BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-116D20
Chromosome2 (Build37)
Map Location 60,656,358 - 60,808,700
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRbms1, ENSMUSG00000075325
Upstream geneTanc1, Wdsub1, Baz2b, LOC667103, LOC667106, Ldha-ps, LOC100039092, March7, Cd302, LOC625861, Ly75, LOC100039176, Pla2r1, Itgb6
Downstream geneTank, Psmd14, Tbr1, LOC100039274
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-116D20.bB6Ng01-116D20.g
ACCDH921287DH921288
length1,189894
definitionDH921287|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116D20, 5' end.DH921288|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116D20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,656,358 - 60,657,561)(60,808,011 - 60,808,700)
sequence
gaattccttcagtatcatcagaaagctacattaagtaacgtagttgtaaa
aacacatgactagattagaagcaaaaatctaaccttagatactgctttac
aatgacgtatccacgccaaatatttttacatccaaaatagtggatgcaaa
ctaaaagggaaaccaaatttggggataaaattctatggccattttagtat
aagccttgctggttcaatttacaacagaatagcacagctcaaatgcccca
ctcctccctaattaggcacagtccttttgagatgtctgtccctaagaaca
aggcgagtatcctcaggtaatatctaattagcatgtctctttttgtggca
gtttaatgggacttttgcttcctctcttcaattctgctttgtagactctt
aactccctgccccatagggaagacagagtttccttgaccctttgagcacg
tcctgcctctctgcagctggccctaggaatcagcttcagtttgggggtgg
ttgggctgggcctggaccccttcccacgctgcaggagcagtgaatgccca
tagaggaggatgtggctgcagggctgagatcagggagaaacatctgctag
agcatcatgtgtttataattaaaagttggaaataacttgagtgtgtagaa
atcactgctaagtctgtagtggccactcaaaattactgtaggggtttgaa
ggacaatttatggcatgaaaaaaaaaagtctgactatactatattttact
attaagtaaaaaaatacatatgtattcatagttctactctgataaaatta
ttctttctctatctccttatacatatgtatgttaaaaccacacctcactc
tgtggcccacactggcctttaactcctgttcactctcaagtgcaggggaa
acagtatattcacacccacctactcacactctcccgactccaggaaaact
agtaagtcacaattttataagagcaagtttatggtcagagcaaagagaca
ttttacaaaggggagaaggccgagacgtacttaagcttctgcaacagggc
cgtgacttcaggattacatattgactaaggtccggtggatctacttcaag
tattcaggtcattctctaagaactaagtgagctttaccaaggtcttaaag
ggatctacaattgcacttactcttacgagatatcagttt
gaattctcttcatcaatcagaaagaataaagcatggacactatattgtgg
atgagccagcaaaacagcatgcaaatgaaagggcactgacagcaaggtca
tgtgatatatgattacatttgagtgaaatattcacaattagtaactcaaa
tagaaaaaacaaacttctagtttccaaagtctcagtaggggaagaaggga
gtgaggaccaattgcctggtgggtaacccccttgaatcagcatccatgtg
gcatatggtgtttactgaatgaacaggtagggtgagtgaagcaattaggt
aatggaagcctattcagcacacattgtcatggcagtgaacctccaacgca
gcctcgaatatcctacctccttcctgcatagtcagtccctcgacatatta
tctcccatagaataggcagagttgagtgtatttcacttctgagatgaggc
tgtagagagaaagtccagcttctgtcttggttagccatgtgcacaggccc
cttccctgttcctcaatcacttttgaagcagctagctgtcctgtcgtgag
tatttccacaaatatgcacacatacaacaggctatcagtcaactgactgg
aactggatccttcagctccaggcaagctttcaggtggcttctccaagaga
tgccattgatctcatgagagaccttgagccagaaccacccagctaagcca
cctccaaattcctgaccctcaaaaaccatatgaaagaatgttgagtggct
aaatccaggaagcaatttttcaaacagcaatggataattaagataattta
gggtatagcccttattattttattacgtcctaaaagggccaacctcttta
cagcacccacaaatgagattaagtttcaacacatgaatttgaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_60656358_60657561
seq2: B6Ng01-116D20.b_44_1232

seq1  GAATTCCTTCAGTATCATCAGAAAGCTACATTAAGTAACGTAGTTGTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCAGTATCATCAGAAAGCTACATTAAGTAACGTAGTTGTAAA  50

seq1  AACACATGACTAGATTAGAAGCAAAAATCTAACCTTAGATACTGCTTTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACATGACTAGATTAGAAGCAAAAATCTAACCTTAGATACTGCTTTAC  100

seq1  AATGACGTATCCACGCCAAATATTTTTACATCCAAAATAGTGGATGCAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACGTATCCACGCCAAATATTTTTACATCCAAAATAGTGGATGCAAA  150

seq1  CTAAAAGGGAAACCAAATTTGGGGATAAAATTCTATGGCCATTTTAGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAGGGAAACCAAATTTGGGGATAAAATTCTATGGCCATTTTAGTAT  200

seq1  AAGCCTTGCTGGTTCAATTTACAACAGAATAGCACAGCTCAAATGCCCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTTGCTGGTTCAATTTACAACAGAATAGCACAGCTCAAATGCCCCA  250

seq1  CTCCTCCCTAATTAGGCACAGTCCTTTTGAGATGTCTGTCCCTAAGAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCCTAATTAGGCACAGTCCTTTTGAGATGTCTGTCCCTAAGAACA  300

seq1  AGGCGAGTATCCTCAGGTAATATCTAATTAGCATGTCTCTTTTTGTGGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCGAGTATCCTCAGGTAATATCTAATTAGCATGTCTCTTTTTGTGGCA  350

seq1  GTTTAATGGGACTTTTGCTTCCTCTCTTCAATTCTGCTTTGTAGACTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAATGGGACTTTTGCTTCCTCTCTTCAATTCTGCTTTGTAGACTCTT  400

seq1  AACTCCCTGCCCCATAGGGAAGACAGAGTTTCCTTGACCCTTTGAGCACG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCCTGCCCCATAGGGAAGACAGAGTTTCCTTGACCCTTTGAGCACG  450

seq1  TCCTGCCTCTCTGCAGCTGGCCCTAGGAATCAGCTTCAGTTTGGGGGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCCTCTCTGCAGCTGGCCCTAGGAATCAGCTTCAGTTTGGGGGTGG  500

seq1  TTGGGCTGGGCCTGGACCCCTTCCCACGCTGCAGGAGCAGTGAATGCCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCTGGGCCTGGACCCCTTCCCACGCTGCAGGAGCAGTGAATGCCCA  550

seq1  TAGAGGAGGATGTGGCTGCAGGGCTGAGATCAGGGAGAAACATCTGCTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGAGGATGTGGCTGCAGGGCTGAGATCAGGGAGAAACATCTGCTAG  600

seq1  AGCATCATGTGTTTATAATTAAAAGTTGGAAATAACTTGAGTGTGTAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCATGTGTTTATAATTAAAAGTTGGAAATAACTTGAGTGTGTAGAA  650

seq1  ATCACTGCTAAGTCTGTAGTGGCCACTCAAAATTACTGTAGGGGTTTGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTGCTAAGTCTGTAGTGGCCACTCAAAATTACTGTAGGGGTTTGAA  700

seq1  GGACAATTTATGGCATGAAAAAAAAAAGTCTGACTATACTATATTTTACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAATTTATGGCATGAAAAAAAAAAGTCTGACTATACTATATTTTACT  750

seq1  ATTAAGTAAAAAAATACATATGTATTCATAGTTCTACTCTGATAAAATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGTAAAAAAATACATATGTATTCATAGTTCTACTCTGATAAAATTA  800

seq1  TTCTTTCTCTATCTCCTTATACATATGTATGTTAAAACCACACCTCACTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCTCTATCTCCTTATACATATGTATGTTAAAACCACACCTCACTC  850

seq1  TGTGGCCCACACTGGCCTTTAACTCCTGTTCACTCTCAAGTGCAGGGGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCCCACACTGGCCTTTAACTCCTGTTCACTCTCAAGTGCAGGGGAA  900

seq1  ACAGTATATTCACACCCACCTACTCACACTCTCCCGACTCCAGGAAAACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTATATTCACACCCACCTACTCACACTCTCCCGACTCCAGGAAAACT  950

seq1  AGTAAGTTCACAATTTTATAAGAGCAAGTTTATGGTCAAGAGCAAAAGAG  1000
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  AGTAAG-TCACAATTTTATAAGAGCAAGTTTATGGTC-AGAGC-AAAGAG  997

seq1  AACATTTTACAAAGGGGAGAAGGCCGAGGACGTACTTAAGCTTCTGCAAC  1050
       |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  -ACATTTTACAAAGGGGAGAAGGCCGA-GACGTACTTAAGCTTCTGCAAC  1045

seq1  AAGGGCCGTGACTTCAGGAATTACATA-TGACTAAGGGGTCCGTGGGATC  1099
       ||||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||||||  |||||
seq2  -AGGGCCGTGACTTCAGG-ATTACATATTGACTAA--GGTCCGGTGGATC  1091

seq1  TACTTCATAGTATTCA-GTCATTTCTCTAAGACTTAGGTGAGCTTTTACC  1148
      ||||||| |||||||| |||| ||||||||||  || |||||||||    
seq2  TACTTCA-AGTATTCAGGTCA-TTCTCTAAGAACTAAGTGAGCTTT---A  1136

seq1  CCAAGGTCTTAAAGGAATCTACATATGCACTAACATCCTTACGAGTATTT  1198
      ||||||||||||||| |||||||  |||||| ||   |||||||| || |
seq2  CCAAGGTCTTAAAGGGATCTACAATTGCACTTAC--TCTTACGAG-ATAT  1183

seq1  CAGTTT  1204
      ||||||
seq2  CAGTTT  1189

seq1: chr2_60808011_60808700
seq2: B6Ng01-116D20.g_68_757 (reverse)

seq1  GGGTGGTTCTGGCTCAAGGTCTCTCATGAGATCAATGGCATCTCTTGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGTTCTGGCTCAAGGTCTCTCATGAGATCAATGGCATCTCTTGGAG  50

seq1  AAGCCACCTGAAAGCTTGCCTGGAGCTGAAGGATCCAGTTCCAGTCAGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCACCTGAAAGCTTGCCTGGAGCTGAAGGATCCAGTTCCAGTCAGTT  100

seq1  GACTGATAGCCTGTTGTATGTGTGCATATTTGTGGAAATACTCACGACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGATAGCCTGTTGTATGTGTGCATATTTGTGGAAATACTCACGACAG  150

seq1  GACAGCTAGCTGCTTCAAAAGTGATTGAGGAACAGGGAAGGGGCCTGTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCTAGCTGCTTCAAAAGTGATTGAGGAACAGGGAAGGGGCCTGTGC  200

seq1  ACATGGCTAACCAAGACAGAAGCTGGACTTTCTCTCTACAGCCTCATCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGCTAACCAAGACAGAAGCTGGACTTTCTCTCTACAGCCTCATCTC  250

seq1  AGAAGTGAAATACACTCAACTCTGCCTATTCTATGGGAGATAATATGTCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTGAAATACACTCAACTCTGCCTATTCTATGGGAGATAATATGTCG  300

seq1  AGGGACTGACTATGCAGGAAGGAGGTAGGATATTCGAGGCTGCGTTGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACTGACTATGCAGGAAGGAGGTAGGATATTCGAGGCTGCGTTGGAG  350

seq1  GTTCACTGCCATGACAATGTGTGCTGAATAGGCTTCCATTACCTAATTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACTGCCATGACAATGTGTGCTGAATAGGCTTCCATTACCTAATTGC  400

seq1  TTCACTCACCCTACCTGTTCATTCAGTAAACACCATATGCCACATGGATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTCACCCTACCTGTTCATTCAGTAAACACCATATGCCACATGGATG  450

seq1  CTGATTCAAGGGGGTTACCCACCAGGCAATTGGTCCTCACTCCCTTCTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTCAAGGGGGTTACCCACCAGGCAATTGGTCCTCACTCCCTTCTTC  500

seq1  CCCTACTGAGACTTTGGAAACTAGAAGTTTGTTTTTTCTATTTGAGTTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACTGAGACTTTGGAAACTAGAAGTTTGTTTTTTCTATTTGAGTTAC  550

seq1  TAATTGTGAATATTTCACTCAAATGTAATCATATATCACATGACCTTGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTGAATATTTCACTCAAATGTAATCATATATCACATGACCTTGCT  600

seq1  GTCAGTGCCCTTTCATTTGCATGCTGTTTTGCTGGCTCATCCACAATATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTGCCCTTTCATTTGCATGCTGTTTTGCTGGCTCATCCACAATATA  650

seq1  GTGTCCATGCTTTATTCTTTCTGATTGATGAAGAGAATTC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCATGCTTTATTCTTTCTGATTGATGAAGAGAATTC  690