BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-047L22
Chromosome2 (Build37)
Map Location 45,178,939 - 45,345,934
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneArhgap15, Gtdc1, Zeb2
Downstream geneLOC100042661, LOC100041337, LOC666604, LOC383690
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-047L22.bB6Ng01-047L22.g
ACCDH872519DH872520
length1,165914
definitionDH872519|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047L22, 5' end.DH872520|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047L22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,344,738 - 45,345,934)(45,178,939 - 45,179,781)
sequence
gaattcttatcccagttgctatgtcagttgtgaatatgtcacaataaaat
cggtaatttttaaggtcatttcaagtgctttatataaaaaaagcataagg
acgcactttggttggcttacagatagtagaatcctgatagaaacatcaat
ggatgatgataggatctcaggggtcttctaagagaacctagctccagctc
ccaaaggctaaaaactaataagacttggcacaagaacaaggtggccagga
ctgaagttatagacaaaaaaggaagccacaatcacatagtaacattacca
aaaacaaaagggatgttttagttggtttaggttcattagcaggtccaaga
gaatgcttccaaattgcaggaaacactgattgatggatagtggaaagaag
ccccattccagcacttatggtgctgagtgtccacttgagagacaacgagt
gagcaaatacctgtgaattgaaatgacttcagttgtggactccactgtgc
accttaccatcagctgctacaaggtctaggacaaacaaggacttccccat
tcagcagagtgaaaccatagaattttagactgcttcaaatacattttgga
aatcaatatatctaaactacatcattattttaatgtcagccaagcccttg
ggggctcttattcaagaggtaggaatagatctcctttatagtagtatttc
tactaataatcagcctatttcagggtgtaatagagcatcaaaaacatgca
attattagcacacctgtgctctagggcactgaaaagatctcttcgggttg
aattaagtaaatatataatcagagtttgcttcctagaatttacagttgcc
ctttttgttcagacacacatatttattttaaagattaaattttggatttg
taaaggttcgtctcattcatctgataaacacatcctatttaaatggaagc
tctgtagcaaagcacttcctcctgtctataaatataatccaagcagcaag
aagcatgtgcggcttacaggctctactcaactgctgcattttaaactact
ccccactgtggctatcctcgaggcgataagaaaggctgttataacagaac
ttcacttcatcttctgtctggatctccagcctcaagactggatgcatgtg
ctgaaatatcttacg
gaattcattgaacacatttctatgtatgatgaatgaatttgggcctgaca
gtgttggatgttttaatcttaataaaagaaatgctttccccagggaccta
gttatgttccttaagtgccccacccccactgtacagaaagtgtttgtgac
tactgggctattagagaagacaggacctggttacccaggaaagattggat
acctgttttataaaggggatggaacctcttgtctctcagttagactacta
attgggatgcttcatgaacccctgtatctaactataattgttgagggaaa
attatgaatctccaataaagtcagtagtcttaagaatataatcttaagaa
ctactggtggaatcaccatgcctgacctcaagctgtactacagagcaatt
gtgataaaaactacatggtactggtacagtgacagacaggtagatcaatg
gaatagaattgaagacccagaaatgaacccacacaactatgggttcactt
gatctttgacaaaatagctaaaaccatccagtggaaagaagacagcatct
tcaacaaatggtgcagggtcaactggcggttatcatgtagaagaatacaa
attgatccattcttatctcctgtacaaagctcaagtctaggtggatcaag
gaactccatataaaaccagacacagtgaaacttaaaaaggagaaaatggg
gaagagccttgaacatatgggcacaggagaaagatccctgaacagaacag
caatgacctgtgctgtaagatcaagaatcgacaaatgggacttcataaaa
ttgcaaagcttctttaaggcaaaggacattgtcataagaccaaaaggcaa
ccaacagattgggaaatgatctttaccaatcctaaatctgataggggcta
atatcatatatata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_45344738_45345934
seq2: B6Ng01-047L22.b_49_1213 (reverse)

seq1  CGTAAGAGATTTATTTCAGCACAGATGCAATCACAGTCTTGAAGCATGAG  50
      |||||||    |||||||||||  |||| ||| ||||||||| || ||  
seq2  CGTAAGA----TATTTCAGCAC--ATGC-ATC-CAGTCTTGAGGC-TGGA  41

seq1  GACCCAAGGGAACAAGAAGATGGAGGTTGGGGAGAGTCTGGTAATAAACA  100
      || |||   ||   |||||||| |     | ||   |||| ||   ||||
seq2  GATCCA---GA--CAGAAGATGAA-----GTGAAGTTCTGTTA--TAACA  79

seq1  GCTCTTCTTTATCGCCTCTGAGGATAG-CACAGTGGGGAGTAGTTTTAAA  149
      || |||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  GC-CTTTCTTATCGCCTC-GAGGATAGCCACAGTGGGGAGTAG-TTTAAA  126

seq1  ATGCAGCAGTTGAGTAGAGCCTGTAAGCCGCACATGGCTTTCTTTGCTGC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||| 
seq2  ATGCAGCAGTTGAGTAGAGCCTGTAAGCCGCACAT-GCTT--CTTGCTG-  172

seq1  CTTGGATTATATTTATAGGGCCAGGAGGAAGTGCTTTGCTACAGAGCTTC  249
      |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGATTATATTTATA--GACAGGAGGAAGTGCTTTGCTACAGAGCTTC  220

seq1  CATTTAAAATAGGATGTGTTTATCAGATGAATGAGACGAACCTTTACAAA  299
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTT-AAATAGGATGTGTTTATCAGATGAATGAGACGAACCTTTACAAA  269

seq1  TCCAAAATTTAATCTTTAAAATAAATATTGTGTGTCCTGAACAAAAAGGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  TCCAAAATTTAATCTTTAAAATAAATA-TGTGTGT-CTGAACAAAAAGGG  317

seq1  CAACTGTAAATTCTAGGAAGCAAACTCTGATTATATATTTACTTAATTCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGTAAATTCTAGGAAGCAAACTCTGATTATATATTTACTTAATTCA  367

seq1  ACCCGAAGAGATCTTTTCAGTGCCCTAGAGCACAGGTGTGCTAATAATTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCGAAGAGATCTTTTCAGTGCCCTAGAGCACAGGTGTGCTAATAATTG  417

seq1  CATGTTTTTGATGCTCTATTACACCCTGAAATAGGCTGATTATTAGTAGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTTTTGATGCTCTATTACACCCTGAAATAGGCTGATTATTAGTAGA  467

seq1  AATACTACTATAAAGGAGATCTATTCCTACCTCTTGAATAAGAGCCCCCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTACTATAAAGGAGATCTATTCCTACCTCTTGAATAAGAGCCCCCA  517

seq1  AGGGCTTGGCTGACATTAAAATAATGATGTAGTTTAGATATATTGATTTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTTGGCTGACATTAAAATAATGATGTAGTTTAGATATATTGATTTC  567

seq1  CAAAATGTATTTGAAGCAGTCTAAAATTCTATGGTTTCACTCTGCTGAAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATGTATTTGAAGCAGTCTAAAATTCTATGGTTTCACTCTGCTGAAT  617

seq1  GGGGAAGTCCTTGTTTGTCCTAGACCTTGTAGCAGCTGATGGTAAGGTGC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAGTCCTTGTTTGTCCTAGACCTTGTAGCAGCTGATGGTAAGGTGC  667

seq1  ACAGTGGAGTCCACAACTGAAGTCATTTCAATTCACAGGTATTTGCTCAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGGAGTCCACAACTGAAGTCATTTCAATTCACAGGTATTTGCTCAC  717

seq1  TCGTTGTCTCTCAAGTGGACACTCAGCACCATAAGTGCTGGAATGGGGCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTGTCTCTCAAGTGGACACTCAGCACCATAAGTGCTGGAATGGGGCT  767

seq1  TCTTTCCACTATCCATCAATCAGTGTTTCCTGCAATTTGGAAGCATTCTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCACTATCCATCAATCAGTGTTTCCTGCAATTTGGAAGCATTCTC  817

seq1  TTGGACCTGCTAATGAACCTAAACCAACTAAAACATCCCTTTTGTTTTTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGACCTGCTAATGAACCTAAACCAACTAAAACATCCCTTTTGTTTTTG  867

seq1  GTAATGTTACTATGTGATTGTGGCTTCCTTTTTTGTCTATAACTTCAGTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGTTACTATGTGATTGTGGCTTCCTTTTTTGTCTATAACTTCAGTC  917

seq1  CTGGCCACCTTGTTCTTGTGCCAAGTCTTATTAGTTTTTAGCCTTTGGGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCACCTTGTTCTTGTGCCAAGTCTTATTAGTTTTTAGCCTTTGGGA  967

seq1  GCTGGAGCTAGGTTCTCTTAGAAGACCCCTGAGATCCTATCATCATCCAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGCTAGGTTCTCTTAGAAGACCCCTGAGATCCTATCATCATCCAT  1017

seq1  TGATGTTTCTATCAGGATTCTACTATCTGTAAGCCAACCAAAGTGCGTCC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTTTCTATCAGGATTCTACTATCTGTAAGCCAACCAAAGTGCGTCC  1067

seq1  TTATGCTTTTTTTATATAAAGCACTTGAAATGACCTTAAAAATTACCGAT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCTTTTTTTATATAAAGCACTTGAAATGACCTTAAAAATTACCGAT  1117

seq1  TTTATTGTGACATATTCACAACTGACATAGCAACTGGGATAAGAATTC  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGTGACATATTCACAACTGACATAGCAACTGGGATAAGAATTC  1165

seq1: chr2_45178939_45179781
seq2: B6Ng01-047L22.g_67_908

seq1  GAATTCATTGAACACATTTCTATGTATGATGAATGAATTTGGGCCTGACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGAACACATTTCTATGTATGATGAATGAATTTGGGCCTGACA  50

seq1  GTGTTGGATGTTTTAATCTTAATAAAAGAAATGCTTTCCCCAGGGACCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGGATGTTTTAATCTTAATAAAAGAAATGCTTTCCCCAGGGACCTA  100

seq1  GTTATGTTCCTTAAGTGCCCCACCCCCACTGTACAGAAAGTGTTTGTGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGTTCCTTAAGTGCCCCACCCCCACTGTACAGAAAGTGTTTGTGAC  150

seq1  TACTGGGCTATTAGAGAAGACAGGACCTGGTTACCCAGGAAAGATTGGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGGCTATTAGAGAAGACAGGACCTGGTTACCCAGGAAAGATTGGAT  200

seq1  ACCTGTTTTATAAAGGGGATGGAACCTCTTGTCTCTCAGTTAGACTACTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTTTTATAAAGGGGATGGAACCTCTTGTCTCTCAGTTAGACTACTA  250

seq1  ATTGGGATGCTTCATGAACCCCTGTATCTAACTATAATTGTTGAGGGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGATGCTTCATGAACCCCTGTATCTAACTATAATTGTTGAGGGAAA  300

seq1  ATTATGAATCTCCAATAAAGTCAGTAGTCTTAAGAATATAATCTTAAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGAATCTCCAATAAAGTCAGTAGTCTTAAGAATATAATCTTAAGAA  350

seq1  CTACTGGTGGAATCACCATGCCTGACCTCAAGCTGTACTACAGAGCAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGGTGGAATCACCATGCCTGACCTCAAGCTGTACTACAGAGCAATT  400

seq1  GTGATAAAAACTACATGGTACTGGTACAGTGACAGACAGGTAGATCAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAAAAACTACATGGTACTGGTACAGTGACAGACAGGTAGATCAATG  450

seq1  GAATAGAATTGAAGACCCAGAAATGAACCCACACAACTATGGGTTCACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGAATTGAAGACCCAGAAATGAACCCACACAACTATGGGTTCACTT  500

seq1  GATCTTTGACAAAATAGCTAAAACCATCCAGTGGAAAGAAGACAGCATCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTTGACAAAATAGCTAAAACCATCCAGTGGAAAGAAGACAGCATCT  550

seq1  TCAACAAATGGTGCAGGGTCAACTGGCGGTTATCATGTAGAAGAATACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAAATGGTGCAGGGTCAACTGGCGGTTATCATGTAGAAGAATACAA  600

seq1  ATTGATCCATTCTTATCTCCTGTACAAAGCTCAAGTCTAGGTGGATCAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATCCATTCTTATCTCCTGTACAAAGCTCAAGTCTAGGTGGATCAAG  650

seq1  GAACTCCATATAAAACCAGACACAGTGAAACTTAAAAAGGAGAAAATGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCCATATAAAACCAGACACAGTGAAACTTAAAAAGGAGAAAATGGG  700

seq1  GAAGAGCCTTGAACATATGGGCACAGGAGAAAGATCCCTGAACAGAACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGCCTTGAACATATGGGCACAGGAGAAAGATCCCTGAACAGAACAG  750

seq1  CAATGACCTGTGCTGTAAGATCAAGAATCGACAAATGGGACTTCATAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGACCTGTGCTGTAAGATCAAGAATCGACAAATGGGACTTCATAAAA  800

seq1  TTGCAAAGCTTCTTTAAGGCAAAGGACATTGTCAATAAGACCA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTGCAAAGCTTCTTTAAGGCAAAGGACATTGTC-ATAAGACCA  842