BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-062A20
Chromosome2 (Build37)
Map Location 38,872,995 - 38,978,941
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGolga1, A930041I02Rik
Upstream geneDennd1a, LOC100040947, Lhx2, Nek6, Psmb7, LOC674251, Nr5a1, Nr6a1, Olfml2a, LOC624652, LOC100041071, 1700123D08Rik, Rpl35, Arpc5l
Downstream geneLOC100042584, Ppp6c, Vmn2r-ps2, Ppia-ps2_560.1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-062A20.bB6Ng01-062A20.g
ACCDH882564DH882565
length1,1541,129
definitionDH882564|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062A20, 5' end.DH882565|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062A20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,977,777 - 38,978,941)(38,872,995 - 38,874,130)
sequence
gaattcctggctaactgcatgcatggtaatgaccaagaatgtgagaagca
ataactgactgccatacttgagctgtggcatgcatacgtgcactcacata
atcacatgctcatgcacactcatacacagattatatacttatatatacct
gatgacgtgacacaaatcagtcaagagaaacattttttaatgtagtagaa
tggttataatgaaatcttataattcatgatctttgctaatgagatgatat
tttatcattgaatttatagctttggttctttttgaaatttatattttgtt
atttctattcttttgtctcctatataaacagacaagtcttggataatcgg
tatggcttgaagcggtggcaaataggggaaatcgcttccaagatcgggca
gctgtattaccactattagtaagtgaatttcatatggaaagaataaagtg
tttctttggttaaaacagagcatgttggagggaaggcagtgagctataga
tggaattttgtttaggctagatggatcaagatggcatcatgaaatggcat
tatataatttaagcagtattcttcatgtcagctgttctcttcagtaactt
catttgatcagacctgaggagtttgattttggtttttttataagcaatga
atactaaatagatttaccattcttaggacttctcaagtcttgatagtgtg
tagagacatatagcatatatgatgttcatagtattctttacacactcatc
cttgttgactatgtttgagaggttaagtgaggtaaattgatagttgtttg
catccttaaaatagtaacatctgagactggagagagagctcagcagttaa
gagcactggctgctccttctgagatcctgagttcaattcccaccagccac
attttggctcacaccatctgtaatgggatctggtgctctcttctgatgtg
tctgagacagcaacagtgtacttagatacataaaactttagccttttgta
atttaaaagtaagaaaagaaaacccacaaagcccttgattgtggcacaca
cttttatcccagtactcagaaggcagaggtaggggatttctgagttcaag
actgctgtctacattacagagtggagttcaggaacgctagctaacagaga
aacc
gaattcagcaggttattcttaagtagaagtgtgactggcatttgctcagt
ggtaatatgagagaattcagagcaaagctggagaaactactgctttagag
agcaggtaccacagaaggcaagaaaaattacaaaggggcatatgtcctgg
cactagaaagacttgaagctctgattttcatctttaaatggattttataa
tacagaagacatgtttagaatagcgaagaacttttgctataaaaatagtt
ttaaaatggtttaccagcaacccatccaagacgagtacattcattaagaa
ggcaattgagtgtatttggtgctatacggagagatcattccgtctgcttg
ctagttttctcaggactggaaagttgcatactcatcagtccacactggcc
ccgtaacctatgagatggacacatctcaagttctaggtggctggggaaac
aaagtgtaatgatactttcttgagaggcaacagtgcatgaaaacccaaac
atgctagtggaaggggactccaaagaccacccttgagttggctttttatg
aaaggactatctccaccttcagtcctgttacctctgcttcataattaatt
ttcacctgacatgccaatcacgtcatctttaagtgctaatgttaaaagat
agaggactcagttgcagctggccagagctgggatattagcagcactgtgg
aaatctgggcagtgcccaggattccttctcatttaataaccattatgata
gaattagctccctttgaagttcattatcagtctacagggaggtgggccta
aagtcttgtaaactgtctagacacttgtacaaaatactgtagttacatcg
atgtataaacccacccagtctggtgtgtcagtattcttttcacaggaaga
gtgtcagcccatgtagctctatccttggatggctctaggaccatggtatc
cgagggttggagatagatggccggatgctgctcttgggagttggtttgga
tccaaaccagacatctgcatttgggaacagaaaaggcttctgagctgaaa
acactaatgcagtggggagcagaatggccttcgcttttagttattccagt
tggtaagagggagtacaaaagcctcaatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_38977777_38978941
seq2: B6Ng01-062A20.b_50_1203 (reverse)

seq1  GGTTTCTCTGTTTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACT-CACTCTGT-ATGTAG  48
      |||||||||| ||||  || ||  |||| ||||| |||||||| ||||||
seq2  GGTTTCTCTG-TTAG--CTAGCGTTCCT-GAACTCCACTCTGTAATGTAG  46

seq1  ACCAGGCAGGTCTTGAACTCAGAAATTCCCCCTACCTCTGCCTTCTGAGT  98
      ||   ||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||
seq2  AC--AGCA-GTCTTGAACTCAGAAAT--CCCCTACCTCTGCCTTCTGAGT  91

seq1  ACTGGGATAAAAGGTGTGTGCCACAATCAAGGGCTTTGTGGGTTTTTCTT  148
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ACTGGGATAAAA-GTGTGTGCCACAATCAAGGGCTTTGTGGG-TTTTCTT  139

seq1  TTCTTACTTTTTAAATTACAAAAGGCTAAAGTTTTATGTATCTAAGTACA  198
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAC-TTTTAAATTACAAAAGGCTAAAGTTTTATGTATCTAAGTACA  188

seq1  CTGTTGCTGTCTTCAGACACATCAGAAGAGAGCACCAGATCCCATTACAG  248
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGCTGTC-TCAGACACATCAGAAGAGAGCACCAGATCCCATTACAG  237

seq1  ATGGTGTGAGCCAAAATGTGGCTGGTGGGAATTGAACTCAGGATCTCAGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGTGAGCCAAAATGTGGCTGGTGGGAATTGAACTCAGGATCTCAGA  287

seq1  AGGAGCAGCCAGTGCTCTTAACTGCTGAGCTCTCTCTCCAGTCTCAGATG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCAGCCAGTGCTCTTAACTGCTGAGCTCTCTCTCCAGTCTCAGATG  337

seq1  TTACTATTTTAAGGATGCAAACAACTATCAATTTACCTCACTTAACCTCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTATTTTAAGGATGCAAACAACTATCAATTTACCTCACTTAACCTCT  387

seq1  CAAACATAGTCAACAAGGATGAGTGTGTAAAGAATACTATGAACATCATA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATAGTCAACAAGGATGAGTGTGTAAAGAATACTATGAACATCATA  437

seq1  TATGCTATATGTCTCTACACACTATCAAGACTTGAGAAGTCCTAAGAATG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTATATGTCTCTACACACTATCAAGACTTGAGAAGTCCTAAGAATG  487

seq1  GTAAATCTATTTAGTATTCATTGCTTATAAAAAAACCAAAATCAAACTCC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATCTATTTAGTATTCATTGCTTATAAAAAAACCAAAATCAAACTCC  537

seq1  TCAGGTCTGATCAAATGAAGTTACTGAAGAGAACAGCTGACATGAAGAAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTCTGATCAAATGAAGTTACTGAAGAGAACAGCTGACATGAAGAAT  587

seq1  ACTGCTTAAATTATATAATGCCATTTCATGATGCCATCTTGATCCATCTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTAAATTATATAATGCCATTTCATGATGCCATCTTGATCCATCTA  637

seq1  GCCTAAACAAAATTCCATCTATAGCTCACTGCCTTCCCTCCAACATGCTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAAACAAAATTCCATCTATAGCTCACTGCCTTCCCTCCAACATGCTC  687

seq1  TGTTTTAACCAAAGAAACACTTTATTCTTTCCATATGAAATTCACTTACT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTAACCAAAGAAACACTTTATTCTTTCCATATGAAATTCACTTACT  737

seq1  AATAGTGGTAATACAGCTGCCCGATCTTGGAAGCGATTTCCCCTATTTGC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTGGTAATACAGCTGCCCGATCTTGGAAGCGATTTCCCCTATTTGC  787

seq1  CACCGCTTCAAGCCATACCGATTATCCAAGACTTGTCTGTTTATATAGGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGCTTCAAGCCATACCGATTATCCAAGACTTGTCTGTTTATATAGGA  837

seq1  GACAAAAGAATAGAAATAACAAAATATAAATTTCAAAAAGAACCAAAGCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAAGAATAGAAATAACAAAATATAAATTTCAAAAAGAACCAAAGCT  887

seq1  ATAAATTCAATGATAAAATATCATCTCATTAGCAAAGATCATGAATTATA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTCAATGATAAAATATCATCTCATTAGCAAAGATCATGAATTATA  937

seq1  AGATTTCATTATAACCATTCTACTACATTAAAAAATGTTTCTCTTGACTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTCATTATAACCATTCTACTACATTAAAAAATGTTTCTCTTGACTG  987

seq1  ATTTGTGTCACGTCATCAGGTATATATAAGTATATAATCTGTGTATGAGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTGTCACGTCATCAGGTATATATAAGTATATAATCTGTGTATGAGT  1037

seq1  GTGCATGAGCATGTGATTATGTGAGTGCACGTATGCATGCCACAGCTCAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGAGCATGTGATTATGTGAGTGCACGTATGCATGCCACAGCTCAA  1087

seq1  GTATGGCAGTCAGTTATTGCTTCTCACATTCTTGGTCATTACCATGCATG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGCAGTCAGTTATTGCTTCTCACATTCTTGGTCATTACCATGCATG  1137

seq1  CAGTTAGCCAGGAATTC  1165
      |||||||||||||||||
seq2  CAGTTAGCCAGGAATTC  1154

seq1: chr2_38872995_38874130
seq2: B6Ng01-062A20.g_64_1192

seq1  GAATTCAGCAGGTTATTCTTAAGTAGAAGTGTGACTGGCATTTGCTCAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCAGGTTATTCTTAAGTAGAAGTGTGACTGGCATTTGCTCAGT  50

seq1  GGTAATATGAGAGAATTCAGAGCAAAGCTGGAGAAACTACTGCTTTAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATATGAGAGAATTCAGAGCAAAGCTGGAGAAACTACTGCTTTAGAG  100

seq1  AGCAGGTACCACAGAAGGCAAGAAAAATTACAAAGGGGCATATGTCCTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGTACCACAGAAGGCAAGAAAAATTACAAAGGGGCATATGTCCTGG  150

seq1  CACTAGAAAGACTTGAAGCTCTGATTTTCATCTTTAAATGGATTTTATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAGAAAGACTTGAAGCTCTGATTTTCATCTTTAAATGGATTTTATAA  200

seq1  TACAGAAGACATGTTTAGAATAGCGAAGAACTTTTGCTATAAAAATAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAAGACATGTTTAGAATAGCGAAGAACTTTTGCTATAAAAATAGTT  250

seq1  TTAAAATGGTTTACCAGCAACCCATCCAAGACGAGTACATTCATTAAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATGGTTTACCAGCAACCCATCCAAGACGAGTACATTCATTAAGAA  300

seq1  GGCAATTGAGTGTATTTGGTGCTATACGGAGAGATCATTCCGTCTGCTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATTGAGTGTATTTGGTGCTATACGGAGAGATCATTCCGTCTGCTTG  350

seq1  CTAGTTTTCTCAGGACTGGAAAGTTGCATACTCATCAGTCCACACTGGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTTTCTCAGGACTGGAAAGTTGCATACTCATCAGTCCACACTGGCC  400

seq1  CCGTAACCTATGAGATGGACACATCTCAAGTTCTAGGTGGCTGGGGAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTAACCTATGAGATGGACACATCTCAAGTTCTAGGTGGCTGGGGAAAC  450

seq1  AAAGTGTAATGATACTTTCTTGAGAGGCAACAGTGCATGAAAACCCAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGTAATGATACTTTCTTGAGAGGCAACAGTGCATGAAAACCCAAAC  500

seq1  ATGCTAGTGGAAGGGGACTCCAAAGACCACCCTTGAGTTGGCTTTTTATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTAGTGGAAGGGGACTCCAAAGACCACCCTTGAGTTGGCTTTTTATG  550

seq1  AAAGGACTATCTCCACCTTCAGTCCTGTTACCTCTGCTTCATAATTAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGACTATCTCCACCTTCAGTCCTGTTACCTCTGCTTCATAATTAATT  600

seq1  TTCACCTGACATGCCAATCACGTCATCTTTAAGTGCTAATGTTAAAAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCTGACATGCCAATCACGTCATCTTTAAGTGCTAATGTTAAAAGAT  650

seq1  AGAGGACTCAGTTGCAGCTGGCCAGAGCTGGGATATTAGCAGCACTGTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGACTCAGTTGCAGCTGGCCAGAGCTGGGATATTAGCAGCACTGTGG  700

seq1  AAATCTGGGCAGTGCCCAGGATTCCTTCTCATTTAATAACCATTATGATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTGGGCAGTGCCCAGGATTCCTTCTCATTTAATAACCATTATGATA  750

seq1  GAATTAGCTCCCTTTGAAGTTCATTATCAGTCTACAGGGAGGTGGGCCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAGCTCCCTTTGAAGTTCATTATCAGTCTACAGGGAGGTGGGCCTA  800

seq1  AAGTCTTGTAAACTGTCTAGACACTTGTACAAAATACTGTAGTTACATCG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTTGTAAACTGTCTAGACACTTGTACAAAATACTGTAGTTACATCG  850

seq1  ATGTATAAACCCACCCAGTCTGGTGTGTCAGTATTCTTTTCACAGGAAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATAAACCCACCCAGTCTGGTGTGTCAGTATTCTTTTCACAGGAAGA  900

seq1  GTGTCAGCCCATGTAGCTCTATCCTTGGATGGCTCTAGGACCATGGTATC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCAGCCCATGTAGCTCTATCCTTGGATGGCTCTAGGACCATGGTATC  950

seq1  CGAGGGTTGGAGATAGATGGCCGGATGCTGCCCTTGGGAGTTGGTTTGGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CGAGGGTTGGAGATAGATGGCCGGATGCTGCTCTTGGGAGTTGGTTTGGA  1000

seq1  TCCAAACCAAGACATCTGCATTT-GGAACAGAAAAGGCTTCTGAGCTGAG  1049
      |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TCCAAACC-AGACATCTGCATTTGGGAACAGAAAAGGCTTCTGAGCTGA-  1048

seq1  AAACAACTAAATGCAGT-GGGAGCAGAAATGGCCCTCGCCTTTTAGTTAT  1098
      |||| ||| |||||||| |||||||| ||||||| ||| |||||||||||
seq2  AAAC-ACT-AATGCAGTGGGGAGCAG-AATGGCCTTCG-CTTTTAGTTAT  1094

seq1  CCCAGTTGGTAAGA-GGAGTAACCAAAAAGCCTCCAATG  1136
       ||||||||||||| ||||||    |||||||| |||||
seq2  TCCAGTTGGTAAGAGGGAGTA---CAAAAGCCT-CAATG  1129