BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-120K07
Chromosome2 (Build37)
Map Location 177,085,240 - 177,106,920
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC668030, LOC627914, LOC100039093, LOC668039, LOC100039109, LOC100043381, LOC100043387, LOC100039123, LOC626877, LOC100039156, LOC100039166, 6230416C02Rik, LOC635470, LOC100043403, LOC100039198, LOC100043406
Downstream geneLOC668066, LOC621442, LOC628308, OTTMUSG00000016571, LOC100039233, LOC626802, LOC329575, LOC433515, LOC665205, OTTMUSG00000016327, LOC100039263, LOC626848, 2810021G02Rik, Phactr3, Sycp2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-120K07.bB6Ng01-120K07.g
ACCDH924537DH924538
length1,1481,013
definitionDH924537|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-120K07, 5' end.DH924538|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-120K07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(177,085,240 - 177,086,405)(177,105,901 - 177,106,920)
sequence
gaattcctaagacattgtggctaaggcaatatcatcataacctcaagttc
ctgaacaagaaactgtaagttttgatggattccctggtgaattttggtct
tgtttgttctgttcattgtttataatgctctgattctttctggtaaggct
tcttttgtgacattgtgtgttgaaagcataataggctctctttaggatat
ggtagtcatgttagataaacaggtgttttcacgtttgaggaaacagatgg
tagttaaattaatatggctcccatagactcataggtttgtatacatgttt
cctagtttgtggaactgtttgggaaggaacacaggtctgccttttttgga
agaggtgcaacacttgggtgcattttcaggctttaatctcttctgaaccc
gtccatattgcaagctcccactttcgtggagttcaaaatatgagttctca
cctttcccttgatttacagctaagaccttgtaatccaagaggaactttcc
agatgcatttatgtccaacatttttataatttatggatgattctggatga
ctatgaggtaagaatgcccttcaatatctcagcttttacatttgaccatc
ttcagaaaagaatttaacttaactttcataggagtaggcaaacttatgtg
taaatgtgtctagattccctgagtaaaatctcaatactcccacacttgaa
gaaaggcgttgctttggaaatggctcctgtgctctccttactcatcacag
gaagaatcttttgcagtgttctgtcttgtctgctgtgctaggtattcttg
tcagtcaaattgaccacatctggaattagctgaaacagaaagagttgggt
actgtgaggtatttttcttaattatagttttcaatctgggaaaagtattt
ttaatctgggtcttttgtggtgataagattcaccttgaatccatattggt
ctttcaacatatactttgtgtttatggaaacattaaatttacttactcaa
caattatgtctctctctgactcaaatctgtgtatttgctacctctagatc
agaagtgtttgtgttcatttaattgccagctcattcactagcataagacc
tccaggggtttgaatgagaaatcattgcataaacttatatgttggaat
gaattcttttgtaatttcacaaaatgtattaaataatacatgtgattaaa
taaaatagattggtgggtgcttaattagtgcaagttttcttgagccagtg
ataatgaatttctgttttaggatctgtactatatagatattatgtatcag
aaatgtaaaacacatgctattagctgtagctgtgtgtgtcacattataga
tctcagtagttaacaaagcacataggaacaaggtcaaacactatcttatt
aatatcattccttcaaccaagaaaggtttgatctttttcaaatcagtaca
gtgatatattttcccaatatagctgtgggtttgttgttgttatgtttgtt
ttagcaaaccactgaggacaatgagctgattaacaagagtgcttcacagt
gtctgacatgtgtcctgcttttctctgagccttcgctcatagccattagg
tggaaagtgcttgcagtttaccctaacccagcctgaagccacaaaacaaa
atcttatgtcctaaaatctctcttcagttgctaatattctggcactgacc
ccctgtggactgtttggcaactccagtgtcagctgattgttggggtatgc
aagctatccagcttgattccaggaggaagaaggggaagtgctggaattgg
agctcaagcaagctccaaactttcaaagcagtgaacccaggctcactgcc
cagaaaggggagaggcaggcacttaggcagcaaggatcaggaactttagc
ctctcccaagggcttggtgaaggaacagactgttggaggaaacactctgg
tgctactgaacttcaaatctgcagatctggaaaaggattggcccaggctg
gaagcactctgctgtgtcccttcagcacactctaaccctaaggtgtgctc
atgtcaatagactcaatagccatcagagcctccacaaggagttgccagtc
agagtggcagtgactctttcagagactagcctgcatgtcctctgttaact
caactgatctcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_177085240_177086405
seq2: B6Ng01-120K07.b_49_1196

seq1  GAATTCCTAAGACATTGTGGCTAAGGCAATATCATCATAACCTCAAGTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAAGACATTGTGGCTAAGGCAATATCATCATAACCTCAAGTTC  50

seq1  CTGAACAAGAAACTGTAAGTTTTGATGGATTCCCTGGTGAATTTTGGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACAAGAAACTGTAAGTTTTGATGGATTCCCTGGTGAATTTTGGTCT  100

seq1  TGTTTGTTCTGTTCATTGTTTATAATGCTCTGATTCTTTCTGGTAAGGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTTCTGTTCATTGTTTATAATGCTCTGATTCTTTCTGGTAAGGCT  150

seq1  TCTTTTGTGACATTGTGTGTTGAAAGCATAATAGGCTCTCTTTAGGATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTGTGACATTGTGTGTTGAAAGCATAATAGGCTCTCTTTAGGATAT  200

seq1  GGTAGTCATGTTAGATAAACAGGTGTTTTCACGTTTGAGGAAACAGATGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGTCATGTTAGATAAACAGGTGTTTTCACGTTTGAGGAAACAGATGG  250

seq1  TAGTTAAATTAATATGGCTCCCATAGACTCATAGGTTTGTATACATGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAAATTAATATGGCTCCCATAGACTCATAGGTTTGTATACATGTTT  300

seq1  CCTAGTTTGTGGAACTGTTTGGGAAGGAACACAGGTCTGCCTTTTTTGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTTTGTGGAACTGTTTGGGAAGGAACACAGGTCTGCCTTTTTTGGA  350

seq1  AGAGGTGCAACACTTGGGTGCATTTTCAGGCTTTAATCTCTTCTGAACCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTGCAACACTTGGGTGCATTTTCAGGCTTTAATCTCTTCTGAACCC  400

seq1  GTCCATATTGCAAGCTCCCACTTTCGTGGAGTTCAAAATATGAGTTCTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATATTGCAAGCTCCCACTTTCGTGGAGTTCAAAATATGAGTTCTCA  450

seq1  CCTTTCCCTTGATTTACAGCTAAGACCTTGTAATCCAAGAGGAACTTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCCTTGATTTACAGCTAAGACCTTGTAATCCAAGAGGAACTTTCC  500

seq1  AGATGCATTTATGTCCAACATTTTTATAATTTATGGATGATTCTGGATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCATTTATGTCCAACATTTTTATAATTTATGGATGATTCTGGATGA  550

seq1  CTATGAGGTAAGAATGCCCTTCAATATCTCAGCTTTTACATTTGACCATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAGGTAAGAATGCCCTTCAATATCTCAGCTTTTACATTTGACCATC  600

seq1  TTCAGAAAAGAATTTAACTTAACTTTCATAGGAGTAGGCAAACTTATGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAAAAGAATTTAACTTAACTTTCATAGGAGTAGGCAAACTTATGTG  650

seq1  TAAATGTGTCTAGATTCCCTGAGTAAAATCTCAATACTCCCACACTTGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTGTCTAGATTCCCTGAGTAAAATCTCAATACTCCCACACTTGAA  700

seq1  GAAAGGCGTTGCTTTGGAAATGGCTCCTGTGCTCTCCTTACTCATCACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGCGTTGCTTTGGAAATGGCTCCTGTGCTCTCCTTACTCATCACAG  750

seq1  GAAGAATCTTTTGCAGGTGTTCTGTCTTGTCTGCTGTGCTAGGTATTCTT  800
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAATCTTTTGCA-GTGTTCTGTCTTGTCTGCTGTGCTAGGTATTCTT  799

seq1  GTCAGTCAAATTGACCACATCTGGAATTAGCTGAAACAGAAAGAGTTGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTCAAATTGACCACATCTGGAATTAGCTGAAACAGAAAGAGTTGGG  849

seq1  TACTGTGAGGTATTTTTCTTAATTATAGTTTTCAATCTGGGAAAAGTATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTGAGGTATTTTTCTTAATTATAGTTTTCAATCTGGGAAAAGTATT  899

seq1  TTTAATCTGGGTCTTTTGTGGTGATAAGATTCACCTTGAATCCATAATTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTTAATCTGGGTCTTTTGTGGTGATAAGATTCACCTTGAATCCAT-ATTG  948

seq1  GTCTTTCAAACATATACTTTGTGTTTATGGAAACATTAAATTTACTTTAC  1000
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTCTTTC-AACATATACTTTGTGTTTATGGAAACATTAAATTTAC-TTAC  996

seq1  TCAACCAATTATTGTCTCCTCTTCTTGACTCCAAATCTGTGTATTTGCTA  1050
      |||| |||||| ||||| ||||   ||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCAA-CAATTA-TGTCT-CTCT--CTGACT-CAAATCTGTGTATTTGCTA  1040

seq1  CCTCTAAGGATCAAGAAGTGTTTGTTGTTCATTTAGTGGCAGGCTCAATT  1100
      ||||||  |||| ||||||||||| |||||||||| | ||  |||| |||
seq2  CCTCTA--GATC-AGAAGTGTTTG-TGTTCATTTAATTGCCAGCTC-ATT  1085

seq1  CACTTAGCATAAGGACCTCCAGGGGTTTTGAATGAG-AATCATTGCAATA  1149
      ||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||
seq2  CAC-TAGCATAA-GACCTCCAGGGG-TTTGAATGAGAAATCATTGC-ATA  1131

seq1  CACTTATATGTTTGAAT  1166
       ||||||||||| ||||
seq2  AACTTATATGTTGGAAT  1148

seq1: chr2_177105901_177106920
seq2: B6Ng01-120K07.g_66_1078 (reverse)

seq1  CTGAGATCAGTTGAGTTAAACAGAGGACCATGCAGGCTTAGTCTCTGGAA  50
      ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| ||
seq2  CTGAGATCAGTTGAGTT-AACAGAGGA-CATGCAGGC-TAGTCTCTGAAA  47

seq1  GAGTCACTGCCACTTCTGACTGGCAACTCCTTGTGGAGGCTCTGATGGCT  100
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCACTGCCAC-TCTGACTGGCAACTCCTTGTGGAGGCTCTGATGGCT  96

seq1  ATTGAGTCTTATTGACATGAGCACCACCCTTAGGGTTAGAGTGTGCTGAA  150
      |||||||| |||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGTC-TATTGACATGAGCAC--ACCTTAGGGTTAGAGTGTGCTGAA  143

seq1  GGGACACAGCAGAGTGCTTCCAGCCTGGGCCAATCCTTTTCCAGATCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACACAGCAGAGTGCTTCCAGCCTGGGCCAATCCTTTTCCAGATCTGC  193

seq1  AGATTTGAAGTTCAGTAGCACCAGAGTGTTTCCTCCAACAGTCTGTTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTGAAGTTCAGTAGCACCAGAGTGTTTCCTCCAACAGTCTGTTCCT  243

seq1  TCACCAAGCCCTTGGGAGAGGCTAAAGTTCCTGATCCTTGCTGCCTAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAAGCCCTTGGGAGAGGCTAAAGTTCCTGATCCTTGCTGCCTAAGT  293

seq1  GCCTGCCTCTCCCCTTTCTGGGCAGTGAGCCTGGGTTCACTGCTTTGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCCTCTCCCCTTTCTGGGCAGTGAGCCTGGGTTCACTGCTTTGAAA  343

seq1  GTTTGGAGCTTGCTTGAGCTCCAATTCCAGCACTTCCCCTTCTTCCTCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGAGCTTGCTTGAGCTCCAATTCCAGCACTTCCCCTTCTTCCTCCT  393

seq1  GGAATCAAGCTGGATAGCTTGCATACCCCAACAATCAGCTGACACTGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCAAGCTGGATAGCTTGCATACCCCAACAATCAGCTGACACTGGAG  443

seq1  TTGCCAAACAGTCCACAGGGGGTCAGTGCCAGAATATTAGCAACTGAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAAACAGTCCACAGGGGGTCAGTGCCAGAATATTAGCAACTGAAGA  493

seq1  GAGATTTTAGGACATAAGATTTTGTTTTGTGGCTTCAGGCTGGGTTAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTTTAGGACATAAGATTTTGTTTTGTGGCTTCAGGCTGGGTTAGGG  543

seq1  TAAACTGCAAGCACTTTCCACCTAATGGCTATGAGCGAAGGCTCAGAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTGCAAGCACTTTCCACCTAATGGCTATGAGCGAAGGCTCAGAGAA  593

seq1  AAGCAGGACACATGTCAGACACTGTGAAGCACTCTTGTTAATCAGCTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGACACATGTCAGACACTGTGAAGCACTCTTGTTAATCAGCTCAT  643

seq1  TGTCCTCAGTGGTTTGCTAAAACAAACATAACAACAACAAACCCACAGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTCAGTGGTTTGCTAAAACAAACATAACAACAACAAACCCACAGCT  693

seq1  ATATTGGGAAAATATATCACTGTACTGATTTGAAAAAGATCAAACCTTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGGGAAAATATATCACTGTACTGATTTGAAAAAGATCAAACCTTTC  743

seq1  TTGGTTGAAGGAATGATATTAATAAGATAGTGTTTGACCTTGTTCCTATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTGAAGGAATGATATTAATAAGATAGTGTTTGACCTTGTTCCTATG  793

seq1  TGCTTTGTTAACTACTGAGATCTATAATGTGACACACACAGCTACAGCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGTTAACTACTGAGATCTATAATGTGACACACACAGCTACAGCTA  843

seq1  ATAGCATGTGTTTTACATTTCTGATACATAATATCTATATAGTACAGATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCATGTGTTTTACATTTCTGATACATAATATCTATATAGTACAGATC  893

seq1  CTAAAACAGAAATTCATTATCACTGGCTCAAGAAAACTTGCACTAATTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAACAGAAATTCATTATCACTGGCTCAAGAAAACTTGCACTAATTAA  943

seq1  GCACCCACCAATCTATTTTATTTAATCACATGTATTATTTAATACATTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCACCAATCTATTTTATTTAATCACATGTATTATTTAATACATTTT  993

seq1  GTGAAATTACAAAAGAATTC  1020
      ||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAATTACAAAAGAATTC  1013