BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-013M14
Chromosome2 (Build37)
Map Location 20,362,243 - 20,465,767
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEtl4
Upstream genePtf1a, LOC100041534, 4921504E06Rik, LOC100041244, Otud1, LOC667564, LOC100041302, LOC433406, LOC654360, LOC667609
Downstream geneArhgap21, LOC433408, LOC675912, C130046B21Rik, 4933434I06Rik, Thnsl1, Gpr158
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-013M14.bB6Ng01-013M14.g
ACCDH848515DH848516
length1,0871,094
definitionDH848515|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-013M14, 5' end.DH848516|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-013M14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,464,662 - 20,465,767)(20,362,243 - 20,363,344)
sequence
gaattcctcagatgtgactcacatcagtcattagggtgtgaataaagcca
atcaccctccataattcaatcagtgtcaggtttaaagagcaaaggctgag
ctctcctgaagaaagagcattttgctatttcttttcttgctctggagaac
cctgactgatgtatcttgtaactccaggctgcatgtgtgcagtctagttt
cctggcacagagtccagtcctcattggcctctaagtggctaagtcatttt
accttgtagccacctcttgccatttcaagcacagcatgtcaggacctaaa
ctcaagcgcctgtcattgagctttacttagcagaagccacatataattag
agatgaacagacacatttgggatcaaacttaatggagagtaataatagtt
agcttagtgttaacaaatgaactctcctatcaaaatccagcctgactcta
gtcatggtgaggcatgcctataatcgtagcagtcagtgggcagacccata
gtattgctgcaagtttgaagccagcctggtcttcaaaccaagttccatgc
tagccagggaatattaagtttaagctcatttggggatggtgagatgactc
agtagaaacaggtacctaatgccaaaacagaccacctatccagagattga
tctccagaactcacatggcagaaaggggattaaaactgacttgtatacca
tggtgcgtatgcatatacacatagaatgaaaatacaaacaaatacataaa
tgaaagtgctattaaaaattaaacaacttggagatcctcaagggttgaga
gtatttgttgctcttgcagaaaatctgggttcagttctgcatacccacat
attggcttgcagccacctttaccagttccagaggatccagaacccttctt
atgatatccatgggaaccaagcaacacatgggtccaaatacatacatgca
ggcaaaacactcatacacataaaattatttttttaaagatcaaactcatt
aagaatgataaagatagttaaaattagaacgaaattgttaaatagagctc
aaacaatgagagagatatctgaaataatgtaactgat
gaattctagactgcgaatgggatatgctttaccacagagattctctgcgt
gtctttctggcagataacgcttttccaggaaagtgtgtgttgatttcttc
tcaaccctcactcagtacactacagcctggcagggttagctgatgagtcc
tcagtattacctctgaattctgaggcaggagctggtggaacagctgtgct
ctacagcccttcagccattgttctgtagcaaacattatctggggctagtc
aaacaatgtcaaaaacacaggggtgataattgtatccagtctctgccttt
gatcatttgaaaagagtcagatcaacataaatgcatcttacaagcttcca
gagctactacatgaatgatttttccaatgggcaaactttatgttttgttc
atatatgaatatgagcataacagagctcataaaacctcttttgaaataat
tggataagatatttggtatatatagctaccaaatacaaacatttgaggca
ttcctagggaaaatcataactcttgtaagcttccttaactaagatttgta
ttatatttatattgaaattgagatccttaggacctctcgaggtcttcacc
aagccctgcatctcccatcccatctatcttctccatcctaagttcccacc
agccctagaaatggaacctgcatttgggggccaattcctcaagctttatg
acatagcaaagaagaatggggaagagatttcttcagtcatttcagctcta
tggtacttacacagagtttaatggccctaaaactcacagagcatcactat
cttcgtgagtttagacagctcggaaatgggcatcctgcctttctcaaccc
catgggttccaggtagcttggacagctcagaagaagaggatgaatcttcc
attgtttgggtcttaatggattattaagatatggtgatgaaacagaaagt
ccttgggaagggcaaatgacagtcatatggaatacaggcaactttggaag
gtgcaggagctagaagcaagaaaaagttgcgtaggtctgagggagagcta
atcttgtcagacttatgaccgtactataattgaccaggcacaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_20464662_20465767
seq2: B6Ng01-013M14.b_48_1134 (reverse)

seq1  ATCAGTTTACATTTTTATTTTCAGATAATCTCTCTCATTGTTTGAGCTTC  50
      ||||| |||||||     |||||||| |||||||||||||||||||| ||
seq2  ATCAG-TTACATT----ATTTCAGAT-ATCTCTCTCATTGTTTGAGC-TC  43

seq1  TATTTTAAACAATTTCCTTTCCTAATTTTTAAAACTTATCTTTTATCATT  100
      |||||  ||||||||| ||  ||||||||   ||| |||| ||||||| |
seq2  TATTT--AACAATTTCGTT--CTAATTTT---AAC-TATC-TTTATCA-T  83

seq1  TCTTTAAATGAGTTTGATCTTTTAAAAAAATTAATTTTATGTGTATGAGT  150
      ||||  ||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCTT--AATGAGTTTGATCTTT--AAAAAAATAATTTTATGTGTATGAGT  129

seq1  GTTTTGCCTGCATGTATGTATTTGGA-CCATGTGTTTGCTTGGTTCCCAT  199
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  GTTTTGCCTGCATGTATGTATTTGGACCCATGTG-TTGCTTGGTTCCCAT  178

seq1  GGATATCATAAG-AGGGTTCTGGATCCTCTGGAACTGGTAAAGGTGGCTG  248
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATCATAAGAAGGGTTCTGGATCCTCTGGAACTGGTAAAGGTGGCTG  228

seq1  CAAGCCAATATGTGGGTATGCAGAACTGAACCCAGATTTTCTGCAAGAGC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCAATATGTGGGTATGCAGAACTGAACCCAGATTTTCTGCAAGAGC  278

seq1  AACAAATACTCTCAACCCTTGAGGATCTCCAAGTTGTTTAATTTTTAATA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATACTCTCAACCCTTGAGGATCTCCAAGTTGTTTAATTTTTAATA  328

seq1  GCACTTTCATTTATGTATTTGTTTGTATTTTCATTCTATGTGTATATGCA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTTCATTTATGTATTTGTTTGTATTTTCATTCTATGTGTATATGCA  378

seq1  TACGCACCATGGTATACAAGTCAGTTTTAATCCCC-TTCTGCCATGTGAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TACGCACCATGGTATACAAGTCAGTTTTAATCCCCTTTCTGCCATGTGAG  428

seq1  TTCTGGAGATCAATCTCTGGATAGGTGGTCTGTTTTGGCATTAGGTACCT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGAGATCAATCTCTGGATAGGTGGTCTGTTTTGGCATTAGGTACCT  478

seq1  GTTTCTACTGAGTCATCTCACCATCCCCAAATGAGCTTAAACTTAATATT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTACTGAGTCATCTCACCATCCCCAAATGAGCTTAAACTTAATATT  528

seq1  CCCTGGCTAGCATGGAACTTGGTTTGAAGACCAGGCTGGCTTCAAACTTG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGCTAGCATGGAACTTGGTTTGAAGACCAGGCTGGCTTCAAACTTG  578

seq1  CAGCAATACTATGGGTCTGCCCACTGACTGCTACGATTATAGGCATGCCT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAATACTATGGGTCTGCCCACTGACTGCTACGATTATAGGCATGCCT  628

seq1  CACCATGACTAGAGTCAGGCTGGATTTTGATAGGAGAGTTCATTTGTTAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATGACTAGAGTCAGGCTGGATTTTGATAGGAGAGTTCATTTGTTAA  678

seq1  CACTAAGCTAACTATTATTACTCTCCATTAAGTTTGATCCCAAATGTGTC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAAGCTAACTATTATTACTCTCCATTAAGTTTGATCCCAAATGTGTC  728

seq1  TGTTCATCTCTAATTATATGTGGCTTCTGCTAAGTAAAGCTCAATGACAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCATCTCTAATTATATGTGGCTTCTGCTAAGTAAAGCTCAATGACAG  778

seq1  GCGCTTGAGTTTAGGTCCTGACATGCTGTGCTTGAAATGGCAAGAGGTGG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCTTGAGTTTAGGTCCTGACATGCTGTGCTTGAAATGGCAAGAGGTGG  828

seq1  CTACAAGGTAAAATGACTTAGCCACTTAGAGGCCAATGAGGACTGGACTC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAGGTAAAATGACTTAGCCACTTAGAGGCCAATGAGGACTGGACTC  878

seq1  TGTGCCAGGAAACTAGACTGCACACATGCAGCCTGGAGTTACAAGATACA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCAGGAAACTAGACTGCACACATGCAGCCTGGAGTTACAAGATACA  928

seq1  TCAGTCAGGGTTCTCCAGAGCAAGAAAAGAAATAGCAAAATGCTCTTTCT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCAGGGTTCTCCAGAGCAAGAAAAGAAATAGCAAAATGCTCTTTCT  978

seq1  TCAGGAGAGCTCAGCCTTTGCTCTTTAAACCTGACACTGATTGAATTATG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAGAGCTCAGCCTTTGCTCTTTAAACCTGACACTGATTGAATTATG  1028

seq1  GAGGGTGATTGGCTTTATTCACACCCTAATGACTGATGTGAGTCACATCT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTGATTGGCTTTATTCACACCCTAATGACTGATGTGAGTCACATCT  1078

seq1  GAGGAATTC  1106
      |||||||||
seq2  GAGGAATTC  1087

seq1: chr2_20362243_20363344
seq2: B6Ng01-013M14.g_69_1162

seq1  GAATTCTAGACTGCGAATGGGATATGCTTTACCACAGAGATTCTCTGCGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGACTGCGAATGGGATATGCTTTACCACAGAGATTCTCTGCGT  50

seq1  GTCTTTCTGGCAGATAACGCTTTTCCAGGAAAGTGTGTGTTGATTTCTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTCTGGCAGATAACGCTTTTCCAGGAAAGTGTGTGTTGATTTCTTC  100

seq1  TCAACCCTCACTCAGTACACTACAGCCTGGCAGGGTTAGCTGATGAGTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCCTCACTCAGTACACTACAGCCTGGCAGGGTTAGCTGATGAGTCC  150

seq1  TCAGTATTACCTCTGAATTCTGAGGCAGGAGCTGGTGGAACAGCTGTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTATTACCTCTGAATTCTGAGGCAGGAGCTGGTGGAACAGCTGTGCT  200

seq1  CTACAGCCCTTCAGCCATTGTTCTGTAGCAAACATTATCTGGGGCTAGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGCCCTTCAGCCATTGTTCTGTAGCAAACATTATCTGGGGCTAGTC  250

seq1  AAACAATGTCAAAAACACAGGGGTGATAATTGTATCCAGTCTCTGCCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAATGTCAAAAACACAGGGGTGATAATTGTATCCAGTCTCTGCCTTT  300

seq1  GATCATTTGAAAAGAGTCAGATCAACATAAATGCATCTTACAAGCTTCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATTTGAAAAGAGTCAGATCAACATAAATGCATCTTACAAGCTTCCA  350

seq1  GAGCTACTACATGAATGATTTTTCCAATGGGCAAACTTTATGTTTTGTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTACTACATGAATGATTTTTCCAATGGGCAAACTTTATGTTTTGTTC  400

seq1  ATATATGAATATGAGCATAACAGAGCTCATAAAACCTCTTTTGAAATAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGAATATGAGCATAACAGAGCTCATAAAACCTCTTTTGAAATAAT  450

seq1  TGGATAAGATATTTGGTATATATAGCTACCAAATACAAACATTTGAGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATAAGATATTTGGTATATATAGCTACCAAATACAAACATTTGAGGCA  500

seq1  TTCCTAGGGAAAATCATAACTCTTGTAAGCTTCCTTAACTAAGATTTGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAGGGAAAATCATAACTCTTGTAAGCTTCCTTAACTAAGATTTGTA  550

seq1  TTATATTTATATTGAAATTGAGATCCTTAGGACCTCTCGAGGTCTTCACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTTATATTGAAATTGAGATCCTTAGGACCTCTCGAGGTCTTCACC  600

seq1  AAGCCCTGCATCTCCCATCCCATCTATCTTCTCCATCCTAAGTTCCCACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCTGCATCTCCCATCCCATCTATCTTCTCCATCCTAAGTTCCCACC  650

seq1  AGCCCTAGAAATGGAACCTGCATTTGGGGGCCAATTCCTCAAGCTTTATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTAGAAATGGAACCTGCATTTGGGGGCCAATTCCTCAAGCTTTATG  700

seq1  ACATAGCAAAGAAGAATGGGGAAGAGATTTCTTCAGTCATTTCAGCTCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGCAAAGAAGAATGGGGAAGAGATTTCTTCAGTCATTTCAGCTCTA  750

seq1  TGGTACTTACACAGAGTTTAATGGCCCTAAAACTCACAGAGCATCACTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACTTACACAGAGTTTAATGGCCCTAAAACTCACAGAGCATCACTAT  800

seq1  CTTCGTGAGTTTAGACAGCTCGGAAAT-GGCATCCTGCCTTTCTCAACCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGTGAGTTTAGACAGCTCGGAAATGGGCATCCTGCCTTTCTCAACCC  850

seq1  CATGGGTTCCAGGTAGCATGGACAGCTCAGGAAGAAGAGGATGAAATCTT  899
      ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||
seq2  CATGGGTTCCAGGTAGCTTGGACAGCTCA-GAAGAAGAGGATG-AATCTT  898

seq1  CCATTGTTTGGGTCTTAATGGA-TATTAAGATATGGTGATGAAACAGACA  948
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CCATTGTTTGGGTCTTAATGGATTATTAAGATATGGTGATGAAACAGAAA  948

seq1  GTCCTTGGGAAGGGCAAATGACAGTCATATTGGATACAGGCAACTTTGAG  998
      |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||  
seq2  GTCCTTGGGAAGGGCAAATGACAGTCATATGGAATACAGGCAACTTTGGA  998

seq1  AGGTGCAGGAGCTAGAAAGCCAAGAAAAGTTGCGTAGGTCTGAGGGAAGA  1048
      ||||||||||||||| |||| |  |||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGGTGCAGGAGCTAG-AAGCAAGAAAAAGTTGCGTAGGTCTGAGGG-AGA  1046

seq1  GCCTTAATCTTGTTCAAGACTTAGTGACGGTACTATAAATTGACCAGGCA  1098
      ||  |||||||||   ||||||| |||| ||||||| |||||||||||||
seq2  GC--TAATCTTGT--CAGACTTA-TGACCGTACTAT-AATTGACCAGGCA  1090

seq1  CAAA  1102
      ||||
seq2  CAAA  1094