BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-068J20
Chromosome2 (Build37)
Map Location 150,404,033 - 150,551,362
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCst7, 2310001A20Rik, Acss1, Vsx1
Upstream geneEG667048, C530025M09Rik, OTTMUSG00000015750, LOC279056, Zfp120, EG245174, 3300002I08Rik, LOC100043832, OTTMUSG00000015730, LOC668924, OTTMUSG00000015743, LOC545472
Downstream geneEntpd6, LOC100043605, Pygb, Abhd12, Gins1, LOC668925, 4930519N13Rik, LOC668926, Nanp, LOC433486, LOC381390, 4930442J19Rik, LOC100043839, LOC100043840, 4921509C19Rik, Nsfl1c, Fkbp1a, Sdcbp2, Snph, LOC668929, BC052486, 5430405G05Rik, Psmf1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-068J20.bB6Ng01-068J20.g
ACCDH887151DH887152
length1,0661,099
definitionDH887151|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068J20, 5' end.DH887152|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068J20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(150,404,033 - 150,405,111)(150,550,246 - 150,551,362)
sequence
gaattcacacacagttcccaattgcctggcacgcacaaggggaactaagg
gagctgccctgggtgagcagggtctcagtggcagctggggtcctaagatg
agccctttttctgtttgtttcagactctatattgctactctgaagtctgg
gtcatcccctggctccacagttttgaggtgcctgttctcctctgccagtg
acttctgtctctttagcaagactgcagctgtgatacatatccactcgtgt
tttccccactccttactttccaccccatcctggccatctcagatcctcag
ggcctgcttaccagcgagcagattaacatgccagtgggtcatcagggggc
tggactgggagaatatagtgccctcctctccagattaactgtattcacac
tttcttctaaaatgaattctctggtgctacacacctagattcaggatgtg
ggcacgcagagagtcctttgatgacattactggagcacgtgcagagcaaa
gcagatacagtcaacaaggtggtagtgtgggaagcttcttgatgcccgac
tgcatgagcagattctgcagccgtctggtctgctaccatcagactaatat
tgatggggatgatttatcataaataaaaagctgatcacctaaaagcaata
ctgtgtgccatcctttacaggaacccaggaaagtgggtggcctggtgaat
tttgtttccataaaacctcaagagacttcatgtagtgataagctgtaagc
tcaagtgtgctgatgacctaagtaactggcccagaccttgacatcaacag
gatagcaacacccacagagaatagaggaactctgggagcatttctgaagg
aagagtgcctgcactcaagttctctgctgtcatgaaggttaatactttag
tagcaagcccaacacagggtagggtaaatgatgggtccaaaccctcagtc
agtcactggaaacagcacagatgagcctggataaagggctggggtgagat
agacaggctgtgtgggccctagagatgaagattgcgggactggactggga
agacagccatggagct
gaattccacagaaccagaacagaacagaaccagatgccacaaaaaaaaaa
aaaaaaaaaaaaaaaaattaagaaagaggaggaagagaaggaggaggaaa
gacagacagaaacttgaaaacacagatggtaaaaatacagaaaataaaca
aaaagcaaaatacccctaccactcagaggctatctatcacttacacctca
acatatgtgcatacacaacagttagaacatgaataagggaggggctgtgg
agatggctcagcggctcaagtttgctgcgcaaacacgagaccgtggcgtt
ggaatctccagaacctgtgtggatgctgagcagtcatggctgtcccctta
attatcatcctcagaaagcagggcaaggttgactaggcaggctagccaca
tcagcaagctctgggttcaactgagagatcctgcctcaatgaataaggtg
gagagtaatcaaagtcatcaacctcagtctccacataaagtcctgcacac
atatgtgcatgggcactgcacacatatgtggagccacatatatgtgaaca
tgaatgcacacacatgaaccccgtactaagtacacatgaagaaaaatgtc
aaatgctgggtgaagaagatggttaacaaattgtccctgtactgtgatac
caagccgggtgtggtggcacacagcaggaggcagaggtgggtggatttct
gtgcatttgaggccagcctggtctatatagttagttccaggacagctaag
ctatgtagagagactctgtcttgaaaaccacatacacacatagatacaca
cacagacacacaaacacactcagacacacagacacagacacacacacatc
catacacacacacacacacacacacacggagcacatgaacatatcaaaat
tgttaacagggcctacttattgatcaaagacttatgaagaactgttattt
tctattttcttcattttccacaagaaacaggacttctattaccggaagtg
aagactcacctttgaagtaacttgttatgttaaagtgagcctgcatgacg
tcccatgaatgggggagcacttgttttgtgttggaatgatgattttgtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_150404033_150405111
seq2: B6Ng01-068J20.b_51_1116

seq1  GAATTCACACACAGTTCCCAATTGCCTGGCACGCACAAGGGGAACTAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACACAGTTCCCAATTGCCTGGCACGCACAAGGGGAACTAAGG  50

seq1  GAGCTGCCCTGGGTGAGCAGGGTCTCAGTGGCAGCTGGGGTCCTAAGATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGCCCTGGGTGAGCAGGGTCTCAGTGGCAGCTGGGGTCCTAAGATG  100

seq1  AGCCCTTTTTCTGTTTGTTTCAGACTCTATATTGCTACTCTGAAGTCTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTTTTTCTGTTTGTTTCAGACTCTATATTGCTACTCTGAAGTCTGG  150

seq1  GTCATCCCCTGGCTCCACAGTTTTGAGGTGCCTGTTCTCCTCTGCCAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCCCCTGGCTCCACAGTTTTGAGGTGCCTGTTCTCCTCTGCCAGTG  200

seq1  ACTTCTGTCTCTTTAGCAAGACTGCAGCTGTGATACATATCCACTCGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTGTCTCTTTAGCAAGACTGCAGCTGTGATACATATCCACTCGTGT  250

seq1  TTTCCCCACTCCTTACTTTCCACCCCATCCTGGCCATCTCAGATCCTCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCCACTCCTTACTTTCCACCCCATCCTGGCCATCTCAGATCCTCAG  300

seq1  GGCCTGCTTACCAGCGAGCAGATTAACATGCCAGTGGGTCATCAGGGGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGCTTACCAGCGAGCAGATTAACATGCCAGTGGGTCATCAGGGGGC  350

seq1  TGGACTGGGAGAATATAGTGCCCTCCTCTCCAGATTAACTGTATTCACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTGGGAGAATATAGTGCCCTCCTCTCCAGATTAACTGTATTCACAC  400

seq1  TTTCTTCTAAAATGAATTCTCTGGTGCTACACACCTAGATTCAGGATGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCTAAAATGAATTCTCTGGTGCTACACACCTAGATTCAGGATGTG  450

seq1  GGCACGCAGAGAGTCCTTTGATGACATTACTGGAGCACGTGCAGAGCAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACGCAGAGAGTCCTTTGATGACATTACTGGAGCACGTGCAGAGCAAA  500

seq1  GCAGATACAGTCAACAAGGTGGTAGTGTGGGAAGCTTCTTGATGCCCGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATACAGTCAACAAGGTGGTAGTGTGGGAAGCTTCTTGATGCCCGAC  550

seq1  TGCATGAGCAGATTCTGCAGCCGTCTGGTCTGCTACCATCAGACTAATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGAGCAGATTCTGCAGCCGTCTGGTCTGCTACCATCAGACTAATAT  600

seq1  TGATGGGGATGATTTATCATAAATAAAAAGCTGATCACCTAAAAGCAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGGGATGATTTATCATAAATAAAAAGCTGATCACCTAAAAGCAATA  650

seq1  CTGTGTGCCATCCTTTACAGGAACCCAGGAAAGTGGGTGGCCTGGTGAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGCCATCCTTTACAGGAACCCAGGAAAGTGGGTGGCCTGGTGAAT  700

seq1  TTTGTTTCCATAAAACCTCAAGAGACTTCATGTAGTGATAAGCTGTAAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTCCATAAAACCTCAAGAGACTTCATGTAGTGATAAGCTGTAAGC  750

seq1  TCAAGTGTGCTGATGACCTAAGTAACTGGCCCAGACCTTGACATCAACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTGTGCTGATGACCTAAGTAACTGGCCCAGACCTTGACATCAACAG  800

seq1  GATAGCAACACCCACAGAGAATAGAGGAACTCTGGGAGCATTTCTGAAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCAACACCCACAGAGAATAGAGGAACTCTGGGAGCATTTCTGAAGG  850

seq1  AAGAGTGCCTGCACTCAAGTTCTCTGCTGTCATGAAGGTTAATACTTTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTGCCTGCACTCAAGTTCTCTGCTGTCATGAAGGTTAATACTTTAG  900

seq1  TAGCAAGCCCAACACAGGGTAGGGTAAATGATGGGTCCAAACCCTCAGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAGCCCAACACAGGGTAGGGTAAATGATGGGTCCAAACCCTCAGTC  950

seq1  AGTCACTGGAAAACAGCACAGATGGAGCCTGGATAAAGGGGCTGGGGTGA  1000
      ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGTCACTGG-AAACAGCACAGAT-GAGCCTGGATAAA-GGGCTGGGGTGA  997

seq1  GATAGACAGGCTGTGTTGGGCCCTAGAAGAATGAAGGATTGCGGGGAACT  1050
      ||||||||||||||| |||||||||||   ||||| |||||||||  |||
seq2  GATAGACAGGCTGTG-TGGGCCCTAGA--GATGAA-GATTGCGGG--ACT  1041

seq1  GGGAACTTGGGAAAGACAGCAATGGAGCT  1079
      ||  |||  || |||||||| ||||||||
seq2  GG--ACT--GGGAAGACAGCCATGGAGCT  1066

seq1: chr2_150550246_150551362
seq2: B6Ng01-068J20.g_67_1165 (reverse)

seq1  GACAAAACTACATCATATCCAGACACAAAACAAGCTGCTCACCCATTCCA  50
      |||||||   |||||| |||| |||||||||||| ||||| |||||| ||
seq2  GACAAAA--TCATCAT-TCCA-ACACAAAACAAG-TGCTCCCCCATT-CA  44

seq1  TGTGGACGCTCAACTGCA-GCTCACCTTAAAACATAAACATGTTTACTTT  99
      || ||||| |||  |||| |||||| ||  ||||| |||| | |||| ||
seq2  TG-GGACG-TCA--TGCAGGCTCACTTT--AACAT-AACAAG-TTAC-TT  85

seq1  CTAAAGTGGTTCTTCACTTCCGGTTATAGAAGTTCCTGTTTTCTTGTGGA  149
      | || |||  |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||
seq2  CAAAGGTGAGTCTTCACTTCCGGTAATAGAAG-TCCTG-TTTCTTGTGGA  133

seq1  AAATGAAGAAAATAAGAAAATAACAGTTTCTCATAAGTCTTTGATCCATA  199
      ||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| |||
seq2  AAATGAAGAAAAT-AGAAAATAACAGTTCTTCATAAGTCTTTGATCAATA  182

seq1  AGTAAGCCCTGTTAACAATTTTGATATGTTCCATGTGCTCCGTGTGTGTG  249
      |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGCCCTGTTAACAATTTTGATATGTT-CATGTGCTCCGTGTGTGTG  231

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTATGGATGTGTGTGTGTCTGTGTCTGTGTGTCTGTG  299
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTATGGATGTGTGTGTGTCTGTGTCTGTGTGTCTGAG  281

seq1  TGTGTTTGTGTGTCTGTGTGTGTATCTATGTGTGTATGTGGTTTTCAAGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTGTGTGTCTGTGTGTGTATCTATGTGTGTATGTGGTTTTCAAGA  331

seq1  CAGAGTCTCTCTACATAGCTTAGCTGTCCTGGAACTAACTATATAGACCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTCTCTCTACATAGCTTAGCTGTCCTGGAACTAACTATATAGACCA  381

seq1  GGCTGGCCTCAAATGCACAGAAATCCACCCACCTCTGCCTCCTGCTGTGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGCCTCAAATGCACAGAAATCCACCCACCTCTGCCTCCTGCTGTGT  431

seq1  GCCACCACACCCGGCTTGGTATCACAGTACAGGGACAATTTGTTAACCAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCACACCCGGCTTGGTATCACAGTACAGGGACAATTTGTTAACCAT  481

seq1  CTTCTTCACCCAGCATTTGACATTTTTCTTCATGTGTACTTAGTACGGGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCACCCAGCATTTGACATTTTTCTTCATGTGTACTTAGTACGGGG  531

seq1  TTCATGTGTGTGCATTCATGTTCACATATATGTGGCTCCACATATGTGTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGTGTGTGCATTCATGTTCACATATATGTGGCTCCACATATGTGTG  581

seq1  CAGTGCCCATGCACATATGTGTGCAGGACTTTATGTGGAGACTGAGGTTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCCCATGCACATATGTGTGCAGGACTTTATGTGGAGACTGAGGTTG  631

seq1  ATGACTTTGATTACTCTCCACCTTATTCATTGAGGCAGGATCTCTCAGTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTTTGATTACTCTCCACCTTATTCATTGAGGCAGGATCTCTCAGTT  681

seq1  GAACCCAGAGCTTGCTGATGTGGCTAGCCTGCCTAGTCAACCTTGCCCTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCAGAGCTTGCTGATGTGGCTAGCCTGCCTAGTCAACCTTGCCCTG  731

seq1  CTTTCTGAGGATGATAATTAAGGGGACAGCCATGACTGCTCAGCATCCAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGAGGATGATAATTAAGGGGACAGCCATGACTGCTCAGCATCCAC  781

seq1  ACAGGTTCTGGAGATTCCAACGCCACGGTCTCGTGTTTGCGCAGCAAACT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTTCTGGAGATTCCAACGCCACGGTCTCGTGTTTGCGCAGCAAACT  831

seq1  TGAGCCGCTGAGCCATCTCCACAGCCCCTCCCTTATTCATGTTCTAACTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCGCTGAGCCATCTCCACAGCCCCTCCCTTATTCATGTTCTAACTG  881

seq1  TTGTGTATGCACATATGTTGAGGTGTAAGTGATAGATAGCCTCTGAGTGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTATGCACATATGTTGAGGTGTAAGTGATAGATAGCCTCTGAGTGG  931

seq1  TAGGGGTATTTTGCTTTTTGTTTATTTTCTGTATTTTTACCATCTGTGTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGTATTTTGCTTTTTGTTTATTTTCTGTATTTTTACCATCTGTGTT  981

seq1  TTCAAGTTTCTGTCTGTCTTTCCTCCTCCTTCTCTTCCTCCTCTTTCTTA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGTTTCTGTCTGTCTTTCCTCCTCCTTCTCTTCCTCCTCTTTCTTA  1031

seq1  ATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTGGCATCTGGTTCTGTTCTGT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTGGCATCTGGTTCTGTTCTGT  1081

seq1  TCTGGTTCTGTGGAATTC  1117
      ||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTTCTGTGGAATTC  1099