BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-080B20
Chromosome2 (Build37)
Map Location 68,223,186 - 68,352,606
singlet/doubletdoublet
Overlap geneStk39
Upstream geneCmya3, LOC621171, LOC227995, B3galt1
Downstream geneLOC100039683, Gm1323, 4933409G03Rik, 4932414N04Rik, LOC667443, Lass6, Nostrin, Spc25, G6pc2, Abcb11, Dhrs9, Lrp2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-080B20.bB6Ng01-080B20.g
ACCDH895341DH895342
length1,1611,137
definitionDH895341|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080B20, 5' end.DH895342|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080B20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,223,186 - 68,224,350)(68,351,457 - 68,352,606)
sequence
gaattctggcttcctctgccaccctaggtgtgtgccaccaccaggaggca
acttttatcaatcttaagagcgttgtgtggtgttggggttggagaatggt
tcagcatttaagagcagaggagccagttaagctcctaggtttagttccca
gcacccatgcggcagctcacaactgttggtaactccagagaaccaacaca
catggcaggcaaaacaccaatatacataaaataaaaataaataaaaccaa
ggactgaagagatggctcagagattaatagcaatgaccactctttcagag
gtgctgagttcaattcccagcaaccacatggtggctcacaaccacctgta
atgggaaccaatgccctcttctggtgtgtcaggaagagcagcacctcctt
gcatcctggcagcactgtaaaacaataaccttatattcgtgttttacctc
cagtttttaaattgacactgtattctgcacaaatacaacactgtgctcag
ttcagagaacaaggaggaagtgtagggataattccagaaagctatcgctc
caaaggtgtgcaaactgctgattaaatacctgttggaccacaccagacat
gcaggatagggccgatctgttcatggaggtactatgaaaaacgcctagca
ggaaacacggaagggctggaacaagccctcactgtgtgccaggcacacac
agagcttggcccttcctgccccaacccagctgatcctcagagccaccaaa
cacaggttctttctacaggtgtcctcctgaacccagccccgcccctcacc
tcgtccccttccacaccccattctccctcccgggagccacagagctccct
gagccactcatggtaaagaaagaacctttaggtctgagacagaaagagaa
gtagggaacctcgcctcagaggatcccagttgggagaaagagaagacagg
gagttccagacacccaggaaagagctcagatcatcagctgacaggggtaa
tgggatgagtgactggcagagtgccaggaggcagaacaagcagcctgacc
tgttctttgcatttcaaggcaactgacttctttctggaccctctcaaatg
agaaggttgtctcctttccaaacagggaagtcagtttatacttctcaacg
agcttaactca
gaattcataatcgctccttcttgtggggtgatgggtctgtgtttcttcca
ctgaagtctaagtaagctatgactgtttcagccaataaaagatgctaggc
acaaggcatctttgggactgcagaagtaaggacgccttcaccctggtctg
ggtaccaccagacctcagcataaccagcgctccctaaaccaccacacaag
gaaagccacccagagttcctccaactggcccagccctcttaccattgctc
gccaaagtgctagctaataagtgaactgctttgggctcagaccagtcagc
tgtacacaccacaaaatgacccctactggtgccacacaaagcaagaactt
acaaggccaagcaccatcaaaacttaagactccccagtgtttgagagact
cacagactttggggattgtgaacaaagggcgagccatttgacacagagca
ataacaagaataccattgataattcctaataacgattaaggacaaacaat
ccaggaaaatattacagcaataaattgactttcttttcttagatttttat
ttgtttcaggatgtttagggacttttctaagagatacctctcgaatctgt
aagcagagtagatttaaaagaaaatgaggaagtacagaagaaattttaat
aaaaagatatctgaaacttcttaatatcctaaattctagccaccaagaag
ctacataacaggctgtaaattgtcctccttggtatatatatacacaatat
atatataaaacaagtaatagataaacaagttaatttcatcatattgaaaa
agcattcattacaccaagtttagaaaccttgttttaagtcacagacacct
agaagtggtttatgatcagctgagaaacaactaaagcccaagaacatagt
ccactcctctacacgcaaaacactcacacatcagccagggctgcttctat
cactgtggtccctcagacctgagatggaagtctggaaagcaaaataatct
cgggagtatgttatctaggatcttttcttttctttccacgtagggagaac
caaggtctcttgctctgcagcacaccgccactagcttgtaccatcaggct
gagcatcatttttctgatctcttgaactcagttaccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_68223186_68224350
seq2: B6Ng01-080B20.b_45_1205

seq1  GAATTCTGGCTTCCTCTGCCACCCTAGGTGTGTGCCACCACCAGGAGGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGCTTCCTCTGCCACCCTAGGTGTGTGCCACCACCAGGAGGCA  50

seq1  ACTTTTATCAATCTTAAGAGCGTTGTGTGGTGTTGGGGTTGGAGAATGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTATCAATCTTAAGAGCGTTGTGTGGTGTTGGGGTTGGAGAATGGT  100

seq1  TCAGCATTTAAGAGCAGAGGAGCCAGTTAAGCTCCTAGGTTTAGTTCCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCATTTAAGAGCAGAGGAGCCAGTTAAGCTCCTAGGTTTAGTTCCCA  150

seq1  GCACCCATGCGGCAGCTCACAACTGTTGGTAACTCCAGAGAACCAACACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCATGCGGCAGCTCACAACTGTTGGTAACTCCAGAGAACCAACACA  200

seq1  CATGGCAGGCAAAACACCAATATACATAAAATAAAAATAAATAAAACCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCAGGCAAAACACCAATATACATAAAATAAAAATAAATAAAACCAA  250

seq1  GGACTGAAGAGATGGCTCAGAGATTAATAGCAATGACCACTCTTTCAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGAAGAGATGGCTCAGAGATTAATAGCAATGACCACTCTTTCAGAG  300

seq1  GTGCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCACCTGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCACCTGTA  350

seq1  ATGGGAACCAATGCCCTCTTCTGGTGTGTCAGGAAGAGCAGCACCTCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAACCAATGCCCTCTTCTGGTGTGTCAGGAAGAGCAGCACCTCCTT  400

seq1  GCATCCTGGCAGCACTGTAAAACAATAACCTTATATTCGTGTTTTACCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCTGGCAGCACTGTAAAACAATAACCTTATATTCGTGTTTTACCTC  450

seq1  CAGTTTTTAAATTGACACTGTATTCTGCACAAATACAACACTGTGCTCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTTAAATTGACACTGTATTCTGCACAAATACAACACTGTGCTCAG  500

seq1  TTCAGAGAACAAGGAGGAAGTGTAGGGATAATTCCAGAAAGCTATCGCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAGAACAAGGAGGAAGTGTAGGGATAATTCCAGAAAGCTATCGCTC  550

seq1  CAAAGGTGTGCAAACTGCTGATTAAATACCTGTTGGACCACACCAGACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGTGTGCAAACTGCTGATTAAATACCTGTTGGACCACACCAGACAT  600

seq1  GCAGGATAGGGCCGATCTGTTCATGGAGGTACTATGAAAAACGCCTAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGATAGGGCCGATCTGTTCATGGAGGTACTATGAAAAACGCCTAGCA  650

seq1  GGAAACACGGAAGGGCTGGAACAAGCCCTCACTGTGTGCCAGGCACACAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACACGGAAGGGCTGGAACAAGCCCTCACTGTGTGCCAGGCACACAC  700

seq1  AGAGCTTGGCCCTTCCTGCCCCAACCCAGCTGATCCTCAGAGCCACCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTTGGCCCTTCCTGCCCCAACCCAGCTGATCCTCAGAGCCACCAAA  750

seq1  CACAGGTTCTTTCTACAGGTGTCCTCCTGAACCCAGCCCCGCCCCTCACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGTTCTTTCTACAGGTGTCCTCCTGAACCCAGCCCCGCCCCTCACC  800

seq1  TCGTCCCCTTCCACACCCCATTCTCCCTCCCGGGAGCCACAGAGCTCCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTCCCCTTCCACACCCCATTCTCCCTCCCGGGAGCCACAGAGCTCCCT  850

seq1  GAGCCACTCATGGTAAAGAAAGAACCTTAAGGTCTGAGACAGAAAGAGAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCACTCATGGTAAAGAAAGAACCTTTAGGTCTGAGACAGAAAGAGAA  900

seq1  GTAGGGAACCTCGCCTCAGAGGATCCCAGTTGGGAGAAAGAGAAGGACAG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTAGGGAACCTCGCCTCAGAGGATCCCAGTTGGGAGAAAGAGAA-GACAG  949

seq1  GGAGTTCCAGACACCCAGGAAAGAGCTCAGATCATCAAGCTGACAGGGGT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GGAGTTCCAGACACCCAGGAAAGAGCTCAGATCATC-AGCTGACAGGGGT  998

seq1  AATGGGATGAGGTGACTGGCAGAGTGCCAAGAGCCAGAACAAAGCAGGCC  1050
      |||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||  |
seq2  AATGGGATGA-GTGACTGGCAGAGTGCCAGGAGGCAGAAC-AAGCAG--C  1044

seq1  TTGACCTG-TCTTTGCATTTCAAAGGCAACTGACTGCTATTCT-GACCCT  1098
       ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||||
seq2  CTGACCTGTTCTTTGCATTTC-AAGGCAACTGACTTCT-TTCTGGACCCT  1092

seq1  CTCCAATGAG-AGGTTGTCTCATTCCCAAACAAGGAAAGTCAGTT--TAC  1145
      ||| |||||| |||||||||| || |||||| ||| |||||||||  |||
seq2  CTCAAATGAGAAGGTTGTCTCCTTTCCAAAC-AGGGAAGTCAGTTTATAC  1141

seq1  TTCTCAAACAGCTTAACTCA  1165
      |||||||  |||||||||||
seq2  TTCTCAACGAGCTTAACTCA  1161

seq1: chr2_68351457_68352606
seq2: B6Ng01-080B20.g_64_1200 (reverse)

seq1  GGGTAACTGTAGTTC-AGAGATCAGAAAAAATGATGCTCAGCCTGATGGT  49
      ||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAACTG-AGTTCAAGAGATCAG-AAAAATGATGCTCAGCCTGATGGT  48

seq1  ACAGCTTAGTGGCGGTGTGCCTGCAGAGCACGAAGACCCTGGGTTCCTTC  99
      |||   ||||||||||||| |||||||||| | ||| ||| |||||  ||
seq2  ACAAGCTAGTGGCGGTGTG-CTGCAGAGCAAG-AGA-CCTTGGTTC--TC  93

seq1  CCTAACGTGGAAAGAAAAG-AAAGATTCTAGGATAACATAACCTCCGAGA  148
      ||| ||||||||||||||| |||||| ||| |||||||| ||  ||||||
seq2  CCT-ACGTGGAAAGAAAAGAAAAGATCCTA-GATAACAT-ACTCCCGAGA  140

seq1  TTATTTTGCTTTCCAAGACTTCCATTCTCAGGGTCTGAGGGACCACAGTG  198
      |||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTGCTTTCC-AGACTTCCA-TCTCA-GGTCTGAGGGACCACAGTG  187

seq1  ATAGAAGCAGCCCTGGCTGATGTGTGGAGTGTTTTGCGTGTAGAGGAGTG  248
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAGCAGCCCTGGCTGATGTGT-GAGTGTTTTGCGTGTAGAGGAGTG  236

seq1  GACTATGTTCTTGGGCTTTAGTTGTTTCTCAGCTGATCATAAACCACTTC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATGTTCTTGGGCTTTAGTTGTTTCTCAGCTGATCATAAACCACTTC  286

seq1  TAGGTGTCTGTGACTTAAAACAAGGTTTCTTAAACTTGGTGTAATGAATG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGTCTGTGACTTAAAACAAGGTTTC-TAAACTTGGTGTAATGAATG  335

seq1  CTTTTTCAATATGATGAAATTAACTTGTTTATCTATTACTTGTTTTATAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTCAATATGATGAAATTAACTTGTTTATCTATTACTTGTTTTATAT  385

seq1  ATATATTGTGTATATATATACCAAGGAGGACAATTTACAGCCTGTTATGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTGTGTATATATATACCAAGGAGGACAATTTACAGCCTGTTATGT  435

seq1  AGCTTCTTGGTGGCTAGAATTTAGGATATTAAGAAGTTTCAGATATCTTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCTTGGTGGCTAGAATTTAGGATATTAAGAAGTTTCAGATATCTTT  485

seq1  TTATTAAAATTTCTTCTGTACTTCCTCATTTTCTTTTAAATCTACTCTGC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAAAATTTCTTCTGTACTTCCTCATTTTCTTTTAAATCTACTCTGC  535

seq1  TTACAGATTCGAGAGGTATCTCTTAGAAAAGTCCCTAAACATCCTGAAAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGATTCGAGAGGTATCTCTTAGAAAAGTCCCTAAACATCCTGAAAC  585

seq1  AAATAAAAATCTAAGAAAAGAAAGTCAATTTATTGCTGTAATATTTTCCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAAATCTAAGAAAAGAAAGTCAATTTATTGCTGTAATATTTTCCT  635

seq1  GGATTGTTTGTCCTTAATCGTTATTAGGAATTATCAATGGTATTCTTGTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGTTTGTCCTTAATCGTTATTAGGAATTATCAATGGTATTCTTGTT  685

seq1  ATTGCTCTGTGTCAAATGGCTCGCCCTTTGTTCACAATCCCCAAAGTCTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTCTGTGTCAAATGGCTCGCCCTTTGTTCACAATCCCCAAAGTCTG  735

seq1  TGAGTCTCTCAAACACTGGGGAGTCTTAAGTTTTGATGGTGCTTGGCCTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCTCTCAAACACTGGGGAGTCTTAAGTTTTGATGGTGCTTGGCCTT  785

seq1  GTAAGTTCTTGCTTTGTGTGGCACCAGTAGGGGTCATTTTGTGGTGTGTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTTCTTGCTTTGTGTGGCACCAGTAGGGGTCATTTTGTGGTGTGTA  835

seq1  CAGCTGACTGGTCTGAGCCCAAAGCAGTTCACTTATTAGCTAGCACTTTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGACTGGTCTGAGCCCAAAGCAGTTCACTTATTAGCTAGCACTTTG  885

seq1  GCGAGCAATGGTAAGAGGGCTGGGCCAGTTGGAGGAACTCTGGGTGGCTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAGCAATGGTAAGAGGGCTGGGCCAGTTGGAGGAACTCTGGGTGGCTT  935

seq1  TCCTTGTGTGGTGGTTTAGGGAGCGCTGGTTATGCTGAGGTCTGGTGGTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTGTGGTGGTTTAGGGAGCGCTGGTTATGCTGAGGTCTGGTGGTA  985

seq1  CCCAGACCAGGGTGAAGGCGTCCTTACTTCTGCAGTCCCAAAGATGCCTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGACCAGGGTGAAGGCGTCCTTACTTCTGCAGTCCCAAAGATGCCTT  1035

seq1  GTGCCTAGCATCTTTTATTGGCTGAAACAGTCATAGCTTACTTAGACTTC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTAGCATCTTTTATTGGCTGAAACAGTCATAGCTTACTTAGACTTC  1085

seq1  AGTGGAAGAAACACAGACCCATCACCCCACAAGAAGGAGCGATTATGAAT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAAGAAACACAGACCCATCACCCCACAAGAAGGAGCGATTATGAAT  1135

seq1  TC  1150
      ||
seq2  TC  1137