BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-038O08
Chromosome2 (Build37)
Map Location 112,995,071 - 113,166,710
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930563P21Rik
Upstream geneOlfr1318, GA_x5J8B7W3P0G-705890-705633, LOC100043187, Agpat7, Nut, Nola3, Slc12a6, Tmem85, EG668839, 2410042D21Rik, 2900064A13Rik, Chrm5, Aven, Ryr3
Downstream geneFmn1, Grem1, LOC100043520, Scg5, Arhgap11a, LOC100043526, Gja9, A530058N18Rik, Actc1, Aqr, Zfp770
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-038O08.bB6Ng01-038O08.g
ACCDH866320DH866321
length1,1211,140
definitionDH866320|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038O08, 5' end.DH866321|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038O08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,165,574 - 113,166,710)(112,995,071 - 112,996,234)
sequence
gaattccacaaactgatatggaaatttagtctttgagaagtaaagtaatt
gtgtaaccagagttcacactaaatcagttcctcttagtaattatcacagt
agaagaataaaatgcattaacaccattttcccccttggagataaacacac
acacacacacacacacacacacacaatttttttttataaagtatcctagc
gggacctagttcctctatgcccaactccttcaaattgcaatcttcaaagc
acttctaatataccaggatccctcctaaaatatgttaggagcatttgcaa
gccagctttgctcataagaggggctattatttgatattaatgggaaggaa
gcacattcttccagggcttgaccacagctagttgctaattgatgttggaa
ttctttaaagcactctgtcaaaataatgtcttggctctgagaactgagtc
ctatgaagaatttttttttaataagagagctttaataatccaaagtcttc
aaacagtattgttttaacaaagttctaaagagatttctaaattctgttct
gacctttcttcaactccacaaaagctgttcttgcctaaggaaggcaggaa
gagggagaagggagaaggtggtttctcagttgtctgttactatgacaaaa
tatcagagagaaaaatctcagtggtgacagggctagagagattactcaac
agttaagagcactctgtgctcttcttgcagaggaccagggctcagttcct
agtgcaacccccacacaactccagttcttagctttctaccaccctcttct
gtcctctaccggtactgcatacacatggtgtgcataacatacatgcaggt
aaagcactcttacacggaaaggaatacatttaaaaatattaagagtaaag
gaagaggaaagcacacagtgtgccctcatgatccttatattacaccaact
gcaggcaaactgcccacaggtcacaatgggttaattcacttgggaaaatt
atccaccatcttttctacaaagactaagaaaacttaagccaggtttatca
aggtttctttgccttactactcttttttaatgtggtaattggaaatttac
cacatactcccacatacatac
gaattctaactgttcctgttctgattcttcctgggctcagctgtggcagg
gactacagaggctattatttgccagccttatgagttatgtaatagggtag
tggacaggtaatggacattagtatgtccagtccagacaaacatgtattta
agcttctttctcactctataactatatggcatacatacaagaaggaaaca
gccagattttttgagatgttgcttacagaacatgtcatatcaggcagtga
tgttaatgtgaaggaaaattctattggggtaagccactgagatttcaggg
attgcttgtaatggccctaccgattctgagcatatgttatccaatttacc
ttgggttttaactattagaagccattatcatctgcctataaaatgaacta
taagctagatgctactttccttatttcttaagctagaaaattactttcct
gaacataaggggttataatgtttctgccagattttgttcaaaattgcttc
acatgaggataaatagatcaatgaaatagaatggagccaaaaataggccc
atgcatatgtggtgaattgattttctacaaaggttcccaggaattcaata
gggaaaggcaagtctttcaacaactggtgctgccacagttgatgatcttt
atgcacaaaatgaagtccttcagctaacttaccttctacacagaaacaaa
tgcaagatggaacacagacataaatgagaacatggacatgagcttgacct
gaaagaatgacttgggtggttcagtagaaattgtggtgctctgccaggtc
tgccttagaacgagaccctcattaccaacattgcaggcaatggctgctgt
gtcccaaacccgagtctctatctccagatgtttcactcctcaaaagacac
ccacctcacccaagcaggtcacatcagtcaatacagacagagggcttccc
atgctcaatttaggatacttttgaaggctatactatgagaaatgaaacat
gctcaagacttactcgcgaatgtctagagaatcctatcatgagatacaat
tggggccaaaagttcaccgaggagaacagatagtacatgtaaaatgtact
cactgtaggagaatgaaatagcacatctgatatatggatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_113165574_113166710
seq2: B6Ng01-038O08.b_48_1168 (reverse)

seq1  GTATGTATGTGTGGGTGGGTATGTGTGTAAAATTTCTAAATTACCACATT  50
      ||||||||||    | | ||||||| ||||| || |  ||||||||||  
seq2  GTATGTATGT----GGGAGTATGTG-GTAAATTTCC--AATTACCACA--  41

seq1  TTAAAAAAGAGTAGTAAGGCAGAGAAACTTTGATAAAACCTGGCTTAAGT  100
      ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||
seq2  TTAAAAAAGAGTAGTAAGGCAAAGAAACCTTGAT-AAACCTGGCTTAAGT  90

seq1  TTTTCCTTATGTCTTTGTAG-AAAGATGGTGGATATTTTTCCCAAGTGGA  149
      |||  |||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||
seq2  TTT--CTTA-GTCTTTGTAGAAAAGATGGTGGATAATTTTCCCAAGT-GA  136

seq1  ATTAACCCATTGTGACCTGTGGGCAGTTTTGCCTGCAGTTGGTGGTAATA  199
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  ATTAACCCATTGTGACCTGTGGGCAG-TTTGCCTGCAGTTGGT-GTAATA  184

seq1  TAAGGATCATGAGGGCACACTGTGTGCTTTCCTCTTCCTTTACTCTTAAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGATCATGAGGGCACACTGTGTGCTTTCCTCTTCCTTTACTCTTAAT  234

seq1  ATTTTTTAAATGTATTCCTTTCCGTGTAAGAGTGCTTTACCTGCATGTAT  299
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TTTTTAAATGTATTCCTTTCCGTGTAAGAGTGCTTTACCTGCATGTAT  283

seq1  GTTATGCACACCATGTGTATGCAGTACCGGTAGAGGACAGAAGAGGGTGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGCACACCATGTGTATGCAGTACCGGTAGAGGACAGAAGAGGGTGG  333

seq1  TAGAAAGCTAAGAACTGGAGTTGTGTGGGGGTTGCACTAGGAACTGAGCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAGCTAAGAACTGGAGTTGTGTGGGGGTTGCACTAGGAACTGAGCC  383

seq1  CTGGTCCTCTGCAAGAAGAGCACAGAGTGCTCTTAACTGTTGAGTAATCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCCTCTGCAAGAAGAGCACAGAGTGCTCTTAACTGTTGAGTAATCT  433

seq1  CTCTAGCCCTGTCACCACTGAGATTTTTCTCTCTGATATTTTGTCATAGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGCCCTGTCACCACTGAGATTTTTCTCTCTGATATTTTGTCATAGT  483

seq1  AACAGACAACTGAGAAACCACCTTCTCCCTTCTCCCTCTTCCTGCCTTCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGACAACTGAGAAACCACCTTCTCCCTTCTCCCTCTTCCTGCCTTCC  533

seq1  TTAGGCAAGAACAGCTTTTGTGGAGTTGAAGAAAGGTCAGAACAGAATTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCAAGAACAGCTTTTGTGGAGTTGAAGAAAGGTCAGAACAGAATTT  583

seq1  AGAAATCTCTTTAGAACTTTGTTAAAACAATACTGTTTGAAGACTTTGGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATCTCTTTAGAACTTTGTTAAAACAATACTGTTTGAAGACTTTGGA  633

seq1  TTATTAAAGCTCTCTTATTAAAAAAAAATTCTTCATAGGACTCAGTTCTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAAAGCTCTCTTATTAAAAAAAAATTCTTCATAGGACTCAGTTCTC  683

seq1  AGAGCCAAGACATTATTTTGACAGAGTGCTTTAAAGAATTCCAACATCAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCAAGACATTATTTTGACAGAGTGCTTTAAAGAATTCCAACATCAA  733

seq1  TTAGCAACTAGCTGTGGTCAAGCCCTGGAAGAATGTGCTTCCTTCCCATT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCAACTAGCTGTGGTCAAGCCCTGGAAGAATGTGCTTCCTTCCCATT  783

seq1  AATATCAAATAATAGCCCCTCTTATGAGCAAAGCTGGCTTGCAAATGCTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCAAATAATAGCCCCTCTTATGAGCAAAGCTGGCTTGCAAATGCTC  833

seq1  CTAACATATTTTAGGAGGGATCCTGGTATATTAGAAGTGCTTTGAAGATT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACATATTTTAGGAGGGATCCTGGTATATTAGAAGTGCTTTGAAGATT  883

seq1  GCAATTTGAAGGAGTTGGGCATAGAGGAACTAGGTCCCGCTAGGATACTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTTGAAGGAGTTGGGCATAGAGGAACTAGGTCCCGCTAGGATACTT  933

seq1  TATAAAAAAAAATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTATCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAAAAAAATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTATCT  983

seq1  CCAAGGGGGAAAATGGTGTTAATGCATTTTATTCTTCTACTGTGATAATT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGGGGAAAATGGTGTTAATGCATTTTATTCTTCTACTGTGATAATT  1033

seq1  ACTAAGAGGAACTGATTTAGTGTGAACTCTGGTTACACAATTACTTTACT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGAGGAACTGATTTAGTGTGAACTCTGGTTACACAATTACTTTACT  1083

seq1  TCTCAAAGACTAAATTTCCATATCAGTTTGTGGAATTC  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAAGACTAAATTTCCATATCAGTTTGTGGAATTC  1121

seq1: chr2_112995071_112996234
seq2: B6Ng01-038O08.g_70_1209

seq1  GAATTCTAACTGTTCCTGTTCTGATTCTTCCTGGGCTCAGCTGTGGCAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAACTGTTCCTGTTCTGATTCTTCCTGGGCTCAGCTGTGGCAGG  50

seq1  GACTACAGAGGCTATTATTTGCCAGCCTTATGAGTTATGTAATAGGGTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACAGAGGCTATTATTTGCCAGCCTTATGAGTTATGTAATAGGGTAG  100

seq1  TGGACAGGTAATGGACATTAGTATGTCCAGTCCAGACAAACATGTATTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAGGTAATGGACATTAGTATGTCCAGTCCAGACAAACATGTATTTA  150

seq1  AGCTTCTTTCTCACTCTATAACTATATGGCATACATACAAGAAGGAAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCTTTCTCACTCTATAACTATATGGCATACATACAAGAAGGAAACA  200

seq1  GCCAGATTTTTTGAGATGTTGCTTACAGAACATGTCATATCAGGCAGTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGATTTTTTGAGATGTTGCTTACAGAACATGTCATATCAGGCAGTGA  250

seq1  TGTTAATGTGAAGGAAAATTCTATTGGGGTAAGCCACTGAGATTTCAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAATGTGAAGGAAAATTCTATTGGGGTAAGCCACTGAGATTTCAGGG  300

seq1  ATTGCTTGTAATGGCCCTACCGATTCTGAGCATATGTTATCCAATTTACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTTGTAATGGCCCTACCGATTCTGAGCATATGTTATCCAATTTACC  350

seq1  TTGGGTTTTAACTATTAGAAGCCATTATCATCTGCCTATAAAATGAACTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTTTTAACTATTAGAAGCCATTATCATCTGCCTATAAAATGAACTA  400

seq1  TAAGCTAGATGCTACTTTCCTTATTTCTTAAGCTAGAAAATTACTTTCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTAGATGCTACTTTCCTTATTTCTTAAGCTAGAAAATTACTTTCCT  450

seq1  GAACATAAGGGGTTATAATGTTTCTGCCAGATTTTGTTCAAAATTGCTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATAAGGGGTTATAATGTTTCTGCCAGATTTTGTTCAAAATTGCTTC  500

seq1  ACATGAGGATAAATAGATCAATGAAATAGAATGGAGCCAAAAATAGGCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAGGATAAATAGATCAATGAAATAGAATGGAGCCAAAAATAGGCCC  550

seq1  ATGCATATGTGGTGAATTGATTTTCTACAAAGGTTCCCAGGAATTCAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATATGTGGTGAATTGATTTTCTACAAAGGTTCCCAGGAATTCAATA  600

seq1  GGGAAAGGCAAGTCTTTCAACAACTGGTGCTGCCACAGTTGATGATCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAGGCAAGTCTTTCAACAACTGGTGCTGCCACAGTTGATGATCTTT  650

seq1  ATGCACAAAATGAAGTCCTTCAGCTAACTTACCTTCTACACAGAAACAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACAAAATGAAGTCCTTCAGCTAACTTACCTTCTACACAGAAACAAA  700

seq1  TGCAAGATGGAACACAGACATAAATGAGAACATGGACATGAGCTTGACCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGATGGAACACAGACATAAATGAGAACATGGACATGAGCTTGACCT  750

seq1  GAAAGAATGACTTGGGTGGTTCAGTAGAAATTGTGGTGCTCTGCCAGGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAATGACTTGGGTGGTTCAGTAGAAATTGTGGTGCTCTGCCAGGTC  800

seq1  TGCCTTAGAACGAGACCCTCATTACCAACATTGCAGGCAATGGCTGCTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTAGAACGAGACCCTCATTACCAACATTGCAGGCAATGGCTGCTGT  850

seq1  GTCCCAAACCCGAGTCTCTATCTCCAGATGTTTCACTCCTCAAAAGACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCAAACCCGAGTCTCTATCTCCAGATGTTTCACTCCTCAAAAGACAC  900

seq1  CCACCTCACCCAAGGCAGGTCACATTCAGTCAAATACAGACAGAGGGCTT  950
      ||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||
seq2  CCACCTCACCCAA-GCAGGTCACA-TCAGTC-AATACAGACAGAGGGCTT  947

seq1  CCCATGCCTCAATTTAGGATACTTTTGAAGGCTATACTATGAGAAATGAA  1000
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATG-CTCAATTTAGGATACTTTTGAAGGCTATACTATGAGAAATGAA  996

seq1  ACATGCTCAAAGACTTACTCGCGAATGTCTAGAGAATCCCTATTCATGAG  1050
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
seq2  ACATGCTC-AAGACTTACTCGCGAATGTCTAGAGAAT-CCTA-TCATGAG  1043

seq1  AATTACAAATTGGGAGCCCAAAAGTCCATCAGAGGAGAACAGATAAATAC  1100
      |  ||||| | |||   |||||||| || | ||||||||||||| | || 
seq2  A--TACAATTGGGG---CCAAAAGTTCA-CCGAGGAGAACAGAT-AGTA-  1085

seq1  CATGTAAAAATAGTACTCAACTGTAGGAAGAAATGAACCATTAGCACATC  1150
      |||||||||   |||||| |||||||||   |||||   | |||||||||
seq2  CATGTAAAA--TGTACTC-ACTGTAGGA--GAATGA---AATAGCACATC  1127

seq1  TGATATTATGGATG  1164
      ||||| ||||||||
seq2  TGATA-TATGGATG  1140