BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-062E06
Chromosome2 (Build37)
Map Location 66,982,979 - 67,141,896
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGm1322
Upstream geneTtc21b, Scn1a, LOC100039486, LOC383706, Scn9a, Scn7a, LOC383707, LOC100039540
Downstream geneCmya3, LOC621171, LOC227995, B3galt1, Stk39
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-062E06.bB6Ng01-062E06.g
ACCDH882718DH882719
length1,1221,118
definitionDH882718|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062E06, 5' end.DH882719|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062E06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,982,979 - 66,984,114)(67,140,761 - 67,141,896)
sequence
gaattcaggatgtcattaagagttcagctgtagaggctcagaaatgctta
ttctgatgttcagtcattacctcagctcaggattatagatttctgcttat
cattgttcaggtcctcaaaagagaatctgattaattcagatctgattata
ggttgtttactctggggtggaatagctacttgtggctcaattgatcatgt
tggtagattaacatcaccaattaagggtaaggtcaaagatacaagatatt
tctttaataaatatgtctatgatgctggtacataccatgtatatatcaat
gtgcaatagaagacagaaacacaagacataaatacaagcaaaacgttatg
ttattttaggaagacagaaatacaagcaaaatgttatgttattttaggaa
aaaaacattaagtggtttattatttgtttgcttgtgtattcaatatcaat
gaatggcacacagataataacattgtttatgatgaaattctagcatccct
gactgctgctttaccttatactacacttataactaataccaaatcctaat
ctttcaatattacaagtaacatattatagtggcaccattcatccattgtg
tcttaaaatccacaagggaatggatttttctcaactctcatatctatcac
aatgcttggcaccattagctctggctgatccatgattgtatcttatgagt
tcttaggtagagaacttagctgaactgtggtcaaagtaactatcaggata
acagtatggtaagtgtccaagctgacagcaatattcttatgaagaggtat
gctcaaactttacccccttcatggctaactcattgaaaagttaattttta
ttcttgcttccccataatttttctccactgtctgggattgacattgtagg
ctatgattccaaactaattcactttttaaagcatcgtttaattgcggatc
ataactggattttcattgagttctgaactacatgtcagacctttaatatc
cctaataattccatgaaagtttcacatgagatatgcttttctcaaataag
atctgcccaacatcacttcattttcacagtagtggggagtgtacttcaat
ttaaggagtgcaggtcaaattc
gaattccctggtaaaataactgactataaagcaaggacatatgtcccctc
ctcattgaactccccaactcctgtgattgtctacattctttttattttat
ctcatttttccttcataatgttttccacattgctcttctctttatatttt
tatcttctactttagtgttgaaaattctccaagcaactcattcttttctt
tgatcgtgtatttctttatgccaatcttacatagatattggtggcaataa
tatgaaaaattcatttgtatataacatgtacttataattaataaatatta
tttttaccaaattgcatctatgttttcttgtcttctaatatagaaatact
ttcttatttcttgatacttttgtttcaaagctttttgtttttattatttt
atgaatgattcagtaggataaatataagaaacaatgattttgagacatat
gctaattcattagtaacttgtcttttcaaattccataaactacagattta
ataaactgtgagcatctggcaatctaaacatcaaaggatgtgggctacat
ctcaagatgcatggatatcacactaactgcatatgaatatttaaagagta
tttcatgagataaagaaaaaataatattttctttcttttaactgacacag
ttccatcaattaattaatattttatccattcaataaagttttattgaaaa
atactgtgtgcaagatattagatctaatgtcctgataagtattcttactc
tcaagaacttgaagctgtgagataaggaacacaaatatcaaagccagaca
atgaaaaatggcatgaagtaataacaaaatacagtagacatttaatgtaa
gaaaagacaaactccttatggaaatagagaagaaacaatgtttcaccatg
agatgttaatattatctagatacacattgtgcaaattactgatatttaaa
catttaatattgtcatctttaatactgtgaccagtgctattgctttcaaa
tacctcgagataaatgaaatgctataaaacctattcaagaaattgtgtgt
aagctcatgattgtctaatgatgaatgtaaagtagttcctacccgatgtt
tccagataagctggatca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_66982979_66984114
seq2: B6Ng01-062E06.b_45_1166

seq1  GAATTCAGGATGTCATTAAGAGTTCAGCTGTAGAGGCTCAGAAATGCTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGATGTCATTAAGAGTTCAGCTGTAGAGGCTCAGAAATGCTTA  50

seq1  TTCTGATGTTCAGTCATTACCTCAGCTCAGGATTATAGATTTCTGCTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGATGTTCAGTCATTACCTCAGCTCAGGATTATAGATTTCTGCTTAT  100

seq1  CATTGTTCAGGTCCTCAAAAGAGAATCTGATTAATTCAGATCTGATTATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTCAGGTCCTCAAAAGAGAATCTGATTAATTCAGATCTGATTATA  150

seq1  GGTTGTTTACTCTGGGGTGGAATAGCTACTTGTGGCTCAATTGATCATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTTTACTCTGGGGTGGAATAGCTACTTGTGGCTCAATTGATCATGT  200

seq1  TGGTAGATTAACATCACCAATTAAGGGTAAGGTCAAAGATACAAGATATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGATTAACATCACCAATTAAGGGTAAGGTCAAAGATACAAGATATT  250

seq1  TCTTTAATAAATATGTCTATGATGCTGGTACATACCATGTATATATCAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAATAAATATGTCTATGATGCTGGTACATACCATGTATATATCAAT  300

seq1  GTGCAATAGAAGACAGAAACACAAGACATAAATACAAGCAAAACGTTATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAATAGAAGACAGAAACACAAGACATAAATACAAGCAAAACGTTATG  350

seq1  TTATTTTAGGAAGACAGAAATACAAGCAAAATGTTATGTTATTTTAGGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTAGGAAGACAGAAATACAAGCAAAATGTTATGTTATTTTAGGAA  400

seq1  AAAAACATTAAGTGGTTTATTATTTGTTTGCTTGTGTATTCAATATCAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACATTAAGTGGTTTATTATTTGTTTGCTTGTGTATTCAATATCAAT  450

seq1  GAATGGCACACAGATAATAACATTGTTTATGATGAAATTCTAGCATCCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGCACACAGATAATAACATTGTTTATGATGAAATTCTAGCATCCCT  500

seq1  GACTGCTGCTTTACCTTATACTACACTTATAACTAATACCAAATCCTAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCTGCTTTACCTTATACTACACTTATAACTAATACCAAATCCTAAT  550

seq1  CTTTCAATATTACAAGTAACATATTATAGTGGCACCATTCATCCATTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAATATTACAAGTAACATATTATAGTGGCACCATTCATCCATTGTG  600

seq1  TCTTAAAATCCACAAGGGAATGGATTTTTCTCAACTCTCATATCTATCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAATCCACAAGGGAATGGATTTTTCTCAACTCTCATATCTATCAC  650

seq1  AATGCTTGGCACCATTAGCTCTGGCTGATCCATGATTGTATCTTATGAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTTGGCACCATTAGCTCTGGCTGATCCATGATTGTATCTTATGAGT  700

seq1  TCTTAGGTAGAGAACTTAGCTGAACTGTGGTCAAAGTAACTATCAGGATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGGTAGAGAACTTAGCTGAACTGTGGTCAAAGTAACTATCAGGATA  750

seq1  ACAGTATGGTAAGTGTCCAAGCTGACAGCAATATTCTTATGAAGAGGTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTATGGTAAGTGTCCAAGCTGACAGCAATATTCTTATGAAGAGGTAT  800

seq1  GCTCAAACTTTACCCCCTTCATGGCTAACTCATTGAAAAGTTAATTTTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAAACTTTACCCCCTTCATGGCTAACTCATTGAAAAGTTAATTTTTA  850

seq1  TTCTTGCTTCCCCATAATTTTTCTCCACTGTCTGGGATTGACATTGTAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGCTTCCCCATAATTTTTCTCCACTGTCTGGGATTGACATTGTAGG  900

seq1  CTATGATTCCAAACTAATTCACTTTTTTAAAGCATCGTTTTAATTGCGGA  950
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTATGATTCCAAACTAATTCAC-TTTTTAAAGCATCG-TTTAATTGCGGA  948

seq1  TCATAACTGGATTTTCATTGAGTTCTGAACTACATGTCAGACCTTTAAAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  TCATAACTGGATTTTCATTGAGTTCTGAACTACATGTCAGACCTTTAA--  996

seq1  AATCCCTAAATAATTCCATGAAAGTTTCACATGAGATATGCTTTTCTCAA  1050
       |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCT-AATAATTCCATGAAAGTTTCACATGAGATATGCTTTTCTCAA  1045

seq1  ATAAAGATCTGCCCACAACAATCACTTCCATTTTTCACAGTAGT-GGGAG  1099
      || ||||||||||  |||| ||||||||   ||||||||||||| |||||
seq2  AT-AAGATCTGCC--CAAC-ATCACTTC--ATTTTCACAGTAGTGGGGAG  1089

seq1  TGTACTTCCATTTATAAAGAAGTGCAGTGTCATATTC  1136
      |||||||| ||||   ||| ||||||| |||| ||||
seq2  TGTACTTCAATTT---AAGGAGTGCAG-GTCAAATTC  1122

seq1: chr2_67140761_67141896
seq2: B6Ng01-062E06.g_68_1185 (reverse)

seq1  TGATCCAGTCATAATCTGGATACATCGGGTAGGAACTTACTTTTAACAAT  50
      ||||||||   | ||||||| ||||||||||||||| ||||||  || ||
seq2  TGATCCAG--CTTATCTGGAAACATCGGGTAGGAAC-TACTTT--AC-AT  44

seq1  CCATCATTTAGACAAATCAATTGAGCTTACACACAATATCTTG-ATAGGT  99
       ||||| |||||| |||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  TCATCA-TTAGAC-AATCA--TGAGCTTACACACAATTTCTTGAATAGGT  90

seq1  TTTATAGCATTTTCATTTATCTCTGAGTATTTTGAAAGCAATAGCACTGG  149
      ||||||||| ||||||||||||| |||   |||||||||||||||||| |
seq2  TTTATAGCA-TTTCATTTATCTC-GAGGTATTTGAAAGCAATAGCACT-G  137

seq1  GTCACCAAGTAATTAAAGATGACAATATTAAAATGTTTAAATATCAGTAA  199
      |||||  ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GTCAC--AGT-ATTAAAGATGACAATATT-AAATGTTTAAATATCAGTAA  183

seq1  TTTTGCAACAATGTGTATCTAGATAATATTAACATCTCATGGTGAAACAT  249
       ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTTGC-ACAATGTGTATCTAGATAATATTAACATCTCATGGTGAAACAT  231

seq1  TGTTTCTTCTCTATTTCCATAAGGAGTTTGTCTTTTCTTACATTAAATGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTTCTCTATTTCCATAAGGAGTTTGTCTTTTCTTACATTAAATGT  281

seq1  CTACTGTATTTTGTTATTACTTCATGCCATTTTTCATTGTCTGGCTTTGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGTATTTTGTTATTACTTCATGCCATTTTTCATTGTCTGGCTTTGA  331

seq1  TATTTGTGTTCCTTATCTCACAGCTTCAAGTTCTTGAGAGTAAGAATACT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGTGTTCCTTATCTCACAGCTTCAAGTTCTTGAGAGTAAGAATACT  381

seq1  TATCAGGACATTAGATCTAATATCTTGCACACAGTATTTTTCAATAAAAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGGACATTAGATCTAATATCTTGCACACAGTATTTTTCAATAAAAC  431

seq1  TTTATTGAATGGATAAAATATTAATTAATTGATGGAACTGTGTCAGTTAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGAATGGATAAAATATTAATTAATTGATGGAACTGTGTCAGTTAA  481

seq1  AAGAAAGAAAATATTATTTTTTCTTTATCTCATGAAATACTCTTTAAATA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGAAAATATTATTTTTTCTTTATCTCATGAAATACTCTTTAAATA  531

seq1  TTCATATGCAGTTAGTGTGATATCCATGCATCTTGAGATGTAGCCCACAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATGCAGTTAGTGTGATATCCATGCATCTTGAGATGTAGCCCACAT  581

seq1  CCTTTGATGTTTAGATTGCCAGATGCTCACAGTTTATTAAATCTGTAGTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGATGTTTAGATTGCCAGATGCTCACAGTTTATTAAATCTGTAGTT  631

seq1  TATGGAATTTGAAAAGACAAGTTACTAATGAATTAGCATATGTCTCAAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAATTTGAAAAGACAAGTTACTAATGAATTAGCATATGTCTCAAAA  681

seq1  TCATTGTTTCTTATATTTATCCTACTGAATCATTCATAAAATAATAAAAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGTTTCTTATATTTATCCTACTGAATCATTCATAAAATAATAAAAA  731

seq1  CAAAAAGCTTTGAAACAAAAGTATCAAGAAATAAGAAAGTATTTCTATAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAGCTTTGAAACAAAAGTATCAAGAAATAAGAAAGTATTTCTATAT  781

seq1  TAGAAGACAAGAAAACATAGATGCAATTTGGTAAAAATAATATTTATTAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGACAAGAAAACATAGATGCAATTTGGTAAAAATAATATTTATTAA  831

seq1  TTATAAGTACATGTTATATACAAATGAATTTTTCATATTATTGCCACCAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAGTACATGTTATATACAAATGAATTTTTCATATTATTGCCACCAA  881

seq1  TATCTATGTAAGATTGGCATAAAGAAATACACGATCAAAGAAAAGAATGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATGTAAGATTGGCATAAAGAAATACACGATCAAAGAAAAGAATGA  931

seq1  GTTGCTTGGAGAATTTTCAACACTAAAGTAGAAGATAAAAATATAAAGAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTTGGAGAATTTTCAACACTAAAGTAGAAGATAAAAATATAAAGAG  981

seq1  AAGAGCAATGTGGAAAACATTATGAAGGAAAAATGAGATAAAATAAAAAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCAATGTGGAAAACATTATGAAGGAAAAATGAGATAAAATAAAAAG  1031

seq1  AATGTAGACAATCACAGGAGTTGGGGAGTTCAATGAGGAGGGGACATATG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAGACAATCACAGGAGTTGGGGAGTTCAATGAGGAGGGGACATATG  1081

seq1  TCCTTGCTTTATAGTCAGTTATTTTACCAGGGAATTC  1136
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGCTTTATAGTCAGTTATTTTACCAGGGAATTC  1118