BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-116N06
Chromosome2 (Build37)
Map Location 56,356,444 - 56,520,044
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneKcnj3
Downstream geneLOC227920, Nr4a2, LOC100041900, LOC100042910, Gpd2, LOC271788
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-116N06.bB6Ng01-116N06.g
ACCDH921730DH921731
length1,1971,133
definitionDH921730|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116N06, 5' end.DH921731|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116N06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,518,828 - 56,520,044)(56,356,444 - 56,357,589)
sequence
gaattcctttctcttcaaacatcattgttccagcctggcactagggactt
tcttcctccactaaatttaagaatgcccacatcagtaaacatatttctgt
gtggtgctgtacttaaaattattgtatataaaattttattttaaaaaact
tttagggcataaattcatatatgcacatacacatgtctatcttacatcta
tttattttttatcagctttcaaactcattatccatctttcccattgtctg
tctgtatatgtatgtatgtatctctgtatttctatatctatctatctatc
tatctatctatctatctatctatctatctatctatcatctatcatctctc
tttattatctacctattatcatatgtgtgaatgtgtatacactcatgtac
atctatatgtgtctctctctctctgtataattacaattttttcttagtag
tgcattgtagtttttttaaatacctacaagtttacaaaccttattttcca
ttgtttttcaatactctgttttacagctagttttctaagtttgactattg
tttatctctttcatggcattgatgtctgagataaggtttcaatctctttg
tgttggtttcttcattcacagaatgcagacattaatgttgttagattgat
aggaaaagaaatgttactaccagcagaacatttagcaccacccagggatc
cacttgaatgctcagtgaggactaggtgtttttgttgttaaactgtatca
tcatcaccatcatttgttgctaccaccctcatcatttttgcaatcactat
cagctaatacttccaccttcagtaccatcactgtgtcattcattacattt
tgatctaaatttagctgtatactttgacaattatatctttgtaagatctt
tttgttctatttctttagaatagaattaaaacacagaataagttcattat
agaggagattttgacatagatttagaatgtaccaccctatgttgaatgtt
tttcctttccagtttctttgttttccaatgcatgtgctggtaatgtcttg
tttgattggtgtgttctctattcttccttatagccctttagagtgtctgc
atccattcctagctatagctggcagctttgtcatgtgttcagagttactt
ggagcacatcataaatctcaatgctttgttagtcaccactcaaggaa
gaattccaggtatattccaggagatgaaatattagagagaaaatggaaga
agtatccttttgcaaaaggagattgttcagactgctggaacagtgtaaaa
ccaaacatcaggaagccaactggaaagataactgttagcaagcacacttt
gttaatatataagagagggatgctagcattaagacaaacaacatcctaaa
attgctcagaaaccaaaagataaccagcaaatgagaactggaatcctacc
catttgtatgttgtgctgcacaaatatacatgcaggcataacactcatat
acgtatatgtaaaataagagaaaaatctttaaagggatcaatataatgca
ctaataactagttttaaattttcagctatgatgacaagagacttctggac
aatgttttccaagaccagtttgtaaaggttctttatcaaaccatccacga
ttccctcttaaaattcatttctcaaaaattcctaacttttgttaatcttc
aagtgttttttattaagaggatatgcattagcttcatttattatatacaa
cttttgtgataagactgccttcatttttctagaaaaaaaaaagatcctaa
aaattgtttaatgtagagaaatatccaacctaaatagtgaaaatgtacac
cataattttgctgcacttagtcttctctgcatttcccctgtttcttaaac
aactctcttgtcagataacatataatataaaaagcagataaggaaaacag
gcattcacatatacttctgaagtattactgagactctcctgttggtagtg
gatagccagtcacaggcattttaactacagtagcagaataaatatttgtt
cctatagtaatagcaaaaaaagaaaataaagaagaacagtaaatgttaac
atgggaacataagatcaacaaaaattagcaaaaagtaatgaataaacttt
tcaaaattaatatctaatgccttccacttatgggaagtaataaatgtcta
taaaattctgttatagttcattaaatccatgccaactaattaactatatg
gaactcttaaggtccaataacatgtgcataaatatttattatatccctat
gttgcaagcaataataaatcccatttatttgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_56518828_56520044
seq2: B6Ng01-116N06.b_52_1248 (reverse)

seq1  TTCCTTTGAGTGGTTGAACATTAACAAAGCATTTTGAGATTTTAATGACT  50
      |||| |||||||||     | ||||||||||  |||||||||  |||| |
seq2  TTCC-TTGAGTGGT----GACTAACAAAGCA--TTGAGATTT--ATGA-T  40

seq1  GTGCT-CAAGTAACCTCCTGGAACACTAGACAAAGCTGCCAGCTATAGCT  99
      ||||| ||||||| |||   ||||||  ||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCCAAGTAA-CTC--TGAACACATGACAAAGCTGCCAGCTATAGCT  87

seq1  AGAGATGGATTGCAGACACCTCTAAAGGGCTAATACAGATAGAATAGAGA  149
      ||  ||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||  ||||||||||
seq2  AGGAATGGA-TGCAGACA-CTCTAAAGGGCT-ATA-AGGAAGAATAGAGA  133

seq1  ACCACACCAATCAAACAAGACATTACCAGCACATGCATTGGAAAACAAAG  199
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-CACACCAATCAAACAAGACATTACCAGCACATGCATTGGAAAACAAAG  182

seq1  AAACTGGAAAGGAAAAAACATTCAACATAGGGTGGTACATTTCTAAATCT  249
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAACTGGAAAGG-AAAAACATTCAACATAGGGTGGTACA-TTCTAAATCT  230

seq1  ATGTCAAAATCTCCTCTATAATGAACTTATTCTGTGTTTTTAATTCTATT  299
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATGTCAAAATCTCCTCTATAATGAACTTATTCTGTG-TTTTAATTCTATT  279

seq1  CTAAAGAAATAGAACAAAAAGATCTTACAAAGATATAATTGTCAAAGTAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGAAATAGAACAAAAAGATCTTACAAAGATATAATTGTCAAAGTAT  329

seq1  ACAGCTAAATTTAGATCAAAATGTAATGAATGACACAGTGATGGTACTGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTAAATTTAGATCAAAATGTAATGAATGACACAGTGATGGTACTGA  379

seq1  AGGTGGAAGTATTAGCTGATAGTGATTGCAAAAATGATGAGGGTGGTAGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGAAGTATTAGCTGATAGTGATTGCAAAAATGATGAGGGTGGTAGC  429

seq1  AACAAATGATGGTGATGATGATACAGTTTAACAACAAAAACACCTAGTCC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATGATGGTGATGATGATACAGTTTAACAACAAAAACACCTAGTCC  479

seq1  TCACTGAGCATTCAAGTGGATCCCTGGGTGGTGCTAAATGTTCTGCTGGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGAGCATTCAAGTGGATCCCTGGGTGGTGCTAAATGTTCTGCTGGT  529

seq1  AGTAACATTTCTTTTCCTATCAATCTAACAACATTAATGTCTGCATTCTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAACATTTCTTTTCCTATCAATCTAACAACATTAATGTCTGCATTCTG  579

seq1  TGAATGAAGAAACCAACACAAAGAGATTGAAACCTTATCTCAGACATCAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGAAGAAACCAACACAAAGAGATTGAAACCTTATCTCAGACATCAA  629

seq1  TGCCATGAAAGAGATAAACAATAGTCAAACTTAGAAAACTAGCTGTAAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATGAAAGAGATAAACAATAGTCAAACTTAGAAAACTAGCTGTAAAA  679

seq1  CAGAGTATTGAAAAACAATGGAAAATAAGGTTTGTAAACTTGTAGGTATT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTATTGAAAAACAATGGAAAATAAGGTTTGTAAACTTGTAGGTATT  729

seq1  TAAAAAAACTACAATGCACTACTAAGAAAAAATTGTAATTATACAGAGAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAACTACAATGCACTACTAAGAAAAAATTGTAATTATACAGAGAG  779

seq1  AGAGAGACACATATAGATGTACATGAGTGTATACACATTCACACATATGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGACACATATAGATGTACATGAGTGTATACACATTCACACATATGA  829

seq1  TAATAGGTAGATAATAAAGAGAGATGATAGATGATAGATAGATAGATAGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGGTAGATAATAAAGAGAGATGATAGATGATAGATAGATAGATAGA  879

seq1  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATATAGAAATACAGAGATA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATATAGAAATACAGAGATA  929

seq1  CATACATACATATACAGACAGACAATGGGAAAGATGGATAATGAGTTTGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATACATATACAGACAGACAATGGGAAAGATGGATAATGAGTTTGA  979

seq1  AAGCTGATAAAAAATAAATAGATGTAAGATAGACATGTGTATGTGCATAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGATAAAAAATAAATAGATGTAAGATAGACATGTGTATGTGCATAT  1029

seq1  ATGAATTTATGCCCTAAAAGTTTTTTAAAATAAAATTTTATATACAATAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTTATGCCCTAAAAGTTTTTTAAAATAAAATTTTATATACAATAA  1079

seq1  TTTTAAGTACAGCACCACACAGAAATATGTTTACTGATGTGGGCATTCTT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAGTACAGCACCACACAGAAATATGTTTACTGATGTGGGCATTCTT  1129

seq1  AAATTTAGTGGAGGAAGAAAGTCCCTAGTGCCAGGCTGGAACAATGATGT  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTAGTGGAGGAAGAAAGTCCCTAGTGCCAGGCTGGAACAATGATGT  1179

seq1  TTGAAGAGAAAGGAATTC  1217
      ||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGAGAAAGGAATTC  1197

seq1: chr2_56356444_56357589
seq2: B6Ng01-116N06.g_69_1201

seq1  GAATTCCAGGTATATTCCAGGAGATGAAATATTAGAGAGAAAATGGAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGTATATTCCAGGAGATGAAATATTAGAGAGAAAATGGAAGA  50

seq1  AGTATCCTTTTGCAAAAGGAGATTGTTCAGACTGCTGGAACAGTGTAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCCTTTTGCAAAAGGAGATTGTTCAGACTGCTGGAACAGTGTAAAA  100

seq1  CCAAACATCAGGAAGCCAACTGGAAAGATAACTGTTAGCAAGCACACTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACATCAGGAAGCCAACTGGAAAGATAACTGTTAGCAAGCACACTTT  150

seq1  GTTAATATATAAGAGAGGGATGCTAGCATTAAGACAAACAACATCCTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATATATAAGAGAGGGATGCTAGCATTAAGACAAACAACATCCTAAA  200

seq1  ATTGCTCAGAAACCAAAAGATAACCAGCAAATGAGAACTGGAATCCTACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTCAGAAACCAAAAGATAACCAGCAAATGAGAACTGGAATCCTACC  250

seq1  CATTTGTATGTTGTGCTGCACAAATATACATGCAGGCATAACACTCATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGTATGTTGTGCTGCACAAATATACATGCAGGCATAACACTCATAT  300

seq1  ACGTATATGTAAAATAAGAGAAAAATCTTTAAAGGGATCAATATAATGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTATATGTAAAATAAGAGAAAAATCTTTAAAGGGATCAATATAATGCA  350

seq1  CTAATAACTAGTTTTAAATTTTCAGCTATGATGACAAGAGACTTCTGGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAACTAGTTTTAAATTTTCAGCTATGATGACAAGAGACTTCTGGAC  400

seq1  AATGTTTTCCAAGACCAGTTTGTAAAGGTTCTTTATCAAACCATCCACGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTTCCAAGACCAGTTTGTAAAGGTTCTTTATCAAACCATCCACGA  450

seq1  TTCCCTCTTAAAATTCATTTCTCAAAAATTCCTAACTTTTGTTAATCTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTCTTAAAATTCATTTCTCAAAAATTCCTAACTTTTGTTAATCTTC  500

seq1  AAGTGTTTTTTATTAAGAGGATATGCATTAGCTTCATTTATTATATACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTTTTTTATTAAGAGGATATGCATTAGCTTCATTTATTATATACAA  550

seq1  CTTTTGTGATAAGACTGCCTTCATTTTTCTAGAAAAAAAAAAGATCCTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTGATAAGACTGCCTTCATTTTTCTAGAAAAAAAAAAGATCCTAA  600

seq1  AAATTGTTTAATGTAGAGAAATATCCAACCTAAATAGTGAAAATGTACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGTTTAATGTAGAGAAATATCCAACCTAAATAGTGAAAATGTACAC  650

seq1  CATAATTTTGCTGCACTTAGTCTTCTCTGCATTTCCCCTGTTTCTTAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATTTTGCTGCACTTAGTCTTCTCTGCATTTCCCCTGTTTCTTAAAC  700

seq1  AACTCTCTTGTCAGATAACATATAATATAAAAAGCAGATAAGGAAAACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTCTTGTCAGATAACATATAATATAAAAAGCAGATAAGGAAAACAG  750

seq1  GCATTCACATATACTTCTGAAGTATTACTGAGACTCTCCTGTTGGTAGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCACATATACTTCTGAAGTATTACTGAGACTCTCCTGTTGGTAGTG  800

seq1  GATAGCCAGTCACAGGCATTTTAACTACAGTAGCAGAATAAATATTTGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCCAGTCACAGGCATTTTAACTACAGTAGCAGAATAAATATTTGTT  850

seq1  CCTATAGTAATAGCAAAAAAAGAAAATAAAGAAGAACAGTAAATGTTAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATAGTAATAGCAAAAAAAGAAAATAAAGAAGAACAGTAAATGTTAAC  900

seq1  AT-GGAACATAAGATCAACAAAAATTAGCAAAAAGTAATGAATAAACTTT  949
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAACATAAGATCAACAAAAATTAGCAAAAAGTAATGAATAAACTTT  950

seq1  TCAAAAATTAATATCTAATTGCCTTCCACTTATGGGAAGTAATAAATGTC  999
      || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TC-AAAATTAATATCTAA-TGCCTTCCACTTATGGGAAGTAATAAATGTC  998

seq1  TATAAAATTCTGGTTATAGTTCATTAAATCCAATTGCATACCTATTTAAC  1049
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||  | ||| |||||
seq2  TATAAAATTCT-GTTATAGTTCATTAAATCCA--TGC-CAACTAATTAAC  1044

seq1  TTATATGAAACTCTTAAAAGGGTCCAAATAACATGTGCATAATATTTTAT  1099
       |||||| |||||||||   ||||| ||||||||||||||||   |||||
seq2  -TATATGGAACTCTTAA---GGTCC-AATAACATGTGCATAAATATTTAT  1089

seq1  TATAT-CCTATGTTGCAAAGCATATTAATAAAATCACATTTATTTGTT  1146
      ||||| |||||||||| ||||  | |||| ||||| ||||||||||||
seq2  TATATCCCTATGTTGC-AAGC--AATAAT-AAATCCCATTTATTTGTT  1133