BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-058D11
Chromosome2 (Build37)
Map Location 43,008,736 - 43,130,298
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041228
Upstream geneLrp1b
Downstream geneLOC100041245, Kynu, Arhgap15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-058D11.bB6Ng01-058D11.g
ACCDH879854DH879855
length5731,091
definitionDH879854|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-058D11, 5' end.DH879855|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-058D11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,008,736 - 43,009,314)(43,129,197 - 43,130,298)
sequence
tactttaattaaagatagttatggcacaattacttactttctttgtttca
caagtttggaaaagtaaattaaacacctggtgaaatggggccaactgctc
agcaacaggcccaaagagggatctagctcaagggggaagttggtgtccca
gggtctgacactattattgaggctatggagcactcgcaaaaagggacctg
gcatgatcacactccagaagacccaacaagcagctgaaagagtcagaggc
agatagttgcacccaaccaatagacaaaatcagctgacccctgttgttaa
attagagaaagactgaaagaagctgaggaggaccagcagtctcaattaat
ctggacccctgagatctcttaaaccctagaccaccaaacaggcagcatac
accagctgatatgaggcccccaacacacatacagcagaggactgttaggt
ctgtgttgattcagagatgatgaacctaaccctcatgagactgcaggccc
cagggagtttagcagtcaggtgacataggggtgtggacaaccatgtggag
acagggaggtggggaggaagtat
gaattcaagtcacctccattgttgaatgtttttttgtgaaatatcctgac
agatttctataatagtaactgacataaagtatgcatatatatgtatatgc
atatggtttctgtataaacaatacttagaataacttagctactgtcattt
aaaatttgtagaacatggttataatttggttgatttttcattaactaacc
ataaaatatcagtcataagaaacataatcagacaaattgaatcactctat
tgtcatcaagttttattaattatgataaccagttcaaatcatccctagga
aggaatcttccatagctcaataagagtgcatgtgatatttctagtactga
gcagtagtgaaggtatgtaactgcctctttttcatttattcatttgctca
ttcactcatacattgtttatgttgattctcaaacaagagttctcaaaaac
agttgggtgaaaatgcacatggaaagttaataactgtctttttctcagag
cctatggttcagtaattgacaggatgtggtagttctgaaggagctcacac
aggagtcacatttaaggaagtgtagctcaggcttctcagaccacatttat
ttcgtaacgagtgccttgtttgctttgctggcatttgccatcattcaatg
tatttcagtccagctagggtcctaaaaatcacatgaaaaaattaagactt
tatgaaccaataatcagtaaaatttcaatagtttctaagaaacttatttt
caaatgcatatgtttcttatggtcctaactttaatattattataccctac
cattctcatttaggacatgaataaaacgtatatattttttgtttgttttt
ttccagacagggcttctctgtatacctctggttgtcctagaagtcactct
gtaaaggaggctggccttgaactcacagagatctacttgtctctgctctc
agtgctgagattaaagtatgagcctctgccaccagctcaaagtattgatt
tttatcttccccttactctagcataaaacaatagtgaaaagcatgtaatg
atcagtattgtttatgaattatggttagttaatgtgtgtct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_43008736_43009314
seq2: B6Ng01-058D11.b_45_623

seq1  GAATTCTACTTTAATTAAAGATAGTTATGGCACAATTACTTACTTTCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACTTTAATTAAAGATAGTTATGGCACAATTACTTACTTTCTTT  50

seq1  GTTTCACAAGTTTGGAAAAGTAAATTAAACACCTGGTGAAATGGGGCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCACAAGTTTGGAAAAGTAAATTAAACACCTGGTGAAATGGGGCCAA  100

seq1  CTGCTCAGCAACAGGCCCAAAGAGGGATCTAGCTCAAGGGGGAAGTTGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCAGCAACAGGCCCAAAGAGGGATCTAGCTCAAGGGGGAAGTTGGT  150

seq1  GTCCCAGGGTCTGACACTATTATTGAGGCTATGGAGCACTCGCAAAAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCAGGGTCTGACACTATTATTGAGGCTATGGAGCACTCGCAAAAAGG  200

seq1  GACCTGGCATGATCACACTCCAGAAGACCCAACAAGCAGCTGAAAGAGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGGCATGATCACACTCCAGAAGACCCAACAAGCAGCTGAAAGAGTC  250

seq1  AGAGGCAGATAGTTGCACCCAACCAATAGACAAAATCAGCTGACCCCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCAGATAGTTGCACCCAACCAATAGACAAAATCAGCTGACCCCTGT  300

seq1  TGTTAAATTAGAGAAAGACTGAAAGAAGCTGAGGAGGACCAGCAGTCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAATTAGAGAAAGACTGAAAGAAGCTGAGGAGGACCAGCAGTCTCA  350

seq1  ATTAATCTGGACCCCTGAGATCTCTTAAACCCTAGACCACCAAACAGGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATCTGGACCCCTGAGATCTCTTAAACCCTAGACCACCAAACAGGCA  400

seq1  GCATACACCAGCTGATATGAGGCCCCCAACACACATACAGCAGAGGACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACACCAGCTGATATGAGGCCCCCAACACACATACAGCAGAGGACTG  450

seq1  TTAGGTCTGTGTTGATTCAGAGATGATGAACCTAACCCTCATGAGACTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTCTGTGTTGATTCAGAGATGATGAACCTAACCCTCATGAGACTGC  500

seq1  AGGCCCCAGGGAGTTTAGCAGTCAGGTGACATAGGGGTGTGGACAACCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCCAGGGAGTTTAGCAGTCAGGTGACATAGGGGTGTGGACAACCAT  550

seq1  GTGGAGACAGGGAGGTGGGGAGGAAGTAT  579
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGACAGGGAGGTGGGGAGGAAGTAT  579

seq1: chr2_43129197_43130298
seq2: B6Ng01-058D11.g_68_1158 (reverse)

seq1  AGACTACACATTAAACTAAACACTAAATTCATATAACAATAACTGATCAT  50
      |||| ||||||| |||||| ||   |||||||| |||||| |||||||||
seq2  AGAC-ACACATT-AACTAACCA--TAATTCATA-AACAAT-ACTGATCAT  44

seq1  TACATGCTTTTCAACTATTGTTTTATGCTAGAGTAAGGGGAAGATAAAAA  100
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGCTTTTC-ACTATTGTTTTATGCTAGAGTAAGGGGAAGATAAAAA  93

seq1  TCAATACTTTGAGCTGGGTGGCAGAGGCTCATACTTTTAATCTCAGCACT  150
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCAATACTTTGAGCT-GGTGGCAGAGGCTCATAC-TTTAATCTCAGCACT  141

seq1  GGAGAGGCAGAGACAAGTAGATCTCTGTGAGTTCAAGGCCAGCCTCCTTT  200
       |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GAGA-GCAGAGACAAGTAGATCTCTGTGAGTTCAAGGCCAGCCTCCTTT  189

seq1  ACAGAGTGACTTCTAGGACAACCAGAGGTATACAGAGAAGCCCTGTCTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGTGACTTCTAGGACAACCAGAGGTATACAGAGAAGCCCTGTCTGG  239

seq1  AAAAAAACAAACAAAAAATATATACGTTTTATTCATGTCCTAAATGAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAACAAACAAAAAATATATACGTTTTATTCATGTCCTAAATGAGAA  289

seq1  TGGTAGGGTATAATAATATTAAAGTTAGGACCATAAGAAACATATGCATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGGGTATAATAATATTAAAGTTAGGACCATAAGAAACATATGCATT  339

seq1  TGAAAATAAGTTTCTTAGAAACTATTGAAATTTTACTGATTATTGGTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATAAGTTTCTTAGAAACTATTGAAATTTTACTGATTATTGGTTCA  389

seq1  TAAAGTCTTAATTTTTTCATGTGATTTTTAGGACCCTAGCTGGACTGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTCTTAATTTTTTCATGTGATTTTTAGGACCCTAGCTGGACTGAAA  439

seq1  TACATTGAATGATGGCAAATGCCAGCAAAGCAAACAAGGCACTCGTTACG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTGAATGATGGCAAATGCCAGCAAAGCAAACAAGGCACTCGTTACG  489

seq1  AAATAAATGTGGTCTGAGAAGCCTGAGCTACACTTCCTTAAATGTGACTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATGTGGTCTGAGAAGCCTGAGCTACACTTCCTTAAATGTGACTC  539

seq1  CTGTGTGAGCTCCTTCAGAACTACCACATCCTGTCAATTACTGAACCATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGAGCTCCTTCAGAACTACCACATCCTGTCAATTACTGAACCATA  589

seq1  GGCTCTGAGAAAAAGACAGTTATTAACTTTCCATGTGCATTTTCACCCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTGAGAAAAAGACAGTTATTAACTTTCCATGTGCATTTTCACCCAA  639

seq1  CTGTTTTTGAGAACTCTTGTTTGAGAATCAACATAAACAATGTATGAGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTTGAGAACTCTTGTTTGAGAATCAACATAAACAATGTATGAGTG  689

seq1  AATGAGCAAATGAATAAATGAAAAAGAGGCAGTTACATACCTTCACTACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGCAAATGAATAAATGAAAAAGAGGCAGTTACATACCTTCACTACT  739

seq1  GCTCAGTACTAGAAATATCACATGCACTCTTATTGAGCTATGGAAGATTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGTACTAGAAATATCACATGCACTCTTATTGAGCTATGGAAGATTC  789

seq1  CTTCCTAGGGATGATTTGAACTGGTTATCATAATTAATAAAACTTGATGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTAGGGATGATTTGAACTGGTTATCATAATTAATAAAACTTGATGA  839

seq1  CAATAGAGTGATTCAATTTGTCTGATTATGTTTCTTATGACTGATATTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGAGTGATTCAATTTGTCTGATTATGTTTCTTATGACTGATATTTT  889

seq1  ATGGTTAGTTAATGAAAAATCAACCAAATTATAACCATGTTCTACAAATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTAGTTAATGAAAAATCAACCAAATTATAACCATGTTCTACAAATT  939

seq1  TTAAATGACAGTAGCTAAGTTATTCTAAGTATTGTTTATACAGAAACCAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGACAGTAGCTAAGTTATTCTAAGTATTGTTTATACAGAAACCAT  989

seq1  ATGCATATACATATATATGCATACTTTATGTCAGTTACTATTATAGAAAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATATACATATATATGCATACTTTATGTCAGTTACTATTATAGAAAT  1039

seq1  CTGTCAGGATATTTCACAAAAAAACATTCAACAATGGAGGTGACTTGAAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAGGATATTTCACAAAAAAACATTCAACAATGGAGGTGACTTGAAT  1089

seq1  TC  1102
      ||
seq2  TC  1091