BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-051H04
Chromosome2 (Build37)
Map Location 78,939,677 - 79,087,007
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040526
Upstream geneLOC667920, OTTMUSG00000016703, LOC383717, LOC100040476, LOC100040494, 4930401B11Rik, Ube2e3
Downstream geneItga4, Cerkl, Neurod1, Ssfa2, Ppp1r1c, Pde1a, LOC668005
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-051H04.bB6Ng01-051H04.g
ACCDH875085DH875086
length1,0021,059
definitionDH875085|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-051H04, 5' end.DH875086|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-051H04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,939,677 - 78,940,677)(79,085,938 - 79,087,007)
sequence
gaattccaccatcttttacctcgaccagtttgagccagtgtgacttcatt
atagtcaggagtgccagatgctctctgttcttaggcaggaagtctgggga
ctcttaatgtgctggtcccatcaggtccatatgtgtcaggagatcattcc
tcatccagatgtgaaggttactcacagcacatattagttactttttgatg
tggggagccatgctggactcaaggctctgagactcactatgtagtccagg
ctggctttcaactgatagcaatcctcatgactcagcctgctgggtgcgga
gattaaagacatgagcaactgtgcctggctaaagattatatcttttgaaa
gcactgaacctttcagttataagtgttagaaaatattagatattaccatt
atgagtaagtacattttcatgacttaaaaaaacccagttaattctttttc
tctagataatagtcttcttactgaccagaaagaaaagattcagatctgca
ttcttaaggtatggatgtaacaaatatgaagacaattacaggaaactttg
tgatatggccactctggggctgtactgtcacttctgtatgagagtgagag
agtgaacaaagaaaaatgctaattttctttggctggcgcaggaatcactc
cagggagatgaaggaatttcttggtgtacaaaaaacaactaaatccaaga
gtcatgcaagttacggtcatttggagatagaaaagcctaacccaacagaa
cacaacacaacaaaacacaacccaacacaacccagcccacccaagcccaa
cccaatccagcccaaaacaaccaaacccagcccaatcctcccagtgtcca
ggttctcaaatgagaggttagtcgctattagagagctttctaaagagaag
tttacatttgagccagtactgggtctttcaatttgaagacaaagcagtag
aagaaacctagacttagaatctctctctctctctctctctctctctctct
ct
gaattctttaaggctagcaggtatagccaagtcacagagccatgaaccac
cttgcaatagacaaaacaaggcataatgggaattgtgggaatctgaaatc
ataatcttatacaactgtcacttccacaagactcatgatatgtttaaatg
ggtgaagtggaagtatctataaagcccttgaattccactttaaccatcca
gttaagtaacaatagtctcacaagagggtgaaacacacttttattaagtc
taatgaaatttaattggctctactgaagtgaatccttatcatggggtcca
tgctgttgtgaatgacaatttctgtagctttgagtcccatcaactattta
taatctaaaagcctgaaggtaggggtgagattaaatttttctatctcaca
gtagactctccttccagactatccacagcaccaggcttctattaagaaga
gaactgtatttagtagaaaattttttcagatttcaaaatgtcatttaata
atctttcgcagacagaatttctaaatggatcttaacttcaagtaggggaa
ttccttatttttcacaaaagaagccaacaaagggagagatgagagggttt
aataggctgaggacattgcttgaagttgagatggtactctgacttgtaaa
caacaacatcaaaagatcttctgtatgggaattacccaccagagaaacat
ttgctgcagagtaaacctggttctttcatgtcattctgtatttgtaactt
tgatgtctttaacagacacagtccagctccttgtctcttggagccatcct
gaccacttgtctaagctgggatcccgaggcctgtgattttccttgtgcat
gccccccacctccccaatcacatacaatgcctctgacatcacccatgagc
ctggcaatgagtgaccattagttgacgtgagaaattcagtttcaaatggc
tttgacctgatcattttatttcagaccttgacaagaaactgcagatcagc
tcatgatctgaattatttcatacctagatgtccagcttcttcagtcattc
tagtaacat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_78939677_78940677
seq2: B6Ng01-051H04.b_45_1046

seq1  GAATTCCACCATCTTTTACCTCGACCAGTTTGAGCCAGTGTGACTTCATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCATCTTTTACCTCGACCAGTTTGAGCCAGTGTGACTTCATT  50

seq1  ATAGTCAGGAGTGCCAGATGCTCTCTGTTCTTAGGCAGGAAGTCTGGGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCAGGAGTGCCAGATGCTCTCTGTTCTTAGGCAGGAAGTCTGGGGA  100

seq1  CTCTTAATGTGCTGGTCCCATCAGGTCCATATGTGTCAGGAGATCATTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAATGTGCTGGTCCCATCAGGTCCATATGTGTCAGGAGATCATTCC  150

seq1  TCATCCAGATGTGAAGGTTACTCACAGCACATATTAGTTACTTTTTGATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCAGATGTGAAGGTTACTCACAGCACATATTAGTTACTTTTTGATG  200

seq1  TGGGGAGCCATGCTGGACTCAAGGCTCTGAGACTCACTATGTAGTCCAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAGCCATGCTGGACTCAAGGCTCTGAGACTCACTATGTAGTCCAGG  250

seq1  CTGGCTTTCAACTGATAGCAATCCTCATGACTCAGCCTGCTGGGTGCGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTTCAACTGATAGCAATCCTCATGACTCAGCCTGCTGGGTGCGGA  300

seq1  GATTAAAGACATGAGCAACTGTGCCTGGCTAAAGATTATATCTTTTGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAAGACATGAGCAACTGTGCCTGGCTAAAGATTATATCTTTTGAAA  350

seq1  GCACTGAACCTTTCAGTTATAAGTGTTAGAAAATATTAGATATTACCATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGAACCTTTCAGTTATAAGTGTTAGAAAATATTAGATATTACCATT  400

seq1  ATGAGTAAGTACATTTTCATGACTTAAAAAAACCCAGTTAATTCTTTTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTAAGTACATTTTCATGACTTAAAAAAACCCAGTTAATTCTTTTTC  450

seq1  TCTAGATAATAGTCTTCTTACTGACCAGAAAGAAAAGATTCAGATCTGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGATAATAGTCTTCTTACTGACCAGAAAGAAAAGATTCAGATCTGCA  500

seq1  TTCTTAAGGTATGGATGTAACAAATATGAAGACAATTACAGGAAACTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAAGGTATGGATGTAACAAATATGAAGACAATTACAGGAAACTTTG  550

seq1  TGATATGGCCACTCTGGGGCTGTACTGTCACTTCTGTATGAGAGTGAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATGGCCACTCTGGGGCTGTACTGTCACTTCTGTATGAGAGTGAGAG  600

seq1  AGTGAACAAAGAAAAATGCTAATTTTCTTTGGCTGGCGCAGGAATCACTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAACAAAGAAAAATGCTAATTTTCTTTGGCTGGCGCAGGAATCACTC  650

seq1  CAGGGAGATGAAGGAATTTCTTGGTGTACAAAAAACAACTAAATCCAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAGATGAAGGAATTTCTTGGTGTACAAAAAACAACTAAATCCAAGA  700

seq1  GTCATGCAAGTTACGGTCATTTGGAGATAGAAAAGCCTAACCCAACAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGCAAGTTACGGTCATTTGGAGATAGAAAAGCCTAACCCAACAGAA  750

seq1  CACAACACAACAAAACACAACCCAACACAACCCAGCCCACCCAAGCCCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACACAACAAAACACAACCCAACACAACCCAGCCCACCCAAGCCCAA  800

seq1  CCCAATCCAGCCCAAAACAACCAAACCCAGCCCAATCCTCCCAGTGTCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATCCAGCCCAAAACAACCAAACCCAGCCCAATCCTCCCAGTGTCCA  850

seq1  GGTTCTCAAATGAGAGGTTAGTCGCTATTAGAGAGCTTTCTAAAGAGAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTCAAATGAGAGGTTAGTCGCTATTAGAGAGCTTTCTAAAGAGAAG  900

seq1  TTTACATTTGAGCCAGTACTGGGTCTTTCAATTTGAAGACAAAGCAGTAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACATTTGAGCCAGTACTGGGTCTTTCAATTTGAAGACAAAGCAGTAG  950

seq1  -AGAAACCTAGACTTAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  999
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAACCTAGACTTAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  1000

seq1  CT  1001
      ||
seq2  CT  1002

seq1: chr2_79085938_79087007
seq2: B6Ng01-051H04.g_64_1122 (reverse)

seq1  ATGTTACTAAGAATTGACTGAGAGAAAGCTGGACATCTGAGTATGAAATA  50
      |||||||| |||| ||||||| || |||||||||||||  ||||||||| 
seq2  ATGTTACT-AGAA-TGACTGA-AG-AAGCTGGACATCTAGGTATGAAAT-  45

seq1  AATTCAGATCATGGAGCTGATCTGCAGTTTTCTTGTCAAGGTCTGAAATA  100
      |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAGATCAT-GAGCTGATCTGCAG-TTTCTTGTCAAGGTCTGAAATA  93

seq1  AAATGATCAGGTCAAAGCCATTTTGAAACTGAAATTTCTCACGTCAACTA  150
      |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAATGATCAGGTCAAAGCCA-TTTGAAACTG-AATTTCTCACGTCAACTA  141

seq1  ATGGTCACTCATTGCCAGGCTCATGGGGTGATGTCAGAGGCATTGTATTG  200
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATGGTCACTCATTGCCAGGCTCAT-GGGTGATGTCAGAGGCATTGTA-TG  189

seq1  TGATTGGGGAGGTGGGGGGCATGCACAAGGAAAATCACAGGCCTCGGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGGGGAGGTGGGGGGCATGCACAAGGAAAATCACAGGCCTCGGGAT  239

seq1  CCCAGCTTAGACAAGTGGTCAGGATGGCTCCAAGAGACAAGGAGCTGGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCTTAGACAAGTGGTCAGGATGGCTCCAAGAGACAAGGAGCTGGAC  289

seq1  TGTGTCTGTTAAAGACATCAAAGTTACAAATACAGAATGACATGAAAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTGTTAAAGACATCAAAGTTACAAATACAGAATGACATGAAAGAA  339

seq1  CCAGGTTTACTCTGCAGCAAATGTTTCTCTGGTGGGTAATTCCCATACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTTTACTCTGCAGCAAATGTTTCTCTGGTGGGTAATTCCCATACAG  389

seq1  AAGATCTTTTGATGTTGTTGTTTACAAGTCAGAGTACCATCTCAACTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCTTTTGATGTTGTTGTTTACAAGTCAGAGTACCATCTCAACTTCA  439

seq1  AGCAATGTCCTCAGCCTATTAAACCCTCTCATCTCTCCCTTTGTTGGCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGTCCTCAGCCTATTAAACCCTCTCATCTCTCCCTTTGTTGGCTT  489

seq1  CTTTTGTGAAAAATAAGGAATTCCCCTACTTGAAGTTAAGATCCATTTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTGAAAAATAAGGAATTCCCCTACTTGAAGTTAAGATCCATTTAG  539

seq1  AAATTCTGTCTGCGAAAGATTATTAAATGACATTTTGAAATCTGAAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTGTCTGCGAAAGATTATTAAATGACATTTTGAAATCTGAAAAAA  589

seq1  TTTTCTACTAAATACAGTTCTCTTCTTAATAGAAGCCTGGTGCTGTGGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTACTAAATACAGTTCTCTTCTTAATAGAAGCCTGGTGCTGTGGAT  639

seq1  AGTCTGGAAGGAGAGTCTACTGTGAGATAGAAAAATTTAATCTCACCCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGGAAGGAGAGTCTACTGTGAGATAGAAAAATTTAATCTCACCCCT  689

seq1  ACCTTCAGGCTTTTAGATTATAAATAGTTGATGGGACTCAAAGCTACAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCAGGCTTTTAGATTATAAATAGTTGATGGGACTCAAAGCTACAGA  739

seq1  AATTGTCATTCACAACAGCATGGACCCCATGATAAGGATTCACTTCAGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTCATTCACAACAGCATGGACCCCATGATAAGGATTCACTTCAGTA  789

seq1  GAGCCAATTAAATTTCATTAGACTTAATAAAAGTGTGTTTCACCCTCTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAATTAAATTTCATTAGACTTAATAAAAGTGTGTTTCACCCTCTTG  839

seq1  TGAGACTATTGTTACTTAACTGGATGGTTAAAGTGGAATTCAAGGGCTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACTATTGTTACTTAACTGGATGGTTAAAGTGGAATTCAAGGGCTTT  889

seq1  ATAGATACTTCCACTTCACCCATTTAAACATATCATGAGTCTTGTGGAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATACTTCCACTTCACCCATTTAAACATATCATGAGTCTTGTGGAAG  939

seq1  TGACAGTTGTATAAGATTATGATTTCAGATTCCCACAATTCCCATTATGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGTTGTATAAGATTATGATTTCAGATTCCCACAATTCCCATTATGC  989

seq1  CTTGTTTTGTCTATTGCAAGGTGGTTCATGGCTCTGTGACTTGGCTATAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTTTGTCTATTGCAAGGTGGTTCATGGCTCTGTGACTTGGCTATAC  1039

seq1  CTGCTAGCCTTAAAGAATTC  1070
      ||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAGCCTTAAAGAATTC  1059