BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-037G12
Chromosome2 (Build37)
Map Location 38,910,076 - 39,038,084
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGolga1, A930041I02Rik, LOC100042584
Upstream geneDennd1a, LOC100040947, Lhx2, Nek6, Psmb7, LOC674251, Nr5a1, Nr6a1, Olfml2a, LOC624652, LOC100041071, 1700123D08Rik, Rpl35, Arpc5l
Downstream genePpp6c, Vmn2r-ps2, Ppia-ps2_560.1, LOC100042604, Magmas-ps
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-037G12.bB6Ng01-037G12.g
ACCDH865279DH865280
length1,012950
definitionDH865279|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-037G12, 5' end.DH865280|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-037G12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,037,070 - 39,038,084)(38,910,076 - 38,911,024)
sequence
gaattcctaaaccttcccctgctaccccaggcccaattggggaagtgacc
agtggccacacacccaaaattctcacatggttcattggcttgctctcctg
cccttgcgtgcttgctcgctccctccctccctccgaccctggctctcctc
ttccctccttccccttctcttttactccctcactccttccctccccctat
ccccaccccacacacaactcttaagtgcccagccattggtttggctgttg
gcatctttactgatcagttaaacaccaatggggacaaggatctttagcgt
ttggacacgtagattccggattaaatcaaagcattagaaccaatctccag
tattctacagtcaatagttaagtcatttggtcttgtataatttttaacac
aggttcagattttcatttttttctttgggttttgcttaggactctggacg
tttgggttaagtctttttttgttttaacatgtgctttgagtaagtgcttg
cctacttactaaaggtggatctagggaactggggctgatctggaaatgca
ctggctcctttaagagagcctgcttcttgctcctgggatttccatcttcc
cccagctcagtgccctctgggaagaagagggtgtcagatcacctgaaact
gtaattttaggagggcgtgagctacccagggtggatgctgggatctaaac
ctagatcctctacaagagcaagtgttccctactgctgaaccacctctttc
agcccctgaaaaatactaatgtttggttgatcagctttacttggaacttt
ctttgaaaccaccaagattcatacatgggttagacagtatttaagcatat
agaaagtattagtcttaacaaaccatgtagtctagacatgtttatattat
tttattctaataaataataaatttatataaatcttacctttttgtgccca
attctactatactgatgagaattgaatcctcagggattatgatgcattaa
gtatctttgtta
gaattcactacccgtgtgccttattttgttgaccccaagaagctgaacct
gaagaaaaaatgattaacaatcgtgtgaataatgctatagacttctgaca
gctatacaaatttatttcacatacaatccagtgaaataattttactttac
tgttttcccgcaaaaaaaaaaaattggcataaattcaaggaacaaaagga
gacacataaatcatgaaccacttcacaggatgaagctatcaaaatatgtc
tactgtcaaaaaatatatatataaaaattcacaattctagtatgaacatg
ccttgtttggttaaaggatataatgggagctatgtaaatttaaactgaac
agcataagaactgaataagaatggctcccacgggctcatataattgaatg
cttagtcaccaaggagtggtcctattttagagggattggaaggcatggcc
ttgctggagtagatgtgacctagttgatgggactgtgtcactcactgggt
gtgttcttttgaggttcagaagcctacaccaggcccgatgtctctttgct
ttcacatcaggatataggtctctgttacttctttagcaccacagttgcca
atcatcatgcttcccaccatgataaaaatggactaaactaaacctctgaa
actgtaagcaagcccccaatacatgctttcttttttaaaagttgcctttg
gtcatggtgtttcttcacagcaacagtagtatagtgactaagacagagat
gtaatgagaattacaccctcctaaagaagcagataataaagttaggaaaa
tcaggaaaaaatggcctcaagtcctggagcaagactcacatgagtgatgt
gagctacactaagtggcagcccagcagcaaacttatctgtagcacatgga
ttcaacatctgttgctcattccctagcctatagagagtggtccctataat

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_39037070_39038084
seq2: B6Ng01-037G12.b_45_1056 (reverse)

seq1  TAACAAAAGATACTTAATGCATCATTAATCACTGA-GATTCAATTTCTCA  49
      |||| ||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||| ||||||
seq2  TAAC-AAAGATACTTAATGCATCA-TAATCCCTGAGGATTCAA-TTCTCA  47

seq1  TCAGTATAGTAGAATTGGGGCACAAAAAGGTAAGAATTTATATAAATTTA  99
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCAGTATAGTAGAATT-GGGCACAAAAAGGTAAG-ATTTATATAAATTTA  95

seq1  TTATTTATTAGAATAAAATAATATTAACATGTCTTGACTACCTGGTTTTG  149
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| ||||
seq2  TTATTTATTAGAATAAAATAATATAAACATGTCTAGACTACATGG-TTTG  144

seq1  TTAAGACTAATACCTTCTATATGCTTAAATACTGTCTAACCCATGTATGA  199
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGACTAATACTTTCTATATGCTTAAATACTGTCTAACCCATGTATGA  194

seq1  ATCTTGGTGGTTTCAAAGAAAGTTCCAAGT-AAGCTGATCAACCAAACAT  248
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGGTGGTTTCAAAGAAAGTTCCAAGTAAAGCTGATCAACCAAACAT  244

seq1  TAGTATTTTTCAGGGGCTG-AAGAGGTGGTTCAGCAGTAGGGAACACTTG  297
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATTTTTCAGGGGCTGAAAGAGGTGGTTCAGCAGTAGGGAACACTTG  294

seq1  CTCTTGTAGAGGATCTAGGTTTAGATCCCAGCATCCACCCTGGGTAGCTC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGTAGAGGATCTAGGTTTAGATCCCAGCATCCACCCTGGGTAGCTC  344

seq1  ACGCCCTCCTAAAATTACAGTTTCAGGTGATCTGACACCCTCTTCTTCCC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCCCTCCTAAAATTACAGTTTCAGGTGATCTGACACCCTCTTCTTCCC  394

seq1  AGAGGGCACTGAGCTGGGGGAAGATGGAAATCCCAGGAGCAAGAAGCAGG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGCACTGAGCTGGGGGAAGATGGAAATCCCAGGAGCAAGAAGCAGG  444

seq1  CTCTCTTAAAGGAGCCAGTGCATTTCCAGATCAGCCCCAGTTCCCTAGAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTAAAGGAGCCAGTGCATTTCCAGATCAGCCCCAGTTCCCTAGAT  494

seq1  CCACCTTTAGTAAGTAGGCAAGCACTTACTCAAAGCACATGTTAAAACAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTTTAGTAAGTAGGCAAGCACTTACTCAAAGCACATGTTAAAACAA  544

seq1  AAAAAGACTTAACCCAAACGTCCAGAGTCCTAAGCAAAACCCAAAGAAAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGACTTAACCCAAACGTCCAGAGTCCTAAGCAAAACCCAAAGAAAA  594

seq1  AAATGAAAATCTGAACCTGTGTTAAAAATTATACAAGACCAAATGACTTA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAAATCTGAACCTGTGTTAAAAATTATACAAGACCAAATGACTTA  644

seq1  ACTATTGACTGTAGAATACTGGAGATTGGTTCTAATGCTTTGATTTAATC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTGACTGTAGAATACTGGAGATTGGTTCTAATGCTTTGATTTAATC  694

seq1  CGGAATCTACGTGTCCAAACGCTAAAGATCCTTGTCCCCATTGGTGTTTA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAATCTACGTGTCCAAACGCTAAAGATCCTTGTCCCCATTGGTGTTTA  744

seq1  ACTGATCAGTAAAGATGCCAACAGCCAAACCAATGGCTGGGCACTTAAGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATCAGTAAAGATGCCAACAGCCAAACCAATGGCTGGGCACTTAAGA  794

seq1  GTTGTGTGTGGGGTGGGGATAGGGGGAGGGAAGGAGTGAGGGAGTAAAAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGTGTGGGGTGGGGATAGGGGGAGGGAAGGAGTGAGGGAGTAAAAG  844

seq1  AGAAGGGGAAGGAGGGAAGAGGAGAGCCAGGGTCGGAGGGAGGGAGGGAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGGGAAGGAGGGAAGAGGAGAGCCAGGGTCGGAGGGAGGGAGGGAG  894

seq1  CGAGCAAGCACGCAAGGGCAGGAGAGCAAGCCAATGAACCATGTGAGAAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCAAGCACGCAAGGGCAGGAGAGCAAGCCAATGAACCATGTGAGAAT  944

seq1  TTTGGGTGTGTGGCCACTGGTCACTTCCCCAATTGGGCCTGGGGTAGCAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGTGTGTGGCCACTGGTCACTTCCCCAATTGGGCCTGGGGTAGCAG  994

seq1  GGGAAGGTTTAGGAATTC  1015
      ||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGTTTAGGAATTC  1012

seq1: chr2_38910076_38911024
seq2: B6Ng01-037G12.g_71_1020

seq1  GAATTCACTACCCGTGTGCCTTATTTTGTTGACCCCAAGAAGCTGAACCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTACCCGTGTGCCTTATTTTGTTGACCCCAAGAAGCTGAACCT  50

seq1  GAAGAAAAAATGATTAACAATCGTGTGAATAATGCTATAGACTTCTGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAAAAATGATTAACAATCGTGTGAATAATGCTATAGACTTCTGACA  100

seq1  GCTATACAAATTTATTTCACATACAATCCAGTGAAATAATTTTACTTTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATACAAATTTATTTCACATACAATCCAGTGAAATAATTTTACTTTAC  150

seq1  TGTTTTCCCGCAAAAAAAAAAAATTGGCATAAATTCAAGGAACAAAAGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCCCGCAAAAAAAAAAAATTGGCATAAATTCAAGGAACAAAAGGA  200

seq1  GACACATAAATCATGAACCACTTCACAGGATGAAGCTATCAAAATATGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACATAAATCATGAACCACTTCACAGGATGAAGCTATCAAAATATGTC  250

seq1  TACTGTCAAAAAATATATATATAAAAATTCACAATTCTAGTATGAACATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTCAAAAAATATATATATAAAAATTCACAATTCTAGTATGAACATG  300

seq1  CCTTGTTTGGTTAAAGGATATAATGGGAGCTATGTAAATTTAAACTGAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTTTGGTTAAAGGATATAATGGGAGCTATGTAAATTTAAACTGAAC  350

seq1  AGCATAAGAACTGAATAAGAATGGCTCCCACGGGCTCATATAATTGAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAAGAACTGAATAAGAATGGCTCCCACGGGCTCATATAATTGAATG  400

seq1  CTTAGTCACCAAGGAGTGGTCCTATTTTAGAGGGATTGGAAGGCATGGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTCACCAAGGAGTGGTCCTATTTTAGAGGGATTGGAAGGCATGGCC  450

seq1  TTGCTGGAGTAGATGTGACCTAGTTGATGGGACTGTGTCACTCACTGGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGGAGTAGATGTGACCTAGTTGATGGGACTGTGTCACTCACTGGGT  500

seq1  GTGTTCTTTTGAGGTTCAGAAGCCTACACCAGGCCCGATGTCTCTTTGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCTTTTGAGGTTCAGAAGCCTACACCAGGCCCGATGTCTCTTTGCT  550

seq1  TTCACATCAGGATATAGGTCTCTGTTACTTCTTTAGCACCACAGTTGCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATCAGGATATAGGTCTCTGTTACTTCTTTAGCACCACAGTTGCCA  600

seq1  ATCATCATGCTTCCCACCATGATAAAAATGGACTAAACTAAACCTCTGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCATGCTTCCCACCATGATAAAAATGGACTAAACTAAACCTCTGAA  650

seq1  ACTGTAAGCAAGCCCCCAATACATGCTTTCTTTTTTAAAAGTTGCC-TTG  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACTGTAAGCAAGCCCCCAATACATGCTTTCTTTTTTAAAAGTTGCCTTTG  700

seq1  GTCATGGTGTTTCTTCACAGCAACAGTAGTATAGTGACTAAGACAGAGAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGGTGTTTCTTCACAGCAACAGTAGTATAGTGACTAAGACAGAGAT  750

seq1  GTAATGAGAATTACA-CCTCCTAAAGAAGCAGATAATAAAGTTAGGAAAA  798
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGAGAATTACACCCTCCTAAAGAAGCAGATAATAAAGTTAGGAAAA  800

seq1  TCAGGAAAAAATGGCCTCAAGTCCTGGAGCAAGACTCACATGAGTGATGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAAAAAATGGCCTCAAGTCCTGGAGCAAGACTCACATGAGTGATGT  850

seq1  GAGCTACACTAAGTGGCAGCCCAGCAGCAAAACTTATCTGTAGCACATGG  898
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTACACTAAGTGGCAGCCCAGCAGC-AAACTTATCTGTAGCACATGG  899

seq1  ATTCAACATCTGTTGCTCATTCCCTAGCCTATAGAGAGTGGTCCCTATAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAACATCTGTTGCTCATTCCCTAGCCTATAGAGAGTGGTCCCTATAA  949

seq1  T  949
      |
seq2  T  950