BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-028L11
Chromosome2 (Build37)
Map Location 180,158,958 - 180,327,885
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlco4a1, Ntsr1, 1600027N09Rik, Ogfr
Upstream geneCdh4, Taf4a, Lsm14b, Psma7, Ss18l1, Gtpbp5, Hrh3, Osbpl2, LOC100039470, Adrm1, Lama5, Rps21, Cables2, BC066135, Gata5, EG622283
Downstream geneCol9a3, Tcfl5, Dido1, 2310003C23Rik, 1700019H03Rik, Bhlhb4, OTTMUSG00000016394, Ythdf1, Birc7, C030019F02Rik, LOC100039607, Arfgap1, Col20a1, Chrna4, Kcnq2, Eef1a2, 2700038C09Rik, Ptk6, Srms, LOC622592, BC051628, BC006779, Gmeb2, EG665467, Stmn3, Rtel1, Arfrp1, Zgpat, Lime1, Btbd4, BC050777, Tpd52l2, Dnajc5, Uckl1, Znf512b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-028L11.bB6Ng01-028L11.g
ACCDH859123DH859124
length1,1871,144
definitionDH859123|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028L11, 5' end.DH859124|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028L11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(180,158,958 - 180,160,174)(180,326,723 - 180,327,885)
sequence
gaattctagtgtgtctgagatggactttccaacattagatttgttctcag
agcatatgttggaccaaatgtccctccaagagccctgtatgggtccacat
gtagatggtgtgaatctatctcccggctctttcctctcccaggaccccgt
ctcttgtctgtggacccctttgctcagctctactggccagaaaaatgggg
atcttatcagatttctctgtgggcgctgtctatccctttgtgggggcttg
gtcctgagtttcactgacttcacagtgtgcctgttttatggagttctcaa
gagccacgagcatcctattcattccttagagtgggtggctcataccacct
tgacagagtttgcacttgaggataaaatgccaccatccttctgaggattc
ctggtggagccctccaagaagccagatcaagtgttgccccaacagtttgc
caggtagtaggaagtgccagaaactggggacataggaaaaactgtaatgg
actctttgtggggtacaagttggcactgtcccttgagcagaaataagggt
cactagctgatggcaagcagccacaacctgtgcagtagggagcttgtgcc
catttggtgacacagtgacttcctttatcatgtcaatgatagggagatgt
cgtcaggcacaggcagtggtgggggtagctgcactctcactgtgtctagg
ggcagcgactgagacatctctgaacccttaggatcagacccctctaccat
catacagtttggtctctcagagttgagacaggaggactgggacctgtgca
gtatgcacacagcactcctggaccagccgagccgccttagatggaaaagt
ccttgtcagacgtgagtctcctcagtgatttaaaggaggagctgatgagc
tcagagctggtgtgggcagtctggtcggatgaggtgactggatgggagaa
aagaatgggatggaggcccttcaccacactgctgtcagcattgacaggat
gaggcttgaggcatatgcacagagtcagctaatggtttggagtaaacgtc
ttagaaaagctgggctgggaagaatgagggaatcatggtggcctgcaatg
cacttctgctaggacgaatgactaacgtcacagcagtaccacaaccaaag
tccctgcatctctggggaacatggtactctctaagga
gaattcttacctcaacctccttcagtgtgaggggcttggcatgccagttc
actcctggttccctcaggggaaacagcctgagaagatgatgaggacacag
ggacttgagtgccaggcagcaactcgttttttgaactcagtgcctctctt
tcatctctgggaggagctaactggcctttcttacccaaggaagtgggtaa
ggatggcagtcggccgaaagcaggtaagacagcttcttagaaccccagcc
tatgtgctcagtgggctgggtggtagaaagtcaaaatggcggagaccagt
gtgcctttcaccagctgaggggcagagctatctttcctagggattcagtt
tgttctttcttgtcattaaccctgcagaattattcccacaacgtactccg
tgacaagaggatactgggagcagatcagtgggttgtcctcaagccaagga
atgttgttcttgccaggaaatggcatcgtttctgagtctgctttgtggta
tctcattcacatcctgctaaaaatcaagtccgatgtagtccagctccaac
tcctcccaggacataaaagcctgcccacagacctgagcacaatagccctc
atctgaacctggacatgacatgagaactcccacctcagtgtccagcccca
cttccctaaggctcaatccactcaccactggatgtaggagtgattctctt
ccaggaggtcatagttgtctttccagttctgaagaatgtcctcaatgaga
aagcctggacaccccatggagagaagtcagctacagtggccaccttgaca
tagctcagaggacagatctatcaaaatcactgcctagccctcaattcctt
taggattctcaggactcagcagagctgtccataactcatctgatataagc
acacactagttttaggtaactaggctacttctgtaggtaaggggtgcata
attcctctctgggactatatcttctcaggcaggaagctctgtgctcagag
aaatcccatagaagactaagtatggagcatggtctaggaagatgtctttg
gaggccagacagcaacatctggctgtgtagaccctggccttcccagcctt
atacaaagtactacctgtgtgatgggttacaggcatagaactct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_180158958_180160174
seq2: B6Ng01-028L11.b_48_1234

seq1  GAATTCTAGTGTGTCTGAGATGGACTTTCCAACATTAGATTTGTTCTCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGTGTGTCTGAGATGGACTTTCCAACATTAGATTTGTTCTCAG  50

seq1  AGCATATGTTGGACCAAATGTCCCTCCAAGAGCCCTGTATGGGTCCACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATATGTTGGACCAAATGTCCCTCCAAGAGCCCTGTATGGGTCCACAT  100

seq1  GTAGATGGTGTGAATCTATCTCCCGGCTCTTTCCTCTCCCAGGACCCCGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATGGTGTGAATCTATCTCCCGGCTCTTTCCTCTCCCAGGACCCCGT  150

seq1  CTCTTGTCTGTGGACCCCTTTGCTCAGCTCTACTGGCCAGAAAAATGGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGTCTGTGGACCCCTTTGCTCAGCTCTACTGGCCAGAAAAATGGGG  200

seq1  ATCTTATCAGATTTCTCTGTGGGCGCTGTCTATCCCTTTGTGGGGGCTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTATCAGATTTCTCTGTGGGCGCTGTCTATCCCTTTGTGGGGGCTTG  250

seq1  GTCCTGAGTTTCACTGACTTCACAGTGTGCCTGTTTTATGGAGTTCTCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGAGTTTCACTGACTTCACAGTGTGCCTGTTTTATGGAGTTCTCAA  300

seq1  GAGCCACGAGCATCCTATTCATTCCTTAGAGTGGGTGGCTCATACCACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCACGAGCATCCTATTCATTCCTTAGAGTGGGTGGCTCATACCACCT  350

seq1  TGACAGAGTTTGCACTTGAGGATAAAATGCCACCATCCTTCTGAGGATTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGAGTTTGCACTTGAGGATAAAATGCCACCATCCTTCTGAGGATTC  400

seq1  CTGGTGGAGCCCTCCAAGAAGCCAGATCAAGTGTTGCCCCAACAGTTTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGGAGCCCTCCAAGAAGCCAGATCAAGTGTTGCCCCAACAGTTTGC  450

seq1  CAGGTAGTAGGAAGTGCCAGAAACTGGGGACATAGGAAAAACTGTAATGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAGTAGGAAGTGCCAGAAACTGGGGACATAGGAAAAACTGTAATGG  500

seq1  ACTCTTTGTGGGGTACAAGTTGGCACTGTCCCTTGAGCAGAAATAAGGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTTGTGGGGTACAAGTTGGCACTGTCCCTTGAGCAGAAATAAGGGT  550

seq1  CACTAGCTGATGGCAAGCAGCCACAACCTGTGCAGTAGGGAGCTTGTGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAGCTGATGGCAAGCAGCCACAACCTGTGCAGTAGGGAGCTTGTGCC  600

seq1  CATTTGGTGACACAGTGACTTCCTTTATCATGTCAATGATAGGGAGATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGGTGACACAGTGACTTCCTTTATCATGTCAATGATAGGGAGATGT  650

seq1  CGTCAGGCACAGGCAGTGGTGGGGGTAGCTGCACTCTCACTGTGTCTAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCAGGCACAGGCAGTGGTGGGGGTAGCTGCACTCTCACTGTGTCTAGG  700

seq1  GGCAGCGACTGAGACATCTCTGAACCCTTAGGATCAGACCCCTCTACCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCGACTGAGACATCTCTGAACCCTTAGGATCAGACCCCTCTACCAT  750

seq1  CATACAGTTTGGTCTCTCAGAGTTGAGACAGGAGGACTGGGACCTGTGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAGTTTGGTCTCTCAGAGTTGAGACAGGAGGACTGGGACCTGTGCA  800

seq1  GTATGCACACAGCACTCCTGGACCAGCCGAGCCGCCTTAGATGGAAAAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCACACAGCACTCCTGGACCAGCCGAGCCGCCTTAGATGGAAAAGT  850

seq1  CCTTGTCAGACGTGAGTCTCCTCAGTGATTTAAAGGAGGAGCTGATGAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTCAGACGTGAGTCTCCTCAGTGATTTAAAGGAGGAGCTGATGAGC  900

seq1  TCAGAGCTGGTGTGGGCAGTCTGGTCGGATGAGGTGACTGGATGGGAAGA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCAGAGCTGGTGTGGGCAGTCTGGTCGGATGAGGTGACTGGATGGG-AGA  949

seq1  AAAGAATGGGATGGAGGCCCCTCACCCACACCTGCTGTCAAGCATTGACA  1000
      |||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||
seq2  AAAGAATGGGATGGAGGCCCTTCA-CCACA-CTGCTGTC-AGCATTGACA  996

seq1  GGATGAGGCTTGAGGCATATGCACAGAGTCAGCTTAATGGTTTTGGAGTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| 
seq2  GGATGAGGCTTGAGGCATATGCACAGAGTCAGC-TAATGG-TTTGGAGT-  1043

seq1  AAACGTCTTCAGAACATGCTGGGCTGGGAAAGACTGAGGGAATCATGGTG  1100
      ||||||||| |||| | ||||||||||| |||| ||||||||||||||||
seq2  AAACGTCTT-AGAA-AAGCTGGGCTGGG-AAGAATGAGGGAATCATGGTG  1090

seq1  GCCCTGCAGTGGCAGCTTCTGGCTAGGACAGATGGACTAAACAGTCACAG  1150
      | |||||| | ||| ||||| |||||||| ||  ||||||   |||||||
seq2  G-CCTGCAAT-GCA-CTTCT-GCTAGGAC-GAATGACTAA--CGTCACAG  1133

seq1  CAGTGACCACAGACTCAGATGTCCCTTGCCCAGCTTCTTGGGGGGGACTA  1200
      |||| |||||| || || | ||||||      || |||    |||||  |
seq2  CAGT-ACCACA-AC-CA-AAGTCCCT------GCATCT--CTGGGGAACA  1171

seq1  TGGGTACTCTCTAAGGA  1217
      | |||||||||||||||
seq2  T-GGTACTCTCTAAGGA  1187

seq1: chr2_180326723_180327885
seq2: B6Ng01-028L11.g_67_1210 (reverse)

seq1  AGAGTTCTATTGGTGCTTGTTACACCCATCCACACATGTAGTTACTTTTT  50
      |||||||||    ||| |||   |||||| |||||| |||| |||||| |
seq2  AGAGTTCTA----TGCCTGT--AACCCAT-CACACAGGTAG-TACTTTGT  42

seq1  GATATAGCCTGGAGAAGGCCATGTGTCTACACAGCCAAGATGTTTGCTGT  100
       ||| || |||| |||||||| | |||||||||||| ||||| |||||||
seq2  -ATA-AGGCTGG-GAAGGCCA-GGGTCTACACAGCC-AGATG-TTGCTGT  86

seq1  CTGGCCCTTCAAAGACATCTTCCCTAGACCATGCTCCATACTTAGTC-TC  149
      |||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTGG-CCTCCAAAGACATCTT-CCTAGACCATGCTCCATACTTAGTCTTC  134

seq1  TATGGGGATTTCTCTTGAGCACAGAGCTTCCTGCCTGAGAAGATATATGT  199
      ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TAT-GGGATTTCTC-TGAGCACAGAGCTTCCTGCCTGAGAAGATATA-GT  181

seq1  CCCAGAGAGGAATTATTGCACCCCTTACCTACAGAAGTAGCCTAGTTACC  249
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGAGGAATTA-TGCACCCCTTACCTACAGAAGTAGCCTAGTTACC  230

seq1  TAAAACTAGTGTGTGCTTATATCAGATGAGTTATGGACAGCTCTGCTGAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACTAGTGTGTGCTTATATCAGATGAGTTATGGACAGCTCTGCTGAG  280

seq1  TCCTGAGAATCCTAAAGGAATTGAGGGCTAGGCAGTGATTTTGATAGATC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAGAATCCTAAAGGAATTGAGGGCTAGGCAGTGATTTTGATAGATC  330

seq1  TGTCCTCTGAGCTATGTCAAGGTGGCCACTGTAGCTGACTTCTCTCCATG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTCTGAGCTATGTCAAGGTGGCCACTGTAGCTGACTTCTCTCCATG  380

seq1  GGGTGTCCAGGCTTTCTCATTGAGGACATTCTTCAGAACTGGAAAGACAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTCCAGGCTTTCTCATTGAGGACATTCTTCAGAACTGGAAAGACAA  430

seq1  CTATGACCTCCTGGAAGAGAATCACTCCTACATCCAGTGGTGAGTGGATT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGACCTCCTGGAAGAGAATCACTCCTACATCCAGTGGTGAGTGGATT  480

seq1  GAGCCTTAGGGAAGTGGGGCTGGACACTGAGGTGGGAGTTCTCATGTCAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTTAGGGAAGTGGGGCTGGACACTGAGGTGGGAGTTCTCATGTCAT  530

seq1  GTCCAGGTTCAGATGAGGGCTATTGTGCTCAGGTCTGTGGGCAGGCTTTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGGTTCAGATGAGGGCTATTGTGCTCAGGTCTGTGGGCAGGCTTTT  580

seq1  ATGTCCTGGGAGGAGTTGGAGCTGGACTACATCGGACTTGATTTTTAGCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCTGGGAGGAGTTGGAGCTGGACTACATCGGACTTGATTTTTAGCA  630

seq1  GGATGTGAATGAGATACCACAAAGCAGACTCAGAAACGATGCCATTTCCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTGAATGAGATACCACAAAGCAGACTCAGAAACGATGCCATTTCCT  680

seq1  GGCAAGAACAACATTCCTTGGCTTGAGGACAACCCACTGATCTGCTCCCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGAACAACATTCCTTGGCTTGAGGACAACCCACTGATCTGCTCCCA  730

seq1  GTATCCTCTTGTCACGGAGTACGTTGTGGGAATAATTCTGCAGGGTTAAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCCTCTTGTCACGGAGTACGTTGTGGGAATAATTCTGCAGGGTTAAT  780

seq1  GACAAGAAAGAACAAACTGAATCCCTAGGAAAGATAGCTCTGCCCCTCAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGAAAGAACAAACTGAATCCCTAGGAAAGATAGCTCTGCCCCTCAG  830

seq1  CTGGTGAAAGGCACACTGGTCTCCGCCATTTTGACTTTCTACCACCCAGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGAAAGGCACACTGGTCTCCGCCATTTTGACTTTCTACCACCCAGC  880

seq1  CCACTGAGCACATAGGCTGGGGTTCTAAGAAGCTGTCTTACCTGCTTTCG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGAGCACATAGGCTGGGGTTCTAAGAAGCTGTCTTACCTGCTTTCG  930

seq1  GCCGACTGCCATCCTTACCCACTTCCTTGGGTAAGAAAGGCCAGTTAGCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGACTGCCATCCTTACCCACTTCCTTGGGTAAGAAAGGCCAGTTAGCT  980

seq1  CCTCCCAGAGATGAAAGAGAGGCACTGAGTTCAAAAAACGAGTTGCTGCC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCAGAGATGAAAGAGAGGCACTGAGTTCAAAAAACGAGTTGCTGCC  1030

seq1  TGGCACTCAAGTCCCTGTGTCCTCATCATCTTCTCAGGCTGTTTCCCCTG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACTCAAGTCCCTGTGTCCTCATCATCTTCTCAGGCTGTTTCCCCTG  1080

seq1  AGGGAACCAGGAGTGAACTGGCATGCCAAGCCCCTCACACTGAAGGAGGT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAACCAGGAGTGAACTGGCATGCCAAGCCCCTCACACTGAAGGAGGT  1130

seq1  TGAGGTAAGAATTC  1163
      ||||||||||||||
seq2  TGAGGTAAGAATTC  1144