BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-061O01
Chromosome2 (Build37)
Map Location 169,438,916 - 169,572,170
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG668954, Tshz2
Upstream geneAtp9a, Sall4, Zfp64, LOC100043909
Downstream geneLOC100043737, LOC100043910, Zfp217, Silg111, LOC100043739, Bcas1, LOC228916, Cyp24a1, Pfdn4, 4930470P17Rik, Dok5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-061O01.bB6Ng01-061O01.g
ACCDH882438DH882439
length1,1241,118
definitionDH882438|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061O01, 5' end.DH882439|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061O01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(169,571,032 - 169,572,170)(169,438,916 - 169,440,040)
sequence
gaattctgactatgccccatctctccataggagccttgggattatagaca
cagcctgccacatgagttctgaggaccgaactctggccttcatccatacc
gagcaagcaccctcaccctgaggcacctcacctagaagcactttagaccc
cactgccaacatgaaggctgccacctgatatcccagagagcaccgggcca
ttctctactatctggtcctagctgtctgtcgacccaggctggctatccag
gctgcagtgatgtttgtgaccatgagaacacacaaaaaaattagaattcc
tatttattctcattagttacaactaagttccacatgaacactactagcac
ggtctttacatatcagtggagagaatccagaggctctgatatgttaacta
actagcccaagattatacaccaagaatgtggtccaaatgggattcaagtt
ttgaccttctgatgccaggactctctttcaacttgctcctgtcagtggct
ttgctgggtccctgtgggtctgaagaccttccctttgcatactgcttgga
gaagggaccagtcagtgatggctctgaaccggatgctgaagtgtcacttt
caaccctggatccactctgtccctttcgtgtcctttacctggcgagtgat
gagcagggccctgaccctctgcccaccactcccaatttataagcattaca
tagtgacacttttcaactcaacatctgtgactcccaggggacaggctgcc
atgacaaggaggcagggagcaaccgcttctgccgtctaacatgctgctaa
catgctgctcaaggtctgacaatgcacaggatggaataacaaaggacagt
ctggccccaaatatgagtagcactctgccatggaaagcaaaggagaggag
caggctggtggttcctatagaagaaaacagttatcgtttctctgtcattc
actctctgtgctctcacaccttctgatctgctgtatgagcccgtattacc
atatgactctaggtgagcaaactcgtgcccctccgggtctgtggatccta
tattagcctctctgaggcacccgaagttgactagagttcttcagacctga
aggtgcttagtactagagaaaaga
gaattcttttatgacttacaaaccaagcaacttcttgggaggtttattaa
agggtttaaaattcgcaatgtaaattacccctcttgtaaatcgcagcaca
gcacacgttacatggtcctgggatttctgctcacgaaggctgacatctct
ctgctggttacaaatgcagtgtgctgttggccacaaaggtcccagcacaa
aatctttgagctataataaatgtgtttgcacaattacctgactcacaatg
cagtgacatatttcctcattgagagaagggccagtctatctccccagtgt
ttcccacatggagctctaagcccacggaagagtggcacccttggaactgc
tccactgccccactcccaaactctcatatttgggagaacagggaggccat
cttagaggaaactgagttcagggcatgtgtcagcctgaagccctgacact
gggaagactgtatgagataatgttgagcatttttctagttattaatgagt
attataaagcatctttgatcacacacaggtatgtgcatgcatgtgcacat
gtgtgtgtgtttcgaaagtcagtggccaaacagggcacttttatgagttt
tatttaaatctaaaatttaccgttccttgtgtattggccatgtcttcatt
tgtattacatgcaaagcagaatggctgaaccacagaccaatgtggcctgc
agatgagaaccatttactatatgtttatgtgctatgctctctgggctggc
tgggttccctgctgagagttgtccctgctgtacccccttggcagaccagc
actagaagctaatggagggttgacaagggcgtgttgaacggtgggtttaa
gtcgttgatgtatgcgagtgatccataagccaattttttcaaatcctgtt
tgatctgatcatcattggtagggaacggaggcaggcaaaagaagggtcct
tgttgagaaagtttcttccttgaatctttttcattgatgggtgttgtgtt
cacatgtgcacaatgatgtgcgtcacatgtatgctgttcactgtgccact
tgaacgcccatattggtgttcctgtgttgtatgcacgtgtgtagggaatt
gttcctactacatatttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_169571032_169572170
seq2: B6Ng01-061O01.b_48_1171 (reverse)

seq1  TCTTTTCTTCCCTCAGTACTAAGGCCAACCTCAGTCCTGAGACACTCTAG  50
      ||||||||   || |||||||||  || | ||||  ||||   |||||||
seq2  TCTTTTCT---CT-AGTACTAAG--CACCTTCAGGTCTGAAGAACTCTAG  44

seq1  TCAACTTTCGGGTGCCTCAGAGAGCTAAATATAGGATCCACAGACCC-GA  99
      ||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||
seq2  TCAAC-TTCGGGTGCCTCAGAGAGGCTAATATAGGATCCACAGACCCGGA  93

seq1  GGGGCACCGAGTTTGCTCACCTAGAGTCATATGGGTAAATAACGGGGCTC  149
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||   ||||   ||||||
seq2  GGGGCA-CGAGTTTGCTCACCTAGAGTCATATGG--TAATA--CGGGCTC  138

seq1  ATACAGCAAGATCAGAAGGTGTGAGAGCCACAGAGAGTGAATGACAGGAG  199
      ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
seq2  ATACAGC-AGATCAGAAGGTGTGAGAG-CACAGAGAGTGAATGACA-GAG  185

seq1  AAAACGATAACTGTTTTCTTCTATAGGAACCACCAGCCTGCTCCTCTCCT  249
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AAACGATAACTGTTTTCTTCTATAGGAACCACCAGCCTGCTCCTCTCCT  234

seq1  TTGCTTTCCATGGCAGAGTGCTACTCATATTTGGGGCCAGACTGTCCTTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTTCCATGGCAGAGTGCTACTCATATTTGGGGCCAGACTGTCCTTT  284

seq1  GTTATTCCATCCTGTGCATTGTCAGACCTTGAGCAGCATGTTAGCAGCAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTCCATCCTGTGCATTGTCAGACCTTGAGCAGCATGTTAGCAGCAT  334

seq1  GTTAGACGGCAGAAGCGGTTGCTCCCTGCCTCCTTGTCATGGCAGCCTGT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGACGGCAGAAGCGGTTGCTCCCTGCCTCCTTGTCATGGCAGCCTGT  384

seq1  CCCCTGGGAGTCACAGATGTTGAGTTGAAAAGTGTCACTATGTAATGCTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGGGAGTCACAGATGTTGAGTTGAAAAGTGTCACTATGTAATGCTT  434

seq1  ATAAATTGGGAGTGGTGGGCAGAGGGTCAGGGCCCTGCTCATCACTCGCC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTGGGAGTGGTGGGCAGAGGGTCAGGGCCCTGCTCATCACTCGCC  484

seq1  AGGTAAAGGACACGGAAGGGACAGAGTGGATCCAGGGTTGAAAGTGACAC  549
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAAGGACACGAAAGGGACAGAGTGGATCCAGGGTTGAAAGTGACAC  534

seq1  TTCAGCATCCGGTTCAGAGCCATCACTGACTGGTCCCTTCTCCAAGCAGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCATCCGGTTCAGAGCCATCACTGACTGGTCCCTTCTCCAAGCAGT  584

seq1  ATGCAAAGGGAAGGTCTTCAGACCCACAGGGACCCAGCAAAGCCACTGAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAAGGGAAGGTCTTCAGACCCACAGGGACCCAGCAAAGCCACTGAC  634

seq1  AGGAGCAAGTTGAAAGAGAGTCCTGGCATCAGAAGGTCAAAACTTGAATC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCAAGTTGAAAGAGAGTCCTGGCATCAGAAGGTCAAAACTTGAATC  684

seq1  CCATTTGGACCACATTCTTGGTGTATAATCTTGGGCTAGTTAGTTAACAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTGGACCACATTCTTGGTGTATAATCTTGGGCTAGTTAGTTAACAT  734

seq1  ATCAGAGCCTCTGGATTCTCTCCACTGATATGTAAAGACCGTGCTAGTAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAGCCTCTGGATTCTCTCCACTGATATGTAAAGACCGTGCTAGTAG  784

seq1  TGTTCATGTGGAACTTAGTTGTAACTAATGAGAATAAATAGGAATTCTAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCATGTGGAACTTAGTTGTAACTAATGAGAATAAATAGGAATTCTAA  834

seq1  TTTTTTTGTGTGTTCTCATGGTCACAAACATCACTGCAGCCTGGATAGCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTGTGTGTTCTCATGGTCACAAACATCACTGCAGCCTGGATAGCC  884

seq1  AGCCTGGGTCGACAGACAGCTAGGACCAGATAGTAGAGAATGGCCCGGTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGGGTCGACAGACAGCTAGGACCAGATAGTAGAGAATGGCCCGGTG  934

seq1  CTCTCTGGGATATCAGGTGGCAGCCTTCATGTTGGCAGTGGGGTCTAAAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTGGGATATCAGGTGGCAGCCTTCATGTTGGCAGTGGGGTCTAAAG  984

seq1  TGCTTCTAGGTGAGGTGCCTCAGGGTGAGGGTGCTTGCTCGGTATGGATG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTAGGTGAGGTGCCTCAGGGTGAGGGTGCTTGCTCGGTATGGATG  1034

seq1  AAGGCCAGAGTTCGGTCCTCAGAACTCATGTGGCAGGCTGTGTCTATAAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCAGAGTTCGGTCCTCAGAACTCATGTGGCAGGCTGTGTCTATAAT  1084

seq1  CCCAAGGCTCCTATGGAGAGATGGGGCATAGTCAGAATTC  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGGCTCCTATGGAGAGATGGGGCATAGTCAGAATTC  1124

seq1: chr2_169438916_169440040
seq2: B6Ng01-061O01.g_67_1184

seq1  GAATTCTTTTATGACTTACAAACCAAGCAACTTCTTGGGAGGTTTATTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTATGACTTACAAACCAAGCAACTTCTTGGGAGGTTTATTAA  50

seq1  AGGGTTTAAAATTCGCAATGTAAATTACCCCTCTTGTAAATCGCAGCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTTAAAATTCGCAATGTAAATTACCCCTCTTGTAAATCGCAGCACA  100

seq1  GCACACGTTACATGGTCCTGGGATTTCTGCTCACGAAGGCTGACATCTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACGTTACATGGTCCTGGGATTTCTGCTCACGAAGGCTGACATCTCT  150

seq1  CTGCTGGTTACAAATGCAGTGTGCTGTTGGCCACAAAGGTCCCAGCACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGGTTACAAATGCAGTGTGCTGTTGGCCACAAAGGTCCCAGCACAA  200

seq1  AATCTTTGAGCTATAATAAATGTGTTTGCACAATTACCTGACTCACAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTTGAGCTATAATAAATGTGTTTGCACAATTACCTGACTCACAATG  250

seq1  CAGTGACATATTTCCTCATTGAGAGAAGGGCCAGTCTATCTCCCCAGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGACATATTTCCTCATTGAGAGAAGGGCCAGTCTATCTCCCCAGTGT  300

seq1  TTCCCACATGGAGCTCTAAGCCCACGGAAGAGTGGCACCCTTGGAACTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCACATGGAGCTCTAAGCCCACGGAAGAGTGGCACCCTTGGAACTGC  350

seq1  TCCACTGCCCCACTCCCAAACTCTCATATTTGGGAGAACAGGGAGGCCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTGCCCCACTCCCAAACTCTCATATTTGGGAGAACAGGGAGGCCAT  400

seq1  CTTAGAGGAAACTGAGTTCAGGGCATGTGTCAGCCTGAAGCCCTGACACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAGGAAACTGAGTTCAGGGCATGTGTCAGCCTGAAGCCCTGACACT  450

seq1  GGGAAGACTGTATGAGATAATGTTGAGCATTTTTCTAGTTATTAATGAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGACTGTATGAGATAATGTTGAGCATTTTTCTAGTTATTAATGAGT  500

seq1  ATTATAAAGCATCTTTGATCACACACAGGTATGTGCATGCATGTGCACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAAAGCATCTTTGATCACACACAGGTATGTGCATGCATGTGCACAT  550

seq1  GTGTGTGTGTTTCGAAAGTCAGTGGCCAAACAGGGCACTTTTATGAGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTTTCGAAAGTCAGTGGCCAAACAGGGCACTTTTATGAGTTT  600

seq1  TATTTAAATCTAAAATTTACCGTTCCTTGTGTATTGGCCATGTCTTCATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAAATCTAAAATTTACCGTTCCTTGTGTATTGGCCATGTCTTCATT  650

seq1  TGTATTACATGCAAAGCAGAATGGCTGAACCACAGACCAATGTGGCCTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTACATGCAAAGCAGAATGGCTGAACCACAGACCAATGTGGCCTGC  700

seq1  AGATGAGAACCATTTACTATATGTTTATGTGCTATGCTCTCTGGGCTGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAGAACCATTTACTATATGTTTATGTGCTATGCTCTCTGGGCTGGC  750

seq1  TGGGTTCCCTGCTGAGAGTTGTCCCTGCTGTACCCCCTTGGCAGACCAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTCCCTGCTGAGAGTTGTCCCTGCTGTACCCCCTTGGCAGACCAGC  800

seq1  ACTAGAAGCTAATGGAGGGTTGACAAGGGCGTGTTGAACGGTGGGTTTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGAAGCTAATGGAGGGTTGACAAGGGCGTGTTGAACGGTGGGTTTAA  850

seq1  GTCGTTGATGTATGCGAGTGATCCATAAGCCAATTTTTTCAAATCCTGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGTTGATGTATGCGAGTGATCCATAAGCCAATTTTTTCAAATCCTGTT  900

seq1  TGATCTGATCATCATTGGTAGGGAACGGAGGCAGGCAAAAGAAGGGTCCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTGATCATCATTGGTAGGGAACGGAGGCAGGCAAAAGAAGGGTCCT  950

seq1  TGTTGAGGAAAGTTTC-TCCTTGAATCTTTTCATTTGATGGGTG-TGTGT  998
      |||||| ||||||||| ||||||||||||||   |||||||||| |||||
seq2  TGTTGA-GAAAGTTTCTTCCTTGAATCTTTTTCATTGATGGGTGTTGTGT  999

seq1  TCACATGTGCACATGTATGTGTGTTCACATGTATGCGTGTTCACATGTGC  1048
      |||||||||||||   ||||| | |||||||||||| ||||||| |||||
seq2  TCACATGTGCACAATGATGTGCG-TCACATGTATGC-TGTTCAC-TGTGC  1046

seq1  ACATGTAAGCGCACATATGTGTGTGCACGTGTGTGTGTATGCACGTGTGT  1098
       ||  | | ||| |||||  |||| |  ||||   |||||||||||||||
seq2  -CACTTGAACGCCCATATTGGTGTTCCTGTGT---TGTATGCACGTGTGT  1092

seq1  AGGGGATTGTCCTTACACACATATTTG  1125
      |||| ||||| | |||  |||||||||
seq2  AGGGAATTGTTCCTAC-TACATATTTG  1118