BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-118M11
Chromosome2 (Build37)
Map Location 44,756,601 - 44,873,146
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZeb2
Upstream geneArhgap15, Gtdc1
Downstream geneLOC100042661, LOC100041337, LOC666604
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-118M11.bB6Ng01-118M11.g
ACCDH923169DH923170
length1,1101,190
definitionDH923169|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118M11, 5' end.DH923170|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118M11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,872,027 - 44,873,146)(44,756,601 - 44,757,813)
sequence
gaattcattcagatgcctgaacaaagcttttgtttagagttttacaacaa
gcctcactgtttcccttcaaagactcctccttgttcctatgtttggcatg
cttagaatagtaagcctttctgtaattttcaaatgctaaagataattttc
ccccacagaagaaatgaaggaagattatgatgcaatggggccagaagcca
cgatccagaccacaattaacaatggtacaggtaagttacgttcacatagc
aacatcatgtttgttctgtgtcatgtggttttcctgaatctgataaaaca
cagacacatccatttgcacctccatgattaacaagaagttagacttcaca
ggtctagttttgtttcaattttgaatttgccatatctcttattttattaa
gcaactttgtcttccattcttataccctaactcacctctatagctcggga
attttgagttttatgaatggacattcttacagcatgatttgtatggcttt
ctagttttagcttttactttaaacataatttttatatcataatataatat
gctggccttagctactacttgatatctgtcattgagaattcaagtgatat
gatgaagtacaaattgaaaagtacctttcccaaatccacatttccataaa
ttccttaaaaaattttatcacttaacttctctcagattctctcttcactt
ttaaatctctgcgtctactagaggtatcaagtaatatttctcagacagac
ttttaaacaagaattaaataaaactgatgaataaccactcacgacacagt
aggcagtgttttccttggctctgctgtggctggttaagggtggcattcca
tgttcgcccccaaacagcatctcttctcacagcacaaggtgacatagatt
cactctgtgtgtatccttttctgtatggcactaccttcatgtttcaaaca
tcctccacaccattgtaacaccattacaaatgttagcacagtccccaata
caaagtcattccctaaaataagacagaacaaaatcacatactgtctccat
tcagcgtgccatgaaaaagtgtgcactttaaatgccttcagagtatatta
ttaagatgac
gaattcaaagaagcctggtctatataataagttccaggacagccagagct
acataatatggccctgtcttaagagagagacagagagagtgtgcacatga
gcacaccagtagagcatacatggaaggcaagccagtccttcctccacagt
tactcacattccttccctgatagcactctatgatcattgtgacctgaaag
tataagacaatctctttcctctccaagttgcttttaatcatgatgtttat
catagcaacagaaaagcaaactaatacaatatatcttcaagaaaattaac
agtgagttctcatgttatttttctaaatagtaatttcaaatataacagat
cttataacctgaatacgaaattaaaccttattcataaactgaagacctag
acatagaaagcttcttttcaaaaccacatgtgccaccaataatcacttct
ttttggagcaaatataagtcttgtatgtcaaggcccttaaactgtaacct
ccaatcactaacaaagacctctggaggccataccgtttttccagaaaaca
tgcctttttatcttttcagtgtcatcataagcacaccatgaatcctcatg
aaatgctgttctgaaagaatgacctcagcaaccaacagcagatataaata
agtacaagacagaacaaaattaagcaatgaaaagtgtcattatctgaagg
aatatttgaaaattggctagctaaccaagcagagctttgctaaataaagc
aaatacatttgctttgtctaatacacctagataaaggtttatgagaactt
aaaaagtcagtcacatagccatgagctcctcctactctacactggagtcc
atctccacccaatatacagttaatgtttaatatctacatataagacattg
agagcttagttcactgcatgccacttcaacagtgcctatcctccatttaa
aaacaaacctgtcctccccaagagtgaaagtagaggacattcataaaagt
gaagagaacgtgtgaattaaaagagaatgtgtgaaaactatcttagactg
cctcatttctcctaactgtgtgaagataatgatgtacttttaattcttcc
aattctactcttctgtagattaccccatcaaaaagtgtcataacgaaatc
aatactgcagccagtagcatacttccagcttagtccattc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_44872027_44873146
seq2: B6Ng01-118M11.b_48_1157 (reverse)

seq1  GTCATCTTAATTAAATATACTTCTGAAGCCATTTTAAAGTGCACACTTTT  50
      |||||||||||  ||||||| ||||||| || |||||||||||||| |||
seq2  GTCATCTTAAT--AATATAC-TCTGAAGGCA-TTTAAAGTGCACAC-TTT  45

seq1  TTCATTGGCACGCTGAATGGAGACAGTTATGTGATTTTTGTTCTTGTCTT  100
      |||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||
seq2  TTCA-TGGCACGCTGAATGGAGACAG-TATGTGA-TTTTGTTC-TGTCTT  91

seq1  ATTTTAGGGAATGACTTTGTATTGGGGACTGTGCTAACATTTGTAATGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAGGGAATGACTTTGTATTGGGGACTGTGCTAACATTTGTAATGGT  141

seq1  GTTACAATGGTGTGGAGGATTGTTTGAAACATGAAGGTAGTGCCATACAG  200
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACAATGGTGTGGAGGA-TGTTTGAAACATGAAGGTAGTGCCATACAG  190

seq1  AAAAGGATACACACAGAGTGAATCTATGTCACCTTGTGCTGTGAGAAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGATACACACAGAGTGAATCTATGTCACCTTGTGCTGTGAGAAGAG  240

seq1  ATGCTGTTTGGGGGCGAACATGGAATGCCACCCTTAACCAGCCACAGCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTTTGGGGGCGAACATGGAATGCCACCCTTAACCAGCCACAGCAG  290

seq1  AGCCAAGGAAAACACTGCCTACTGTGTCCTGAGTGGTTATTCATCAGTTT  350
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAGGAAAACACTGCCTACTGTGTCGTGAGTGGTTATTCATCAGTTT  340

seq1  TATTTAATTCTTGTTTAAAAGTCTGTCTGAGAAATATTACTTGATACCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAATTCTTGTTTAAAAGTCTGTCTGAGAAATATTACTTGATACCTC  390

seq1  TAGTAGACGCAGAGATTTAAAAGTGAAGAGAGAATCTGAGAGAAGTTAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGACGCAGAGATTTAAAAGTGAAGAGAGAATCTGAGAGAAGTTAAG  440

seq1  TGATAAAATTTTTTAAGGAATTTATGGAAATGTGGATTTGGGAAAGGTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAAAATTTTTTAAGGAATTTATGGAAATGTGGATTTGGGAAAGGTAC  490

seq1  TTTTCAATTTGTACTTCATCATATCACTTGAATTCTCAATGACAGATATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAATTTGTACTTCATCATATCACTTGAATTCTCAATGACAGATATC  540

seq1  AAGTAGTAGCTAAGGCCAGCATATTATATTATGATATAAAAATTATGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGTAGCTAAGGCCAGCATATTATATTATGATATAAAAATTATGTTT  590

seq1  AAAGTAAAAGCTAAAACTAGAAAGCCATACAAATCATGCTGTAAGAATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAAAAGCTAAAACTAGAAAGCCATACAAATCATGCTGTAAGAATGT  640

seq1  CCATTCATAAAACTCAAAATTCCCGAGCTATAGAGGTGAGTTAGGGTATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCATAAAACTCAAAATTCCCGAGCTATAGAGGTGAGTTAGGGTATA  690

seq1  AGAATGGAAGACAAAGTTGCTTAATAAAATAAGAGATATGGCAAATTCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGGAAGACAAAGTTGCTTAATAAAATAAGAGATATGGCAAATTCAA  740

seq1  AATTGAAACAAAACTAGACCTGTGAAGTCTAACTTCTTGTTAATCATGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAAACAAAACTAGACCTGTGAAGTCTAACTTCTTGTTAATCATGGA  790

seq1  GGTGCAAATGGATGTGTCTGTGTTTTATCAGATTCAGGAAAACCACATGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCAAATGGATGTGTCTGTGTTTTATCAGATTCAGGAAAACCACATGA  840

seq1  CACAGAACAAACATGATGTTGCTATGTGAACGTAACTTACCTGTACCATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAACAAACATGATGTTGCTATGTGAACGTAACTTACCTGTACCATT  890

seq1  GTTAATTGTGGTCTGGATCGTGGCTTCTGGCCCCATTGCATCATAATCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATTGTGGTCTGGATCGTGGCTTCTGGCCCCATTGCATCATAATCTT  940

seq1  CCTTCATTTCTTCTGTGGGGGAAAATTATCTTTAGCATTTGAAAATTACA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCATTTCTTCTGTGGGGGAAAATTATCTTTAGCATTTGAAAATTACA  990

seq1  GAAAGGCTTACTATTCTAAGCATGCCAAACATAGGAACAAGGAGGAGTCT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGCTTACTATTCTAAGCATGCCAAACATAGGAACAAGGAGGAGTCT  1040

seq1  TTGAAGGGAAACAGTGAGGCTTGTTGTAAAACTCTAAACAAAAGCTTTGT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGGGAAACAGTGAGGCTTGTTGTAAAACTCTAAACAAAAGCTTTGT  1090

seq1  TCAGGCATCTGAATGAATTC  1120
      ||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCATCTGAATGAATTC  1110

seq1: chr2_44756601_44757813
seq2: B6Ng01-118M11.g_68_1257

seq1  GAATTCAAAGAAGCCTGGTCTATATAATAAGTTCCAGGACAGCCAGAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGAAGCCTGGTCTATATAATAAGTTCCAGGACAGCCAGAGCT  50

seq1  ACATAATATGGCCCTGTCTTAAGAGAGAGACAGAGAGAGTGTGCACATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAATATGGCCCTGTCTTAAGAGAGAGACAGAGAGAGTGTGCACATGA  100

seq1  GCACACCAGTAGAGCATACATGGAAGGCAAGCCAGTCCTTCCTCCACAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACCAGTAGAGCATACATGGAAGGCAAGCCAGTCCTTCCTCCACAGT  150

seq1  TACTCACATTCCTTCCCTGATAGCACTCTATGATCATTGTGACCTGAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCACATTCCTTCCCTGATAGCACTCTATGATCATTGTGACCTGAAAG  200

seq1  TATAAGACAATCTCTTTCCTCTCCAAGTTGCTTTTAATCATGATGTTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGACAATCTCTTTCCTCTCCAAGTTGCTTTTAATCATGATGTTTAT  250

seq1  CATAGCAACAGAAAAGCAAACTAATACAATATATCTTCAAGAAAATTAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCAACAGAAAAGCAAACTAATACAATATATCTTCAAGAAAATTAAC  300

seq1  AGTGAGTTCTCATGTTATTTTTCTAAATAGTAATTTCAAATATAACAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGTTCTCATGTTATTTTTCTAAATAGTAATTTCAAATATAACAGAT  350

seq1  CTTATAACCTGAATACGAAATTAAACCTTATTCATAAACTGAAGACCTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAACCTGAATACGAAATTAAACCTTATTCATAAACTGAAGACCTAG  400

seq1  ACATAGAAAGCTTCTTTTCAAAACCACATGTGCCACCAATAATCACTTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGAAAGCTTCTTTTCAAAACCACATGTGCCACCAATAATCACTTCT  450

seq1  TTTTGGAGCAAATATAAGTCTTGTATGTCAAGGCCCTTAAACTGTAACCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGAGCAAATATAAGTCTTGTATGTCAAGGCCCTTAAACTGTAACCT  500

seq1  CCAATCACTAACAAAGACCTCTGGAGGCCATACCGTTTTTCCAGAAAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATCACTAACAAAGACCTCTGGAGGCCATACCGTTTTTCCAGAAAACA  550

seq1  TGCCTTTTTATCTTTTCAGTGTCATCATAAGCACACCATGAATCCTCATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTTTATCTTTTCAGTGTCATCATAAGCACACCATGAATCCTCATG  600

seq1  AAATGCTGTTCTGAAAGAATGACCTCAGCAACCAACAGCAGATATAAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTGTTCTGAAAGAATGACCTCAGCAACCAACAGCAGATATAAATA  650

seq1  AGTACAAGACAGAACAAAATTAAGCAATGAAAAGTGTCATTATCTGAAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACAAGACAGAACAAAATTAAGCAATGAAAAGTGTCATTATCTGAAGG  700

seq1  AATATTTGAAAATTGGCTAGCTAACCAAGCAGAGCTTTGCTAAATAAAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTGAAAATTGGCTAGCTAACCAAGCAGAGCTTTGCTAAATAAAGC  750

seq1  AAATACATTTGCTTTGTCTAATACACCTAGATAAAGGTTTATGAGAACTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACATTTGCTTTGTCTAATACACCTAGATAAAGGTTTATGAGAACTT  800

seq1  AAAAAGTCAGTCACATAGCCATGAGCTCCTCCTACTCTACACTGGAGTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGTCAGTCACATAGCCATGAGCTCCTCCTACTCTACACTGGAGTCC  850

seq1  ATCTCCACCCAATATACAGTTAATGTTTAATATCTACATATAAGACATTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCACCCAATATACAGTTAATGTTTAATATCTACATATAAGACATTG  900

seq1  AGAGCTTAAGTTCACTGCATGCCACTTCAACAGTGCCTATCCTCCATTTA  950
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTT-AGTTCACTGCATGCCACTTCAACAGTGCCTATCCTCCATTTA  949

seq1  AAAACAAACCTGTCCTCCCCAAGAAGTGAAAGTAGAGGACATTCATAAAA  1000
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAACCTGTCCTCCCCAAG-AGTGAAAGTAGAGGACATTCATAAAA  998

seq1  GTTGAAAGAGAAAGGTGTGAATTAAAAGAGAATGTGTGGAACACTATCTT  1050
      ||   ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
seq2  GT--GAAGAG-AACGTGTGAATTAAAAGAGAATGTGT-GAAAACTATCTT  1044

seq1  AGACTG-CTCATTTCTCCTTACTGTGTGAAGATTAAATGAGTGTACTTTT  1099
      |||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||| |||
seq2  AGACTGCCTCATTTCTCCTAACTGTGTGAAGAT--AATGA-TGTAC-TTT  1090

seq1  TATTTCTTCCAATTCTACTCTTCTGTAGATTTACACCCATTCACAAAAGT  1149
      || ||||||||||||||||||||||||||||   ||||  ||| ||||||
seq2  TAATTCTTCCAATTCTACTCTTCTGTAGATT---ACCCCATCA-AAAAGT  1136

seq1  GTCATTAACAGAAACCAAATACCTGCAAGCAGGTAGCATACTTTCACAAA  1199
      |||| |||| |||| | |||| |||| |||  ||||||||||| ||    
seq2  GTCA-TAAC-GAAATC-AATA-CTGC-AGCCAGTAGCATACTTCCA----  1177

seq1  CTCTTAGTCCATTC  1213
        ||||||||||||
seq2  -GCTTAGTCCATTC  1190