BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-140E06
Chromosome2 (Build37)
Map Location 138,538,912 - 138,649,325
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneBtbd3
Downstream geneLOC628103, C130053K05Rik, LOC100043792, 5430433G21Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-140E06.bB6Ng01-140E06.g
ACCDH939043DH939044
length9731,066
definitionDH939043|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140E06, 5' end.DH939044|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140E06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(138,648,331 - 138,649,325)(138,538,912 - 138,539,988)
sequence
gaattctttgtttagctctgtactccatttttagtggggttatttgattt
tctggagtctaccttcttgagttctttatatatattggatattagtcccc
tatctgatttaggataggttaagatcctttcccaatctgttggtggactt
tttgtctcattcttggtgtcttttgccttacagaagctttgcaactttat
gaggtcccatctgtcgattctcgatcttatagcaccagccattgccgctc
tgttcaggaattcttcccctgtgcccatatcttcgaggttttccccccac
tttctcctctataagtttcagtgtctctggttttatgtagtttcactttt
ttatcttttcatacttttgatccctccaaccttccttataaatagacctt
tttgctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctca
tctatgacttttttcctttaattgttgttatacacacacacacacacatc
tgtatctgtatctgtatctgtatctgtatctgtatctgtatctgtatctg
tatctgtatctgtatctgtatctgtatctgtatctgtatctgtatctgta
tctgtatctgtacctgtacctgtacctgtacctgtacctgtacctgtacc
tgtacctgtacctgtacctgtacctgtacctgtatctgtatctgtatctg
tatctgtatctgtatctgtatctgtatctgtatctgtatctgtatctgta
tctgtatctgtatgtgaatgaaaaggtcagatcaggatcttttttgaaaa
ttccccagatgttctcctctggagagggaaggctaattaacatcctcagg
aggactgggactggcggtaggggaggcctgacctggtacacacattcaca
gaatatttggcacttatcccatagacaatcaattaaaagcacactgttct
gccaatacatttgcctaaggctg
gaattctcctctgcagaagtggtattagtagatgtcttaagtttctattg
ttgtgaagagaagagacaccatgaccacaggaactcttatacaggaaaaa
atgggacttgcttataggtccagaagcttagtccattatcattatgaagg
gaagcatgactgcacacaggcagacatggtgctggaaaagtaccatagat
ctctgcatctggtttggcaggcagcaggaagagagagtaatatgggacct
aacttgaacttctgaaacaccatggcccataccaatgatccacttcctcc
aataaatccacacctacttcaacaaggtcacacttccaataatgccactc
catgtgaatctatgtgggccattttcaacacagtggactttagggtaaaa
tcctgagtagagtcatagtatctatgtggcccattatcacagtggacttt
acagtcaaatcctgaccatagtcatactgtgtattccctaagtttagggc
tcaagtgttttctaacgtttaagattagttgatgcatatgctcaacatgt
tactataaacaaagactatgatttacaattcatattctgaccaagattct
ttgtggtgaggagcaaaactagggttagaaatgaaagacagccatagaac
ttgtatattcctagcaaacttcctgactgttccatagtcttggtccaaga
tgttcctattagagatgtgagttagacatgttctttttctagattattca
caggagataaagaaagagaaaatttaaaaaatgataaatcactaaaacat
ttccttttttaaacagtcaaaggtaatgctattttaacaaataaacttat
atgttggaagcactgttgatgcactgttgatgtcttgtctatatctttag
tagcaagcagcacaccacaaaacagtgctaggggtgtctgcatccttcta
gagagtttccttagacagtggggacatttattcttagaggcaaggatcat
cttggctcaaagaaacctgaatcagagcaaactattttaattggcactta
ctcaattaaaccgtaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_138648331_138649325
seq2: B6Ng01-140E06.b_47_1019 (reverse)

seq1  CAGCCATTAGGCAAATTGTGATTGGCAGAACAGTGTGACTTTTAAATTGA  50
      ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  CAGCC-TTAGGCAAA-TGT-ATTGGCAGAACAGTGTG-CTTTT-AATTGA  45

seq1  TTTGTCTATGGGGAATGAGGTGGCAAAATATGTCTTGCGAATGTGTGTAC  100
       |||||||||||  || ||   || |||||| || || ||||||||||||
seq2  -TTGTCTATGGG--ATAAG--TGCCAAATAT-TC-TGTGAATGTGTGTAC  88

seq1  CTGGTCTAGGCCTCCCCTACCTGCAGGTCCAGTCCATCCTGTGGAATGTT  150
      | |||| ||||||||||||||  |||  ||||||| ||||| || |||||
seq2  CAGGTC-AGGCCTCCCCTACCGCCAGTCCCAGTCC-TCCTGAGG-ATGTT  135

seq1  AATTAGCCTTCCCTCTCCAGAGGAGAACATCTGGTGGAATTTTC-AAAAA  199
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
seq2  AATTAGCCTTCCCTCTCCAGAGGAGAACATCTGG-GGAATTTTCAAAAAA  184

seq1  GGTCCTGAACTGACCTTTTCATTACACATACAGATACAGATACAGATACA  249
      | |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTGATCTGACCTTTTCATT-CACATACAGATACAGATACAGATACA  233

seq1  GATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGA  283

seq1  TACAGATACAGGTACAGGTACAGGTACAGGTACAGGTACAGGTACAGGTA  349
      ||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGA------TACAGGTACAGGTACAGGTACAGGTACAGGTACAGGTA  327

seq1  CAGGTACAGGTACAGGTACAGGTACAGGTACAGGTACAGATACAGATACA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTACAGGTACAGGTACAGGTACAGGTACAGGTACAGATACAGATACA  377

seq1  GATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGA  427

seq1  TACAGATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGATG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGATG  477

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTATAACAACAATTAAAGGAAAAAAGTCATAGATGAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTATAACAACAATTAAAGGAAAAAAGTCATAGATGAG  527

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCAAAAAGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCAAAAAGG  577

seq1  TCTATTTATAAGGAAGGTTGGAGGGATCAAAAGTATGAAAAGATAAAAAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTTATAAGGAAGGTTGGAGGGATCAAAAGTATGAAAAGATAAAAAA  627

seq1  GTGAAACTACATAAAACCAGAGACACTGAAACTTATAGAGGAGAAAGTGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAACTACATAAAACCAGAGACACTGAAACTTATAGAGGAGAAAGTGG  677

seq1  GGGGAAAACCTCGAAGATATGGGCACAGGGGAAGAATTCCTGAACAGAGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAAACCTCGAAGATATGGGCACAGGGGAAGAATTCCTGAACAGAGC  727

seq1  GGCAATGGCTGGTGCTATAAGATCGAGAATCGACAGATGGGACCTCATAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATGGCTGGTGCTATAAGATCGAGAATCGACAGATGGGACCTCATAA  777

seq1  AGTTGCAAAGCTTCTGTAAGGCAAAAGACACCAAGAATGAGACAAAAAGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCAAAGCTTCTGTAAGGCAAAAGACACCAAGAATGAGACAAAAAGT  827

seq1  CCACCAACAGATTGGGAAAGGATCTTAACCTATCCTAAATCAGATAGGGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAACAGATTGGGAAAGGATCTTAACCTATCCTAAATCAGATAGGGG  877

seq1  ACTAATATCCAATATATATAAAGAACTCAAGAAGGTAGACTCCAGAAAAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATATCCAATATATATAAAGAACTCAAGAAGGTAGACTCCAGAAAAT  927

seq1  CAAATAACCCCACTAAAAATGGAGTACAGAGCTAAACAAAGAATTC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAACCCCACTAAAAATGGAGTACAGAGCTAAACAAAGAATTC  973

seq1: chr2_138538912_138539988
seq2: B6Ng01-140E06.g_67_1132

seq1  GAATTCTCCTCTGCAGAAGTGGTATTAGTAGATGTCTTAAGTTTCTATTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTCTGCAGAAGTGGTATTAGTAGATGTCTTAAGTTTCTATTG  50

seq1  TTGTGAAGAGAAGAGACACCATGACCACAGGAACTCTTATACAGGAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAAGAGAAGAGACACCATGACCACAGGAACTCTTATACAGGAAAAA  100

seq1  ATGGGACTTGCTTATAGGTCCAGAAGCTTAGTCCATTATCATTATGAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGACTTGCTTATAGGTCCAGAAGCTTAGTCCATTATCATTATGAAGG  150

seq1  GAAGCATGACTGCACACAGGCAGACATGGTGCTGGAAAAGTACCATAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCATGACTGCACACAGGCAGACATGGTGCTGGAAAAGTACCATAGAT  200

seq1  CTCTGCATCTGGTTTGGCAGGCAGCAGGAAGAGAGAGTAATATGGGACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCATCTGGTTTGGCAGGCAGCAGGAAGAGAGAGTAATATGGGACCT  250

seq1  AACTTGAACTTCTGAAACACCATGGCCCATACCAATGATCCACTTCCTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGAACTTCTGAAACACCATGGCCCATACCAATGATCCACTTCCTCC  300

seq1  AATAAATCCACACCTACTTCAACAAGGTCACACTTCCAATAATGCCACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATCCACACCTACTTCAACAAGGTCACACTTCCAATAATGCCACTC  350

seq1  CATGTGAATCTATGTGGGCCATTTTCAACACAGTGGACTTTAGGGTAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGAATCTATGTGGGCCATTTTCAACACAGTGGACTTTAGGGTAAAA  400

seq1  TCCTGAGTAGAGTCATAGTATCTATGTGGCCCATTATCACAGTGGACTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAGTAGAGTCATAGTATCTATGTGGCCCATTATCACAGTGGACTTT  450

seq1  ACAGTCAAATCCTGACCATAGTCATACTGTGTATTCCCTAAGTTTAGGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCAAATCCTGACCATAGTCATACTGTGTATTCCCTAAGTTTAGGGC  500

seq1  TCAAGTGTTTTCTAACGTTTAAGATTAGTTGATGCATATGCTCAACATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTGTTTTCTAACGTTTAAGATTAGTTGATGCATATGCTCAACATGT  550

seq1  TACTATAAACAAAGACTATGATTTACAATTCATATTCTGACCAAGATTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATAAACAAAGACTATGATTTACAATTCATATTCTGACCAAGATTCT  600

seq1  TTGTGGTGAGGAGCAAAACTAGGGTTAGAAATGAAAGACAGCCATAGAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGTGAGGAGCAAAACTAGGGTTAGAAATGAAAGACAGCCATAGAAC  650

seq1  TTGTATATTCCTAGCAAACTTCCTGACTGTTCCATAGTCTTGGTCCAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATATTCCTAGCAAACTTCCTGACTGTTCCATAGTCTTGGTCCAAGA  700

seq1  TGTTCCTATTAGAGATGTGAGTTAGACATGTTC-TTTTCTAGATTATTCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TGTTCCTATTAGAGATGTGAGTTAGACATGTTCTTTTTCTAGATTATTCA  750

seq1  CAGGAGATAAAGAAAGAGAAAATTTAAAAAAATGATAAATCACTAAAACA  799
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGATAAAGAAAGAGAAAATTT-AAAAAATGATAAATCACTAAAACA  799

seq1  TTTCCTTTTTTAAACAGTCAAAGGTAATGCTATTTTAACAAATAAACTTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTTTTTAAACAGTCAAAGGTAATGCTATTTTAACAAATAAACTTA  849

seq1  TATGTTGCAGGCACTGTTGATGGCACTGTTGATGTCTTGTCTATATCTTT  899
      ||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTGGAAGCACTGTTGAT-GCACTGTTGATGTCTTGTCTATATCTTT  898

seq1  AGTAGCAAGCAGCACACCACAAAACAGTGCTAGGGGTGTCTGCATCC-TC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGTAGCAAGCAGCACACCACAAAACAGTGCTAGGGGTGTCTGCATCCTTC  948

seq1  TAGAGAGTTTCCCTTAGACAGTGGGAACATTTATTCCCTAGAGGCAAGGA  998
      |||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||
seq2  TAGAGAGTTT-CCTTAGACAGTGGGGACATTTATT-CTTAGAGGCAAGGA  996

seq1  TCATCTTGGCTCAAAGGAAACCTGAATCAAGAGCCAAAAACTATTTTAAA  1048
      ||||||||||||||| |||||||||||| |||||   |||||||||||| 
seq2  TCATCTTGGCTCAAA-GAAACCTGAATC-AGAGC---AAACTATTTTAA-  1040

seq1  TTGGGCACTTACCTCAAATTAAACCGTAA  1077
       | |||||||| ||| |||||||||||||
seq2  -TTGGCACTTA-CTC-AATTAAACCGTAA  1066