BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-038O01
Chromosome2 (Build37)
Map Location 79,250,363 - 79,389,986
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCerkl, Neurod1
Upstream geneLOC383717, LOC100040476, LOC100040494, 4930401B11Rik, Ube2e3, LOC100040526, Itga4
Downstream geneSsfa2, Ppp1r1c, Pde1a, LOC668005, Prdx6-rs1, Dnajc10, Frzb, Nckap1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-038O01.bB6Ng01-038O01.g
ACCDH866307DH866308
length845655
definitionDH866307|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038O01, 5' end.DH866308|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038O01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,389,141 - 79,389,986)(79,250,363 - 79,251,017)
sequence
gaattccgcacatacttgtgcagtcagtcttatactcctgagctccaagt
acatgtgcttggacagctttccttaaaatttaaaaatcacccaaaacaga
tgtaacctatggaacaccccgctgagctagacacttagaccttcataata
atcttcaatcaacagtcaaggccatagttagtgtctcttgagcattgtca
gaatccagtctcaggagttcttattcatctgcacggccattttctatcac
agctccaacaaaggggaaccatgttagggcaaagaagctggcagaaagtg
gaacacaagctgcttaaggcccataacgggcaaggatctgcaccccggtc
taagtcacgctgtgtcctttcctatgtttgtgcttctcttgtgctttatg
atgcagccatttagtgcagttgctattttctggaagaaatgcattgtttt
tacagttattatcctctgactttgggcatgcagtcacttggagaacttta
acgttagaaggaacatctagcaaatgtgagtcctttaaagtggcaggcac
taatgctaagagacattgagtgaattgctaaattcaacttgtacaggata
tacaagcctatatgctaggtttctagactcttacagtttgaatgtctgtc
tctatggaagcttttagggacttgtaaggacacaatttaccaatcgtgag
acattttggttttagtataatgtgtatcactattttaagacctgtttcaa
tgatgaaatctaacattgtataaataacagtgaaaccctttgaattataa
gatcacgattaaatgttcatataagtatcacctttcaaaacatca
gaattcctggaagactgtagctcatttcagatgtttaatgggtttctttc
gcagtgggtatcctaaaacagaacacggcagaggcagcatccccagtcag
ctgtgccccaaacctcagcatcaacctgccaggacttggtactctggcaa
caacttttaaaggctgtagaaggaactctcccaacacaaaactcagctgc
gacgaccgacctctccttgctccttcagggaatgagtgggttgctgttta
cctgggttagtggatttgagaactccattgttttctctgaaccgggcagc
ccccagttactgcttacacaggattattataatctagcctgagtcccgac
tgctgacagcagcaaggtagtgccctttgtttgccaaatttttgttttcc
caagaaccaatcctacttcataaagatatgtttccaggatacatgtaatt
atgctgcgtctaacatctgttgctttgtgtttcctgagcctcacagagcc
gagataaggacgaggttctaagtctgtgctaactggtggatgactaaagg
agcaaacgatgttatactcagagcgcgtatgtatgagcaggtttgatcag
gagccacagtctcgtttctgatacaattaagtcttctgggtctctctttt
gattg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_79389141_79389986
seq2: B6Ng01-038O01.b_35_879 (reverse)

seq1  TGATGTTTTGAAAGGTGATACTTTTTATGAACATTTAATCGTGATCTTAT  50
      ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTTTTGAAAGGTGATAC-TTATATGAACATTTAATCGTGATCTTAT  49

seq1  AATTCAAAGGGTTTCACTTGTTATTTATACAATGTTAGATTTCATCATTG  100
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAAAGGGTTTCAC-TGTTATTTATACAATGTTAGATTTCATCATTG  98

seq1  AAACAGGTCTTAAAATAGTGATACACATTATACTATAACCTAAATGTCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
seq2  AAACAGGTCTTAAAATAGTGATACACATTATACTAAAACCAAAATGTCTC  148

seq1  ACGATTGGTAAATTGTGTCCTTACAAGTCCCTAAAAGCTTCCATAGAGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGATTGGTAAATTGTGTCCTTACAAGTCCCTAAAAGCTTCCATAGAGAC  198

seq1  AGACATTCAAACTGTAAGAGTCTAGAAACCTAGCATATAGGCTTGTATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATTCAAACTGTAAGAGTCTAGAAACCTAGCATATAGGCTTGTATAT  248

seq1  CCTGTACAAGTTGAATTTAGCAATTCACTCAATGTCTCTTAGCATTAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTACAAGTTGAATTTAGCAATTCACTCAATGTCTCTTAGCATTAGTG  298

seq1  CCTGCCACTTTAAAGGACTCACATTTGCTAGATGTTCCTTCTAACGTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCACTTTAAAGGACTCACATTTGCTAGATGTTCCTTCTAACGTTAA  348

seq1  AGTTCTCCAAGTGACTGCATGCCCAAAGTCAGAGGATAATAACTGTAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTCCAAGTGACTGCATGCCCAAAGTCAGAGGATAATAACTGTAAAA  398

seq1  ACAATGCATTTCTTCCAGAAAATAGCAACTGCACTAAATGGCTGCATCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGCATTTCTTCCAGAAAATAGCAACTGCACTAAATGGCTGCATCAT  448

seq1  AAAGCACAAGAGAAGCACAAACATAGGAAAGGACACAGCGTGACTTAGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCACAAGAGAAGCACAAACATAGGAAAGGACACAGCGTGACTTAGAC  498

seq1  CGGGGTGCAGATCCTTGCCCGTTATGGGCCTTAAGCAGCTTGTGTTCCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGGTGCAGATCCTTGCCCGTTATGGGCCTTAAGCAGCTTGTGTTCCAC  548

seq1  TTTCTGCCAGCTTCTTTGCCCTAACATGGTTCCCCTTTGTTGGAGCTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCCAGCTTCTTTGCCCTAACATGGTTCCCCTTTGTTGGAGCTGTG  598

seq1  ATAGAAAATGGCCGTGCAGATGAATAAGAACTCCTGAGACTGGATTCTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAAATGGCCGTGCAGATGAATAAGAACTCCTGAGACTGGATTCTGA  648

seq1  CAATGCTCAAGAGACACTAACTATGGCCTTGACTGTTGATTGAAGATTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCTCAAGAGACACTAACTATGGCCTTGACTGTTGATTGAAGATTAT  698

seq1  TATGAAGGTCTAAGTGTCTAGCTCAGCGGGGTGTTCCATAGGTTACATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAGGTCTAAGTGTCTAGCTCAGCGGGGTGTTCCATAGGTTACATCT  748

seq1  GTTTTGGGTGATTTTTAAATTTTAAGGAAAGCTGTCCAAGCACATGTACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGGGTGATTTTTAAATTTTAAGGAAAGCTGTCCAAGCACATGTACT  798

seq1  TGGAGCTCAGGAGTATAAGACTGACTGCAC-AGTATGTGCGGAATTC  846
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TGGAGCTCAGGAGTATAAGACTGACTGCACAAGTATGTGCGGAATTC  845

seq1: chr2_79250363_79251017
seq2: B6Ng01-038O01.g_69_723

seq1  GAATTCCTGGAAGACTGTAGCTCAGTTCAGATGTTTAATGGGTTTCTTTC  50
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGGAAGACTGTAGCTCATTTCAGATGTTTAATGGGTTTCTTTC  50

seq1  GCAGTGGGTATCCTAAAACAGAACACGGCAGAGGCAGCATCCCCAGTCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGGGTATCCTAAAACAGAACACGGCAGAGGCAGCATCCCCAGTCAG  100

seq1  CTGTGCCCCAAACCTCAGCATCAACCTGCCAGGACTTGGTACTCTGGCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCCCCAAACCTCAGCATCAACCTGCCAGGACTTGGTACTCTGGCAA  150

seq1  CAACTTTTAAAGGCTGTAGAAGGAACTCTCCCAACACAAAACTCAGCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTTTAAAGGCTGTAGAAGGAACTCTCCCAACACAAAACTCAGCTGC  200

seq1  GACGACCGACCTCTCCTTGCTCCTTCAGGGAATGAGTGGGTTGCTGTTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGACCGACCTCTCCTTGCTCCTTCAGGGAATGAGTGGGTTGCTGTTTA  250

seq1  CCTGGGTTAGTGGATTTGAGAACTCCATTGTTTTCTCTGAACCGGGCAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGTTAGTGGATTTGAGAACTCCATTGTTTTCTCTGAACCGGGCAGC  300

seq1  CCCCAGTTACTGCTTACACAGGATTATTATAATCTAGCCTGAGTCCCGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGTTACTGCTTACACAGGATTATTATAATCTAGCCTGAGTCCCGAC  350

seq1  TGCTGACAGCAGCAAGGTAGTGCCCTTTGTTTGCCAAATTTTTGTTTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGACAGCAGCAAGGTAGTGCCCTTTGTTTGCCAAATTTTTGTTTTCC  400

seq1  CAAGAACCAATCCTACTTCATAAAGATATGTTTCCAGGATACATGTAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAACCAATCCTACTTCATAAAGATATGTTTCCAGGATACATGTAATT  450

seq1  ATGCTGCGTCTAACATCTGTTGCTTTGTGTTTCCAGAGCCTCACAGAGCC  500
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATGCTGCGTCTAACATCTGTTGCTTTGTGTTTCCTGAGCCTCACAGAGCC  500

seq1  GAGATAAGGACGAGGTTCTAAGTCTGTGCTAACGGGTGGATGACTAAAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GAGATAAGGACGAGGTTCTAAGTCTGTGCTAACTGGTGGATGACTAAAGG  550

seq1  AGCAAACGATGTAATACTCAGAGCGCGTATGTAAGAGCAGGTTTGAGCAG  600
      |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
seq2  AGCAAACGATGTTATACTCAGAGCGCGTATGTATGAGCAGGTTTGATCAG  600

seq1  GAGCCACAGTCCCGTTTCTGATACAATTAAGTCATCTGGGTCTCTCTTTA  650
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  GAGCCACAGTCTCGTTTCTGATACAATTAAGTCTTCTGGGTCTCTCTTTT  650

seq1  GATTG  655
      |||||
seq2  GATTG  655