BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-128B05
Chromosome2 (Build37)
Map Location 12,323,676 - 12,416,354
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2310047O13Rik
Upstream geneLOC100040898, LOC667211, Pfkfb3, Rbm17, Il2ra, Il15ra, Fbxo18, Ankrd16, EG635919, LOC667247, Itga8
Downstream geneLOC100040837, Pter, C1ql3, Rsu1, Cubn
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-128B05.bB6Ng01-128B05.g
ACCDH930023DH930024
length1,0941,102
definitionDH930023|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128B05, 5' end.DH930024|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128B05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,415,250 - 12,416,354)(12,323,676 - 12,324,793)
sequence
gaattcaaagagctataaagtgtatgccagtctgttggttttaaatgtga
aagacatactggattggaattcaagtcatagatcctgttccctttattta
gtgatgttttgcaaggtaaaaaaataaatgtaaggcctgtgtacttcaag
aatgaacatcaaaatcataaaaatataattgacaaaattgagaaaggttt
tagaactcatatatctgaatagaaactcaaaagagcccaccacaaattct
cactgcacacccactgagtaagagcctaccatgggctctcactatgcatc
caactgagtcagaccccactatggggtctcactgtgcgtccaactgagaa
agaccccactatggggtcttactgtgtgtccaactgagtggctaaaataa
caatttttaagataataagaaacctccaaactggttttcataatgtctct
actagtttacacttctatgaaataatgagacctgttactttatattgctc
cttcccagtgggacagagggtactgaaattataatgagtgttgaacagaa
caacatataaaagggtcagaactgtaacaaactcctgatggggtctcaga
gtggtgcattcaccttgacaaacagtccaagattttgttaaaatacttct
cataaagatatttttatgtctcagtaattcgacttctgtaaataaaccca
acaaacatgagaattgcacacacaaaaacggttatgaatgctcagagtag
tgaaatccctaaaacccaaaatgtccatcagctgatgaatggatgaatta
aatgtggtatatccagacaatggaataaccacaagcaatagaaagaaaac
aaagtattgatacgagatacaacctggatgctatcacctgaatgtacaca
catgattactctggtcgcatctggtggccattgtctctaatcctagcact
cagaagcaaagcaaaaagtcacctggccagtcagactagtacatgtctga
agtgctaaatcaattaatacaaacaaaagtcttgtactaagtaaagaagc
tgataataggcacatctactatacgattgcatgcttgggtgtac
gaattcactactgcaaacaagtgtgcattactaacaagcaaaaaatattt
acaccacaaaagccaatggagataatgctgtacacatgagtaacaatgag
aggggaaaggtttcacatttaaatgttgaggataaaataattctatctaa
cctcatccaagttatactgtttcataaactgcttatgcttcactgtaaag
ctgacataaagagaatactttcaagaggctggcaaaaaaaaatacaaaac
aaatatatatgtatggcttaacagtcagagatggtggggaataaagacaa
gaggaggaccacagctgggaataaagaaagacaggtaaaacagattgtta
tatggaataaatatttcaatgtaagttcagttcaactgttagtatctaag
ataaattcctagattctcagttaataaaatgttttaactatatatgaagt
taaaaacatatttcaagtatggttttatgtcatgtgtatttttaaaatga
ggcactaagtaaactagaaaatcctacatcactttgttttggaggagggc
tcaatctatcatgcccacatagctaacagtgtgctatgacgcccttcctc
ctagagcttgccaacgtgttagcacagaaatgcaccaccactccagagta
agcatatggtatgcatgtgctaaggtaatgctaaatataacacgaatgta
aaatgctaaatgagtgtaaacactttgaatggtttaagtgtccctttctc
aatatgtagtatctcaaaaggagttaatagcatgcttacagccacacagt
acaatttacaaacatttaaaatgagtctaaatgatgctttattatcattc
ttttgaatagcttccatttgtctttaaatgtcattatcaattccaaaatg
aattctttttcgaaaggcatatttaaaggtctgaaaaagaaacactacac
actgtttaaattttaaaattatttctggcaatgtgttattaatttgccag
cacagctgttcttattgtaagaaagggaaaaatgacagtgacactgaaca
ttcagtccaggggaggcacactgtcagtagacagttcatatggatagtga
ta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_12415250_12416354
seq2: B6Ng01-128B05.b_49_1142 (reverse)

seq1  GTACACCCAAGCATGCAATCGTATAGTAGATGTGCCCTATTATCAGCTTC  50
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GTACACCCAAGCATGCAATCGTATAGTAGATGTG-CCTATTATCAGCTTC  49

seq1  TTTTACTTAGTACAAGACTTTTTGTTTTGTATTAATTTGATTTTAGCACT  100
       |||||||||||||||||||||   |||||||||| |||| |||||||| 
seq2  -TTTACTTAGTACAAGACTTTT--GTTTGTATTAA-TTGA-TTTAGCAC-  93

seq1  TTCAGACATGTACTAGTCTTGACTGGCCAGGTGACTTTTTTGCCTTTGCC  150
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||||| |
seq2  TTCAGACATGTACTAGTC-TGACTGGCCAGGTGACTTTTT--GCTTTG-C  139

seq1  TTCTGAGTGCTAGGATTAGAGACAATGGCCACCAGATGCGACCAGAGTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGTGCTAGGATTAGAGACAATGGCCACCAGATGCGACCAGAGTAA  189

seq1  TCATGTGTGTACATTCAGGTGATAGCATCCAGGTTGTATCTCGTATCAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTGTGTACATTCAGGTGATAGCATCCAGGTTGTATCTCGTATCAAT  239

seq1  ACTTTGTTTTCTTTCTATTGCTTGTGGTTATTCCATTGTCTGGATATACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGTTTTCTTTCTATTGCTTGTGGTTATTCCATTGTCTGGATATACC  289

seq1  ACATTTAATTCATCCATTCATCAGCTGATGGACATTTTGGGTTTTAGGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTAATTCATCCATTCATCAGCTGATGGACATTTTGGGTTTTAGGGA  339

seq1  TTTCACTACTCTGAGCATTCATAACCGTTTTTGTGTGTGCAATTCTCATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTACTCTGAGCATTCATAACCGTTTTTGTGTGTGCAATTCTCATG  389

seq1  TTTGTTGGGTTTATTTACAGAAGTCGAATTACTGAGACATAAAAATATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTGGGTTTATTTACAGAAGTCGAATTACTGAGACATAAAAATATCT  439

seq1  TTATGAGAAGTATTTTAACAAAATCTTGGACTGTTTGTCAAGGTGAATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAGAAGTATTTTAACAAAATCTTGGACTGTTTGTCAAGGTGAATGC  489

seq1  ACCACTCTGAGACCCCATCAGGAGTTTGTTACAGTTCTGACCCTTTTATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTCTGAGACCCCATCAGGAGTTTGTTACAGTTCTGACCCTTTTATA  539

seq1  TGTTGTTCTGTTCAACACTCATTATAATTTCAGTACCCTCTGTCCCACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTTCTGTTCAACACTCATTATAATTTCAGTACCCTCTGTCCCACTG  589

seq1  GGAAGGAGCAATATAAAGTAACAGGTCTCATTATTTCATAGAAGTGTAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGAGCAATATAAAGTAACAGGTCTCATTATTTCATAGAAGTGTAAA  639

seq1  CTAGTAGAGACATTATGAAAACCAGTTTGGAGGTTTCTTATTATCTTAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTAGAGACATTATGAAAACCAGTTTGGAGGTTTCTTATTATCTTAAA  689

seq1  AATTGTTATTTTAGCCACTCAGTTGGACACACAGTAAGACCCCATAGTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTTATTTTAGCCACTCAGTTGGACACACAGTAAGACCCCATAGTGG  739

seq1  GGTCTTTCTCAGTTGGACGCACAGTGAGACCCCATAGTGGGGTCTGACTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTTCTCAGTTGGACGCACAGTGAGACCCCATAGTGGGGTCTGACTC  789

seq1  AGTTGGATGCATAGTGAGAGCCCATGGTAGGCTCTTACTCAGTGGGTGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGATGCATAGTGAGAGCCCATGGTAGGCTCTTACTCAGTGGGTGTG  839

seq1  CAGTGAGAATTTGTGGTGGGCTCTTTTGAGTTTCTATTCAGATATATGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAGAATTTGTGGTGGGCTCTTTTGAGTTTCTATTCAGATATATGAG  889

seq1  TTCTAAAACCTTTCTCAATTTTGTCAATTATATTTTTATGATTTTGATGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAAACCTTTCTCAATTTTGTCAATTATATTTTTATGATTTTGATGT  939

seq1  TCATTCTTGAAGTACACAGGCCTTACATTTATTTTTTTACCTTGCAAAAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCTTGAAGTACACAGGCCTTACATTTATTTTTTTACCTTGCAAAAC  989

seq1  ATCACTAAATAAAGGGAACAGGATCTATGACTTGAATTCCAATCCAGTAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTAAATAAAGGGAACAGGATCTATGACTTGAATTCCAATCCAGTAT  1039

seq1  GTCTTTCACATTTAAAACCAACAGACTGGCATACACTTTATAGCTCTTTG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTCACATTTAAAACCAACAGACTGGCATACACTTTATAGCTCTTTG  1089

seq1  AATTC  1105
      |||||
seq2  AATTC  1094

seq1: chr2_12323676_12324793
seq2: B6Ng01-128B05.g_67_1168

seq1  GAATTCACTACTGCAAACAAGTGTGCATTACTAACAAGCAAAAAATATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTACTGCAAACAAGTGTGCATTACTAACAAGCAAAAAATATTT  50

seq1  ACACCACAAAAGCCAATGGAGATAATGCTGTACACATGAGTAACAATGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCACAAAAGCCAATGGAGATAATGCTGTACACATGAGTAACAATGAG  100

seq1  AGGGGAAAGGTTTCACATTTAAATGTTGAGGATAAAATAATTCTATCTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAAAGGTTTCACATTTAAATGTTGAGGATAAAATAATTCTATCTAA  150

seq1  CCTCATCCAAGTTATACTGTTTCATAAACTGCTTATGCTTCACTGTAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATCCAAGTTATACTGTTTCATAAACTGCTTATGCTTCACTGTAAAG  200

seq1  CTGACATAAAGAGAATACTTTCAAGAGGCTGGCAAAAAAAAATACAAAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACATAAAGAGAATACTTTCAAGAGGCTGGCAAAAAAAAATACAAAAC  250

seq1  AAATATATATGTATGGCTTAACAGTCAGAGATGGTGGGGAATAAAGACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATATATGTATGGCTTAACAGTCAGAGATGGTGGGGAATAAAGACAA  300

seq1  GAGGAGGACCACAGCTGGGAATAAAGAAAGACAGGTAAAACAGATTGTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGGACCACAGCTGGGAATAAAGAAAGACAGGTAAAACAGATTGTTA  350

seq1  TATGGAATAAATATTTCAATGTAAGTTCAGTTCAACTGTTAGTATCTAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAATAAATATTTCAATGTAAGTTCAGTTCAACTGTTAGTATCTAAG  400

seq1  ATAAATTCCTAGATTCTCAGTTAATAAAATGTTTTAACTATATATGAAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTCCTAGATTCTCAGTTAATAAAATGTTTTAACTATATATGAAGT  450

seq1  TAAAAACATATTTCAAGTATGGTTTTATGTCATGTGTATTTTTAAAATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAACATATTTCAAGTATGGTTTTATGTCATGTGTATTTTTAAAATGA  500

seq1  GGCACTAAGTAAACTAGAAAATCCTACATCACTTTGTTTTGGAGGAGGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTAAGTAAACTAGAAAATCCTACATCACTTTGTTTTGGAGGAGGGC  550

seq1  TCAATCTATCATGCCCACATAGCTAACAGTGTGCTATGACGCCCTTCCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCTATCATGCCCACATAGCTAACAGTGTGCTATGACGCCCTTCCTC  600

seq1  CTAGAGCTTGCCAACGTGTTAGCACAGAAATGCACCACCACTCCAGAGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGCTTGCCAACGTGTTAGCACAGAAATGCACCACCACTCCAGAGTA  650

seq1  AGCATATGGTATGCATGTGCTAAGGTAATGCTAAATATAACACGAATGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATATGGTATGCATGTGCTAAGGTAATGCTAAATATAACACGAATGTA  700

seq1  AAATGCTAAATGAGTGTAAACACTTTGAATGGTTTAAGTGTCCCTTTCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTAAATGAGTGTAAACACTTTGAATGGTTTAAGTGTCCCTTTCTC  750

seq1  AATATGTAGTATCTCAAAAGGAGTTAATAGCATGCTTACAAGCCACACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AATATGTAGTATCTCAAAAGGAGTTAATAGCATGCTTAC-AGCCACACAG  799

seq1  TACAATTTACAAACATTTAAAAATGAGTCTAAATGATGCTTTATTATCAT  850
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATTTACAAACATTT-AAAATGAGTCTAAATGATGCTTTATTATCAT  848

seq1  TCTTTTGAATAGCTTCCATTTGTCTTTAAATGTCATTATCAATTCCAAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTGAATAGCTTCCATTTGTCTTTAAATGTCATTATCAATTCCAAAA  898

seq1  TGAATTC-TTTTCGAAAGGCAATATTTTAAAGGTCTG-AAAAGAAACACT  948
      ||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGAATTCTTTTTCGAAAGGC-ATA-TTTAAAGGTCTGAAAAAGAAACACT  946

seq1  ACACAACTGTTTAAATTTTTAAAATTATTTCTGGCAAATGTGTTATTAAA  998
      |||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  |
seq2  ACAC-ACTGTTTAAA-TTTTAAAATTATTTCTGGC-AATGTGTTATT--A  991

seq1  ATTTGCCAAGCACAAGCTGTTCTAATTGTAGAGGAAGGGGAAAAAATGGA  1048
      ||||||| ||||| ||||||||| |||||| || |||||  |||||| ||
seq2  ATTTGCC-AGCAC-AGCTGTTCTTATTGTA-AGAAAGGG--AAAAAT-GA  1035

seq1  CAGTGAACACAGACATTTCAGCTCAGGGGAGGCAACACTGTCAGTAGACA  1098
      ||||| |||| ||   |||||  |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAGTG-ACACTGAACATTCAGTCCAGGGGAGGC-ACACTGTCAGTAGACA  1083

seq1  GTTCTATATGGATAGTGATA  1118
      |||| |||||||||||||||
seq2  GTTC-ATATGGATAGTGATA  1102