BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-038C23
Chromosome2 (Build37)
Map Location 73,696,739 - 73,838,755
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAtf2, Atp5g3, LOC667729
Upstream geneSp3, Hspe1-ps5, Gtpbp9, LOC620110, Sp9, 1700023B02Rik, Scrn3, Gpr155, Wipf1, Chrna1, Chn1
Downstream geneLOC100040172, Lnp, LOC100040519, Evx2, Hoxd13, Hoxd12, Hoxd11, Hoxd10, Hoxd9, Hoxd8, 1700109F18Rik, Hoxd3, Hoxd4, LOC667804, Hoxd1, Mtx2, LOC667817
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-038C23.bB6Ng01-038C23.g
ACCDH865826DH865827
length1,1401,165
definitionDH865826|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038C23, 5' end.DH865827|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038C23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,837,608 - 73,838,755)(73,696,739 - 73,697,922)
sequence
gaattctgggaatggtatggcctcctcaatgcacagtccacctttgcttt
gctttactactatcgctagcagtgggtactgggtctccaaaaaaaaaaaa
aaagttgtatccaactcacaagtccaagaggatggcttctcactgcccat
tcactccaggctgcttctgccagaatgcagtgcttttgttaaatgcttca
tactagtgtcaaattcctgaagaactcgaatgtgtgcaactgaagggaaa
ttatcgtggtgctagccttcacattactaataaacataaaacaggagaga
tgagacagaatagctttgagagaacacctgctggccccacagccttagat
tagaggcatttctatttttcccccggtcccagaagcctgtatttcacatt
tgaagacaactactggtgagaaatcaatgctcctacctcagggaggtgag
atgagaagcaagaagagaagaggaggagccatctctcttccctatcctca
gcggtggggtacagcgacagggatacactctgcacatggaacacactgag
ggaaatgttcattgcagaacccagatgccaacgtggagaagagacggagt
gcttccagcagctgcatctggctgtttggcacgctctctgcacggtggtg
cttgtcctgcccccccccccttcacccccaatctgcatttccacagctat
gccagttacctgctaacttcatttcagcttcccttatgacacacagcttg
ctacatatgtaaagttactgccatagtttctgttttcaaacttctgtgga
ccattctaaaggaagccatatcaagaccctttcagctaccaagacctaaa
gaaaaagaagagagagaagagaagagaagagaagagagagagagaagaga
gagagagagagattctttatcctggaccccttgcatccaagcatcccaat
cagatgcacatggaatgattttgaaaatcagagaaaagtctgctttatcc
caagtaagcatgtttttctgttgtgaggggcagagtgcaaagggtaaatc
ccaagctgtacagctaggagatcttaagtaaatttaactacagaagtttt
ctttaatcctcgccttagcagagctttttattccaatcaa
gaattcaatccagtgactcttgcttcattttagcccttgtttcttaaaga
caacttcttatagtagtcttgaatttgtcatctacatgtttagccaccac
aaccacttaaagatatatattgagctggtaatagtttaagaaactaatta
gagatacacacaaatatttgtgtaaaatgatactcatcacgatgctgttt
attataatactaaaattaatttcagagatcataatagaaaaaggagcaaa
tgataggacaagctctagtagaacacaacaacttaaaaccatgcttagcc
atgcatagaggctcaaatgcataacttactaacaaatactataaatttaa
tgttaggaaattctcttaaataatttcttatggtacacatacaaacatat
attctaatttttagctactgactctttttcttctacttaaacaaacttaa
atacattgctttttatttaaaacaaaagaagacaaaaaaacaaaacaaaa
caaactcactcagttccaggatatcttttggtttctaagactgcagcatg
tacatgttgcacataatctcaagcaagcacatacataatacacataaaaa
tatataaattaattcttttttaaaaagactttttaaaaatctcatgtgtt
agtactgcaggtatgatggcacacacctttaatcccaacacttaggaggc
agaggtaagtggatctctgttgactttgaagccagtctagtagtctatag
agtgagcccaggcaaggttggttatatatgtatggaattaagatcatgtc
taaaactgggtgtggggtagagatagcttatagtttaaaagtatttaatg
ctggggctgaagagatggctcagttgtaaagaacacttgatatacttgca
aaaacccaagtttgattctcatcattcatgtggcagattacaaccatcta
taaccacagttgcttcttctgacctcattgaagagcatacaagtggttca
cagacatccactaatatacataaaattaaaaaaattaaaagtgcttaatg
cttctggggaagactgagttggttctagcaggttgaatggtttaaactgt
cttctccttcagcctcaggacccaatgcagtttttttgcttccaagacag
tactaacatccaacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_73837608_73838755
seq2: B6Ng01-038C23.b_45_1173 (reverse)

seq1  AAAAGGCTCTGCTAAAGGCGAGGATTTAAAAGAAAAACTTCCTTGTAGGT  50
      |||| |||||||| ||||||||||||  |||| ||||||||  |||| ||
seq2  AAAAAGCTCTGCT-AAGGCGAGGATT--AAAG-AAAACTTC--TGTA-GT  43

seq1  TAAATTTACTTAGGATCTCCCTAGCTGTACAGCCTTGGGATTAACCCTTT  100
      |||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||
seq2  TAAATTTACTTAAGATCT-CCTAGCTGTACAG-CTTGGGATTTACCCTTT  91

seq1  GCACTCTGCCCCTCACATACAGGAAAAACATGCTTACTTGGGATAAAGCA  150
      ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCTGCCCCTCACA-ACA-GAAAAACATGCTTACTTGGGATAAAGCA  139

seq1  GACTTTTCTCCTGATTTTCAAAATCATTCCATGTGCATCTGATTGGGATG  200
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTTCT-CTGATTTTCAAAATCATTCCATGTGCATCTGATTGGGATG  188

seq1  CTTGGATGCAAGGGGTCCAGGATAAAGAATCTCTTCTCTTCTCTTCTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||
seq2  CTTGGATGCAAGGGGTCCAGGATAAAGAATCTC-TCTC-TCTC-TCTCTT  235

seq1  CTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTTTTTTCTT  300
      ||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  CTC-TCTC-TCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTC-TCTCTTC-TTTTTCTT  281

seq1  TAGGTCTTGGTAGCTGAAAGGGTCTTGATATGGCTTCCTTTAGAATGGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTCTTGGTAGCTGAAAGGGTCTTGATATGGCTTCCTTTAGAATGGTC  331

seq1  CACAGAAGTTTGAAAACAGAAACTATGGCAGTAACTTTACATATGTAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAAGTTTGAAAACAGAAACTATGGCAGTAACTTTACATATGTAGCA  381

seq1  AGCTGTGTGTCATAAGGGAAGCTGAAATGAAGTTAGCAGGTAACTGGCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGTGTCATAAGGGAAGCTGAAATGAAGTTAGCAGGTAACTGGCAT  431

seq1  AGCTGTGGAAATGCAGATTGGGGGTGAAGGGGGGGGGGGCAGGACAAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGGAAATGCAGATTGGGGGTGAAGGGGGGGGGGGCAGGACAAGCA  481

seq1  CCACCGTGCAGAGAGCGTGCCAAACAGCCAGATGCAGCTGCTGGAAGCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCGTGCAGAGAGCGTGCCAAACAGCCAGATGCAGCTGCTGGAAGCAC  531

seq1  TCCGTCTCTTCTCCACGTTGGCATCTGGGTTCTGCAATGAACATTTCCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGTCTCTTCTCCACGTTGGCATCTGGGTTCTGCAATGAACATTTCCCT  581

seq1  CAGTGTGTTCCATGTGCAGAGTGTATCCCTGTCGCTGTACCCCACCGCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTGTTCCATGTGCAGAGTGTATCCCTGTCGCTGTACCCCACCGCTG  631

seq1  AGGATAGGGAAGAGAGATGGCTCCTCCTCTTCTCTTCTTGCTTCTCATCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAGGGAAGAGAGATGGCTCCTCCTCTTCTCTTCTTGCTTCTCATCT  681

seq1  CACCTCCCTGAGGTAGGAGCATTGATTTCTCACCAGTAGTTGTCTTCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCCCTGAGGTAGGAGCATTGATTTCTCACCAGTAGTTGTCTTCAAA  731

seq1  TGTGAAATACAGGCTTCTGGGACCGGGGGAAAAATAGAAATGCCTCTAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAATACAGGCTTCTGGGACCGGGGGAAAAATAGAAATGCCTCTAAT  781

seq1  CTAAGGCTGTGGGGCCAGCAGGTGTTCTCTCAAAGCTATTCTGTCTCATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGCTGTGGGGCCAGCAGGTGTTCTCTCAAAGCTATTCTGTCTCATC  831

seq1  TCTCCTGTTTTATGTTTATTAGTAATGTGAAGGCTAGCACCACGATAATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGTTTTATGTTTATTAGTAATGTGAAGGCTAGCACCACGATAATT  881

seq1  TCCCTTCAGTTGCACACATTCGAGTTCTTCAGGAATTTGACACTAGTATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTCAGTTGCACACATTCGAGTTCTTCAGGAATTTGACACTAGTATG  931

seq1  AAGCATTTAACAAAAGCACTGCATTCTGGCAGAAGCAGCCTGGAGTGAAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATTTAACAAAAGCACTGCATTCTGGCAGAAGCAGCCTGGAGTGAAT  981

seq1  GGGCAGTGAGAAGCCATCCTCTTGGACTTGTGAGTTGGATACAACTTTTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGTGAGAAGCCATCCTCTTGGACTTGTGAGTTGGATACAACTTTTT  1031

seq1  TTTTTTTTTTGGAGACCCAGTACCCACTGCTAGCGATAGTAGTAAAGCAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTGGAGACCCAGTACCCACTGCTAGCGATAGTAGTAAAGCAA  1081

seq1  AGCAAAGGTGGACTGTGCATTGAGGAGGCCATACCATTCCCAGAATTC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAGGTGGACTGTGCATTGAGGAGGCCATACCATTCCCAGAATTC  1129

seq1: chr2_73696739_73697922
seq2: B6Ng01-038C23.g_67_1231

seq1  GAATTCAATCCAGTGACTCTTGCTTCATTTTAGCCCTTGTTTCTTAAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATCCAGTGACTCTTGCTTCATTTTAGCCCTTGTTTCTTAAAGA  50

seq1  CAACTTCTTATAGTAGTCTTGAATTTGTCATCTACATGTTTAGCCACCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTCTTATAGTAGTCTTGAATTTGTCATCTACATGTTTAGCCACCAC  100

seq1  AACCACTTAAAGATATATATTGAGCTGGTAATAGTTTAAGAAACTAATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACTTAAAGATATATATTGAGCTGGTAATAGTTTAAGAAACTAATTA  150

seq1  GAGATACACACAAATATTTGTGTAAAATGATACTCATCACGATGCTGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATACACACAAATATTTGTGTAAAATGATACTCATCACGATGCTGTTT  200

seq1  ATTATAATACTAAAATTAATTTCAGAGATCATAATAGAAAAAGGAGCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAATACTAAAATTAATTTCAGAGATCATAATAGAAAAAGGAGCAAA  250

seq1  TGATAGGACAAGCTCTAGTAGAACACAACAACTTAAAACCATGCTTAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGGACAAGCTCTAGTAGAACACAACAACTTAAAACCATGCTTAGCC  300

seq1  ATGCATAGAGGCTCAAATGCATAACTTACTAACAAATACTATAAATTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATAGAGGCTCAAATGCATAACTTACTAACAAATACTATAAATTTAA  350

seq1  TGTTAGGAAATTCTCTTAAATAATTTCTTATGGTACACATACAAACATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGGAAATTCTCTTAAATAATTTCTTATGGTACACATACAAACATAT  400

seq1  ATTCTAATTTTTAGCTACTGACTCTTTTTCTTCTACTTAAACAAACTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAATTTTTAGCTACTGACTCTTTTTCTTCTACTTAAACAAACTTAA  450

seq1  ATACATTGCTTTTTATTTAAAACAAAAGAAGACAAAAAAACAAAACAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATTGCTTTTTATTTAAAACAAAAGAAGACAAAAAAACAAAACAAAA  500

seq1  CAAACTCACTCAGTTCCAGGATATCTTTTGGTTTCTAAGACTGCAGCATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTCACTCAGTTCCAGGATATCTTTTGGTTTCTAAGACTGCAGCATG  550

seq1  TACATGTTGCACATAATCTCAAGCAAGCACATACATAATACACATAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGTTGCACATAATCTCAAGCAAGCACATACATAATACACATAAAAA  600

seq1  TATATAAATTAATTCTTTTTTAAAAAGACTTTTTAAAAATCTCATGTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAAATTAATTCTTTTTTAAAAAGACTTTTTAAAAATCTCATGTGTT  650

seq1  AGTACTGCAGGTATGATGGCACACACCTTTAATCCCAACACTTAGGAGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTGCAGGTATGATGGCACACACCTTTAATCCCAACACTTAGGAGGC  700

seq1  AGAGGTAAGTGGATCTCTGTTGACTTTGAAGCCAGTCTAGTAGTCTATAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTAAGTGGATCTCTGTTGACTTTGAAGCCAGTCTAGTAGTCTATAG  750

seq1  AGTGAGCCCAGGCAAGGTTGGTTATATATGTATGGAATTAAGATCATGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGCCCAGGCAAGGTTGGTTATATATGTATGGAATTAAGATCATGTC  800

seq1  TAAAACTGGGTGTGGGGTAGAGATAGCTTATAGTTTAAAAGTATTTAATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACTGGGTGTGGGGTAGAGATAGCTTATAGTTTAAAAGTATTTAATG  850

seq1  CTGGGGCTGAAGAGATGGCTCAGTTGTAAAGAACACTTGATATACTTGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTGGGGCTGAAGAGATGGCTCAGTTGTAAAGAACACTTGATATACTTGC-  899

seq1  AAAAACCCAAGTTTGATTCTCATCATTCATGTGGCAGATTACAACCATCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCCAAGTTTGATTCTCATCATTCATGTGGCAGATTACAACCATCT  949

seq1  ATAACCACAGTTGCTTCTTCTGACCTCATTGAAGAAGGCATACAAGTGGT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||
seq2  ATAACCACAGTTGCTTCTTCTGACCTCATTGAAGA--GCATACAAGTGGT  997

seq1  TCACAGACAATCCACTAATATACATAAAATTAAAAAAAAAATTAAAAGTG  1050
      |||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||
seq2  TCACAGAC-ATCCACTAATATACATAAAATT---AAAAAAATTAAAAGTG  1043

seq1  CTTAATGCTCTTGGGGAAGACTGAGTTTGGTTCCTAGCAGGTTGGATGGG  1100
      |||||||||  |||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| 
seq2  CTTAATGCTTCTGGGGAAGACTGAG-TTGGTT-CTAGCAGGTTGAATGGT  1091

seq1  TTAAACTGTC-TCTCACTCCAGCTCCAGGGAACCCAATGCAGGTTTTTTT  1149
      |||||||||| |||| || ||||  ||||  |||||||||||    ||||
seq2  TTAAACTGTCTTCTC-CTTCAGCCTCAGG--ACCCAATGCAG----TTTT  1134

seq1  TTTGCTTCCAAGGACAATGTACTAACAACCCAACC  1184
      ||||||||||| ||||  |||||||| | ||||||
seq2  TTTGCTTCCAA-GACA--GTACTAAC-ATCCAACC  1165