BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-060I10
Chromosome2 (Build37)
Map Location 179,193,680 - 179,275,416
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdh4
Upstream geneCdh26, LOC100039368, LOC665264, LOC100043168, LOC100039413
Downstream geneTaf4a, Lsm14b, Psma7, Ss18l1, Gtpbp5, Hrh3, Osbpl2, LOC100039470, Adrm1, Lama5, Rps21, Cables2, BC066135, Gata5, EG622283, Slco4a1, Ntsr1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-060I10.bB6Ng01-060I10.g
ACCDH881477DH881478
length1,0911,012
definitionDH881477|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060I10, 5' end.DH881478|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060I10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(179,274,314 - 179,275,416)(179,193,680 - 179,194,705)
sequence
gaattctctggacatcacatgaggtccctctctgcagccgtgaatatctg
gtttgtgtgactcgaacagatggctggtcctcccctcttccagaagtcct
ccctagatatatgcagggtaagtctctgtttttcctctcctaagcatctc
accactccagttggccattttgtgctccaaggaagtgaagttagagagta
aggagttgcttgacagctgcagagatcatgtactaaccccaagttcaggg
cctggcctgatgggtgttaggtatcgcttcacttgacctgaacccccaaa
ggctcccatacttttgtgccccacatgagagctctcttacctggaactga
aagaccgttatactatttcctggagggctctatgcagttaacaggaccgg
ggtaaagagttcgcacaaacccatgcatacctgtctctttaactgggagt
gaatcaagctgggcactcatgtatcattaaggttttcaaatgcccccccc
cccccccatggtctcaacggccattcaaatctcatccaaagaggagaatg
gtccctgtgttctgagtctgacagaagagcctgccatccatggtgggcca
aggtcactctggtgtgagtgtaaccacacctgccctaggctcctcgtctg
tgtggctcagcagctggcgatacaggaatcctgcagtctgaattgctgct
ttttctccattaagtccaaaggacccgagaggcccagggggccattcatt
atggcgatgtaatggaatctcggccacattatctccgtagaacaaagaat
atcattgctgtttttagaacaatgaaaaaggctctgaaataaacctgtaa
gaattcaaatgggaagggaaagggcttgccccttgttcactcctccatgc
aaagcagagcaaatgcctgcctacctagacagatacccagagctaccctc
ccccctgccctgcccaagggctctcagccgggagtctcagtaactccagt
gcaggacaaagggcagaggatgtgcgctgattgagacagctagtcttgag
cctgatagccagcacccagccagttcttggggagctgctag
gaattcaggcttgcctgtcaagttcctttactcaactggcccattttgcc
agcttaagattttaaagggaaagacaggaacgagagactcagagtccctt
gcctgagtatttctaccttcttggtctaacttattggctttaacatagct
tcaagtctgagtggtcagagcaaaggcctttgcatcttgaggctatacaa
agagcccagctaaaaattaattgctctctgtgctaatttcctagagccct
ttgggtccagtatcttctgctatattaaatcgagcccattgacaacagag
ttctctctaagtgatggaagatggcctctgcatccagccagctgaatcag
cgtaaccggcaggccagtgggctgtctttgtaatttctttgtgagcagga
ttaaattaccctgcaggctggcatggagccacaggccctggctttgctgt
cttggaatatgaggatccaggccagaagcacacgtgtctgcatttaaatt
ctgacaatcttctgtgctcacctgatgttgcatctatggctctggccctc
taccctctcattctgctcaaggctgcatgaacataaaataagaattagat
tttcagcagtatcaaactgaaggccgtgactttccttggatgggagtaaa
ggtgtcactaatgaggtggctgtcaccacttgggggaattctgatgctgc
cctctcataacagaaaaggaagcatgagggacatccctctctgtgccaag
gcttgcttttgggtactgggtgggacttgagatggagccatttctatttt
tatgtactgtgctcaaataaggctgctcatctgagggagaggctgggcca
gctaacagttggggtcggcatcagaccgatgctggggaatagccagaaag
agcaggatgactgggttgcttctttatttaccctaaaatgtgtcataatg
tcttttctgtctttacaaagagtcccagagagccttgtactagagctctg
attctcacagcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_179274314_179275416
seq2: B6Ng01-060I10.b_49_1139 (reverse)

seq1  CTAGCAGCTCCCCAAGAACTGGCTGTGGGTGCTGGGCTATCAGGGCTTCA  50
      |||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||   |||
seq2  CTAGCAGCTCCCCAAGAACTGGC--TGGGTGCT-GGCTATCAGG--CTCA  45

seq1  AGGACTAGCTGTCTCAATACAGCCGGCACATCCTTCCTGGCCTTTGTCCT  100
      | |||||||||||||||| ||||  |||||||||  ||| ||||||||||
seq2  A-GACTAGCTGTCTCAAT-CAGC--GCACATCCT--CTGCCCTTTGTCCT  89

seq1  GCACTTGGAGTTACTGAGACTCCCGGCTGAGAGCCCTTGGGCAGGGCAGG  150
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAC-TGGAGTTACTGAGACTCCCGGCTGAGAGCCCTTGGGCAGGGCAGG  138

seq1  GGGGAGGGTAGCTCTGGGTATCTGTCTAGGTAGGCAGGCATTTGCTCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGGGTAGCTCTGGGTATCTGTCTAGGTAGGCAGGCATTTGCTCTGC  188

seq1  TTTGCATGGAGGAGTGAAC-AGGGGCAAGCCCTTTCCCTTCCCATTTTGA  249
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTTGCATGGAGGAGTGAACAAGGGGCAAGCCCTTTCCCTTCCCA-TTTGA  237

seq1  ATTCTTACAGGTTTATTTCAGAGCCTTTTTCATTGTTCTAAAAACAGCAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTACAGGTTTATTTCAGAGCCTTTTTCATTGTTCTAAAAACAGCAA  287

seq1  TGATATTCTTTGTTCTACGGAGATAATGTGGCCGAGATTCCATTACATCG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATTCTTTGTTCTACGGAGATAATGTGGCCGAGATTCCATTACATCG  337

seq1  CCATAATGAATGGCCCCCTGGGCCTCTCGGGTCCTTTGGACTTAATGGAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAATGAATGGCCCCCTGGGCCTCTCGGGTCCTTTGGACTTAATGGAG  387

seq1  AAAAAGCAGCAATTCAGACTGCAGGATTCCTGTATCGCCAGCTGCTGAGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGCAGCAATTCAGACTGCAGGATTCCTGTATCGCCAGCTGCTGAGC  437

seq1  CACACAGACGAGGAGCCTAGGGCAGGTGTGGTTACACTCACACCAGAGTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGACGAGGAGCCTAGGGCAGGTGTGGTTACACTCACACCAGAGTG  487

seq1  ACCTTGGCCCACCATGGATGGCAGGCTCTTCTGTCAGACTCAGAACACAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGGCCCACCATGGATGGCAGGCTCTTCTGTCAGACTCAGAACACAG  537

seq1  GGACCATTCTCCTCTTTGGATGAGATTTGAATGGCCGTTGAGACCATGGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCATTCTCCTCTTTGGATGAGATTTGAATGGCCGTTGAGACCATGGG  587

seq1  GGGGGGGGGGGGCATTTGAAAACCTTAATGATACATGAGTGCCCAGCTTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGGGGGGCATTTGAAAACCTTAATGATACATGAGTGCCCAGCTTG  637

seq1  ATTCACTCCCAGTTAAAGAGACAGGTATGCATGGGTTTGTGCGAACTCTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACTCCCAGTTAAAGAGACAGGTATGCATGGGTTTGTGCGAACTCTT  687

seq1  TACCCCGGTCCTGTTAACTGCATAGAGCCCTCCAGGAAATAGTATAACGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCCGGTCCTGTTAACTGCATAGAGCCCTCCAGGAAATAGTATAACGG  737

seq1  TCTTTCAGTTCCAGGTAAGAGAGCTCTCATGTGGGGCACAAAAGTATGGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCAGTTCCAGGTAAGAGAGCTCTCATGTGGGGCACAAAAGTATGGG  787

seq1  AGCCTTTGGGGGTTCAGGTCAAGTGAAGCGATACCTAACACCCATCAGGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTTGGGGGTTCAGGTCAAGTGAAGCGATACCTAACACCCATCAGGC  837

seq1  CAGGCCCTGAACTTGGGGTTAGTACATGATCTCTGCAGCTGTCAAGCAAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCCCTGAACTTGGGGTTAGTACATGATCTCTGCAGCTGTCAAGCAAC  887

seq1  TCCTTACTCTCTAACTTCACTTCCTTGGAGCACAAAATGGCCAACTGGAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTACTCTCTAACTTCACTTCCTTGGAGCACAAAATGGCCAACTGGAG  937

seq1  TGGTGAGATGCTTAGGAGAGGAAAAACAGAGACTTACCCTGCATATATCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGAGATGCTTAGGAGAGGAAAAACAGAGACTTACCCTGCATATATCT  987

seq1  AGGGAGGACTTCTGGAAGAGGGGAGGACCAGCCATCTGTTCGAGTCACAC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGGACTTCTGGAAGAGGGGAGGACCAGCCATCTGTTCGAGTCACAC  1037

seq1  AAACCAGATATTCACGGCTGCAGAGAGGGACCTCATGTGATGTCCAGAGA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAGATATTCACGGCTGCAGAGAGGGACCTCATGTGATGTCCAGAGA  1087

seq1  ATTC  1103
      ||||
seq2  ATTC  1091

seq1: chr2_179193680_179194705
seq2: B6Ng01-060I10.g_68_1079

seq1  GAATTCAGGCTTGCCTGTCAAGTTCCTTTACTCAACTGGCCCATTTTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGCTTGCCTGTCAAGTTCCTTTACTCAACTGGCCCATTTTGCC  50

seq1  AGCTTAAGATTTTAAAGGGAAAGACAGGAACGAGAGACTCAGAGTCCCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTAAGATTTTAAAGGGAAAGACAGGAACGAGAGACTCAGAGTCCCTT  100

seq1  GCCTGAGTATTTCTACCTTCTTGGTCTAACTTATTGGCTTTAACATAGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGAGTATTTCTACCTTCTTGGTCTAACTTATTGGCTTTAACATAGCT  150

seq1  TCAAGTCTGAGTGGTCAGAGCAAAGGCCTTTGCATCTTGAGGCTATACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTCTGAGTGGTCAGAGCAAAGGCCTTTGCATCTTGAGGCTATACAA  200

seq1  AGAGCCCAGCTAAAAATTAATTGCTCTCTGTGCTAATTTCCTAGAGCCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCCAGCTAAAAATTAATTGCTCTCTGTGCTAATTTCCTAGAGCCCT  250

seq1  TTGGGTCCAGTATCTTCTGCTATATTAAATCGAGCCCATTGACAACAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTCCAGTATCTTCTGCTATATTAAATCGAGCCCATTGACAACAGAG  300

seq1  TTCTCTCTAAGTGATGGAAGATGGCCTCTGCATCCAGCCAGCTGAATCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCTAAGTGATGGAAGATGGCCTCTGCATCCAGCCAGCTGAATCAG  350

seq1  CGTAACCGGCAGGCCAGTGGGCTGTCTTTGTAATTTCTTTGTGAGCAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAACCGGCAGGCCAGTGGGCTGTCTTTGTAATTTCTTTGTGAGCAGGA  400

seq1  TTAAATTACCCTGCAGGCTGGCATGGAGCCACAGGCCCTGGCTTTGCTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTACCCTGCAGGCTGGCATGGAGCCACAGGCCCTGGCTTTGCTGT  450

seq1  CTTGGAATATGAGGATCCAGGCCAGAAGCACACGTGTCTGCATTTAAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAATATGAGGATCCAGGCCAGAAGCACACGTGTCTGCATTTAAATT  500

seq1  CTGACAATCTTCTGTGCTCACCTGATGTTGCATCTATGGCTCTGGCCCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAATCTTCTGTGCTCACCTGATGTTGCATCTATGGCTCTGGCCCTC  550

seq1  TACCCTCTCATTCTGCTCAAGGCTGCATGAACATAAAATAAGAATTAGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTCTCATTCTGCTCAAGGCTGCATGAACATAAAATAAGAATTAGAT  600

seq1  TTTCAGCAGTATCAAACTGAAGGCCGTGACTTTCCTTGGATGGGAGTAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGCAGTATCAAACTGAAGGCCGTGACTTTCCTTGGATGGGAGTAAA  650

seq1  GGTGTCACTAATGAGGTGGCTGTCACCACTTGGGGGAATTCTGATGCTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCACTAATGAGGTGGCTGTCACCACTTGGGGGAATTCTGATGCTGC  700

seq1  CCTCTCATAACAGAAAAGGAAGCATGAGGGACATCCCTCTCTGTGCCAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCATAACAGAAAAGGAAGCATGAGGGACATCCCTCTCTGTGCCAAG  750

seq1  GCTTGCTTTTGGGTACTGGGTGGGACTTGAGATGGAGCCATTTCTATTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCTTTTGGGTACTGGGTGGGACTTGAGATGGAGCCATTTCTATTTT  800

seq1  TATGTACTGTGCTCAAATAAGGCTGCCCATCTGAGGGAGAGGCTGGGCCA  850
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTACTGTGCTCAAATAAGGCTGCTCATCTGAGGGAGAGGCTGGGCCA  850

seq1  GCTAACAGTTGGGGTCGGCACCAGACCGATGCTGGGGAATAGCCAGAAAG  900
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACAGTTGGGGTCGGCATCAGACCGATGCTGGGGAATAGCCAGAAAG  900

seq1  AGCAGGATGAACTGGGTTGCTTCTTTATTTACCCTAAAATTGTGTCAATA  950
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
seq2  AGCAGGATG-ACTGGGTTGCTTCTTTATTTACCCTAAAA-TGTGTC-ATA  947

seq1  ATGTCTTTTCCTGTCTTTACAAAAGAAGTCCCCAGAAGAGCCCTTTGTAC  1000
      ||||||||| |||||||||||||   ||| ||||| ||||||  ||||||
seq2  ATGTCTTTT-CTGTCTTTACAAA--GAGT-CCCAG-AGAGCC--TTGTAC  990

seq1  TCAGAGCCTCTGATTCCTCCACAGCC  1026
      | |||| |||||||||   |||||||
seq2  T-AGAG-CTCTGATTC--TCACAGCC  1012