BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-081A11
Chromosome2 (Build37)
Map Location 27,491,551 - 27,650,025
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRxra
Upstream geneB230317C12Rik, 5730588L14Rik, LOC100039446, Lcn4, LOC669582, Abo, Surf6, Surf5-ps, Surf5, Rpl7a, Surf1, Surf2, Surf4, Gm711, Rexo4, Adamts13, 5930434B04Rik, Slc2a6, LOC665315, 1110002H13Rik, Adamtsl2, C630035N08Rik, Dbh, Sardh, Vav2, D2Bwg1423e, Brd3, Wdr5
Downstream geneCol5a1, Fcnb, Olfm1, Gm347, 1700007K13Rik, Mrps2, LOC665412, Gbgt1, Ralgds, Cel, Gtf3c5, Gfi1b, Tsc1, 1700026L06Rik, 1190002A17Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-081A11.bB6Ng01-081A11.g
ACCDH895998DH895999
length879603
definitionDH895998|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-081A11, 5' end.DH895999|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-081A11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,491,551 - 27,492,427)(27,649,424 - 27,650,025)
sequence
gaattcaccgaggctccattcttaactcataaaatggtggtgataggttt
gaagagatgtctcagcaggtaaagatgtctgctgccaagcctgacctcct
gagttccatctcctgcatctacacagtgggaagagaaaactgactcccac
aggttgtcctctaacctctacttgcatgccatagcatgtacatgcgtgca
tgctcgcgcacacacttgcacatgtacacacatgcacacacattaaataa
attgtatataacaatagaaataatagtgacagctatgagttaaataagat
gataacaagaaaagcctttgtagagccgggcatggtggcacacgccttta
atcccagcactcgggaggcagaggcaggtggatttctgagttcgagacca
gcctggtctacaaagtgagttccaggacagccagggctacacagagaaac
cctgtctcaaaaaacaaaacaaaacaaaaacaaaaaccaaaaaccaaaaa
acaaaacaacaacaacaaaaagcctttgtaaaatgttgggtcttagccat
atctgggtattccttgaaggatctaggaaagatccacaaaagggctgagg
cccagctagttctaaatttcatatgcatagctcttgcctaggttccctag
gagctatggaacccttcaactctggaggctctccattggctgcccaaagc
tctttgtcctccccccacatgcctgctcctccagggtcaaggctgcccta
gtggccccagttggcaaggctgggacagagacctctgctattcttcatcc
tggccacatggctcctgaggtcccagccctgtctacacttttagctcctg
tcttgctcactgactttgtgcctctgctg
gaattccatgaactacatgtacagaaataggtcatgatttgaggccacat
ttcattctttcaaaacctgttccagacatatgcattgtctatgatgagca
cacctgtttctgtagacaagctgacagaggtgaccatggaaggagtcttc
ttcaagatgttagaggcagtgtggcataggtaccagcagcctggtcttgc
cccagaggggaacctccaagatgacctttacgctgaacactcagcatctc
cctccttgctcattccaggtcacccaagcactcggatgccaccagccctt
tcctatccatcctgcctctcagaggcacctggctgtggtgagtgagtctg
agtcccacctgaaaaggactggaagatgtgggtgtccggtgtgccattcc
ctccctgtggctctctccctatctgtccaataagaagatagagagctctc
tgaggtcttgcccagccccagaaaccttatgatttcatgagtgatggtca
ctatccctggataaactctgcggctcccaacactgtggaccaagaagtga
gttccaaaaccaagaaaccctgtagagacatgatgcacacacccacagcg
cca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_27491551_27492427
seq2: B6Ng01-081A11.b_36_914

seq1  GAATTCACCGAGGCTCCATTCTTAACTCATAAAATGGTGGTGATAGGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCGAGGCTCCATTCTTAACTCATAAAATGGTGGTGATAGGTTT  50

seq1  GAAGAGATGTCTCAGCAGGTAAAGATGTCTGCTGCCAAGCCTGACCTCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGATGTCTCAGCAGGTAAAGATGTCTGCTGCCAAGCCTGACCTCCT  100

seq1  GAGTTCCATCTCCTGCATCTACACAGTGGGAAGAGAAAACTGACTCCCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCCATCTCCTGCATCTACACAGTGGGAAGAGAAAACTGACTCCCAC  150

seq1  AGGTTGTCCTCTAACCTCTACTTGCATGCCATAGCATGTACATGCGTGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGTCCTCTAACCTCTACTTGCATGCCATAGCATGTACATGCGTGCA  200

seq1  TGCTCGCGCACACACTTGCACATGTACACACATGCACACACATTAAATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCGCGCACACACTTGCACATGTACACACATGCACACACATTAAATAA  250

seq1  ATTGTATATAACAATAGAAATAATAGTGACAGCTATGAGTTAAATAAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTATATAACAATAGAAATAATAGTGACAGCTATGAGTTAAATAAGAT  300

seq1  GATAACAAGAAAAGCCTTTGTAGAGCCGGGCATGGTGGCACACGCCTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACAAGAAAAGCCTTTGTAGAGCCGGGCATGGTGGCACACGCCTTTA  350

seq1  ATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGACCA  400

seq1  GCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAAC  450

seq1  CCTGTCTCAAAAAACAAAACAAAACAAAAACAAAAACCAAAAACCAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCTCAAAAAACAAAACAAAACAAAAACAAAAACCAAAAACCAAAAA  500

seq1  ACAAAACAACAACAACAAAAAGCCTTTGTAAAATGTTGGGTCTTAGCCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACAACAACAACAAAAAGCCTTTGTAAAATGTTGGGTCTTAGCCAT  550

seq1  ATCTGGGTATTCCTTGAAGGATCTAGGAAAGATCCACAAAAGGGCTGAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGGTATTCCTTGAAGGATCTAGGAAAGATCCACAAAAGGGCTGAGG  600

seq1  CCCAGCTAGTTCTAAATTTCATATGCATAGCTCTTGCCTAGGTTCCCTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCTAGTTCTAAATTTCATATGCATAGCTCTTGCCTAGGTTCCCTAG  650

seq1  GAGCTATGGAACCCTTCAACTCTGGAGGCTCTCCATTGGCTGCCCAAAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTATGGAACCCTTCAACTCTGGAGGCTCTCCATTGGCTGCCCAAAGC  700

seq1  TC-TTGTCCTCCCCCCACATGCCTGCTCCTCCAGGGTCAAGGCTGCCCTA  749
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTCCTCCCCCCACATGCCTGCTCCTCCAGGGTCAAGGCTGCCCTA  750

seq1  GTGGCCCCAG-TGGCAAGGCTGGGACAGAGACCCCTGCTATTCTTCATCC  798
      |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GTGGCCCCAGTTGGCAAGGCTGGGACAGAGACCTCTGCTATTCTTCATCC  800

seq1  TGGCCACATGGCTCCTGAGGTCCCAGCCCTGTCTACACTTTTAGCTCCTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCACATGGCTCCTGAGGTCCCAGCCCTGTCTACACTTTTAGCTCCTG  850

seq1  TCTTTGCTCACTGAC-TTGTGCCTCTGCTG  877
      || |||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TC-TTGCTCACTGACTTTGTGCCTCTGCTG  879

seq1: chr2_27649424_27650025
seq2: B6Ng01-081A11.g_34_636 (reverse)

seq1  TGGCGCTGTGGGTGTGTGCATCATGTCTCTACAGGGTTTCTTGGTTTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCGCTGTGGGTGTGTGCATCATGTCTCTACAGGGTTTCTTGGTTTTGG  50

seq1  AACTCACTTCTTGGTCCACAGTGTTGGGAGCCGCAGAGTTTATCCAGGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCACTTCTTGGTCCACAGTGTTGGGAGCCGCAGAGTTTATCCAGGGA  100

seq1  TAGTGACCATCACTCATGAAATCATAAGGTTTCTGGGGCTGGGCAAGACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGACCATCACTCATGAAATCATAAGGTTTCTGGGGCTGGGCAAGACC  150

seq1  TCAGAGAGCTCTCTATCTTCTTATTGGACAGATAGGGAGAGAGCCACAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGAGCTCTCTATCTTCTTATTGGACAGATAGGGAGAGAGCCACAGG  200

seq1  GAGGGAATGGCACACCGGACACCCACATCTTCCAGTCCTTTTCAGGTGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAATGGCACACCGGACACCCACATCTTCCAGTCCTTTTCAGGTGGG  250

seq1  ACTCAGACTCACTCACCACAGCCAGGTGCCTCTGAGAGGCAGGATGGATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGACTCACTCACCACAGCCAGGTGCCTCTGAGAGGCAGGATGGATA  300

seq1  GGAAAGGGCTGGTGGCATCCGAGTGCTTGGGTGACCTGGAATGAGCAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGGCTGGTGGCATCCGAGTGCTTGGGTGACCTGGAATGAGCAAGG  350

seq1  AGGGAGATGCTGAGTGTTCAGCGTAAAGGTCATCTTGGAGGTTCCCCTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGATGCTGAGTGTTCAGCGTAAAGGTCATCTTGGAGGTTCCCCTCT  400

seq1  GGGGCAAGACCAGGCTGCTGGTACCTATGCCACACTGCCTCTAACATCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCAAGACCAGGCTGCTGGTACCTATGCCACACTGCCTCTAACATCTT  450

seq1  GAAGAAGACTCCTTCCATGGTCACCTCTGTCAGCTTGTCTACAGAAACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAGACTCCTTCCATGGTCACCTCTGTCAGCTTGTCTACAGAAACAG  500

seq1  GTGTGCTCATCATAGACAATGCATATGTCTGGAACAGGTTTTGAAAGGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTGTGCTCATCATAGACAATGCATATGTCTGGAACAGGTTTTGAAAGAAT  550

seq1  GAAATGTGGCCTCAAATCATGACCTATTTCTGTACATG-AGTTCATGGAA  599
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GAAATGTGGCCTCAAATCATGACCTATTTCTGTACATGTAGTTCATGGAA  600

seq1  TTC  602
      |||
seq2  TTC  603