BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-069M06
Chromosome2 (Build37)
Map Location 180,362,778 - 180,542,392
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTcfl5, Dido1, 2310003C23Rik, 1700019H03Rik, Bhlhb4
Upstream geneCdh4, Taf4a, Lsm14b, Psma7, Ss18l1, Gtpbp5, Hrh3, Osbpl2, LOC100039470, Adrm1, Lama5, Rps21, Cables2, BC066135, Gata5, EG622283, Slco4a1, Ntsr1, 1600027N09Rik, Ogfr, Col9a3
Downstream geneOTTMUSG00000016394, Ythdf1, Birc7, C030019F02Rik, LOC100039607, Arfgap1, Col20a1, Chrna4, Kcnq2, Eef1a2, 2700038C09Rik, Ptk6, Srms, LOC622592, BC051628, BC006779, Gmeb2, EG665467, Stmn3, Rtel1, Arfrp1, Zgpat, Lime1, Btbd4, BC050777, Tpd52l2, Dnajc5, Uckl1, Znf512b, Samd10, Prpf6, LOC100039697, Sox18, Tcea2, Rgs19, 4930526D03Rik, Oprl1, LOC665538, Myt1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-069M06.bB6Ng01-069M06.g
ACCDH887973DH887974
length1,067911
definitionDH887973|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069M06, 5' end.DH887974|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069M06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(180,541,315 - 180,542,392)(180,362,778 - 180,363,665)
sequence
gaattcagagtgtgaacattgggtgatgacccttatcataaaatataact
ttagttatactgagtgtgtccttcttgctcaccacaccccaggtgcacac
acttgttgcatccgtactcgagactgtgtctgtcctggaggagggaagca
tacctccgtctgaacaactgaatcactttggtctggctccacaccctccc
taaaacagtttctgcctaaaaggaaaggagttgagcacatggcgcacatg
aatgccctcctgctctctaaaaccttgtagatgcatacctagcttcaaca
ccaaggtgtggacgaacctatcggttccattttcagttacaatggagagg
gtaccaccccctgtggtggtcctgacatggggtgtggtctactgaatttc
ttgtggaaaaccctggaggctgaggatgtatacaagtcactaagctggcc
acagactggtttctgtggctcaattctagcagtctggcctcccacactag
ggaccccctgaccaggccctgccaatgtgtattaggatatgcacagagta
tgtgcacacagcatagacatgcatgcatatgtgtgcacacagcactctgt
cctcactcccaaaggtccatgagggctgggacacagacaagggttgggtc
caagcccatatttcaggtagcttccatgtcctgataagactgtacaagaa
ctctgtcccaatcatgatgtcaagcatagtcagaatgttagagccattgg
catcctcatgagaacatgcttagtgtgggtaaccaatgacctcctttgag
ctggacaacgctatgggatgttttctctttccgtaatgatggaggtcaaa
cacaaggcacaggaaaaaaacttcagagaataaatgagccagagactgaa
tgtcaaaggaacatgtagctatagcttgtaacatgtagctatagccttgc
agatggcttgggcagggcaagctggatcctggttttaaaaccaccaatac
ttcttcaggggtcagaaagatcacgtcctgctggttgggttgatggaatg
aatgattgggtggatga
gaattctctccattccactcttactgggagtcttcactccttacacgggt
agctccagtcagaaccgatggtactaatctgtcttttcttctatctcctt
gccttctcttcttcttccaggaatggatttgcaaagtcaacaggatgcta
gttatctaaatgctcttacacccataaccagcccacagactctcaacccc
cccccccccacattgtcccttgtgggcatgaagtagccaaatctaaacca
tcacccctaaacttaaaaggttgggatgtttaggctggaatcctgcacaa
gctgggaaaccccttctactctccttcccccaaccccacctgtactgaaa
aactcaatcaaagaaatggctctaacaacccagttccacattcttggcag
ctggtgtaacctcctcccctgatgctgtcggccacccaaatgcccaccga
aaaaatgctcagctcttgaccatatgggggcacaaccccccttatggctg
atctccatcatatcctgggtgcacaacttcctcagccctgatcctcagga
gcagcgcctaataaacctgcccctatttacttttaatctggtctaatctg
ggatatgtctgtgtcactgagggagagaaaaagcccatcacttcagtatt
agatggcatctgtaattcactacaaaaatccttcacacacacaaacaacc
taggaaactgaccacgcctggatggactcttgtgatatctttgtctgata
tttaaattactataaattttgagatgaatagctatgtctgatattaaaaa
tcaccaccagtggcccaactctacagactactagcagatctcttctaacc
taaagggtggtgggattatagttgctgagactgatgggaagattgaacca
gtacctgagcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_180541315_180542392
seq2: B6Ng01-069M06.b_45_1111 (reverse)

seq1  TCATCCACACAATCATTCATTCATTCAACACACACCAGCAGGGACGTGTA  50
      |||||||| |||||||||||||  ||||| || ||||||| ||||||| |
seq2  TCATCCACCCAATCATTCATTCCATCAACCCA-ACCAGCA-GGACGTG-A  47

seq1  TCTTTCTGACCCCTTGAAGGAAGTATTGGTGGTTTTTAAAACCAGGATTC  100
      ||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||
seq2  TCTTTCTGACCCC-TGAA-GAAGTATTGGTGG-TTTTAAAACCAGGA-TC  93

seq1  CAGCTCTGCACCTGCCCAAGCCATCTTGCAAGGCTATAGCTACAATGTTA  150
      ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
seq2  CAGCT-TGC-CCTGCCCAAGCCATC-TGCAAGGCTATAGCTAC-ATGTTA  139

seq1  CAAGGCTATAGCTACAATGTTTCCTTTGAC-TTCAGTCTCTGGCTCATTT  199
      ||| ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CAA-GCTATAGCTAC-ATG-TTCCTTTGACATTCAGTCTCTGGCTCATTT  186

seq1  ATTCTCTGAAGTTTTTTTCCTGTGCCTTGTGTTTGACCTCCATCATTACC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATTCTCTGAAGTTTTTTTCCTGTGCCTTGTGTTTGACCTCCATCATTACG  236

seq1  GGAAGAGAAAACATCCCATAGCGTTGTCCAGCTC-AAGGACGTCATTGGT  298
      | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
seq2  GAAAGAGAAAACATCCCATAGCGTTGTCCAGCTCAAAGGAGGTCATTGGT  286

seq1  TACCCACACTAAGCATGTTCTCATGAGGATGCCAATGGCTCTAACATTCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCACACTAAGCATGTTCTCATGAGGATGCCAATGGCTCTAACATTCT  336

seq1  GACTATGCTTGACATCATGATTGGGACAGAGTTCTTGTACAG-CTTATCA  397
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GACTATGCTTGACATCATGATTGGGACAGAGTTCTTGTACAGTCTTATCA  386

seq1  GGACCTGGAAGCTACCTGAAATATGGGCTTGGACCCAACCCTTGTCTGTG  447
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATGGAAGCTACCTGAAATATGGGCTTGGACCCAACCCTTGTCTGTG  436

seq1  TCCCAGCCCTCATGGACCTTTGGGAGTGAGGACAGAGTGCTGTGTGCACA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCCCTCATGGACCTTTGGGAGTGAGGACAGAGTGCTGTGTGCACA  486

seq1  CATATGCATGCATGTCTATGCTGTGTGCACATACTCTGTGCATATCCTTA  547
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CATATGCATGCATGTCTATGCTGTGTGCACATACTCTGTGCATATCCTAA  536

seq1  TACACATTGGCAGGGCCTGGTCCTGGGGTCCCTAGTGTGGGAGGCCAGAC  597
      ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATTGGCAGGGCCTGGTCAGGGGGTCCCTAGTGTGGGAGGCCAGAC  586

seq1  TGTTAGAATTGAGCCACAGAAACCAGGCTGTGGCCAGCTTAGTGACCTGT  647
      || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
seq2  TGCTAGAATTGAGCCACAGAAACCAGTCTGTGGCCAGCTTAGTGACTTGT  636

seq1  CTACATCCTCAGCCTCCCTTGTTTTCCACAAGAAATTCAGTAGACCACAC  697
       ||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATCCTCAGCCTCCAGGGTTTTCCACAAGAAATTCAGTAGACCACAC  686

seq1  CCCATGTCAGGACCACCACTGGTGGTGGTACCCTCTCCATTGTAACTGAA  747
      ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGTCAGGACCACCACAGGGGGTGGTACCCTCTCCATTGTAACTGAA  736

seq1  AATGGAACCGATAGGCTCGTCCACACCTTGGTGTTGAAGCTAGGTATGCA  797
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAACCGATAGGTTCGTCCACACCTTGGTGTTGAAGCTAGGTATGCA  786

seq1  TCTACAAGGTTTTAGAGAGCAGGAGGGCATTCATGTGCCTACTGTGCTCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||
seq2  TCTACAAGGTTTTAGAGAGCAGGAGGGCATTCATGTGCGCCATGTGCTCA  836

seq1  ACTCCTTTCCTCTTAGGCAGAAACTGTTTTAGGGAGGGTGTGGAGCCAGA  897
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTTTCCTTTTAGGCAGAAACTGTTTTAGGGAGGGTGTGGAGCCAGA  886

seq1  CCAAAGTGATTCAGTTGTTCAGACGGAGGTATGCTTCCCTCCTCCAGGAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGTGATTCAGTTGTTCAGACGGAGGTATGCTTCCCTCCTCCAGGAC  936

seq1  AGACACAGTCTTGAGTACGGATGCAACAAGTGTGTGCACCTGGGGTGTGG  997
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACAGTCTCGAGTACGGATGCAACAAGTGTGTGCACCTGGGGTGTGG  986

seq1  TGAGCAAGAAGGACACACTCAGTATAACTAAAGTTATATTTTATGCTGAG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
seq2  TGAGCAAGAAGGACACACTCAGTATAACTAAAGTTATATTTTATGATAAG  1036

seq1  GGTCATCACACAATGTTCACACTCTGAATTC  1078
      ||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATCACCCAATGTTCACACTCTGAATTC  1067

seq1: chr2_180362778_180363665
seq2: B6Ng01-069M06.g_66_949

seq1  GAATTCTCTCCATTCCACTCTTTCTGGGAGTCTTCACTCCTTACACGGCT  50
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GAATTCTCTCCATTCCACTCTTACTGGGAGTCTTCACTCCTTACACGGGT  50

seq1  AGCTCCAGTCAGAGCCGATGGTACTAATCTGTCTTTTCTTCTAGCTCCTT  100
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGCTCCAGTCAGAACCGATGGTACTAATCTGTCTTTTCTTCTATCTCCTT  100

seq1  GCCTTCTCTTCTTCTTCCAGGAATGGATTTGCAAAGTCAACAGGATGCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCTCTTCTTCTTCCAGGAATGGATTTGCAAAGTCAACAGGATGCTA  150

seq1  GTTATCTAAATGCTCTTACACCCATAACCAGCCCACAGACTCTCAACCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCTAAATGCTCTTACACCCATAACCAGCCCACAGACTCTCAACCCC  200

seq1  CCCCCCCCCACATTGTCCCTTGTCAGCATGAAGTAGCCAGATCTAAACCA  250
      |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCCCCCCCCACATTGTCCCTTGTGGGCATGAAGTAGCCAAATCTAAACCA  250

seq1  GCACCCCTAAACTTAAAAGGTTGGGATGTTTAGGCTGGAATCCTGCACAA  300
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCCTAAACTTAAAAGGTTGGGATGTTTAGGCTGGAATCCTGCACAA  300

seq1  GCTGGGAAACCCCTTCTACTCTCCTTCCCCCAACCCCACCTGTACTGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGAAACCCCTTCTACTCTCCTTCCCCCAACCCCACCTGTACTGAAA  350

seq1  AACTCAATCAAAGAAATGGCTCTAAGAACCCAGTTCCACATTCTTGGCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAATCAAAGAAATGGCTCTAACAACCCAGTTCCACATTCTTGGCAG  400

seq1  CTGTTGTAACCTCCTCCCCTGATGCTGTCAGCCACCCAAATGCCCACCGA  450
      ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGTAACCTCCTCCCCTGATGCTGTCGGCCACCCAAATGCCCACCGA  450

seq1  AGAAGTGCTCAGCTCTTGACCATATGGGGGCACAACCCAGCTTATGGCTG  500
      | || |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  AAAAATGCTCAGCTCTTGACCATATGGGGGCACAACCCCCCTTATGGCTG  500

seq1  ATCTCCATCATAGCCTGGGTGCACAACTTCCTCAGCCCTGATCTTCAGGA  550
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATCTCCATCATATCCTGGGTGCACAACTTCCTCAGCCCTGATCCTCAGGA  550

seq1  GCAGCGCCTAATAAACCTGCCCCTATTTACTTTTAATCTGGTCTAATCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCGCCTAATAAACCTGCCCCTATTTACTTTTAATCTGGTCTAATCTG  600

seq1  GTCTATATCTGTGTCACTGAGGGAGAGAAAAAGCCCATCACTTAGGTATA  650
      |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| 
seq2  GGATATGTCTGTGTCACTGAGGGAGAGAAAAAGCCCATCACTTCAGTATT  650

seq1  AGATGGCATCTGTAATTCACTACAAAAATCATTCACACACACAAGCAACC  700
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
seq2  AGATGGCATCTGTAATTCACTACAAAAATCCTTCACACACACAAACAACC  700

seq1  TAGGAAACTGACCAGGCCTGGATGGAGTCTTGTGATATCTATGTCTGAAA  750
      |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |
seq2  TAGGAAACTGACCACGCCTGGATGGACTCTTGTGATATCTTTGTCTGATA  750

seq1  TTTTAAAATTACTATTAATTTTAAAAGTAATAACTATGTCTGAAATTTAA  800
      |||  |||||||||| |||||| | |  |||| |||||||||| | ||||
seq2  TTT--AAATTACTATAAATTTTGAGATGAATAGCTATGTCTGATA-TTAA  797

seq1  AAATCACCACCAGTGGCCCAACTCTACAGACCACTGGCCAGATCTCTTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| 
seq2  AAATCACCACCAGTGGCCCAACTCTACAGACTACTAG-CAGATCTCTTCT  846

seq1  AACCTCAGGGGTGGTGGGATTATAGTTGCTTAGACTGA  888
      ||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AACCTAAAGGGTGGTGGGATTATAGTTGCTGAGACTGA  884