BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-046E13
Chromosome2 (Build37)
Map Location 53,463,557 - 53,571,457
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC207933
Upstream geneCacnb4, OTTMUSG00000012638, Stam2, Fmnl2, Prpf40a, Arl6ip6, LOC666872, LOC666876
Downstream geneRprm, LOC666913, LOC626563, LOC100041792, LOC100042878, Galnt13
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-046E13.bB6Ng01-046E13.g
ACCDH871496DH871497
length9671,072
definitionDH871496|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046E13, 5' end.DH871497|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046E13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,463,557 - 53,464,551)(53,570,357 - 53,571,457)
sequence
gaattccataaaaaaagagtatggaggttatcttaatagctataattgcc
cattttgtaacctgtttactattctatataaaattagtaattgataataa
caatgttaccatgctgtaccttccttaattttcatttagttatagcataa
cttgtaatataaacaataatgatcaaactcagaaattaaaacttcatata
taacactatggtacaatgcctgcctgtcctctataagaccctaggtgagc
ttcccagtaatgaatagcaacgaacaagagtatatgaacactcagattcc
tttgaaaataatgattgtgtctcaaaatatatatcaaagttcaacatact
tgaagggtgggaaagtctccctaggtataccaaaaccataacaaaatcat
actctgtcgacccacgcctccacaatagatagcagaagttgccatgtggg
ttcaaggctgatgagcttatgccatgggttgcagtgtggtggtgcataca
tgccacagaaatagccatgaaatgtgagtaggatagcattcttttcacat
cagaccacagacaatagcagatgtaattacagcattctgccatctgccca
tggaaatgtctacccagagttctgcagagactcctattgcatgcacttgg
gaaccttcaaacaagtgtattaggaatttttttatggaagaaataaagaa
ctattcttcttaaatgtcacccatgggctgtatggcttgtgtagaattat
cagccttgttgccatgtttcttgaaaataagagacctttgttctatttga
tctaaaagcattaatgtaaatattatgtctcttcattattaggagctgac
gatgtgtacacacagtagatatttgtgattttttctgtatactacagaca
tattagtgatgttaatgttaccagtagtttgggaaataactctgatgtga
gatgtactatctagagt
gaattctctcccatggttcttaatatcctggtgaagggagtttaataaat
tcccccttcaaaaaaatgttgcttcttcttctcctctttgtttgctaatt
gtatagatctgaacaagagagaaacaaggtttgaatcaagtcatcaactt
tcatatgtggtagttgcttaaaaggtactgtgaagatgagtttgaatcct
gagcagattctttgtctattacccctgcctcctctaagcatgggcatctg
tatccagttctgaccaccttctaactggctagtcacttgctcaaaaatac
ctttcatcagcatcagaccctagaatccaaggtcatcaacacagcaggga
ggaatcagattcatttttttaccaagtatcccttatgacccagaagagca
aagagtctatttggagacttctcttgggcaactcctctttgtctctcatc
tccaaaacgagttattttagttactattatttagggtaattcaggcatga
ttaatggttttggggtttatatttatcttgctgcttgcataaagtcaaaa
tagcatggataaaagaaaagagaatatcatcaagtttactatagttttaa
gataaaattagtttataaaagcaaacagaaaaagcttttggagaggacct
gcctgctatgctatactacacgttaacaaatagctagaagtccctgagag
cagttctctaaatccagattacagggtaagtcagacaccctgaatttgaa
ggcaatgtgaaaatgaagccgcatgtaaaagctttgcaaataactaaaca
ggactcggctggattgtattcacagaccaccaagaaattgactgggagag
gtggatttgaaaatagggtcagaccagtcatggatgtgtacagatactgt
tctggtggcagatttccattcagtgcacatatggtccacagaggatcagt
ctagctctggagcatacttttacaatccagtttagagtactggactggga
gcatctgcacagcatctagtgattggactgatcatctctgcagggggctg
gggagtcacactctagaagcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_53463557_53464551
seq2: B6Ng01-046E13.b_48_1014

seq1  GAATTCCATAAAAAAAGAGTATGGAGGTTATCTTAATAGCTATAATTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATAAAAAAAGAGTATGGAGGTTATCTTAATAGCTATAATTGCC  50

seq1  CATTTTGTAACCTGTTTACTATTCTATATAAAATTAGTAATTGATAATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTGTAACCTGTTTACTATTCTATATAAAATTAGTAATTGATAATAA  100

seq1  CAATGTTACCATGCTGTACCTTCCTTAATTTTCATTTAGTTATAGCATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTTACCATGCTGTACCTTCCTTAATTTTCATTTAGTTATAGCATAA  150

seq1  CTTGTAATATAAACAATAATGATCAAACTCAGAAATTAAAACTTCATATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAATATAAACAATAATGATCAAACTCAGAAATTAAAACTTCATATA  200

seq1  TAACACTATGGTACAATGCCTGCCTGTCCTCTATAAGACCCTAGGTGAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACTATGGTACAATGCCTGCCTGTCCTCTATAAGACCCTAGGTGAGC  250

seq1  TTCCCAGTAATGAATAGCAACGAACAAGAGTATATGAACACTCAGATTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGTAATGAATAGCAACGAACAAGAGTATATGAACACTCAGATTCC  300

seq1  TTTGAAAATAATGATTGTGTCTCAAAATATATATCAAAGTTCAACATACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAAATAATGATTGTGTCTCAAAATATATATCAAAGTTCAACATACT  350

seq1  TGAAGGGTGGGAAAGTCTCCCTAGGTATACCAAAACCATAACAAAATCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGGTGGGAAAGTCTCCCTAGGTATACCAAAACCATAACAAAATCAT  400

seq1  ACTCTGTCGACCCACGCCTCCACAATAGATAGCAGAAGTTGCCATGTGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGTCGACCCACGCCTCCACAATAGATAGCAGAAGTTGCCATGTGGG  450

seq1  TTCAAGGCTGATGAGCTTATGCCATGGGTTGCAGTGTGGTGGTGCATACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGGCTGATGAGCTTATGCCATGGGTTGCAGTGTGGTGGTGCATACA  500

seq1  TGCCACAGAAATAGCCATGAAATGTGAGTAGGATAGCATTCTTTTCACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACAGAAATAGCCATGAAATGTGAGTAGGATAGCATTCTTTTCACAT  550

seq1  CAGACCACAGACAATAGCAGATGTAATTACAGCATTCTGCCATCTGCCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCACAGACAATAGCAGATGTAATTACAGCATTCTGCCATCTGCCCA  600

seq1  TGGAAATGTCTACCCAGAGTTCTGCAGAGACTCCTATTGCATGCACTTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAATGTCTACCCAGAGTTCTGCAGAGACTCCTATTGCATGCACTTGG  650

seq1  GAACCTTCAAACAAGTGTATTAGGAATTTTTTTATGGAAGAAATAAAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTTCAAACAAGTGTATTAGGAATTTTTTTATGGAAGAAATAAAGAA  700

seq1  CTATTCTTCTTAAATGTCACCCATGGGCTGTATGGCTTGTGTAGAATTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCTTCTTAAATGTCACCCATGGGCTGTATGGCTTGTGTAGAATTAT  750

seq1  CAGCCTTGTTGCCATGTTTCTTGAAAATAAGAGACCTTTGTTCTATTTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTTGTTGCCATGTTTCTTGAAAATAAGAGACCTTTGTTCTATTTGA  800

seq1  TCTAAAAGCATTAATGTAAATATTATGTCTCTTCATTATTAGGAGCTGAA  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCTAAAAGCATTAATGTAAATATTATGTCTCTTCATTATTAGGAGCTG-A  849

seq1  GGATGTGTACACACAGGTAAGATATTTGTGATTTTTTTCTGTTAATAACC  900
       |||||||||||||||   |||||||||||| ||||||||||  |||  |
seq2  CGATGTGTACACACAG--TAGATATTTGTGA-TTTTTTCTGT--ATA--C  892

seq1  TACCAAGACATATTAGTGAATGTTAAATGTTTAACAAGTAGGTTTTTGGG  950
      |||  ||||||||||||| ||||| ||||||  || |||||   ||||||
seq2  TAC--AGACATATTAGTG-ATGTT-AATGTT--ACCAGTAG---TTTGGG  933

seq1  AAAATTAAAAACTCTGATGTTGAGAGTGTTTACTATTTCTAGAGT  995
      |     || |||||||||| |||||   | |||||  ||||||||
seq2  A-----AATAACTCTGATG-TGAGA---TGTACTA--TCTAGAGT  967

seq1: chr2_53570357_53571457
seq2: B6Ng01-046E13.g_68_1139 (reverse)

seq1  AGGCTTCTAGAGTGTGTGACTACCAAGCACCTGGCAGAGATGGATCAGGT  50
      |||||||||||  |||||||| || ||| ||  |||||||| ||||| ||
seq2  AGGCTTCTAGA--GTGTGACTCCCCAGCCCCCTGCAGAGAT-GATCA-GT  46

seq1  CCAAATCTAACTAGATGCTTGGTGGCAGATGGCTCCCAGCTCAGTTACTC  100
      ||||   | ||||||||||  || |||||| ||||||||  ||| |||||
seq2  CCAA---TCACTAGATGCT--GT-GCAGAT-GCTCCCAGTCCAG-TACTC  88

seq1  TAAACTTGGAATGTGTAAAAAGTTAATGCT-CAGAGCTGAGACTTGATCC  149
      ||||| |||| |||   ||||||  ||||| ||||||| |||| ||||||
seq2  TAAAC-TGGATTGT---AAAAGT--ATGCTCCAGAGCT-AGAC-TGATCC  130

seq1  TCTGTGGA-CATATGTGCACTGAAATGGGAAATCTGGCCACCAAGAACAG  198
      |||||||| |||||||||||||||   |||||||| |||||| |||||||
seq2  TCTGTGGACCATATGTGCACTGAA--TGGAAATCT-GCCACC-AGAACAG  176

seq1  TATTCTGTACACAATCCATTGACTGGTCTGACCCTAATTTTTCAAATCCA  248
      || ||||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||
seq2  TA-TCTGTACAC-ATCCA-TGACTGGTCTGACCCTA--TTTTCAAATCCA  221

seq1  CCTCTCCCAGTCAATTTCTTGGTGGTCTGTGAATACAATCCAGCCGAGTC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCCAGTCAATTTCTTGGTGGTCTGTGAATACAATCCAGCCGAGTC  271

seq1  CTGTTTAGTTTATTTGCAAAGCTTTTTACATGCGGCTTCATTTTCACATT  348
      |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTAG-TTATTTGCAAAGC-TTTTACATGCGGCTTCATTTTCACATT  319

seq1  GCCTTCAAATTCAGGGTGTCTGACTTACCCTGTAATCTGGATTTAGAGAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCAAATTCAGGGTGTCTGACTTACCCTGTAATCTGGATTTAGAGAA  369

seq1  CTGCTCTCAGGGACTTCTAGCTATTTGTTAACGTGTAGTATAGCATAGCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTCAGGGACTTCTAGCTATTTGTTAACGTGTAGTATAGCATAGCA  419

seq1  GGCAGGTCCTCTCCAAAAGCTTTTTCTGTTTGCTTTTATAAACTAATTTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGTCCTCTCCAAAAGCTTTTTCTGTTTGCTTTTATAAACTAATTTT  469

seq1  ATCTTAAAACTATAGTAAACTTGATGATATTCTCTTTTCTTTTATCCATG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAAAACTATAGTAAACTTGATGATATTCTCTTTTCTTTTATCCATG  519

seq1  CTATTTTGACTTTATGCAAGCAGCAAGATAAATATAAACCCCAAAACCAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTTGACTTTATGCAAGCAGCAAGATAAATATAAACCCCAAAACCAT  569

seq1  TAATCATGCCTGAATTACCCTAAATAATAGTAACTAAAATAACTCGTTTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCATGCCTGAATTACCCTAAATAATAGTAACTAAAATAACTCGTTTT  619

seq1  GGAGATGAGAGACAAAGAGGAGTTGCCCAAGAGAAGTCTCCAAATAGACT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATGAGAGACAAAGAGGAGTTGCCCAAGAGAAGTCTCCAAATAGACT  669

seq1  CTTTGCTCTTCTGGGTCATAAGGGATACTTGGTAAAAAAATGAATCTGAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTCTTCTGGGTCATAAGGGATACTTGGTAAAAAAATGAATCTGAT  719

seq1  TCCTCCCTGCTGTGTTGATGACCTTGGATTCTAGGGTCTGATGCTGATGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCCTGCTGTGTTGATGACCTTGGATTCTAGGGTCTGATGCTGATGA  769

seq1  AAGGTATTTTTGAGCAAGTGACTAGCCAGTTAGAAGGTGGTCAGAACTGG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTATTTTTGAGCAAGTGACTAGCCAGTTAGAAGGTGGTCAGAACTGG  819

seq1  ATACAGATGCCCATGCTTAGAGGAGGCAGGGGTAATAGACAAAGAATCTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGATGCCCATGCTTAGAGGAGGCAGGGGTAATAGACAAAGAATCTG  869

seq1  CTCAGGATTCAAACTCATCTTCACAGTACCTTTTAAGCAACTACCACATA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGATTCAAACTCATCTTCACAGTACCTTTTAAGCAACTACCACATA  919

seq1  TGAAAGTTGATGACTTGATTCAAACCTTGTTTCTCTCTTGTTCAGATCTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGTTGATGACTTGATTCAAACCTTGTTTCTCTCTTGTTCAGATCTA  969

seq1  TACAATTAGCAAACAAAGAGGAGAAGAAGAAGCAACATTTTTTTGAAGGG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATTAGCAAACAAAGAGGAGAAGAAGAAGCAACATTTTTTTGAAGGG  1019

seq1  GGAATTTATTAAACTCCCTTCACCAGGATATTAAGAACCATGGGAGAGAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTTATTAAACTCCCTTCACCAGGATATTAAGAACCATGGGAGAGAA  1069

seq1  TTC  1101
      |||
seq2  TTC  1072