BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-066F21
Chromosome2 (Build37)
Map Location 101,619,228 - 101,765,995
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2600010E01Rik, LOC100043302, Commd9
Upstream geneB230118H07Rik, Rag2, Rag1, LOC100042930, Traf6
Downstream geneLdlrad3, LOC674202, Trim44, Fjx1, E430002G05Rik, Slc1a2, Cd44
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-066F21.bB6Ng01-066F21.g
ACCDH885565DH885566
length1,1071,085
definitionDH885565|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066F21, 5' end.DH885566|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066F21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,764,869 - 101,765,995)(101,619,228 - 101,620,331)
sequence
gaattctgcctggccagcgtggctctcctttactgtcctgaagaccctca
gctgccaacattccttgagactccgaatcaaaagatgtcgctgccagggc
ctttgtctcaatcccccaggatgtcactgacatatctcattaagatgctt
ttggattcattttgctctcataggaatggtaactagcgtctctttgttcg
tgaagatgcggtgtttgtataattagaacttttttttttctagatgcatc
gcctggtggatatttttgccattgatttgcttttttttttttttttttgt
cttcttccttctgctcacttagctttgtgttggctaaactattagtataa
agtctcattgtgtgcattttgttttgatctcaattgtctggtattggttg
aattaacagagactgttccacagggagactggatgcacagccttcagtgc
aatccacgccagtctgaggcccgcaagtgactagcaaccacttccggcaa
aagagatagacaggcttgtaccctgggacccctttcaaatttacatatag
acatttcttatcttaccaataaaaaagggtgcagtttattcaatcacacc
agggtttgacatttgttgagtcattgaatctatagtccctagcatgtctc
tgcttgactaagggttctgaaatatcccacaggaacagccacacttctga
ccaactctggaggtcactttgtcattgagttggtatgtcaaggcctcagt
ctcttcctggctccctaggaagatgctcatctctgtggcaaaacccctga
gacaatcagcttaaaggagacggtgcttatttttgactcacagacttatt
gtttcatctgtggtaggctagcccactgctttgatctgagctgtgcagta
catgatggagggaataagggacagaatactcgcttacttcattgtagcct
agaagcgagaggaggagaggggctgggtctgattacccctttgaaaacaa
acatccctgcactagccttggctagctcaactcttttttttttttaacta
atggaaaagagagcacatgggtatggaacatgtgggaagttcaggacaag
ttggggg
gaattcatttgtaggtcttggggtcctgcgtttctgatggctgcatctga
tggttattagccaacttctctctgtggctctaacatccacccccacacca
gtacagaaatagcacacaggaaagggctaaagggagatgtgtctgactcc
acgggataatccaccacaaggctatgtcactctaggctattgaggatctg
tcatggtggttcctcttgtcactcagaggtaggcacagagagtgactgag
gtgacaataccctctagacaaactctcacacagcccaggttggctttgca
tacattatatgcaaagctgaggatgaccttgaacttatgagccacttccc
aagtgctggggttacaggcctgtgccaccgacaggttgatttttttttag
gtcttaatccctagaagtcataagtattcttcatacagcagaagctatga
tgaagttaagctcttaagagcaagtgattatccaggattggtgggttcta
cgtggaatccatgcagcctcaacagtgggtgaagaagacagagtagacag
cacagcagacaggaagacagagtcaaagactgcagggatggtgccacaag
ccaaggaatgccagggggtctcagactcaggaagaggaaagaaaccagta
gtctcccagagcttccacaaggatatggccccaaatacaacttgattctg
gaccttagttctccagaactataggtaaataaatttctgttgttttaaac
cacaaaggttgtggtgacttgttacagcagacactagaacctaatgctta
ctgcatgcatagcctaagactctctgaactacagtgtccacatcaagaat
caggaatattgggctggtgagatggctcagtgggtaagagcaccggactg
ttcttccgaaggtcaggagttcaaatcccagcaaccacatggtggctcac
aaccatccgtaacgagatctgactcctcttctgagtgtctgagacagcta
agtgtacttactatataatcaataataattaattattaatctaaaaaaat
caggatctcaggaagtttcctgtgaggtgttgtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_101764869_101765995
seq2: B6Ng01-066F21.b_46_1152 (reverse)

seq1  CCCCAAACTTGTCCTGTAACTTCCACACATGTTCCATAGCACATGTGCTC  50
      |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | ||||||  |
seq2  CCCCCAACTTGTCCTG-AACTTCC-CACATGTTCCATA-CCCATGTG--C  45

seq1  TCTCTCTACAATAAATTAAAAAAAAAAAAAAAGAGGTGGAGCCTAGCCAA  100
      ||||| | | || | |||||||||||||| |    || ||| ||||||||
seq2  TCTCTTTTCCATTAGTTAAAAAAAAAAAAGA----GTTGAG-CTAGCCAA  90

seq1  GGCTAGGTGGCAGGGGATGTATGTTTTC-AAGGGGTTATCAGACCCAGCC  149
      ||||||   ||| ||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||
seq2  GGCTAG--TGCA-GGGATGTTTGTTTTCAAAGGGGTAATCAGACCCAGCC  137

seq1  CCTCCTCCTTCCTCTTCGCTTCTAGGCTACAATGAAGTAAGCGAGTATTC  199
      ||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCT-CTCC-TCCTC-TCGCTTCTAGGCTACAATGAAGTAAGCGAGTATTC  184

seq1  TGTCCCTTATTCCCTCCATCATGTACTGCACAGCTCAGACTCAAAGCAGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGTCCCTTATTCCCTCCATCATGTACTGCACAGCTCAGA-TCAAAGCAGT  233

seq1  GGGGCTAGCCTACCACAGACTGAAACAATAAGTCTGTGAGTCAAAAATAA  299
       |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GGGCTAGCCTACCACAGA-TGAAACAATAAGTCTGTGAGTCAAAAATAA  281

seq1  GCACCGTCTCCTTGTAAGCTGATTGTCTCAGGGGTTTTGCCACAGAGATG  349
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCGTCTCCTT-TAAGCTGATTGTCTCAGGGGTTTTGCCACAGAGATG  330

seq1  AGCATCTTCCTAAGGGAGCCAGGAAGAGACTGAGGCCTTGACATACCAAC  399
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTTCCT-AGGGAGCCAGGAAGAGACTGAGGCCTTGACATACCAAC  379

seq1  TCAATGACAAAGTGACCTCCAGAGTTGGTCAGAAGTGTGGCTGTTCCTGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGACAAAGTGACCTCCAGAGTTGGTCAGAAGTGTGGCTGTTCCTGT  429

seq1  GGGATATTTCAGAACCCTTAGTCAAGCAGAGACATGCTAGGGACTATAGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATATTTCAGAACCCTTAGTCAAGCAGAGACATGCTAGGGACTATAGA  479

seq1  TTCAATGACTCAACAAATGTCAAACCCTGGTGTGATTGAATAAACTGCAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATGACTCAACAAATGTCAAACCCTGGTGTGATTGAATAAACTGCAC  529

seq1  CCTTTTTTATTGGTAAGATAAGAAATGTCTATATGTAAATTTGAAAGGGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTTTATTGGTAAGATAAGAAATGTCTATATGTAAATTTGAAAGGGG  579

seq1  TCCCAGGGTACAAGCCTGTCTATCTCTTTTGCCGGAAGTGGTTGCTAGTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGGGTACAAGCCTGTCTATCTCTTTTGCCGGAAGTGGTTGCTAGTC  629

seq1  ACTTGCGGGCCTCAGACTGGCGTGGATTGCACTGAAGGCTGTGCATCCAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCGGGCCTCAGACTGGCGTGGATTGCACTGAAGGCTGTGCATCCAG  679

seq1  TCTCCCTGTGGAACAGTCTCTGTTAATTCAACCAATACCAGACAATTGAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTGTGGAACAGTCTCTGTTAATTCAACCAATACCAGACAATTGAG  729

seq1  ATCAAAACAAAATGCACACAATGAGACTTTATACTAATAGTTTAGCCAAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAACAAAATGCACACAATGAGACTTTATACTAATAGTTTAGCCAAC  779

seq1  ACAAAGCTAAGTGAGCAGAAGGAAGAAGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGCTAAGTGAGCAGAAGGAAGAAGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAGC  829

seq1  AAATCAATGGCAAAAATATCCACCAGGCGATGCATCTAGAAAAAAAAAAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAATGGCAAAAATATCCACCAGGCGATGCATCTAGAAAAAAAAAAG  879

seq1  TTCTAATTATACAAACACCGCATCTTCACGAACAAAGAGACGCTAGTTAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATTATACAAACACCGCATCTTCACGAACAAAGAGACGCTAGTTAC  929

seq1  CATTCCTATGAGAGCAAAATGAATCCAAAAGCATCTTAATGAGATATGTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCTATGAGAGCAAAATGAATCCAAAAGCATCTTAATGAGATATGTC  979

seq1  AGTGACATCCTGGGGGATTGAGACAAAGGCCCTGGCAGCGACATCTTTTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACATCCTGGGGGATTGAGACAAAGGCCCTGGCAGCGACATCTTTTG  1029

seq1  ATTCGGAGTCTCAAGGAATGTTGGCAGCTGAGGGTCTTCAGGACAGTAAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGGAGTCTCAAGGAATGTTGGCAGCTGAGGGTCTTCAGGACAGTAAA  1079

seq1  GGAGAGCCACGCTGGCCAGGCAGAATTC  1127
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGCCACGCTGGCCAGGCAGAATTC  1107

seq1: chr2_101619228_101620331
seq2: B6Ng01-066F21.g_67_1151

seq1  GAATTCATTTGTAGGTCTTGGGGTCCTGCGTTTCTGATGGCTGCATCTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTGTAGGTCTTGGGGTCCTGCGTTTCTGATGGCTGCATCTGA  50

seq1  TGGTTATTAGCCAACTTCTCTCTGTGGCTCTAACATCCACCCCCACACCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTATTAGCCAACTTCTCTCTGTGGCTCTAACATCCACCCCCACACCA  100

seq1  GTACAGAAATAGCACACAGGAAAGGGCTAAAGGGAGATGTGTCTGACTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGAAATAGCACACAGGAAAGGGCTAAAGGGAGATGTGTCTGACTCC  150

seq1  ACGGGATAATCCACCACAAGGCTATGTCACTCTAGGCTATTGAGGATCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGGATAATCCACCACAAGGCTATGTCACTCTAGGCTATTGAGGATCTG  200

seq1  TCATGGTGGTTCCTCTTGTCACTCAGAGGTAGGCACAGAGAGTGACTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGTGGTTCCTCTTGTCACTCAGAGGTAGGCACAGAGAGTGACTGAG  250

seq1  GTGACAATACCCTCTAGACAAACTCTCACACAGCCCAGGTTGGCTTTGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAATACCCTCTAGACAAACTCTCACACAGCCCAGGTTGGCTTTGCA  300

seq1  TACATTATATGCAAAGCTGAGGATGACCTTGAACTTATGAGCCACTTCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTATATGCAAAGCTGAGGATGACCTTGAACTTATGAGCCACTTCCC  350

seq1  AAGTGCTGGGGTTACAGGCCTGTGCCACCGACAGGTTGATTTTTTTTTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTGGGGTTACAGGCCTGTGCCACCGACAGGTTGATTTTTTTTTAG  400

seq1  GTCTTAATCCCTAGAAGTCATAAGTATTCTTCATACAGCAGAAGCTATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAATCCCTAGAAGTCATAAGTATTCTTCATACAGCAGAAGCTATGA  450

seq1  TGAAGTTAAGCTCTTAAGAGCAAGTGATTATCCAGGATTGGTGGGTTCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTTAAGCTCTTAAGAGCAAGTGATTATCCAGGATTGGTGGGTTCTA  500

seq1  CGTGGAATCCATGCAGCCTCAACAGTGGGTGAAGAAGACAGAGTAGACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGAATCCATGCAGCCTCAACAGTGGGTGAAGAAGACAGAGTAGACAG  550

seq1  CACAGCAGACAGGAAGACAGAGTCAAAGACTGCAGGGATGGTGCCACAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCAGACAGGAAGACAGAGTCAAAGACTGCAGGGATGGTGCCACAAG  600

seq1  CCAAGGAATGCCAGGGGGTCTCAGACTCAGGAAGAGGAAAGAAACCAGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGAATGCCAGGGGGTCTCAGACTCAGGAAGAGGAAAGAAACCAGTA  650

seq1  GTCTCCCAGAGCTTCCACAAGGATATGGCCCCAAATACAACTTGATTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCCAGAGCTTCCACAAGGATATGGCCCCAAATACAACTTGATTCTG  700

seq1  GACCTTAGTTCTCCAGAACTATAGGTAAATAAATTTCTGTTGTTTTAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTAGTTCTCCAGAACTATAGGTAAATAAATTTCTGTTGTTTTAAAC  750

seq1  CACAAAGGTTGTGGTGACTTGTTACAGCAGACACTAGAACCTAATGCTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAGGTTGTGGTGACTTGTTACAGCAGACACTAGAACCTAATGCTTA  800

seq1  CTGCATGCATAGCCTAAGACTCTCTGAACTACAGTGTCCACATCAAGAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATGCATAGCCTAAGACTCTCTGAACTACAGTGTCCACATCAAGAAT  850

seq1  CAGGAATATTGGGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCACCGGACTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAATATTGGGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCACCGGACTG  900

seq1  TTCTTCCGAAGGTCAGGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCGAAGGTCAGGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCAC  950

seq1  AACCATCCGTAACGAGATCTGACTCCCTCTTCTGGAGTGTCTGAAGACAG  1000
      |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||
seq2  AACCATCCGTAACGAGATCTGACT-CCTCTTCT-GAGTGTCTG-AGACAG  997

seq1  CTACAGTGTACTTAC-ATATAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAA  1049
      ||| ||||||||||| ||||||| |||     ||||| ||| |  || ||
seq2  CTA-AGTGTACTTACTATATAATCAAT-----AATAATTAATT--ATTAA  1039

seq1  TCTTAAAAAAAAAATCAGGAATCTCAAGGAGAGTTTCCTTGGTGAGGTGT  1099
      |||    |||||||||||| ||||| |||| ||||||||  |||||||||
seq2  TCT----AAAAAAATCAGG-ATCTC-AGGA-AGTTTCCT--GTGAGGTGT  1080

seq1  TGTGA  1104
      |||||
seq2  TGTGA  1085