BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-161C22
Chromosome2 (Build37)
Map Location 178,840,327 - 178,981,398
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043168
Upstream genePhactr3, Sycp2, Ppp1r3d, 9030418K01Rik, Cdh26, LOC100039368, LOC665264
Downstream geneLOC100039413, Cdh4, Taf4a, Lsm14b, Psma7, Ss18l1, Gtpbp5, Hrh3, Osbpl2, LOC100039470, Adrm1, Lama5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-161C22.bB6Ng01-161C22.g
ACCDH954369DH954370
length1,1381,054
definitionDH954369|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161C22, 5' end.DH954370|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161C22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(178,840,327 - 178,841,455)(178,980,348 - 178,981,398)
sequence
gaattcttgttaaattggtacagagaaatttgtcactctcactatatgga
ctgaatacacgtggattgtttgacttaggatgaccatgcatttattgatt
tccatgacaaaatgtctcattacattgtcccagaggcctcttcaacaatt
acaattgttaataagaaaatcgctatcctctgaccctgaaatgctcatct
ctggttggtgtcagcaacagcagatgagttctaactctcatcaccaaaaa
ctggttttcatcctcagtgagtctttctgaagtcacgcacatctgtggtt
caagattaccttcctgttccaacagccacacccaccttaccgtacacagc
agaaccctgacagttaagttttctaggagagaggggctgagctgaaggtt
caggaagaagcacttgccttcaataataactgttcacttcaactgcactg
taattcagaacttccttctagaagatatcagggctcagtcaagagcagac
atagcaaaacatagtatagacagtgtccaccacacatctctgagatgccc
agacacgtacaccttcacacaggcttggttacatacacacatgctcagac
atacccacacacttgcacatgctcacagatacatgctaatgcacacacat
aaaaaacacgttacatacacacacacacacacacacactggtattcatgt
cacgtgtatatgtgctcatgttcatgcaaatgtttgcacacatgttcaca
cacatgtacattctctcagccacactcacacactactcacatcaatgcac
actttgcaggcacacacatatgcagatactcaaatccaaacacctaccca
cacacagctactcacccacatgtatgtcatgactacattctttcttactc
agagacatctgtatgcagattatattctcacacgtgcacccgcttgacac
atgaattcacacacactcacactcacatgctcatgtcaggtatcctggtg
catacactgtcatacatgcccactcctcatactactccaagggcaagcaa
ggacctcattcccttcttcttgtttttttgagcagaaaacaaccgacttt
gtttttgctgtgatcttcagactgtttcacttattcat
gaattcctaagtctcggcaatacacaagaaatagaatttccaaactcaat
tgtactcttggtgggtgtggaggggagagcctctaactcaattctcaaag
ctattgagctttatctgcaggctctctctctctcagggaagcttctgttc
aagttgtccttcaaagcaacctggcctaaagggactggatggagggtagg
gcccttgtgagccccgctgcccttgatagcagccgccgccacagtgtgtc
tttattaacatttcttcagcacacactttcaggagtgccagacagctgca
ggagtgcacatacttagcacaggggctgtgggcagcctgtgtcagtctga
aagaccatttgacaggtctgtctgtgaagtctcaagtctccgcccatctt
acgccctggatacaccctgcttggcacagaatgatggccactgtcactct
agcccacaccctgcagaactgtccctaatttatttattcatcgaagactt
tgtacacacatataaaatatcagttgatttccccctaaaaattaacagta
aaagtgttaatgttttaatcctttcagctcctctgtctctgtgtttctgt
ctgtcagatttttctctgattcggattatagctctattaccatgacccgc
tcacactttttcatttttatcctttttttctaaaagatttttttttaaag
acaggctctcacttatttcgtcttgtctggtcttgaactcataggcatcc
accttgcctctgcctcatctcttggcaagaggcagcagaaagagctcagc
tgagaaaggaaaacacatctccactcaaccccggcagtgctgagaacccc
agcagccctcgccccccgaagcctctgtgagttctctgggcatcagtctt
ctcctttggagaagtgagcccccatcacagccatgtaccagggctagtgt
gcagtaaaaccattcatgtcccaactcgcaaaatgtgaatgaaagaggaa
gctcctagaagaagcttcaccatccatgggcagcacgctccatggcctgg
ttgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_178840327_178841455
seq2: B6Ng01-161C22.b_46_1183

seq1  GAATTCTTGTTAAATTGGTACAGAGAAATTTGTCACTCTCACTATATGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTTAAATTGGTACAGAGAAATTTGTCACTCTCACTATATGGA  50

seq1  CTGAATACACGTGGATTGTTTGACTTAGGATGACCATGCATTTATTGATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATACACGTGGATTGTTTGACTTAGGATGACCATGCATTTATTGATT  100

seq1  TCCATGACAAAATGTCTCATTACATTGTCCCAGAGGCCTCTTCAACAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGACAAAATGTCTCATTACATTGTCCCAGAGGCCTCTTCAACAATT  150

seq1  ACAATTGTTAATAAGAAAATCGCTATCCTCTGACCCTGAAATGCTCATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTGTTAATAAGAAAATCGCTATCCTCTGACCCTGAAATGCTCATCT  200

seq1  CTGGTTGGTGTCAGCAACAGCAGATGAGTTCTAACTCTCATCACCAAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTGGTGTCAGCAACAGCAGATGAGTTCTAACTCTCATCACCAAAAA  250

seq1  CTGGTTTTCATCCTCAGTGAGTCTTTCTGAAGTCACGCACATCTGTGGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTTTCATCCTCAGTGAGTCTTTCTGAAGTCACGCACATCTGTGGTT  300

seq1  CAAGATTACCTTCCTGTTCCAACAGCCACACCCACCTTACCGTACACAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATTACCTTCCTGTTCCAACAGCCACACCCACCTTACCGTACACAGC  350

seq1  AGAACCCTGACAGTTAAGTTTTCTAGGAGAGAGGGGCTGAGCTGAAGGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCCTGACAGTTAAGTTTTCTAGGAGAGAGGGGCTGAGCTGAAGGTT  400

seq1  CAGGAAGAAGCACTTGCCTTCAATAATAACTGTTCACTTCAACTGCACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGAAGCACTTGCCTTCAATAATAACTGTTCACTTCAACTGCACTG  450

seq1  TAATTCAGAACTTCCTTCTAGAAGATATCAGGGCTCAGTCAAGAGCAGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCAGAACTTCCTTCTAGAAGATATCAGGGCTCAGTCAAGAGCAGAC  500

seq1  ATAGCAAAACATAGTATAGACAGTGTCCACCACACATCTCTGAGATGCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAAAACATAGTATAGACAGTGTCCACCACACATCTCTGAGATGCCC  550

seq1  AGACACGTACACCTTCACACAGGCTTGGTTACATACACACATGCTCAGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACGTACACCTTCACACAGGCTTGGTTACATACACACATGCTCAGAC  600

seq1  ATACCCACACACTTGCACATGCTCACAGATACATGCTAATGCACACACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCACACACTTGCACATGCTCACAGATACATGCTAATGCACACACAT  650

seq1  -AAAAACACGTTACATACACACACACACACACACACACTGGTATTCATGT  699
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACACGTTACATACACACACACACACACACACACTGGTATTCATGT  700

seq1  CACGTGTATATGTGCTCATGTTCATGCAAATGTTTGCACACATGTTCACA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTGTATATGTGCTCATGTTCATGCAAATGTTTGCACACATGTTCACA  750

seq1  CACATGTACATTCTCTCAGCCACACTCACACACTACTCACATCAATGCAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGTACATTCTCTCAGCCACACTCACACACTACTCACATCAATGCAC  800

seq1  AC-TTGCAGGCACACACATATGCAGATACTCAAATCCAAACACCTACCCA  848
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGCAGGCACACACATATGCAGATACTCAAATCCAAACACCTACCCA  850

seq1  CACACAGCTACTCACCCACATGTATGTCATGACTACATTCTTTCTTACTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGCTACTCACCCACATGTATGTCATGACTACATTCTTTCTTACTC  900

seq1  AGAGACATCTGTATGCAGA-TATATTCTCACACGTGCACACGCTTGACAC  947
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGAGACATCTGTATGCAGATTATATTCTCACACGTGCACCCGCTTGACAC  950

seq1  ATGAATACACACACACTCACACTCACATGCTCATGTCCAGGTATCCT-GT  996
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
seq2  ATGAATTCACACACACTCACACTCACATGCTCATGT-CAGGTATCCTGGT  999

seq1  GCATACACTGTCATACATGCACACT-CTCATACTAACTCCAAGGGGCCAG  1045
      |||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||| |||| ||
seq2  GCATACACTGTCATACATGCCCACTCCTCATACT-ACTCCAA-GGGCAAG  1047

seq1  CAAGGA-CTCAATCCCTTC-TCT--GTTTTTTGAGCAG-AAACCACCGAC  1090
      |||||| |||| ||||||| |||   |||||||||||| |||| ||||||
seq2  CAAGGACCTCATTCCCTTCTTCTTGTTTTTTTGAGCAGAAAACAACCGAC  1097

seq1  TT--GTTTTGCTGTGATCTCCAGGACTG-TTCACTTATTCAT  1129
      ||   |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||
seq2  TTTGTTTTTGCTGTGATCTTCA-GACTGTTTCACTTATTCAT  1138

seq1: chr2_178980348_178981398
seq2: B6Ng01-161C22.g_66_1119 (reverse)

seq1  CCAAACAGGCCATGGGTGCGTGCTGCCCATGGTTGCTGCAGCGTCATCTA  50
      |||| |||||||| || ||||||||||||||| || || ||| || ||||
seq2  CCAACCAGGCCAT-GGAGCGTGCTGCCCATGGATGGTGAAGCTTCTTCTA  49

seq1  AGAGCGTCCCTCTTTTCATTCACATCTTTGCCGAGTTGGGGACATGGATG  100
       |||| | |||| |||||||||||| |||| |||||| |||||||| |||
seq2  GGAGC-TTCCTC-TTTCATTCACAT-TTTG-CGAGTT-GGGACATGAATG  94

seq1  GTTTTACTGCACACTAGCCCTGTAACATGGCTGTGAT-GGTGCTCAC-TC  148
      ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| || |||||| ||
seq2  GTTTTACTGCACACTAGCCCTGGTACATGGCTGTGATGGGGGCTCACTTC  144

seq1  TCC-AAGGAG-AGACTGATGCCCAGAGAACTCACAGA-GCTTCGGGGGGC  195
      ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCCAAAGGAGAAGACTGATGCCCAGAGAACTCACAGAGGCTTCGGGGGGC  194

seq1  GAGGGCTGCTGGGG-TCTCAGCACTGCCGGGGTCTGAGTGGAGATGTGTT  244
      |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GAGGGCTGCTGGGGTTCTCAGCACTGCCGGGGT-TGAGTGGAGATGTGTT  243

seq1  TTCCTTTCTCAGCTGAGCTCTTTCTGCTGCCTCTTGCCAAGAGATGAGGC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTCTCAGCTGAGCTCTTTCTGCTGCCTCTTGCCAAGAGATGAGGC  293

seq1  AGAGGC-AGGTGGATGCCTTTGAGTTCAAGACCAGACAAGACG-AATTAG  342
      |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||
seq2  AGAGGCAAGGTGGATGCCTATGAGTTCAAGACCAGACAAGACGAAATAAG  343

seq1  TGAGAGCCTGTCTTTAAAAAAAAATCTTTTAG-AAAAAAGGATAAAAATG  391
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGAGAGCCTGTCTTTAAAAAAAAATCTTTTAGAAAAAAAGGATAAAAATG  393

seq1  AAAAAGTGTGAGC-GGTCATGGTAATAGAGCTATAATCCGAATCAGAGAA  440
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGTGTGAGCGGGTCATGGTAATAGAGCTATAATCCGAATCAGAGAA  443

seq1  AAATCTGACAGACAGAAACACAGAGACAGAGGAGCTGAAAGGATTAAAAC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTGACAGACAGAAACACAGAGACAGAGGAGCTGAAAGGATTAAAAC  493

seq1  ATTAACACTTTTACTGTTAATTTTTAGGGGGAAATCAACTGATATTTTAT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACACTTTTACTGTTAATTTTTAGGGGGAAATCAACTGATATTTTAT  543

seq1  ATGTGTGTACAAAGTCTTCGATGAATAAATAAATTAGGGACAGTTCTGCA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTACAAAGTCTTCGATGAATAAATAAATTAGGGACAGTTCTGCA  593

seq1  GGGTGTGGGCTAGAGTGACAGTGGCCATCATTCTGTGCCAAGCAGGGTGT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTGGGCTAGAGTGACAGTGGCCATCATTCTGTGCCAAGCAGGGTGT  643

seq1  ATCCAGGGCGTAAGATGGGCGGAGACTTGAGACTTCACAGACAGACCTGT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGGGCGTAAGATGGGCGGAGACTTGAGACTTCACAGACAGACCTGT  693

seq1  CAAATGGTCTTTCAGACTGACACAGGCTGCCCACAGCCCCTGTGCTAAGT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGGTCTTTCAGACTGACACAGGCTGCCCACAGCCCCTGTGCTAAGT  743

seq1  ATGTGCACTCCTGCAGCTGTCTGGCACTCCTGAAAGTGTGTGCTGAAGAA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCACTCCTGCAGCTGTCTGGCACTCCTGAAAGTGTGTGCTGAAGAA  793

seq1  ATGTTAATAAAGACACACTGTGGCGGCGGCTGCTATCAAGGGCAGCGGGG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAATAAAGACACACTGTGGCGGCGGCTGCTATCAAGGGCAGCGGGG  843

seq1  CTCACAAGGGCCCTACCCTCCATCCAGTCCCTTTAGGCCAGGTTGCTTTG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAAGGGCCCTACCCTCCATCCAGTCCCTTTAGGCCAGGTTGCTTTG  893

seq1  AAGGACAACTTGAACAGAAGCTTCCCTGAGAGAGAGAGAGCCTGCAGATA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACAACTTGAACAGAAGCTTCCCTGAGAGAGAGAGAGCCTGCAGATA  943

seq1  AAGCTCAATAGCTTTGAGAATTGAGTTAGAGGCTCTCCCCTCCACACCCA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCAATAGCTTTGAGAATTGAGTTAGAGGCTCTCCCCTCCACACCCA  993

seq1  CCAAGAGTACAATTGAGTTTGGAAATTCTATTTCTTGTGTATTGCCGAGA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAGTACAATTGAGTTTGGAAATTCTATTTCTTGTGTATTGCCGAGA  1043

seq1  CTTAGGAATTC  1051
      |||||||||||
seq2  CTTAGGAATTC  1054