BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-030D14
Chromosome2 (Build37)
Map Location 100,659,751 - 100,791,459
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC668702, LOC100042907, LOC241572, LOC668705
Downstream geneB230118H07Rik, Rag2, Rag1, LOC100042930, Traf6, 2600010E01Rik, LOC100043302, Commd9, Ldlrad3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-030D14.bB6Ng01-030D14.g
ACCDH860194DH860195
length1,157988
definitionDH860194|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-030D14, 5' end.DH860195|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-030D14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(100,790,276 - 100,791,459)(100,659,751 - 100,660,736)
sequence
gaattcacattttttgtgaagggcatgataattcaagtattataagcatg
taattacagaaggttgtcttctcttataaagtctattgctaagacacaga
cagtattgcttactctggccagtgaaagcactgtctctaaacgtttgata
aaggctgggtggaaagcatggtgcaacatttcattgatgatcagaagata
atttttaatctttctttttactgtgttttaatagtatttatttttatgtg
atgagtatgtgcctggctctgtatatgtgcaacagatatgtacactgccc
atatggaaatctcaaggcagttatcttaagacaacagtgtcaggagaatc
ttaggatgtctggttaagatttcttctcatgctgggcagtggtggcgcat
gccttttatcccagcactagggaggcaggcagagtctgaggccagcctgg
tctatagagtgagttccagcacatgcagggctatacagggaaaccctgcc
ttgaaaaaaccaaaacacacacacacacacacacacacacacacacacac
acacaaggatttcttctcatggatcgtccaggaactttctttttaccagc
agtaacaggttactgttttaacagggtaagagattcagacaataatattt
ttgcaaacaaatacaatgtcacattaatgtagatagtaaattctgtcagg
agaagtagcttttatcattagtgtctagggcatatgtatggaaatagata
gttttacttcttaaattcctttggcctagaaaattacaagctagataatg
ctgttagtatattttaaaatcacttcaattacaaacacccactcaagtaa
cataaaggttatgtaatttatctgacctatgttaaatacaagaataaaga
ttataatatctagagaagcattaaagggtaaaatatcatttcaaattctg
actaaatataacttttataatatgcaactagctcattaaacagaagctct
ttaaaactaggatagtttgtacaattttatgtcttttttgtgaagaataa
atatttggattcattccggttctcttggttttgatggcttccgtgaatcc
tactcgagcatagtctgccccaacctctatccaccgtttagaacaaaata
aaccttt
gaattcactgcctatattgatataaacagtctcaatgaaatggtaatagc
aaaatgtgattggagttgattcttgacagaaagataatacaaagtggaca
taatgactatgttcagttgtgctttgttctaaaggtgaatcaggacaatg
gtttgtaattaatatatatttaaggcattttgattgtgtttagggtttct
ttcaggagacagttgatgaagaacaagtgttttagaaactataattctta
ttttctacttcagcaacaacaagaatcacaacaaaacctgaataaacaag
agcaagaaatcatctctgcctaaaaggcctttagcagctgagaagggaaa
ggagaaatggtggccatagatcttttaagtgaaatataaaagaagatcac
attttaagaatgaacgtatatgaagatttccaggcttgaggaagagagag
tacaaacccatactacaggatgacttcctgttagcatcacaaatgtagag
tgaagtggatcagcatgttctctctggaaaaaaaaaatcagctgcttgag
tgcaggtgcaaatgactatggattttcattagggctgatgttttccaggt
aatcatggtgaaggctgagagtggagcagtgtgatgatggctgagcatag
agtgtgagcaggattcaaaataaagatgtcatggtgaaggaaagacataa
agcactagctataatggattccaaatcctggctcatgtaaagtcatgtga
gatttaggattcttaaaagagttgaatgaaaaaatgtggtctcagatgcc
tgatatgtaatttcagtagacatcccagaggaagcatggacaatggtgag
tgatagggtttatattgtagaattaccagatgctcatgacagaaaagaaa
tgaagtaaatggtgagtcaggcatgggaagatcagccagaagctgtggag
tcacatgaatactgaaagtctattaaagacagtaccag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_100790276_100791459
seq2: B6Ng01-030D14.b_46_1202 (reverse)

seq1  AAAGAGTTTATTTTGTTCTAATAACAGCTAGGACTAGAGGTTTGGGGCAG  50
      |||| |||||||||||||||  ||| |   ||| |||||| |||||||||
seq2  AAAG-GTTTATTTTGTTCTA--AACGG--TGGA-TAGAGG-TTGGGGCAG  43

seq1  ACATATTGCTTCAGAAGATAAGAGAATCAACAGAGAAGCCACTCAAAAAC  100
      || || ||||  || ||      || |   ||  ||||||| |||||| |
seq2  AC-TA-TGCTCGAGTAG------GATT---CACGGAAGCCA-TCAAAACC  81

seq1  AAGAAGGAACCCGAATGGATTCAAAATATTTATTCTTCACCACAAAAGAC  150
      ||||  ||||| |||| || || |||||||||||||||| || |||||||
seq2  AAGA--GAACCGGAAT-GAATCCAAATATTTATTCTTCA-CAAAAAAGAC  127

seq1  ATAAAAATTGTACAAACTATCCTAGTTATTAAAAGAGCTTCTGTTTAATG  200
      || |||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||
seq2  AT-AAAATTGTACAAACTATCCTAGT--TTTAAAGAGCTTCTGTTTAATG  174

seq1  AGCTAGTTGCATATTATAAAAGTTATATTTAGTCAGAATTTGAAATGATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGTTGCATATTATAAAAGTTATATTTAGTCAGAATTTGAAATGATA  224

seq1  TTTTACCCTTTAATGCTTCTCTAGATATTATAATCTTTATTCTTGTATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTTTACCCTTTAATGCTTCTCTAGATATTATAATCTTTATTCTTGTA-TT  273

seq1  TAACATAGGTCAGATAAATTACATAACCTTTATGTTACTTGAGTGGGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATAGGTCAGATAAATTACATAACCTTTATGTTACTTGAGTGGGTGT  323

seq1  TTGTAATTGAAGTGATTTTAAAATATACTAACAGCATTATCTAGCTTGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAATTGAAGTGATTTTAAAATATACTAACAGCATTATCTAGCTTGTA  373

seq1  ATTTTCTAGGCCAAAGGAATTTAAGAAGTAAAACTATCTATTTCCATACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTAGGCCAAAGGAATTTAAGAAGTAAAACTATCTATTTCCATACA  423

seq1  TATGCCCTAGACACTAATGATAAAAGCTACTTCTCCTGACAGAATTTACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCCTAGACACTAATGATAAAAGCTACTTCTCCTGACAGAATTTACT  473

seq1  ATCTACATTAATGTGACATTGTATTTGTTTGCAAAAATATTATTGTCTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACATTAATGTGACATTGTATTTGTTTGCAAAAATATTATTGTCTGA  523

seq1  ATCTCTTACCCTGTTAAAACAGTAACCTGTTACTGCTGGTAAAAAGAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTTACCCTGTTAAAACAGTAACCTGTTACTGCTGGTAAAAAGAAAG  573

seq1  TTCCTGGACGATCCATGAGAAGAAATCCTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGACGATCCATGAGAAGAAATCCTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  623

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTGGTTTTTTCAAGGCAGGGTTTCCCTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTGGTTTTTTCAAGGCAGGGTTTCCCTGT  673

seq1  ATAGCCCTGCATGTGCTGGAACTCACTCTATAGACCAGGCTGGCCTCAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCCTGCATGTGCTGGAACTCACTCTATAGACCAGGCTGGCCTCAGA  723

seq1  CTCTGCCTGCCTCCCTAGTGCTGGGATAAAAGGCATGCGCCACCACTGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCTGCCTCCCTAGTGCTGGGATAAAAGGCATGCGCCACCACTGCC  773

seq1  CAGCATGAGAAGAAATCTTAACCAGACATCCTAAGATTCTCCTGACACTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATGAGAAGAAATCTTAACCAGACATCCTAAGATTCTCCTGACACTG  823

seq1  TTGTCTTAAGATAACTGCCTTGAGATTTCCATATGGGCAGTGTACATATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTAAGATAACTGCCTTGAGATTTCCATATGGGCAGTGTACATATC  873

seq1  TGTTGCACATATACAGAGCCAGGCACATACTCATCACATAAAAATAAATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCACATATACAGAGCCAGGCACATACTCATCACATAAAAATAAATA  923

seq1  CTATTAAAACACAGTAAAAAGAAAGATTAAAAATTATCTTCTGATCATCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAAAACACAGTAAAAAGAAAGATTAAAAATTATCTTCTGATCATCA  973

seq1  ATGAAATGTTGCACCATGCTTTCCACCCAGCCTTTATCAAACGTTTAGAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAATGTTGCACCATGCTTTCCACCCAGCCTTTATCAAACGTTTAGAG  1023

seq1  ACAGTGCTTTCACTGGCCAGAGTAAGCAATACTGTCTGTGTCTTAGCAAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGCTTTCACTGGCCAGAGTAAGCAATACTGTCTGTGTCTTAGCAAT  1073

seq1  AGACTTTATAAGAGAAGACAACCTTCTGTAATTACATGCTTATAATACTT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTATAAGAGAAGACAACCTTCTGTAATTACATGCTTATAATACTT  1123

seq1  GAATTATCATGCCCTTCACAAAAAATGTGAATTC  1184
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTATCATGCCCTTCACAAAAAATGTGAATTC  1157

seq1: chr2_100659751_100660736
seq2: B6Ng01-030D14.g_66_1047

seq1  GAATTCACTGCCTATATTGATATAAACAGTCTCAATGAAATGGTAATAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGCCTATATTGATATAAACAGTCTCAATGAAATGGTAATAGC  50

seq1  AAAATGTGATTGGAGTTGATTCTTGACAGAAAGATAATACAAAGTGGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTGATTGGAGTTGATTCTTGACAGAAAGATAATACAAAGTGGACA  100

seq1  TAATGACTATGTTCAGTTGTGCTTTGTTCTAAAGGTGAATCAGGACAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGACTATGTTCAGTTGTGCTTTGTTCTAAAGGTGAATCAGGACAATG  150

seq1  GTTTGTAATTAATATATATTTAAGGCATTTTGATTGTGTTTAGGGTTTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTAATTAATATATATTTAAGGCATTTTGATTGTGTTTAGGGTTTCT  200

seq1  TTCAGGAGACAGTTGATGAAGAACAAGTGTTTTAGAAACTATAATTCTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGAGACAGTTGATGAAGAACAAGTGTTTTAGAAACTATAATTCTTA  250

seq1  TTTTCTACTTCAGCAACAACAAGAATCACAACAAAACCTGAATAAACAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTACTTCAGCAACAACAAGAATCACAACAAAACCTGAATAAACAAG  300

seq1  AGCAAGAAATCATCTCTGCCTAAAAGGCCTTTAGCAGCTGAGAAGGGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGAAATCATCTCTGCCTAAAAGGCCTTTAGCAGCTGAGAAGGGAAA  350

seq1  GGAGAAATGGTGGCCATAGATCTTTTAAGTGAAATATAAAAGAAGATCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAATGGTGGCCATAGATCTTTTAAGTGAAATATAAAAGAAGATCAC  400

seq1  ATTTTAAGAATGAACGTATATGAAGATTTCCAGGCTTGAGGAAGAGAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAAGAATGAACGTATATGAAGATTTCCAGGCTTGAGGAAGAGAGAG  450

seq1  TACAAACCCATACTACAGGATGACTTCCTGTTAGCATCACAAATGTAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAACCCATACTACAGGATGACTTCCTGTTAGCATCACAAATGTAGAG  500

seq1  TGAAGTGGATCAGCATGTTCTCTCTGGAAAAAAAAAATCAGCTGCTTGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTGGATCAGCATGTTCTCTCTGGAAAAAAAAAATCAGCTGCTTGAG  550

seq1  TGCAGGTGCAAATGACTATGGATTTTCATTAGGGCTGATGTTTTCCAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGTGCAAATGACTATGGATTTTCATTAGGGCTGATGTTTTCCAGGT  600

seq1  AATCATGGTGAAGGCTGAGAGTGGAGCAGTGTGATGATGGCTGAGCATAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATGGTGAAGGCTGAGAGTGGAGCAGTGTGATGATGGCTGAGCATAG  650

seq1  AGTGTGAGCAGGATTCAAAATAAAGATGTCATGGTGAAGGAAAGACATAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGAGCAGGATTCAAAATAAAGATGTCATGGTGAAGGAAAGACATAA  700

seq1  AGCACTAGCTATAATGGATTCCAAATCCTGGCTCATGTAAAGTCATGTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTAGCTATAATGGATTCCAAATCCTGGCTCATGTAAAGTCATGTGA  750

seq1  GATTTAGGATTCTTAAAAGAGTTGAATGAAAAAATGTGGTCTCAGATGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTAGGATTCTTAAAAGAGTTGAATGAAAAAATGTGGTCTCAGATGCC  800

seq1  TGATATGTAATTTCAGTAGACATCCCAGAGGAAGCATGGACAATGGTGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATGTAATTTCAGTAGACATCCCAGAGGAAGCATGGACAATGGTGAG  850

seq1  TGATAGGGTTTATATTGTAGAATTACCAGAGGCTCATGACAGAAAAGAAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGATAGGGTTTATATTGTAGAATTACCAGATGCTCATGACAGAAAAGAAA  900

seq1  TTGAAGTAAATGGTGAGTCAGGCAATGGGAAGATCAGCCAGAAGGCTGTT  950
       |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |
seq2  -TGAAGTAAATGGTGAGTCAGGC-ATGGGAAGATCAGCCAGAA-GCTG-T  946

seq1  GGAGTCACATGAATACTGAAAGTCTATTAAAGACAG  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCACATGAATACTGAAAGTCTATTAAAGACAG  982