BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-072E18
Chromosome2 (Build37)
Map Location 33,182,711 - 33,253,248
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRalgps1
Upstream geneDnm1, Ciz1, 1110008P14Rik, Lcn2, Ptges2, LOC100041671, Slc25a25, 4933440H19Rik, C230093N12Rik, Dpm2, Pip5kl1, St6galnac4, St6galnac6, Ak1, Eng, Fpgs, Cdk9, Sh2d3c, Tor2a, Ttc16, Ptrh1, 1700019L03Rik, Stxbp1, 9130404D14Rik, Lrsam1, Snora65, Slc2a8, Garnl3, Angptl2
Downstream geneZbtb34, Zbtb43, LOC676764, Lmx1b, LOC100041918, 2610528K11Rik, LOC100041931, Pbx3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-072E18.bB6Ng01-072E18.g
ACCDH889753DH889754
length1,1671,157
definitionDH889753|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072E18, 5' end.DH889754|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072E18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,182,711 - 33,183,869)(33,252,083 - 33,253,248)
sequence
gaattcaaaataagagatgcagaatgtctggtataacaataataaattgt
gtatgcatgcacacagtgagggggtgatgataaatgtagctaatgcagac
agagacaggtccatgtaccagcacatgcacgtacagcccaaacacctgga
cataagtaaggcccactgttttggctgaacatgccaaccttgctctagag
agaaagaaacaggctgttacactgagccacccaaaagccttataccaaga
aaacactggagaaaaatggcaacatgtgttccctgtgaccagagccaggg
cctaggcacagaactatagccagctcctggcacaatttaaaggtggtctg
accttagtgggttgctgaaaagcacagaacaactgaccacagcatagcat
cctcagaatccaataggagggacatgaacaggacagtaagcagcctgtcc
ctcccagggcagaggggaatattgccactaatggtaccaagaacaatgag
gcacctgacagaatcccagctcttgtgctttccccatggtggcaagggtt
gtgtgacatctgcataccttgggcccagtcctcatgatgggagagtggct
agtgagtgctgtaggcccacagagcccagagctccatcctgggcagtata
gacaactgccaccttttctgttatatatacacctaggttgttatccatgt
actactaccatacctggctcaattgcaccacacaggctctgagcacaaag
accttttgaaaacaggagacttgaagccagtagcttcgggaaccttggaa
agctcccctgtgctgctgtccagtggggaccagcagagtgtgtgcaatga
cacttaggagaagacccaagtcaggctgatggaaaaataagatgttctct
tccctggccatttgcttacgggtttactacagaatttccaggcattgaca
acataccaaccatgtgtctgtcccatatcctgatgccagcttaggctgtc
acattggaaactgtactctgatggtctctcagacacatcagtgggagtgg
gcacaggctgatgggtaatgcttgcttgtttgagcatggatccacagccc
gctctcaccaattgggcatggcagcatggtgtctttaatctttagtgcct
gggaaaagaacgaggga
gaattcctgggggctcactggccagccagcccagcctgctcggtattatc
caggctagtgaaagaccctgtctcaacaatatggacagcacccaaggagt
aacagtaaaagtaagaccaattttatctgagcatagcagtgctatggtaa
agggaaagatccttgggcctccactcacatagacacacccgggcatagac
actacacacatacatgaacactcatgaacacatgcacacaaattaaaaaa
aagaattatagatatagatgtatagattcatagttaagcatgcgtcagaa
tacaaaggtggcttggaaggaaatggttaatactccaggttgagcataag
attttgccaccaatatcaacaaaatactgggggcatgtgtttggcaaggg
tagaccaagcaagacagagtataattctggggccgggctgagtctgttac
catgactacacttaccagcaagtctggacacattgaattggctcaggcag
gtagcaggaatcctgcttgctcggtggttgaccaaagtttgaactcctgg
aggacaatgagatctcaaaatagccaaaatgggcagcaaggacagagtag
caatgccgtgagcagagcaggtgtctgcagtcccagtattagggaagctg
cggcaggggcatcaggacttcaaagtattttcagctacatagggagctgg
aaggcaacctggatcccaaaatgtagctggcttcattaatagagtagaaa
atattcctggtctccagaaacctgacgtaagtctccataatagaaagcca
acattttatttatttacatatttaatttttagttctgggcaggaatgcag
gacagtctacacatgttaaggacagactttgtcatggacccataactcca
ccctcaaagccacagcttctccctctacacacacacactaggagtagtgg
ccataaaagttgccagagtggcttctactgaaagcagagacttgctggaa
tagcattggattcgtataccttagtctgttgactcatcatattcccacca
aactaggggaatactaactgtttcctctaactctctggaccaactaagcc
accagaattcaccctgatacgacctacctgaaggtatgtggattgactcc
cccgact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_33182711_33183869
seq2: B6Ng01-072E18.b_48_1214

seq1  GAATTCAAAATAAGAGATGCAGAATGTCTGGTATAACAATAATAAATTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAATAAGAGATGCAGAATGTCTGGTATAACAATAATAAATTGT  50

seq1  GTATGCATGCACACAGTGAGGGGGTGATGATAAATGTAGCTAATGCAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCATGCACACAGTGAGGGGGTGATGATAAATGTAGCTAATGCAGAC  100

seq1  AGAGACAGGTCCATGTACCAGCACATGCACGTACAGCCCAAACACCTGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAGGTCCATGTACCAGCACATGCACGTACAGCCCAAACACCTGGA  150

seq1  CATAAGTAAGGCCCACTGTTTTGGCTGAACATGCCAACCTTGCTCTAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGTAAGGCCCACTGTTTTGGCTGAACATGCCAACCTTGCTCTAGAG  200

seq1  AGAAAGAAACAGGCTGTTACACTGAGCCACCCAAAAGCCTTATACCAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGAAACAGGCTGTTACACTGAGCCACCCAAAAGCCTTATACCAAGA  250

seq1  AAACACTGGAGAAAAATGGCAACATGTGTTCCCTGTGACCAGAGCCAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACTGGAGAAAAATGGCAACATGTGTTCCCTGTGACCAGAGCCAGGG  300

seq1  CCTAGGCACAGAACTATAGCCAGCTCCTGGCACAATTTAAAGGTGGTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGCACAGAACTATAGCCAGCTCCTGGCACAATTTAAAGGTGGTCTG  350

seq1  ACCTTAGTGGGTTGCTGAAAAGCACAGAACAACTGACCACAGCATAGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTAGTGGGTTGCTGAAAAGCACAGAACAACTGACCACAGCATAGCAT  400

seq1  CCTCAGAATCCAATAGGAGGGACATGAACAGGACAGTAAGCAGCCTGTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGAATCCAATAGGAGGGACATGAACAGGACAGTAAGCAGCCTGTCC  450

seq1  CTCCCAGGGCAGAGGGGAATATTGCCACTAATGGTACCAAGAACAATGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGGGCAGAGGGGAATATTGCCACTAATGGTACCAAGAACAATGAG  500

seq1  GCACCTGACAGAATCCCAGCTCTTGTGCTTTCCCCATGGTGGCAAGGGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTGACAGAATCCCAGCTCTTGTGCTTTCCCCATGGTGGCAAGGGTT  550

seq1  GTGTGACATCTGCATACCTTGGGCCCAGTCCTCATGATGGGAGAGTGGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGACATCTGCATACCTTGGGCCCAGTCCTCATGATGGGAGAGTGGCT  600

seq1  AGTGAGTGCTGTAGGCCCACAGAGCCCAGAGCTCCATCCTGGGCAGTATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGTGCTGTAGGCCCACAGAGCCCAGAGCTCCATCCTGGGCAGTATA  650

seq1  GACAACTGCCACCTTTTCTGTTATATATACACCTAGGTTGTTATCCATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACTGCCACCTTTTCTGTTATATATACACCTAGGTTGTTATCCATGT  700

seq1  ACTACTACCATACCTGGCTCAATTGCACCACACAGGCTCTGAGCACAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTACCATACCTGGCTCAATTGCACCACACAGGCTCTGAGCACAAAG  750

seq1  ACCTTTTGAAAACAGGAGACTTGAAGCCAGTAGCTTCGGGAACCTTGGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTTGAAAACAGGAGACTTGAAGCCAGTAGCTTCGGGAACCTTGGAA  800

seq1  AGCTCCCCTGTGCTGCTGTCCAGTGGGGACCAGCAGAGTGTGTGCAATGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCCCTGTGCTGCTGTCCAGTGGGGACCAGCAGAGTGTGTGCAATGA  850

seq1  CACTTAGGAGAAGACCCAAGTCAGGCTGATGGAAAAATAAGATGTTCTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAGGAGAAGACCCAAGTCAGGCTGATGGAAAAATAAGATGTTCTCT  900

seq1  TCCCTGGCCATTTGCTTACGGGTTTACTACAGAATTTCCAGGCAATGACA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCCCTGGCCATTTGCTTACGGGTTTACTACAGAATTTCCAGGCATTGACA  950

seq1  ACATACCAACCATGTGTCTGTCCCATATCCTGATGCCAGCTTAGGCTGTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACCAACCATGTGTCTGTCCCATATCCTGATGCCAGCTTAGGCTGTC  1000

seq1  ACATT-GAAACTGTACTCTGATGGTCTCCTCAGACACATCAGTGGGAGTG  1049
      ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGGAAACTGTACTCTGATGGTCT-CTCAGACACATCAGTGGGAGTG  1049

seq1  GGCACAGGCTGATGGGTAAATGCTTGC-TGTTTGAGCATGGATCCACAGC  1098
      ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACAGGCTGATGGGT-AATGCTTGCTTGTTTGAGCATGGATCCACAGC  1098

seq1  ACGCTCCTCACACACTGGGCATGGCAGCAT-GTGTCTTTAATC-TTAGTG  1146
       |||| |||||  | ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  CCGCT-CTCACCAATTGGGCATGGCAGCATGGTGTCTTTAATCTTTAGTG  1147

seq1  -CTGGGAA------GAGGGA  1159
       |||||||      ||||||
seq2  CCTGGGAAAAGAACGAGGGA  1167

seq1: chr2_33252083_33253248
seq2: B6Ng01-072E18.g_68_1224 (reverse)

seq1  AGTCGGGGGAGTCAAAATCCACATAACTTCAGGTAGGTCGTATCAGGGTT  50
      |||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGTCGGGGGAGTC--AATCCACATACCTTCAGGTAGGTCGTATCAGGGTG  48

seq1  GATTTCCTGGGTGCTTAGTTTGTGTCCAGAGAGTTAGA-GAAACAGTTTA  99
       |||  ||||  ||||||||   ||||||||||||||| ||||||| |||
seq2  AATT--CTGGTGGCTTAGTT--GGTCCAGAGAGTTAGAGGAAACAG-TTA  93

seq1  GTAATTTCCCCTAGTTTGGTGTGAATATGATGAGTCAAACAGACTAAGGT  149
      |||  |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTA--TTCCCCTAGTTTGGTGGGAATATGATGAGTC-AACAGACTAAGGT  140

seq1  ATACGAATCCAATGCTA-TCCAGCAAGTCTCTGCTTTCAGTAGAAGCCAC  198
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGAATCCAATGCTATTCCAGCAAGTCTCTGCTTTCAGTAGAAGCCAC  190

seq1  TCTGGCAACTTTTTATGGCCACTACTCCTAGTGTGTGTGTGGTAGAGGGA  248
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCTGGCAAC-TTTTATGGCCACTACTCCTAGTGTGTGTGT-GTAGAGGGA  238

seq1  GAAGCTGTGGCTTTGAGGGTGGAGTTATGGGTCCATGACAAGGTCTGTCC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GAAGCTGTGGCTTTGAGGGTGGAGTTATGGGTCCATGACAAAGTCTGTCC  288

seq1  TTAACATGTGTAGACTGTCCTGCATTCCTGCCCAGAACT-AAAATTAAAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTAACATGTGTAGACTGTCCTGCATTCCTGCCCAGAACTAAAAATTAAAT  338

seq1  ATGTAAATAAATAAAATGTTGGCTTTCTATTATGGAGACTTACGTCAGGT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAATAAATAAAATGTTGGCTTTCTATTATGGAGACTTACGTCAGGT  388

seq1  TTCTGGAGACCAGGAATATTTTCTACTCTATTAATGAAGCCAGCTACATT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGAGACCAGGAATATTTTCTACTCTATTAATGAAGCCAGCTACATT  438

seq1  TTGGGATCCAGGTTGCCTTCCAGCTCCCTATGTAGCTGAAAATACTTTGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGATCCAGGTTGCCTTCCAGCTCCCTATGTAGCTGAAAATACTTTGA  488

seq1  AGTCCTGATGCCCCTGCCGCAGCTTCCCTAATACTGGGACTGCAGACACC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTGATGCCCCTGCCGCAGCTTCCCTAATACTGGGACTGCAGACACC  538

seq1  TGCTCTGCTCACGGCATTGCTACTCTGTCCTTGCTGCCCATTTTGGCTAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTGCTCACGGCATTGCTACTCTGTCCTTGCTGCCCATTTTGGCTAT  588

seq1  TTTGAGATCTCATTGTCCTCCAGGAGTTCAAACTTTGGTCAACCACCGAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGATCTCATTGTCCTCCAGGAGTTCAAACTTTGGTCAACCACCGAG  638

seq1  CAAGCAGGATTCCTGCTACCTGCCTGAGCCAATTCAATGTGTCCAGACTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAGGATTCCTGCTACCTGCCTGAGCCAATTCAATGTGTCCAGACTT  688

seq1  GCTGGTAAGTGTAGTCATGGTAACAGACTCAGCCCGGCCCCAGAATTATA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTAAGTGTAGTCATGGTAACAGACTCAGCCCGGCCCCAGAATTATA  738

seq1  CTCTGTCTTGCTTGGTCTACCCTTGCCAAACACATGCCCCCAGTATTTTG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTCTTGCTTGGTCTACCCTTGCCAAACACATGCCCCCAGTATTTTG  788

seq1  TTGATATTGGTGGCAAAATCTTATGCTCAACCTGGAGTATTAACCATTTC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATATTGGTGGCAAAATCTTATGCTCAACCTGGAGTATTAACCATTTC  838

seq1  CTTCCAAGCCACCTTTGTATTCTGACGCATGCTTAACTATGAATCTATAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAAGCCACCTTTGTATTCTGACGCATGCTTAACTATGAATCTATAC  888

seq1  ATCTATATCTATAATTCTTTTTTTTAATTTGTGTGCATGTGTTCATGAGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATATCTATAATTCTTTTTTTTAATTTGTGTGCATGTGTTCATGAGT  938

seq1  GTTCATGTATGTGTGTAGTGTCTATGCCCGGGTGTGTCTATGTGAGTGGA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATGTATGTGTGTAGTGTCTATGCCCGGGTGTGTCTATGTGAGTGGA  988

seq1  GGCCCAAGGATCTTTCCCTTTACCATAGCACTGCTATGCTCAGATAAAAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAAGGATCTTTCCCTTTACCATAGCACTGCTATGCTCAGATAAAAT  1038

seq1  TGGTCTTACTTTTACTGTTACTCCTTGGGTGCTGTCCATATTGTTGAGAC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTTACTTTTACTGTTACTCCTTGGGTGCTGTCCATATTGTTGAGAC  1088

seq1  AGGGTCTTTCACTAGCCTGGATAATACCGAGCAGGCTGGGCTGGCTGGCC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCTTTCACTAGCCTGGATAATACCGAGCAGGCTGGGCTGGCTGGCC  1138

seq1  AGTGAGCCCCCAGGAATTC  1166
      |||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGCCCCCAGGAATTC  1157