BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-109A10
Chromosome2 (Build37)
Map Location 44,269,270 - 44,369,993
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041245, Kynu, Arhgap15
Downstream geneGtdc1, Zeb2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-109A10.bB6Ng01-109A10.g
ACCDH916052DH916053
length1,1441,172
definitionDH916052|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109A10, 5' end.DH916053|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109A10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,269,270 - 44,270,447)(44,368,803 - 44,369,993)
sequence
gaattctgggtacaggcagtcacagacagatgcaacattcctccatgggc
acctctgggttagtaggtggggtaattttctgtttccagagttccctaac
aataccatatcaaaaacttgatactcatttagctaattactaattaacca
agaacaatctcttaaaaatcttttacactgtaagtttttaaataatttaa
gattcggttccttattttaaaaatgaagtttggtatgaatgctttccttc
attgttgagctgaaggtttcacatgagaaatgtatatttcaactcagatg
ttaggacagctcacaagcactaagggaacaattaagaatccccattaaaa
gtccacagcctactgaaaacttcagagccactgtctggcatacaaaagtg
ctaacaatagctgaattaaaggttacataccacctaaccacaggctttta
gcaaattattacagaaataacgaacaaccagttaggatataaaatctaaa
taaataaagcagatagccacttcatttactttctctagcaagtaagtcag
tgaatactaataacaacaacaaccaaaaaaattggtaagttctaagtatt
caatccataataactccttgccattggtagcatcatcagttataaagtaa
aattgaattaagccaggtaaacccttctgcacctctgtataaaagagaca
tttcagatgagctatgactgatgcaggtattataataactgagccacggg
agttccaggaagatgctcaggagagcaacctggtaaatggattttgaagg
gtatcagtctaatatcccacagacatcatctacttagccccttaacacgg
acaccagacaatgtaattatttatttctatgataatttgctgggtaaacg
tgataagtgaggaaatctgctttgctggttgttttattaatcatgataca
gaggccttcttgtgagatagcacagacagcagtctgatgcatagaccaag
gacgatgtcagcaaagtctgagatgtttctagatgaatacaacatcttgt
tccaaatgactccatgtgataacatcaaaattcttagaatttttgtatgg
gatacctcatgttcaatttttcaatgcatagaaacaacattgac
gaattcattacatttctgttgctgtgataaaacatcatggcagagaccac
ttatagaggaaagagtgccccagtaaaggggaatgccagggccaggaagc
aggagtgggtctttttggatagcatttgaaatgtaaatgaagaaaatatc
taataaaacttgtttttggaagaagaaaaaaaagaggaaagagtgtattt
cggtttatagttgtgcccaagggaagagagtctgttgtgacaagaaggca
tggcagccatcagaagtgtgatacctggagcagaaggttgagtgttcatc
tcttgaactgggaacagtgtgagtgtttaaactcttaaagcctgatcccc
aatgacagacttcctccagtaagaccacgcctcctaaacccctctgaaca
gtgccaccagctaagggccaaatgttcagttagatgggcttagggaggca
ttctcattcaaacaccatagtagctttctagtggctggtgcaggcttata
ctgattatttgaatctgtctctgtaggttatgcctactgtgtttcagatg
attaaaaaaatctcagtggccaggtactccagtaccactagacagtatcc
ttaagcactccagtaccactacacagcatgctgggcataccttcctagca
attcctgatgcagctctgtctatgtgtccatattcatagagaggcagtct
acaacctaagcagtcttgggtgaacacatgagagtgatcacaaatgtttc
ccctcctcttctaacttagttgtcttgggtctggtctctgaaaaaccagg
tggacaaaatcattctagtgtctttctcacatccggtgacattgctgccc
attaaatacaaccatagagtagctttgtaagccatggcagcgctatgtta
cacagcacagatgtaaactaaaggttcactaatctgaataaacttaaaca
gaacattcagctatgtccatggccgtgccaggagaaagagactttgtgtc
gtgtcattgaataatatcaaggcaggctcttttatcgagatggcactgag
aagggttttgttagccctattctgtgaacaaacctagaaaatgtatgtta
tacatagtaaagaggttactgaacaccgaatgccaattggtggctatgga
acatatacttgccttacttgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_44269270_44270447
seq2: B6Ng01-109A10.b_49_1192

seq1  GAATTCTGGGTACAGGCAGTCACAGACAGATGCAACATTCCTCCATGGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGTACAGGCAGTCACAGACAGATGCAACATTCCTCCATGGGC  50

seq1  ACCTCTGGGTTAGTAGGTGGGGTAATTTTCTGTTTCCAGAGTTCCCTAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTGGGTTAGTAGGTGGGGTAATTTTCTGTTTCCAGAGTTCCCTAAC  100

seq1  AATACCATATCAAAAACTTGATACTCATTTAGCTAATTACTAATTAACCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCATATCAAAAACTTGATACTCATTTAGCTAATTACTAATTAACCA  150

seq1  AGAACAATCTCTTAAAAATCTTTTACACTGTAAGTTTTTAAATAATTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAATCTCTTAAAAATCTTTTACACTGTAAGTTTTTAAATAATTTAA  200

seq1  GATTCGGTTCCTTATTTTAAAAATGAAGTTTGGTATGAATGCTTTCCTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCGGTTCCTTATTTTAAAAATGAAGTTTGGTATGAATGCTTTCCTTC  250

seq1  ATTGTTGAGCTGAAGGTTTCACATGAGAAATGTATATTTCAACTCAGATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTGAGCTGAAGGTTTCACATGAGAAATGTATATTTCAACTCAGATG  300

seq1  TTAGGACAGCTCACAAGCACTAAGGGAACAATTAAGAATCCCCATTAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGACAGCTCACAAGCACTAAGGGAACAATTAAGAATCCCCATTAAAA  350

seq1  GTCCACAGCCTACTGAAAACTTCAGAGCCACTGTCTGGCATACAAAAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACAGCCTACTGAAAACTTCAGAGCCACTGTCTGGCATACAAAAGTG  400

seq1  CTAACAATAGCTGAATTAAAGGTTACATACCACCTAACCACAGGCTTTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAATAGCTGAATTAAAGGTTACATACCACCTAACCACAGGCTTTTA  450

seq1  GCAAATTATTACAGAAATAACGAACAACCAGTTAGGATATAAAATCTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATTATTACAGAAATAACGAACAACCAGTTAGGATATAAAATCTAAA  500

seq1  TAAATAAAGCAGATAGCCACTTCATTTACTTTCTCTAGCAAGTAAGTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAAGCAGATAGCCACTTCATTTACTTTCTCTAGCAAGTAAGTCAG  550

seq1  TGAATACTAATAACAACAACAACCAAAAAAATTGGTAAGTTCTAAGTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATACTAATAACAACAACAACCAAAAAAATTGGTAAGTTCTAAGTATT  600

seq1  CAATCCATAATAACTCCTTGCCATTGGTAGCATCATCAGTTATAAAGTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCATAATAACTCCTTGCCATTGGTAGCATCATCAGTTATAAAGTAA  650

seq1  AATTGAATTAAGCCAGGTAAACCCTTCTGCACCTCTGTATAAAAGAGACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAATTAAGCCAGGTAAACCCTTCTGCACCTCTGTATAAAAGAGACA  700

seq1  TTTCAGATGAGCTATGACTGATGCAGGTATTATAATAACTGAGCCACGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGATGAGCTATGACTGATGCAGGTATTATAATAACTGAGCCACGGG  750

seq1  AGTTCCAGGAAGATGCTCAGGAGAGCAACCTGGTAAATGGATTTTGAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCAGGAAGATGCTCAGGAGAGCAACCTGGTAAATGGATTTTGAAGG  800

seq1  GTATCAGTCTAATATCCCACAGACATCATCTACTTAGCCCCTTAACACGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCAGTCTAATATCCCACAGACATCATCTACTTAGCCCCTTAACACGG  850

seq1  ACACCAGACAATGTAATTATTTATTTCTATGATAATTTGCTGGGTAAACG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAGACAATGTAATTATTTATTTCTATGATAATTTGCTGGGTAAACG  900

seq1  TGATAAGGTGAGGAAATCTGCTTTGCTGGTTGTTTTATTAATCATGATAC  950
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAA-GTGAGGAAATCTGCTTTGCTGGTTGTTTTATTAATCATGATAC  949

seq1  AGGAGGCCTTCTTGTGAGATAGCCACAAGACAAGGCAGTCTGATGGCATA  1000
      | |||||||||||||||||||| ||| |||||  |||||||||| |||||
seq2  A-GAGGCCTTCTTGTGAGATAG-CAC-AGACA--GCAGTCTGAT-GCATA  993

seq1  GAACCAAGGGACGATGTTCCAGCAAAGGTCTGAGATGTTTTCTAAGATGA  1050
      | ||||| |||||||||  ||||||| |||||||||| ||||| ||||||
seq2  G-ACCAA-GGACGATGT--CAGCAAA-GTCTGAGATG-TTTCT-AGATGA  1036

seq1  ATACAAACCAATCTTTGTTTCCCAGATGAACTCATGTGAATAACAATCAA  1100
      ||||||    ||| |||||  ||| ||||   |||||| ||||| |||||
seq2  ATACAA---CATC-TTGTT--CCAAATGACTCCATGTG-ATAAC-ATCAA  1078

seq1  AATATTCTTAGGAATATTTTGTATGGAATTACTCATGTTCAATATTTTTC  1150
      |  ||||||| |||| |||||||||| ||  ||||||||||  |||||||
seq2  A--ATTCTTA-GAAT-TTTTGTATGGGATACCTCATGTTCA--ATTTTTC  1122

seq1  AATGTAATAAGGGAAAACAAACATTGAC  1178
      ||||  |||   ||||   |||||||||
seq2  AATG-CATA---GAAA--CAACATTGAC  1144

seq1: chr2_44368803_44369993
seq2: B6Ng01-109A10.g_68_1239 (reverse)

seq1  AGCAAGAAAAAGGCAAGTGTAAATGTTCCATATGCCCCACCAAATTGGCA  50
      ||||||   |||||||  ||| ||||||||||    ||||| ||||||||
seq2  AGCAAG--TAAGGCAA--GTATATGTTCCATA---GCCACC-AATTGGCA  42

seq1  -TCTGTG-TCAGTAACCCTTCTTTTTAACTATTGTAT-ACATACATTCTC  97
       || ||| |||||||||  |||||   |||| ||||| ||||||||| ||
seq2  TTCGGTGTTCAGTAACC--TCTTT---ACTA-TGTATAACATACATTTTC  86

seq1  TTAAGTGTTTTGTTCACAGAATAGGGCTAACAAAACCC-TCTCAGTTGCC  146
      |     | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  T----AGGTTTGTTCACAGAATAGGGCTAACAAAACCCTTCTCAG-TGCC  131

seq1  ATCTCGATAAAAGAGCCTGCCCTTGATATTATTCAATGACACGGACACAA  196
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATCTCGATAAAAGAGCCTG-CCTTGATATTATTCAATGACAC-GACACAA  179

seq1  AGTCTCCTTTCTCCTGGCACGGCCATGGACATAGCTGAATGTTCTGTTTA  246
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCT-CTTTCTCCTGGCACGGCCATGGACATAGCTGAATGTTCTGTTTA  228

seq1  AGTTTATTCAGATTAGTGAACCTTTAGTTTTACATCTGTGCTGTGTAACA  296
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTATTCAGATTAGTGAACCTTTAG-TTTACATCTGTGCTGTGTAACA  277

seq1  TAGCGCTGCCATGGCTTACAAAGCTACTCTATGGTTGTATTTAATGGGCA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCGCTGCCATGGCTTACAAAGCTACTCTATGGTTGTATTTAATGGGCA  327

seq1  GCAATGTCACCGGATGTGAGAAAGACACTAGAATGATTTTGTCCACCTGG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGTCACCGGATGTGAGAAAGACACTAGAATGATTTTGTCCACCTGG  377

seq1  TTTTTCAGAGACCAGACCCAAGACAACTAAGTTAGAAGAGGAGGGGAAAC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCAGAGACCAGACCCAAGACAACTAAGTTAGAAGAGGAGGGGAAAC  427

seq1  ATTTGTGATCACTCTCATGTGTTCACCCAAGACTGCTTAGGTTGTAGACT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTGATCACTCTCATGTGTTCACCCAAGACTGCTTAGGTTGTAGACT  477

seq1  GCCTCTCTATGAATATGGACACATAGACAGAGCTGCATCAGGAATTGCTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTCTATGAATATGGACACATAGACAGAGCTGCATCAGGAATTGCTA  527

seq1  GGAAGGTATGCCCAGCATGCTGTGTAGTGGTACTGGAGTGCTTAAGGATA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGTATGCCCAGCATGCTGTGTAGTGGTACTGGAGTGCTTAAGGATA  577

seq1  CTGTCTAGTGGTACTGGAGTACCTGGCCACTGAGATTTTTTTAATCATCT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTAGTGGTACTGGAGTACCTGGCCACTGAGATTTTTTTAATCATCT  627

seq1  GAAACACAGTAGGCATAACCTACAGAGACAGATTCAAATAATCAGTATAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACACAGTAGGCATAACCTACAGAGACAGATTCAAATAATCAGTATAA  677

seq1  GCCTGCACCAGCCACTAGAAAGCTACTATGGTGTTTGAATGAGAATGCCT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCACCAGCCACTAGAAAGCTACTATGGTGTTTGAATGAGAATGCCT  727

seq1  CCCTAAGCCCATCTAACTGAACATTTGGCCCTTAGCTGGTGGCACTGTTC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAAGCCCATCTAACTGAACATTTGGCCCTTAGCTGGTGGCACTGTTC  777

seq1  AGAGGGGTTTAGGAGGCGTGGTCTTACTGGAGGAAGTCTGTCATTGGGGA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGGTTTAGGAGGCGTGGTCTTACTGGAGGAAGTCTGTCATTGGGGA  827

seq1  TCAGGCTTTAAGAGTTTAAACACTCACACTGTTCCCAGTTCAAGAGATGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCTTTAAGAGTTTAAACACTCACACTGTTCCCAGTTCAAGAGATGA  877

seq1  ACACTCAACCTTCTGCTCCAGGTATCACACTTCTGATGGCTGCCATGCCT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCAACCTTCTGCTCCAGGTATCACACTTCTGATGGCTGCCATGCCT  927

seq1  TCTTGTCACAACAGACTCTCTTCCCTTGGGCACAACTATAAACCGAAATA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTCACAACAGACTCTCTTCCCTTGGGCACAACTATAAACCGAAATA  977

seq1  CACTCTTTCCTCTTTTTTTTCTTCTTCCAAAAACAAGTTTTATTAGATAT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTTTCCTCTTTTTTTTCTTCTTCCAAAAACAAGTTTTATTAGATAT  1027

seq1  TTTCTTCATTTACATTTCAAATGCTATCCAAAAAGACCCACTCCTGCTTC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCATTTACATTTCAAATGCTATCCAAAAAGACCCACTCCTGCTTC  1077

seq1  CTGGCCCTGGCATTCCCCTTTACTGGGGCACTCTTTCCTCTATAAGTGGT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCCTGGCATTCCCCTTTACTGGGGCACTCTTTCCTCTATAAGTGGT  1127

seq1  CTCTGCCATGATGTTTTATCACAGCAACAGAAATGTAATGAATTC  1191
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCATGATGTTTTATCACAGCAACAGAAATGTAATGAATTC  1172