BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-110H08
Chromosome2 (Build37)
Map Location 7,618,416 - 7,737,342
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCugbp2, LOC100040659, LOC100040648
Downstream geneLOC672230
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-110H08.bB6Ng01-110H08.g
ACCDH917075DH917076
length1,1461,114
definitionDH917075|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-110H08, 5' end.DH917076|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-110H08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,736,185 - 7,737,342)(7,618,416 - 7,619,545)
sequence
gaattccctccaactgagatcatcttcggtgcaattagatagctgttact
tacctctaagataaaagtacaactattgtaccgttgaaatattttgccac
ccggtcactattgagattattgattgcttctataggtcataagcttacat
agtaccatctgatactaagcatttgttctcagggaagagacttacagttc
agctccagctcagctgctccatccaaaagatgcgatggttattaccttca
gcagtaggctattaccttcaagttctcagaagcaaccaagagtcctcaac
tttttacccagctactgaggaaccagcataggtccttacaggtatgcttt
gtgggataagtagtactttactggttaaaccatttccctatcctaggtat
tctttattatacaaatatatgtacgggcttgtgcatacacatatatatgt
gcatgtgcatatgtatgtgtacatttgcaacttaaaacgaatgaggtttt
gtgtacaataatttattttcttagagttctcacccatatgattatgggca
taaaagcatggcaaattttatttgtcatgtcatggtttttatattattca
actaaacagaaagagtgatcaagtaacttgactcacatagtggatgggaa
gcatagacagtgccatcttctgagggatgccatgagatagtgccactcaa
attattagtacacatgatgccacctgatattttagttgctttttgttttt
tgtttggttttactttttagacaccgtgtctctgtagccatggatgctca
agacactctaatccatcagttttacttgaatatttcagtaatgatactca
cagaattcaatgactgtggggaaaaggcacagttttccattggaagagtt
atggaaagttcctatacagtctatagactaaaggttcttaaccaggagca
ttttattttactaatattgtacatttcagcattagcaacactgacaacca
cccgtatatttgatttttggagtctatgtatttatagcatttatatatat
aaaatcatttctataacactcttgtgatactatactagaaaaaatttaat
gcctcattatattgaaaatacatatatccgaggttatctattatct

gaattccactcaaaataaaattcagtattaattgaaaatgacagacacaa
aagtactcattctataggattgcatggatgtataattaaacacctagtac
accttttttgttaaaactttgacaggccaggagtcgaattctagagtagg
atgaagaagaggtgctagttatattttgtgtcttgatctgcagatgagta
taggaatatattcctggtctgaatgttaattaagatgtgtacttaggatc
tgtgaatcatttttgcttatatatcatattccctaacaaatgtttaaaac
taaattatgcatctgaaatcgccacaacatggccattataaagtgaatga
ggcaacatttagtctatattaaatgaagtaattaaccagaagaatggttg
gagtggagtggatggacatagtcaattagaaggctgcttccccgacatgt
aagtctacattgagcagagaggcttctgactttcagcctaaatgatagtg
tttcttctagcttcaaatcttgcttcataaccttctcctccatcagtgac
tgaaaacaatgtggctattctttatttgggtggtatatagaaactaaaaa
tttacacagataaattaaaagaggtcaacaagagaagaggttacttttgt
tttctatttagttctatatctgctttgctttatgctttttaatagactac
tatttctagagaagttttagattcctgtaaaacctaaaataactgaacag
aaaatccaaaatttcattcgccctctttgtagactttggatacaagtgcc
tcacaaagactgcaaacacgagagaatgtttctcccattatcatcttagc
atctgacccagtttctggaggcaagtataatgaaagtgtggggacttccc
tgaggttgacccttaagaattttatgtgcaaagtaccccatgttcatccc
ttatcagcttgtcattttcaaatggttctcatgaggtcacagcagcttgt
gctcagagtgctgtgatcttctcatagctttctataatgatctgaaaaaa
ttgtgggcttcagtctgtcagctgtttgtgttttggtaatgtgagaaggg
ctgaacatctaaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_7736185_7737342
seq2: B6Ng01-110H08.b_45_1190 (reverse)

seq1  AGAT-ATAGATATACTCTGATATATGGTATATTTTCAATATAATGAGCAT  49
      |||| |||||||  ||| ||||||||   ||||||||||||||||||   
seq2  AGATAATAGATAACCTCGGATATATG---TATTTTCAATATAATGAGGCA  47

seq1  TTAAATTTTTTCTAGTATTAGTATCACAAGAGGTTGTTATAGAAATGATT  99
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||
seq2  TTAAATTTTTTCTAGTA-TAGTATCACAAGAG--TGTTATAGAAATGATT  94

seq1  TTAATTATAATATTAAATGCTATAAATACATAGACTTCCAAAAATCAAAT  149
      |||  ||||    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTATATATA----TAAATGCTATAAATACATAGAC-TCCAAAAATCAAAT  139

seq1  ATACGGGTGGTTTGTCAGTGTTGCTAATGCCTGAAATGTACAATATTAGT  199
      |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATACGGGTGG-TTGTCAGTGTTGCTAATG-CTGAAATGTACAATATTAGT  187

seq1  AAAATAAAATGCTCCTGGTTAAGAACCTTTAGTCTATAGACTGTATAGGA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAAATGCTCCTGGTTAAGAACCTTTAGTCTATAGACTGTATAGGA  237

seq1  ACTTTCCATAACTCTTCCAATGGAAAACTGTGCCTTTTCCCCACAGTCAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCCATAACTCTTCCAATGGAAAACTGTGCCTTTTCCCCACAGTCAT  287

seq1  TGAATTCTGTGAGTATCATTACTGAAATATTCAAGTAAAACTGATGGATT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTCTGTGAGTATCATTACTGAAATATTCAAGTAAAACTGATGGATT  337

seq1  AGAGTGTCTTGAGCATCCATGGCTACAGAGACACGGTGTCTAAAAAGTAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGTCTTGAGCATCCATGGCTACAGAGACACGGTGTCTAAAAAGTAA  387

seq1  AACCAAACAAAAAACAAAAAGCAACTAAAATATCAGGTGGCATCATGTGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAACAAAAAACAAAAAGCAACTAAAATATCAGGTGGCATCATGTGT  437

seq1  ACTAATAATTTGAGTGGCACTATCTCATGGCATCCCTCAGAAGATGGCAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATAATTTGAGTGGCACTATCTCATGGCATCCCTCAGAAGATGGCAC  487

seq1  TGTCTATGCTTCCCATCCACTATGTGAGTCAAGTTACTTGATCACTCTTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTATGCTTCCCATCCACTATGTGAGTCAAGTTACTTGATCACTCTTT  537

seq1  CTGTTTAGTTGAATAATATAAAAACCATGACATGACAAATAAAATTTGCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTAGTTGAATAATATAAAAACCATGACATGACAAATAAAATTTGCC  587

seq1  ATGCTTTTATGCCCATAATCATATGGGTGAGAACTCTAAGAAAATAAATT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTTATGCCCATAATCATATGGGTGAGAACTCTAAGAAAATAAATT  637

seq1  ATTGTACACAAAACCTCATTCGTTTTAAGTTGCAAATGTACACATACATA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTACACAAAACCTCATTCGTTTTAAGTTGCAAATGTACACATACATA  687

seq1  TGCACATGCACATATATATGTGTATGCACAAGCCCGTACATATATTTGTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACATGCACATATATATGTGTATGCACAAGCCCGTACATATATTTGTA  737

seq1  TAATAAAGAATACCTAGGATAGGGAAATGGTTTAACCAGTAAAGTACTAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAAGAATACCTAGGATAGGGAAATGGTTTAACCAGTAAAGTACTAC  787

seq1  TTATCCCACAAAGCATACCTGTAAGGACCTATGCTGGTTCCTCAGTAGCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCCACAAAGCATACCTGTAAGGACCTATGCTGGTTCCTCAGTAGCT  837

seq1  GGGTAAAAAGTTGAGGACTCTTGGTTGCTTCTGAGAACTTGAAGGTAATA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAAAAAGTTGAGGACTCTTGGTTGCTTCTGAGAACTTGAAGGTAATA  887

seq1  GCCTACTGCTGAAGGTAATAACCATCGCATCTTTTGGATGGAGCAGCTGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACTGCTGAAGGTAATAACCATCGCATCTTTTGGATGGAGCAGCTGA  937

seq1  GCTGGAGCTGAACTGTAAGTCTCTTCCCTGAGAACAAATGCTTAGTATCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGCTGAACTGTAAGTCTCTTCCCTGAGAACAAATGCTTAGTATCA  987

seq1  GATGGTACTATGTAAGCTTATGACCTATAGAAGCAATCAATAATCTCAAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTACTATGTAAGCTTATGACCTATAGAAGCAATCAATAATCTCAAT  1037

seq1  AGTGACCGGGTGGCAAAATATTTCAACGGTACAATAGTTGTACTTTTATC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACCGGGTGGCAAAATATTTCAACGGTACAATAGTTGTACTTTTATC  1087

seq1  TTAGAGGTAAGTAACAGCTATCTAATTGCACCGAAGATGATCTCAGTTGG  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGGTAAGTAACAGCTATCTAATTGCACCGAAGATGATCTCAGTTGG  1137

seq1  AGGGAATTC  1158
      |||||||||
seq2  AGGGAATTC  1146


seq1: chr2_7618416_7619545
seq2: B6Ng01-110H08.g_67_1180

seq1  GAATTCCACTCAAAATAAAATTCAGTATTAATTGAAAATGACAGACACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTCAAAATAAAATTCAGTATTAATTGAAAATGACAGACACAA  50

seq1  AAGTACTCATTCTATAGGATTGCATGGATGTATAATTAAACACCTAGTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACTCATTCTATAGGATTGCATGGATGTATAATTAAACACCTAGTAC  100

seq1  ACCTTTTTTGTTAAAACTTTGACAGGCCAGGAGTCGAATTCTAGAGTAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTTTTGTTAAAACTTTGACAGGCCAGGAGTCGAATTCTAGAGTAGG  150

seq1  ATGAAGAAGAGGTGCTAGTTATATTTTGTGTCTTGATCTGCAGATGAGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAAGAGGTGCTAGTTATATTTTGTGTCTTGATCTGCAGATGAGTA  200

seq1  TAGGAATATATTCCTGGTCTGAATGTTAATTAAGATGTGTACTTAGGATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAATATATTCCTGGTCTGAATGTTAATTAAGATGTGTACTTAGGATC  250

seq1  TGTGAATCATTTTTGCTTATATATCATATTCCCTAACAAATGTTTAAAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAATCATTTTTGCTTATATATCATATTCCCTAACAAATGTTTAAAAC  300

seq1  TAAATTATGCATCTGAAATCGCCACAACATGGCCATTATAAAGTGAATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTATGCATCTGAAATCGCCACAACATGGCCATTATAAAGTGAATGA  350

seq1  GGCAACATTTAGTCTATATTAAATGAAGTAATTAACCAGAAGAATGGTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACATTTAGTCTATATTAAATGAAGTAATTAACCAGAAGAATGGTTG  400

seq1  GAGTGGAGTGGATGGACATAGTCAATTAGAAGGCTGCTTCCCCGACATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGAGTGGATGGACATAGTCAATTAGAAGGCTGCTTCCCCGACATGT  450

seq1  AAGTCTACATTGAGCAGAGAGGCTTCTGACTTTCAGCCTAAATGATAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTACATTGAGCAGAGAGGCTTCTGACTTTCAGCCTAAATGATAGTG  500

seq1  TTTCTTCTAGCTTCAAATCTTGCTTCATAACCTTCTCCTCCATCAGTGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCTAGCTTCAAATCTTGCTTCATAACCTTCTCCTCCATCAGTGAC  550

seq1  TGAAAACAATGTGGCTATTCTTTATTTGGGTGGTATATAGAAACTAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAACAATGTGGCTATTCTTTATTTGGGTGGTATATAGAAACTAAAAA  600

seq1  TTTACACAGATAAATTAAAAGAGGTCAACAAGAGAAGAGGTTACTTTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACACAGATAAATTAAAAGAGGTCAACAAGAGAAGAGGTTACTTTTGT  650

seq1  TTTCTATTTAGTTCTATATCTGCTTTGCTTTATGCTTTTTAATAGACTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATTTAGTTCTATATCTGCTTTGCTTTATGCTTTTTAATAGACTAC  700

seq1  TATTTCTAGAGAAGTTTTAGATTCCTGTAAAACCTAAAATAACTGAACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTAGAGAAGTTTTAGATTCCTGTAAAACCTAAAATAACTGAACAG  750

seq1  AAAATCCAAAATTTCATTCGCCCTCTTTGTAGACTTTGGATACAAGTGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCCAAAATTTCATTCGCCCTCTTTGTAGACTTTGGATACAAGTGCC  800

seq1  TCACAAAGACTGCAAACACGAGAGAATGTTTCTCCCATTATCATCTTAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAAGACTGCAAACACGAGAGAATGTTTCTCCCATTATCATCTTAGC  850

seq1  ATCTGACCCAGTTTCTGGAGGCAAGTATAATGAAAGTGTGGGGACTTCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGACCCAGTTTCTGGAGGCAAGTATAATGAAAGTGTGGGGACTTCCC  900

seq1  TGAGGTTGACCCTTAAGAATTTTTAATGTGCCAAAGTACCCCATGTTCAT  950
      |||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTTGACCCTTAAGAATTTT--ATGTG-CAAAGTACCCCATGTTCAT  947

seq1  CCCTTATCAGCTTGTCATTTTCCAAATGGTTCTCATGAGGGTCACAGCAG  1000
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CCCTTATCAGCTTGTCATTTT-CAAATGGTTCTCATGA-GGTCACAGCAG  995

seq1  CTTGTGCCTCCAGAGTGCTGTGATCTTCTCATTAGCTTTTCTATAATGGA  1050
      |||||||   ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||
seq2  CTTGTGC--TCAGAGTGCTGTGATCTTCTCA-TAGC-TTTCTATAAT-GA  1040

seq1  TCTGAAAAAATTGTGGGCTTTCAGTCTGGTCAGCTGTTTGTGTTTTGTTA  1100
      |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||
seq2  TCTGAAAAAATTGTGGGC-TTCAGTCT-GTCAGCTGTTTGTGTTTTGGTA  1088

seq1  GATGTGAGAAGGGGCTGACACATTCTAAAC  1130
       ||||||||| ||||||| ||| |||||||
seq2  -ATGTGAGAA-GGGCTGA-ACA-TCTAAAC  1114


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |