BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042E01
Chromosome2 (Build37)
Map Location 92,305,350 - 92,451,974
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043205, Chst1
Upstream geneLrp4, LOC619941, Ckap5, F2, Zfp408, Arhgap1, D2Ertd391e, LOC100043179, D230010M03Rik, D030051N19Rik, Chrm4, Mdk, Dgkz, Creb3l1, Phf21a, Gyltl1b, Pex16, 1700029I15Rik, Mapk8ip1, Cry2, Slc35c1, LOC100042775
Downstream geneSyt13, LOC100042784, Trp53i11, C230071H18Rik, Tspan18, LOC100042789, LOC639658, Cd82
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042E01.bB6Ng01-042E01.g
ACCDH868683DH868684
length7381,089
definitionDH868683|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042E01, 5' end.DH868684|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042E01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,305,350 - 92,306,087)(92,450,879 - 92,451,974)
sequence
gaattcttggctcctccagcaccatgtctgcctggatgctgccatgcttc
ctgccatgatgataatggactaaacccctgaaactgtaaaccagtcccag
ttaaatgtcctttatgagagttgccttggtcatggcgtctcttcacagca
atggaaaccctaactaagacaacttgcattgctgcttcttgtcctactac
tgaaggatgtggctgggcccaaattgtcctagatcctaagatatctgcca
caggggcaacttggtagccctgcagttgatccattgtctggtctcttcct
ctagctctaccattcaccagttgtaacttccgcctcagctgtggtagtag
ggagtgtgctggggacagtggctgatgagcagttattggcactgatcacc
ctgtggcctcagcactacacagattaactcacattgcctcaccttttgga
agataaaccaagggactaggggtatggatcaattggaagagtgcttgcct
agtatgcgtgaagccctgaatttgattcccggctcgacataaaactggac
ataatggtatgtaccacaaatctgagcatttgagaagtggaggcagttta
aggccatcctcagctatatagcaagttggggccagcctgagttatacaag
acattacaaaaaagaacacagagaagaaggaggagaaggaagaggaggcg
gaagaagaggaggaggagaagaaaaggaaggaaggaag
gaattcaactggtcctgtgatggaagtgagtcacctcaggccttcaggtg
gagaaggtagctccaaagggacagctggggacaggggtcttcttccaacc
atatgcagcacacacagcagttacctgaaagccaaaggcaaactttacca
agcccaataaaacaccaaagccagtacaacttcaggtaatacctactaag
tgcttgcacagggctaaggcctttagccaaacaaacagattcactctgta
agcaggtataacccacatcacgggtagcagtgcctgctggggcctatgac
ctgcttcaacccccatctggagcctgtatacctcccctctaagacacatc
tcatgcttaagcacacttggccttcaaacatgcacgtgattctgtcccag
gccacccacaaaccagcacaggaggggcaaggataggagcaggtaagttt
atgagttctgagtcacagactgcattttatcctttttgccatgaggtcca
tgtattggttggctcgtggctcgtgtgtaagttcatggctggtgtgtaag
ctcgcatcctttgtatacatccctcccacaatctgctgtgtttcctggct
actctaggagacaagtgaacccctgtctcccaagcaaataagcattgcca
tcttgggcaccctgtcatcccttacaaactgttctggtagggcaggagcc
cacccacttccattgctcaaatggagaatttaaagatcagtctatggctc
acatgtgagaaacatcaggggcctgggtccttctggatcaggctcagacc
tgtgctctcatccctttaccattggctcattgtccccaggaagaatgggg
agctgcacgctctgctagcctggggaaatgcacagggtctgagccaaaat
ggccatgcctaccagtgttggactctgaggctcctatttaaaatgtaaaa
gccatactatgtgcagaaatcagcaccgagtcaccacaagagacagttaa
tagggcaagcggtccagtccagattttagtagagtctctcagtgtgttca
aagtcacacaatctgacccaaccattctaacccctgtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_92305350_92306087
seq2: B6Ng01-042E01.b_28_765

seq1  GAATTCTTGGCTCCTCCAGCACCATGTCTGCCTGGATGCTGCCATGCTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGGCTCCTCCAGCACCATGTCTGCCTGGATGCTGCCATGCTTC  50

seq1  CTGCCATGATGATAATGGACTAAACCCCTGAAACTGTAAACCAGTCCCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCATGATGATAATGGACTAAACCCCTGAAACTGTAAACCAGTCCCAG  100

seq1  TTAAATGTCCTTTATGAGAGTTGCCTTGGTCATGGCGTCTCTTCACAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGTCCTTTATGAGAGTTGCCTTGGTCATGGCGTCTCTTCACAGCA  150

seq1  ATGGAAACCCTAACTAAGACAACTTGCATTGCTGCTTCTTGTCCTACTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAACCCTAACTAAGACAACTTGCATTGCTGCTTCTTGTCCTACTAC  200

seq1  TGAAGGATGTGGCTGGGCCCAAATTGTCCTAGATCCTAAGATATCTGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGATGTGGCTGGGCCCAAATTGTCCTAGATCCTAAGATATCTGCCA  250

seq1  CAGGGGCAACTTGGTAGCCCTGCAGTTGATCCATTGTCTGGTCTCTTCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGCAACTTGGTAGCCCTGCAGTTGATCCATTGTCTGGTCTCTTCCT  300

seq1  CTAGCTCTACCATTCACCAGTTGTAACTTCCGCCTCAGCTGTGGTAGTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTCTACCATTCACCAGTTGTAACTTCCGCCTCAGCTGTGGTAGTAG  350

seq1  GGAGTGTGCTGGGGACAGTGGCTGATGAGCAGTTATTGGCACTGATCACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGTGCTGGGGACAGTGGCTGATGAGCAGTTATTGGCACTGATCACC  400

seq1  CTGTGGCCTCAGCACTACACAGATTAACTCACATTGCCTCACCTTTTGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGCCTCAGCACTACACAGATTAACTCACATTGCCTCACCTTTTGGA  450

seq1  AGATAAACCAAGGGACTAGGGGTATGGATCAATTGGAAGAGTGCTTGCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAACCAAGGGACTAGGGGTATGGATCAATTGGAAGAGTGCTTGCCT  500

seq1  AGTATGCGTGAAGCCCTGAATTTGATTCCCGGCTCGACATAAAACTGGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGCGTGAAGCCCTGAATTTGATTCCCGGCTCGACATAAAACTGGAC  550

seq1  ATAATGGTATGTACCACAAATCTGAGCATTTGAGAAGTGGAGGCAGTTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGGTATGTACCACAAATCTGAGCATTTGAGAAGTGGAGGCAGTTTA  600

seq1  AGGCCATCCTCAGCTATATAGCAAGTTGGGGCCAGCCTGAGTTATACAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCATCCTCAGCTATATAGCAAGTTGGGGCCAGCCTGAGTTATACAAG  650

seq1  ACATTACAAAAAAGAACACAGAGAAGAAGGAGGAGAAGGAAGAGGAGGCG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTACAAAAAAGAACACAGAGAAGAAGGAGGAGAAGGAAGAGGAGGCG  700

seq1  GAAGAAGAGGAGGAGGAGAAGAAAAGGAAGGAAGGAAG  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAGAGGAGGAGGAGAAGAAAAGGAAGGAAGGAAG  738

seq1: chr2_92450879_92451974
seq2: B6Ng01-042E01.g_64_1152 (reverse)

seq1  CCACAGGGGTTAGGATGGGTGTGGTCCAGATTGTGTGACTTTGAACACAC  50
      ||||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGGGGTTAGAATGGTTG-GGT-CAGATTGTGTGACTTTGAACACAC  48

seq1  TGAGAGACTCTTACTAAAAATCTGGACTGGACCGCTTGCCCTATTAACTG  100
      |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGACTC-TACT-AAAATCTGGACTGGACCGCTTGCCCTATTAACTG  96

seq1  TCTCTTGGTGGTGACTCGGTGCTGATTTCTGCACATAGTATGGCTTTTTA  150
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCTCTT-GTGGTGACTCGGTGCTGATTTCTGCACATAGTATGGC-TTTTA  144

seq1  CATTTTAAATAGGAGCCTCAGAGTCCAAACACTGGTAGGCATGGCCATTT  200
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTAAATAGGAGCCTCAGAGTCC-AACACTGGTAGGCATGGCCATTT  193

seq1  TGGCTCAGACCCTGTGCATTTCCCCAGGCTAGCAGAGCCTGCAGCTCCCC  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGGCTCAGACCCTGTGCATTTCCCCAGGCTAGCAGAGCGTGCAGCTCCCC  243

seq1  ATTCTTCCTGGGGACAATGAGCCAATGGTAAAGGGATGAGAGCACAGGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTCCTGGGGACAATGAGCCAATGGTAAAGGGATGAGAGCACAGGTC  293

seq1  TGAGCCTGATCCAGAAGGACCCAGGCCCCTGATGTTTCTCACATGTGAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCTGATCCAGAAGGACCCAGGCCCCTGATGTTTCTCACATGTGAGC  343

seq1  CATAGACTGATCTTTAAATTCTCCATTTGAGCAATGGAAGTGGGTGGGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGACTGATCTTTAAATTCTCCATTTGAGCAATGGAAGTGGGTGGGCT  393

seq1  CCTGCCCTACCAGAACAGTTTGTAAGGGATGACAGGGTGCCCAAGATGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCCTACCAGAACAGTTTGTAAGGGATGACAGGGTGCCCAAGATGGC  443

seq1  AATGCTTATTTGCTTGGGAGACAGGGGTTCACTTGTCTCCTAGAGTAGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTTATTTGCTTGGGAGACAGGGGTTCACTTGTCTCCTAGAGTAGCC  493

seq1  AGGAAACACAGCAGATTGTGGGAGGGATGTATACAAAGGATGCGAGCTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAACACAGCAGATTGTGGGAGGGATGTATACAAAGGATGCGAGCTTA  543

seq1  CACACCAGCCATGAACTTACACACGAGCCACGAGCCAACCAATACATGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCAGCCATGAACTTACACACGAGCCACGAGCCAACCAATACATGGA  593

seq1  CCTCATGGCAAAAAGGATAAAATGCAGTCTGTGACTCAGAACTCATAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATGGCAAAAAGGATAAAATGCAGTCTGTGACTCAGAACTCATAAAC  643

seq1  TTACCTGCTCCTATCCTTGCCCCTCCTGTGCTGGTTTGTGGGTGGCCTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTGCTCCTATCCTTGCCCCTCCTGTGCTGGTTTGTGGGTGGCCTGG  693

seq1  GACAGAATCACGTGCATGTTTGAAGGCCAAGTGTGCTTAAGCATGAGATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAATCACGTGCATGTTTGAAGGCCAAGTGTGCTTAAGCATGAGATG  743

seq1  TGTCTTAGAGGGGAGGTATACAGGCTCCAGATGGGGGTTGAAGCAGGTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTAGAGGGGAGGTATACAGGCTCCAGATGGGGGTTGAAGCAGGTCA  793

seq1  TAGGCCCCAGCAGGCACTGCTACCCGTGATGTGGGTTATACCTGCTTACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCCCCAGCAGGCACTGCTACCCGTGATGTGGGTTATACCTGCTTACA  843

seq1  GAGTGAATCTGTTTGTTTGGCTAAAGGCCTTAGCCCTGTGCAAGCACTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAATCTGTTTGTTTGGCTAAAGGCCTTAGCCCTGTGCAAGCACTTA  893

seq1  GTAGGTATTACCTGAAGTTGTACTGGCTTTGGTGTTTTATTGGGCTTGGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTATTACCTGAAGTTGTACTGGCTTTGGTGTTTTATTGGGCTTGGT  943

seq1  AAAGTTTGCCTTTGGCTTTCAGGTAACTGCTGTGTGTGCTGCATATGGTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTTGCCTTTGGCTTTCAGGTAACTGCTGTGTGTGCTGCATATGGTT  993

seq1  GGAAGAAGACCCCTGTCCCCAGCTGTCCCTTTGGAGCTACCTTCTCCACC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAAGACCCCTGTCCCCAGCTGTCCCTTTGGAGCTACCTTCTCCACC  1043

seq1  TGAAGGCCTGAGGTGACTCACTTCCATCACAGGACCAGTTGAATTC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGCCTGAGGTGACTCACTTCCATCACAGGACCAGTTGAATTC  1089