCTTTCTGCTGCACCATAATGAGGTTCAGTTTATAAGTAATG  395

seq1  TCACTGGATTGAAAAAGCCATAACATAAACAGTTTTTCTCCAGAGGAGGA  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGGATTGAAAAAGCCATAACATAAACAGTTTTTCTCCAGAGGAGGA  445

seq1  GTAGCTCATGACATTTTTAAAGCAGTCACA-CCCCACAGTGTCTTACAGT  485
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTCATGACATTTTTAAAGCAGTCACACCCCCACAGTGTCTTACAGT  495

seq1  TGGTTATTGAGGCCTACTGTTACAGATTCTTGCACTGAACATTTTCCAAG  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTATTGAGGCCTACTGTTACAGATTCTTGCACTGAACATTTTCCAAG  545

seq1  TGCTTCTTCGAATTTTCCAAACTCTCCTACGGACATTCTCGTTGTGAGGA  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTTCGAATTTTCCAAACTCTCCTACGGACATTCTCGTTGTGAGGA  595

seq1  GACTTTCCCAAAGCTAGCCAGCTAGAAACCACAGAGCACCAAAACCTGTA  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTCCCAAAGCTAGCCAGCTAGAAACCACAGAGCACCAAAACCTGTA  645

seq1  GTCAGCACTCTGATTCCAAAGCCCACTACTCTAAGGTAACCTGAATTTCA  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCACTCTGATTCCAAAGCCCACTACTCTAAGGTAACCTGAATTTCA  695

seq1  GATCCTGAGAATGGTTGTGGCGATTGATTGCCTTTGTACTCTGTGAGAGA  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTGAGAATGGTTGTGGCGATTGATTGCCTTTGTACTCTGTGAGAGA  745

seq1  GAAACTTGCAAATGAACTGATGTGACAAGTTTCTGCCTTGGGACTGAGAG  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTTGCAAATGAACTGATGTGACAAGTTTCTGCCTTGGGACTGAGAG  795

seq1  CTCGCATTTGTGCTTGGAACCTGGCCTAGATAAGACTCTTGTGATGAGCC  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGCATTTGTGCTTGGAACCTGGCCTAGATAAGACTCTTGTGATGAGCC  845

seq1  AGAGTCCTTGAGCTTTCCAGTTTGGATCCTTGTCTGATAATCTACCACAT  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCCTTGAGCTTTCCAGTTTGGATCCTTGTCTGATAATCTACCACAT  895

seq1  CCTTCAGCCAACTGTCTGTTCGAAGCTGGAAGCAGACCAGGAGGAAGCCG  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAGCCAACTGTCTGTTCGAAGCTGGAAGCAGACCAGGAGGAAGCCG  945

seq1  CAAGTACATCCCACGGATGGTAGCAGAAGACTCCCATTCTTGTTCAAGCT  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTACATCCCACGGATGGTAGCAGAAGACTCCCATTCTTGTTCAAGCT  995

seq1  TCCAGATAAATCCTGGCACCAAACTGAGCCCCAATTTTCTCTTCTGCCAA  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGATAAATCCTGGCACCAAACTGAGCCCCAATTTTCTCTTCTGCCAA  1045

seq1  ATGCTCTGGGTGACCTTTCACACTGATGAAATGTAAGTCTCATCCAGGGC  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCTGGGTGACCTTTCACACTGATGAAATGTAAGTCTCATCCAGGGC  1095

seq1  CTTAAAAGAAAGGAACAGCTTCATCCGTAGCTTTGAGATGGGAACTCTGG  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAAGAAAGGAACAGCTTCATCCGTAGCTTTGAGATGGGAACTCTGG  1145

seq1  AATTC  1140
      |||||
seq2  AATTC  1150