BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-047H16
Chromosome2 (Build37)
Map Location 44,765,822 - 44,851,870
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZeb2
Upstream geneArhgap15, Gtdc1
Downstream geneLOC100042661, LOC100041337, LOC666604
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-047H16.bB6Ng01-047H16.g
ACCDH872326DH872327
length9881,077
definitionDH872326|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047H16, 5' end.DH872327|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047H16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,850,867 - 44,851,870)(44,765,822 - 44,766,927)
sequence
gaattcagatgagcctctgaatttgacttttatcaagaaagagttttcaa
attctaataacctggacaataaaagcaacaaccctgtgttcggcatgaac
ccatttagtgccaagcctttatacacccctcttccaccacagagcgcatt
tccccctgccactttcatgccaccagtccagaccagcatccccgggctac
gaccatacccaggactggatcagatgagcttcctaccgcatatggcctat
acctacccaacgggagcagctacctttgctgatatgcagcaaaggaggaa
ataccagaggaaacaaggatttcaggtaatgagatgagtcactttgctct
gaggaaaggcacataggataacctagttgtgattcccaggctgcccagtc
ctaaataaattgataaatgacctagaagatacaaaaggtgggggaaaaac
actcagttggggtggggaaaccaggaatatgagagctttgaagcaagcta
gctaagccagtggctgaaaggataagcttattaaaaactaaggcaagaag
attgctagtttaaggttaggcagcatagcaggatccggtctccaaaacaa
acaaaacagaataaagaattctgagaattacgcatcgatgctagtagttg
gtcagcttaccgacatgcttgaaactgaagtgtgtaacagccacactctc
agaaaggagtgtacgacttgaaggaattacatatttaaattttgatatct
attttgttttataaagaagagttcattttgaagagaatttaaagaaatat
tttacatgttacataggacttcttgcctaattttcaaatggtcaaagaat
ttgtagtggtagaatctgaaagcagcattgttttgcattatttgtataat
ccctgtttgcaaatagagcaaagtgcagtgcacgctgtacagctgtcagt
attcatttacgacacatctgcctcttgtaatgcattta
gaattcctagtctgttttctgttgtgataaaacaccaagcaaaaacaact
tgaggagaaaagggtttaacttaacaagttacagtccatcattacggaaa
gcaatgacaggaactcaagcaggaacctggagctaggaatggaagcagag
accacaaaagaatgttgtttactggcttggctccatggcctgctcagctt
gctttcttatataacccagggatggcatctctcataaaaggctaggccat
tccacatcaatcattaatcaaaaaacaaaacaacaaaacaaacaaacaaa
aaacccacatagataggcataccataggccaatctgacaaaaattcctcc
aaagagtaggttacctcttcccaggtgcctacttttagtcaaggcagcaa
aaactaaccagcaaagagaagaacaggcattgtaaatagactgagaactt
taatcttgatgcttatatcatccacattttttaagggagtagtatttcca
actagataaagcacactttatctaaatggaagactttaggcattaacaaa
caaatacacaaatgatatataaaacttgttattaaaccatgggtgtacat
ccttaactaatggtcacaagagttttctaagcttttagccatcccacgtg
gaccagcattaccccttcctggctatactcaatccatctatacccacttt
catgcttttgtctatccctcatgctaaaatacaagaccttgtctcccact
tcatctgttctccttcaaacatccattttaaaagtggtcttctccgtatg
gtggatcctgaacctggtatatggtgtataccattctttcccattgcaat
agccctggcatataaccatggcacacctatctcattctgctacaggtgac
ttccactatttatactgagcagatgctccctaagacaaaatgtcacacat
cttgcttcataatgcctagtgaatgtctccctatctgtctagtgctcact
acactttgctaacaaacaaaatcttattaacaggaatatcaactgaccat
ggagtaatgcctttattttctatgctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_44850867_44851870
seq2: B6Ng01-047H16.b_41_1028 (reverse)

seq1  TAAATGCATTTACAAAGAGGGCAGATGTGTTGTAAATTGGAATACTGGAC  50
      |||||||| |||| |||| ||||||||||| ||||||  ||||||| |||
seq2  TAAATGCA-TTAC-AAGA-GGCAGATGTGTCGTAAAT--GAATACT-GAC  44

seq1  AGCTGTTACAGCCGTGCACTGCCACTTTGGCTCCTATTTTGCAAACAGGG  100
      ||||| ||||| ||||||||| |||||| ||| ||| |||||||||||||
seq2  AGCTG-TACAG-CGTGCACTG-CACTTT-GCT-CTA-TTTGCAAACAGGG  88

seq1  ATTATACAAAATAATGCCAAAACAATGCCTGCTTTCAGATTCTACCACCT  150
      ||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||
seq2  ATTATAC-AAATAATG-CAAAACAATG-CTGCTTTCAGATTCTACCA-CT  134

seq1  ACAAATTCTTTGACCATTTGAAAATTAGGCAAGAAGTCCTATGTAACATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTCTTTGACCATTTGAAAATTAGGCAAGAAGTCCTATGTAACATG  184

seq1  TAAAATATTTCTTTAAATTCTCTTCAAAATGAACTCTTCTTTATAAAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATATTTCTTTAAATTCTCTTCAAAATGAACTCTTCTTTATAAAACA  234

seq1  AAATAGATATCAAAATTTAAATATGTAATTCCTTCAAGTCGTACACTCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGATATCAAAATTTAAATATGTAATTCCTTCAAGTCGTACACTCCT  284

seq1  TTCTGAGAGTGTGGCTGTTACACACTTCAGTTTCAAGCATGTCGGTAAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGAGTGTGGCTGTTACACACTTCAGTTTCAAGCATGTCGGTAAGC  334

seq1  TGACCAACTACTAGCATCGATGCGTAATTCTCAGAATTCTTTATTCTGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAACTACTAGCATCGATGCGTAATTCTCAGAATTCTTTATTCTGTT  384

seq1  TTGTTTGTTTTGGAGACCGGATCCTGCTATGCTGCCTAACCTTAAACTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGTTTTGGAGACCGGATCCTGCTATGCTGCCTAACCTTAAACTAG  434

seq1  CAATCTTCTTGCCTTAGTTTTTAATAAGCTTATCCTTTCAGCCACTGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTTCTTGCCTTAGTTTTTAATAAGCTTATCCTTTCAGCCACTGGCT  484

seq1  TAGCTAGCTTGCTTCAAAGCTCTCATATTCCTGGTTTCCCCACCCCAACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTAGCTTGCTTCAAAGCTCTCATATTCCTGGTTTCCCCACCCCAACT  534

seq1  GAGTGTTTTTCCCCCACCTTTTGTATCTTCTAGGTCATTTATCAATTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTTTTTCCCCCACCTTTTGTATCTTCTAGGTCATTTATCAATTTAT  584

seq1  TTAGGACTGGGCAGCCTGGGAATCACAACTAGGTTATCCTATGTGCCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGACTGGGCAGCCTGGGAATCACAACTAGGTTATCCTATGTGCCTTT  634

seq1  CCTCAGAGCAAAGTGACTCATCTCATTACCTGAAATCCTTGTTTCCTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGAGCAAAGTGACTCATCTCATTACCTGAAATCCTTGTTTCCTCTG  684

seq1  GTATTTCCTCCTTTGCTGCATATCAGCAAAGGTAGCTGCTCCCGTTGGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTCCTCCTTTGCTGCATATCAGCAAAGGTAGCTGCTCCCGTTGGGT  734

seq1  AGGTATAGGCCATATGCGGTAGGAAGCTCATCTGATCCAGTCCTGGGTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATAGGCCATATGCGGTAGGAAGCTCATCTGATCCAGTCCTGGGTAT  784

seq1  GGTCGTAGCCCGGGGATGCTGGTCTGGACTGGTGGCATGAAAGTGGCAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCGTAGCCCGGGGATGCTGGTCTGGACTGGTGGCATGAAAGTGGCAGG  834

seq1  GGGAAATGCGCTCTGTGGTGGAAGAGGGGTGTATAAAGGCTTGGCACTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAATGCGCTCTGTGGTGGAAGAGGGGTGTATAAAGGCTTGGCACTAA  884

seq1  ATGGGTTCATGCCGAACACAGGGTTGTTGCTTTTATTGTCCAGGTTATTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTTCATGCCGAACACAGGGTTGTTGCTTTTATTGTCCAGGTTATTA  934

seq1  GAATTTGAAAACTCTTTCTTGATAAAAGTCAAATTCAGAGGCTCATCTGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTGAAAACTCTTTCTTGATAAAAGTCAAATTCAGAGGCTCATCTGA  984

seq1  ATTC  1004
      ||||
seq2  ATTC  988

seq1: chr2_44765822_44766927
seq2: B6Ng01-047H16.g_66_1142

seq1  GAATTCCTAGTCTGTTTTCTGTTGTGATAAAACACCAAGCAAAAACAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAGTCTGTTTTCTGTTGTGATAAAACACCAAGCAAAAACAACT  50

seq1  TGAGGAGAAAAGGGTTTAACTTAACAAGTTACAGTCCATCATTACGGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAGAAAAGGGTTTAACTTAACAAGTTACAGTCCATCATTACGGAAA  100

seq1  GCAATGACAGGAACTCAAGCAGGAACCTGGAGCTAGGAATGGAAGCAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGACAGGAACTCAAGCAGGAACCTGGAGCTAGGAATGGAAGCAGAG  150

seq1  ACCACAAAAGAATGTTGTTTACTGGCTTGGCTCCATGGCCTGCTCAGCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAAAAGAATGTTGTTTACTGGCTTGGCTCCATGGCCTGCTCAGCTT  200

seq1  GCTTTCTTATATAACCCAGGGATGGCATCTCTCATAAAAGGCTAGGCCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCTTATATAACCCAGGGATGGCATCTCTCATAAAAGGCTAGGCCAT  250

seq1  TCCACATCAATCATTAATCAAAAAACAAAACAACAAAACAAACAAACAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACATCAATCATTAATCAAAAAACAAAACAACAAAACAAACAAACAAA  300

seq1  AAACCCACATAGATAGGCATACCATAGGCCAATCTGACAAAAATTCCTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCACATAGATAGGCATACCATAGGCCAATCTGACAAAAATTCCTCC  350

seq1  AAAGAGTAGGTTACCTCTTCCCAGGTGCCTACTTTTAGTCAAGGCAGCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGTAGGTTACCTCTTCCCAGGTGCCTACTTTTAGTCAAGGCAGCAA  400

seq1  AAACTAACCAGCAAAGAGAAGAACAGGCATTGTAAATAGACTGAGAACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAACCAGCAAAGAGAAGAACAGGCATTGTAAATAGACTGAGAACTT  450

seq1  TAATCTTGATGCTTATATCATCCACATTTTTTAAGGGAGTAGTATTTCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTTGATGCTTATATCATCCACATTTTTTAAGGGAGTAGTATTTCCA  500

seq1  ACTAGATAAAGCACACTTTATCTAAATGGAAGACTTTAGGCATTAACAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGATAAAGCACACTTTATCTAAATGGAAGACTTTAGGCATTAACAAA  550

seq1  CAAATACACAAATGATATATAAAACTTGTTATTAAACCATGGGTGTACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATACACAAATGATATATAAAACTTGTTATTAAACCATGGGTGTACAT  600

seq1  CCTTAACTAATGGTCACAAGAGTTTTCTAAGCTTTTAGCCATCCCACGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAACTAATGGTCACAAGAGTTTTCTAAGCTTTTAGCCATCCCACGTG  650

seq1  GACCAGCATTACCCCTTCCTGGCTATACTCAATCCATCTATACCCACTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGCATTACCCCTTCCTGGCTATACTCAATCCATCTATACCCACTTT  700

seq1  CATGCTTTTGTCTATCCCTCATGCTAAAATACAAGACCTTGTCTCCCACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTTTTGTCTATCCCTCATGCTAAAATACAAGACCTTGTCTCCCACT  750

seq1  TCATCTGTTCTCCTTCAAACATCCATTTTAAAAGTGGTCTTCTCCGTATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTGTTCTCCTTCAAACATCCATTTTAAAAGTGGTCTTCTCCGTATG  800

seq1  GTGGATCCTGAACCTGGTATATGGTGTATACCATTCTTTCCCATTGCAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATCCTGAACCTGGTATATGGTGTATACCATTCTTTCCCATTGCAAT  850

seq1  AGCCCTGGCATATAACCATGGCACACCTATCTCATTCTGCTACAGGTGAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGCCCTGGCATATAACCATGGCACACCTATCTCATTCTGCTACAGGTG-A  899

seq1  CTTCCACTATTTATACTGAAGCAGATGCTCCCTAAAGACAAAAATGTCAC  950
      |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||
seq2  CTTCCACTATTTATACTG-AGCAGATGCTCCCT-AAGAC-AAAATGTCAC  946

seq1  AACCATCTTTGCCTTCCATAAATGCCTAGTGAAATGTCTCCCTTATTCTG  1000
      |  |||| ||||  | ||| ||||||||||| |||||||||||   ||||
seq2  A--CATC-TTGC--TTCAT-AATGCCTAGTG-AATGTCTCCCT--ATCTG  987

seq1  TTCTAAGTGCTCACTAACACTTTGCTTAACAAAACAAAAATCTTATTAAA  1050
       ||| |||||||||| ||||||||| |||||||   ||||||||||||| 
seq2  -TCT-AGTGCTCACT-ACACTTTGC-TAACAAA--CAAAATCTTATTAA-  1030

seq1  CCAGGAAATTAATCAACTGAACCAAATGGAGTACATGCTTTTATTTTCTT  1100
       ||||||    ||||||||| |   |||||||| |||| ||||||||| |
seq2  -CAGGAA---TATCAACTGACC---ATGGAGTA-ATGCCTTTATTTTC-T  1071

seq1  TTGCTG  1106
       |||||
seq2  ATGCTG  1077