BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-084A04
Chromosome2 (Build37)
Map Location 84,208,658 - 84,401,782
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCalcrl, Tfpi, LOC672763
Upstream genePpia-ps2_981.1, LOC100040818, LOC668077, Zc3h15, Itgav, Dnmt3l-ps1, D430039N05Rik, Zswim2, LOC668096, LOC668100, LOC545432, LOC668107, LOC668113, LOC668115, LOC668119, LOC383725
Downstream geneCtnnd1, 2700094K13Rik, Txndc14, Med19, Zdhhc5, Clp1, Ypel4, Serping1, Ube2l6, Smtnl1, Timm10, Slc43a1, Rtn4rl2, Slc43a3, Prg2, Prg3, P2rx3, Ssrp1, Tnks1bp1, Agtrl1, LOC625033, Lrrc55, Olfr987, GA_x5J8B7W531T-1241080-1240524, Olfr988, GA_x5J8B7W531T-1286425-1285652, Olfr990-ps1, Olfr991-ps1, Olfr992, Olfr993, Olfr994, Olfr995, 4833423E24Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-084A04.bB6Ng01-084A04.g
ACCDH898102DH898103
length1,136747
definitionDH898102|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084A04, 5' end.DH898103|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084A04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,400,641 - 84,401,782)(84,208,658 - 84,209,404)
sequence
gaattcttgctctatgtgctgctgggatctccagttaacatctattcact
cagacatacttcataattgttcaataggtctctgttgatgtttctagtct
atctccacccccactactgtgttttattgattcctttttcacagtgcaac
ttctaaagagactgtttcaagatttttttattaaacacatgcaagttgtt
gaatattattcaaaatatttgaacagtggcagttgttgcaaaatatataa
acaaataccatcaaaaaagtataagacatggcacttggcaccttagaaat
tttgttgaaagataaacttgttccaataaaacaatgagtggattaggggg
taaacactctgcagggggacacatagatgagcggtgattgaggctaggag
tgatctgggacagttcagaaccaggaagcatgggggctagaagtagaaga
ttgagtatcagggaagatgagaagaagaaaagggtaatatcctgaagtgg
gagttggccaccctactgagcactgacaggcaaaagattccttgagggtt
ggcaaggaagaagccttaaggttttaagtttgggagtcagaaagggatca
ggaagaggcgcctgagggaagctggttacataggacttgaaaaactggcc
aaacaaacacatgcagtttcagtaccttgaagactggccagagataagta
gctgtgattttcctgagatttggatttgggccacctgccgtattccgttg
gagattggaggtacttttctagtatgtgagtttagctgagcccctatcat
ttgcatctcagtgtgactttgtttactctgagtgtatagggaagttataa
gctcagtgtatagggaagttataagctcagtgacagttacaagggcaggg
gccgcatagattcgatgatgattcagtaatgcacaaagcacagtctagca
gtgctctcaaaggttggtcatgtgacatgtaatatttatatcatatttaa
aagactcatttataaatctagcttgtcagggtgggcggtgcttcacttaa
tcccagcactcgagaggcagaagcagaagcctgtctatgattcaggccac
ctggtctataatgtgagctcctagacagacggaagt
gaattcaccacagttgtcaaattaaaaaagatttaaatgtacttacttga
agtaaaaaaatatgatgagagagatgatcagagatgcaatagataatcca
tgtccaattatagttaggtagaacagattcagggctgtctataattgtgt
ggtaagaaaaaaaaatggaatgaaccctgtatctaaaaatctacatatat
attagataaaattcaaattaatagattctacttttaaaagcacatggaga
gagatttacaaacacttgcttgaaaaccaataaatattttaaaatatgta
gatgaaaaatatctacacaaatttgctaaatgttattaaaaacttataag
ccacatattctcttatttaaggaattagaagtcacattgaatctttaaga
taatgcatttattgatctagtttatactgtatagcattatatattcaaaa
tcgaataatactcagtggtttagtttactcaaaattaaatacctgataag
gctttctttacctattgaggttttgctatttcttttcacaaatttgaggc
tcagagacagatcttgatatggaaatttaaaagatcctttgatctatata
atgtattttaacattcaattagtttttgctttctttctttctttttctat
tttcttttaacataccatttatagagattttgtttaattggttgtttgct
tgcttgcttgcctgcttggtaggttaggtgtttggttggttgggttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_84400641_84401782
seq2: B6Ng01-084A04.b_46_1181 (reverse)

seq1  ACTTCTGTCTGTCCTAGAGCTCACTATATAGACCAGGTTGGCCCTGAATT  50
      ||||| |||||||   ||||||||  ||||||||||||  | |||||| |
seq2  ACTTCCGTCTGTCTAGGAGCTCACATTATAGACCAGGT--GGCCTGAA-T  47

seq1  CATAGACAGCCTCCTGCCTCTGCCTCTCGAGTGCTGGGATTAAAGGTG-A  99
      ||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||  ||| |
seq2  CATAGACAGGCTTCTGCTTCTGCCTCTCGAGTGCTGGGATTAA--GTGAA  95

seq1  GCACCGCCACACCTGACAAGCTAGATTTATAAATGAGTCTTTTTAAATAT  149
      ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GCACCGCCCACCCTGACAAGCTAGATTTATAAATGAGTC-TTTTAAATAT  144

seq1  GATATAAATATTACATGTCACATGACCAACCTTTGGAGAGCACTGCTAGA  199
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GATATAAATATTACATGTCACATGACCAACCTTT-GAGAGCACTGCTAGA  193

seq1  CTGTGCTTTGTGCATTACTGAATCATCATCGAATCTATGCGGCCCCTGCC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTTTGTGCATTACTGAATCATCATCGAATCTATGCGGCCCCTGCC  243

seq1  CTTGTAACTGTCACTGAGCTTATAACTTCCCTATACACTGAGCTTATAAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAACTGTCACTGAGCTTATAACTTCCCTATACACTGAGCTTATAAC  293

seq1  TTCCCTATACACTCAGAGTAAACAAAGTCACACTGAGATGCAAATGATAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTATACACTCAGAGTAAACAAAGTCACACTGAGATGCAAATGATAG  343

seq1  GGGCTCAGCTAAACTCACATACTAGAAAAGTACCTCCAATCTCCAACGGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCAGCTAAACTCACATACTAGAAAAGTACCTCCAATCTCCAACGGA  393

seq1  ATACGGCAGGTGGCCCAAATCCAAATCTCAGGAAAATCACAGCTACTTAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGGCAGGTGGCCCAAATCCAAATCTCAGGAAAATCACAGCTACTTAT  443

seq1  CTCTGGCCAGTCTTCAAGGTACTGAAACTGCATGTGTTTGTTTGGCCAGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGCCAGTCTTCAAGGTACTGAAACTGCATGTGTTTGTTTGGCCAGT  493

seq1  TTTTCAAGTCCTATGTAACCAGCTTCCCTCAGGCGCCTCTTCCTGATCCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAAGTCCTATGTAACCAGCTTCCCTCAGGCGCCTCTTCCTGATCCC  543

seq1  TTTCTGACTCCCAAACTTAAAACCTTAAGGCTTCTTCCTTGCCAACCCTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGACTCCCAAACTTAAAACCTTAAGGCTTCTTCCTTGCCAACCCTC  593

seq1  AAGGAATCTTTTGCCTGTCAGTGCTCAGTAGGGTGGCCAACTCCCACTTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAATCTTTTGCCTGTCAGTGCTCAGTAGGGTGGCCAACTCCCACTTC  643

seq1  AGGATATTACCCTTTTCTTCTTCTCATCTTCCCTGATACTCAATCTTCTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATATTACCCTTTTCTTCTTCTCATCTTCCCTGATACTCAATCTTCTA  693

seq1  CTTCTAGCCCCCATGCTTCCTGGTTCTGAACTGTCCCAGATCACTCCTAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAGCCCCCATGCTTCCTGGTTCTGAACTGTCCCAGATCACTCCTAG  743

seq1  CCTCAATCACCGCTCATCTATGTGTCCCCCTGCAGAGTGTTTACCCCCTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAATCACCGCTCATCTATGTGTCCCCCTGCAGAGTGTTTACCCCCTA  793

seq1  ATCCACTCATTGTTTTATTGGAACAAGTTTATCTTTCAACAAAATTTCTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACTCATTGTTTTATTGGAACAAGTTTATCTTTCAACAAAATTTCTA  843

seq1  AGGTGCCAAGTGCCATGTCTTATACTTTTTTGATGGTATTTGTTTATATA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCCAAGTGCCATGTCTTATACTTTTTTGATGGTATTTGTTTATATA  893

seq1  TTTTGCAACAACTGCCACTGTTCAAATATTTTGAATAATATTCAACAACT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCAACAACTGCCACTGTTCAAATATTTTGAATAATATTCAACAACT  943

seq1  TGCATGTGTTTAATAAAAAAATCTTGAAACAGTCTCTTTAGAAGTTGCAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTGTTTAATAAAAAAATCTTGAAACAGTCTCTTTAGAAGTTGCAC  993

seq1  TGTGAAAAAGGAATCAATAAAACACAGTAGTGGGGGTGGAGATAGACTAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAAAAGGAATCAATAAAACACAGTAGTGGGGGTGGAGATAGACTAG  1043

seq1  AAACATCAACAGAGACCTATTGAACAATTATGAAGTATGTCTGAGTGAAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATCAACAGAGACCTATTGAACAATTATGAAGTATGTCTGAGTGAAT  1093

seq1  AGATGTTAACTGGAGATCCCAGCAGCACATAGAGCAAGAATTC  1142
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTTAACTGGAGATCCCAGCAGCACATAGAGCAAGAATTC  1136

seq1: chr2_84208658_84209404
seq2: B6Ng01-084A04.g_68_814

seq1  GAATTCACCACAGTTGTCAAATTAAAAAAGATTTAAATGTACTTACTTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCACAGTTGTCAAATTAAAAAAGATTTAAATGTACTTACTTGA  50

seq1  AGTAAAAAAATATGATGAGAGAGATGATCAGAGATGCAATAGATAATCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAAAAATATGATGAGAGAGATGATCAGAGATGCAATAGATAATCCA  100

seq1  TGTCCAATTATAGTTAGGTAGAACAGATTCAGGGCTGTCTATAATTGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCAATTATAGTTAGGTAGAACAGATTCAGGGCTGTCTATAATTGTGT  150

seq1  GGTAAGAAAAAAAAATGGAATGAACCCTGTATCTAAAAATCTACATATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGAAAAAAAAATGGAATGAACCCTGTATCTAAAAATCTACATATAT  200

seq1  ATTAGATAAAATTCAAATTAATAGATTCTACTTTTAAAAGCACATGGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGATAAAATTCAAATTAATAGATTCTACTTTTAAAAGCACATGGAGA  250

seq1  GAGATTTACAAACACTTGCTTGAAAACCAATAAATATTTTAAAATATGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTTACAAACACTTGCTTGAAAACCAATAAATATTTTAAAATATGTA  300

seq1  GATGAAAAATATCTACACAAATTTGCTAAATGTTATTAAAAACTTATAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAAAATATCTACACAAATTTGCTAAATGTTATTAAAAACTTATAAG  350

seq1  CCACATATTCTCTTATTTAAGGAATTAGAAGTCACATTGAATCTTTAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATATTCTCTTATTTAAGGAATTAGAAGTCACATTGAATCTTTAAGA  400

seq1  TAATGCATTTATTGATCTAGTTTATACTGTATAGCATTATATATTCAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCATTTATTGATCTAGTTTATACTGTATAGCATTATATATTCAAAA  450

seq1  TCGAATAATACTCAGTGGTTTAGTTTACTCAAAATTAAATACCTGATAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAATAATACTCAGTGGTTTAGTTTACTCAAAATTAAATACCTGATAAG  500

seq1  GCTTTCTTTACCTATTGAGGTTTTGCTATTTCTTTTCACAAATTTGAGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCTTTACCTATTGAGGTTTTGCTATTTCTTTTCACAAATTTGAGGC  550

seq1  TCAGAGACAGATCTTGATATGGAAATTTAAAAGATCCTTTGATCTATATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGACAGATCTTGATATGGAAATTTAAAAGATCCTTTGATCTATATA  600

seq1  ATGTATTTTAACATTCAATTAGTTTTTGCTTTCTTTCTTTCTTTTTCTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTTTAACATTCAATTAGTTTTTGCTTTCTTTCTTTCTTTTTCTAT  650

seq1  TTTCTTTTAACATACCATTTATAGAGATTTTGTTTAATTGGTTGTTTGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTAACATACCATTTATAGAGATTTTGTTTAATTGGTTGTTTGCT  700

seq1  TGCTTGCTTGCCTGCTTGGTAGGTTAGGTGTTTGGTTGGTTGGGTTT  747
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGCTTGCCTGCTTGGTAGGTTAGGTGTTTGGTTGGTTGGGTTT  747