BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-163C08
Chromosome2 (Build37)
Map Location 123,872,836 - 124,035,988
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930517E11Rik
Upstream genenone
Downstream geneLOC100043360, Sema6d, LOC100043367, LOC100043369, Slc24a5, Myef2, LOC100043375, Slc12a1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-163C08.bB6Ng01-163C08.g
ACCDH955805DH955806
length1,1571,133
definitionDH955805|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163C08, 5' end.DH955806|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163C08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,034,823 - 124,035,988)(123,872,836 - 123,873,982)
sequence
gaattcttctgtgagcatgggcagcatctgagtctcctacaattcttttg
catggggaaccactctgcagagttttgcagtggtggcctaggcgagagta
tgcatggctgagctgttgcccccaacagttcctctcattccagtggcagg
acaggatgttggggattctaccagcagacatcaagagtctatgagaagcc
agaatactgtttccagccccactcaaacagtgtattccaatttcttcact
tctcttttgctaacgtcagtcatttttgcccaggcctgtggccctaccaa
taggattcagatatccattctcctatcaggtacaaataacagcaggaatc
agatgatagctcccatggatgacccctgaaaaacggtattttctaggaaa
aagtagctttcacaaaaatacgtcatcctccttaagtggggtgagtataa
cagaatagtctcccagctgtgcatggcctgtggatattacctttgacttt
taaattctatctaaagccccatccatgccaggcaattgttcccacacatt
ttgtaatttatcattttaatacaagctttcactaagctgcctagacagcc
cttgaacttctggctgtcctacctctagcccccacagtggggcctgtgct
accaggtccagcttttttattttttttcccttaaatgtcctcacttgaag
tctggagagatgcctcagtggggaataatgctagccgtacaaacacaagg
acctgaggtcagttccaagcatataagaacttgagggtggctgcacacca
ctggataccccagcactgtggatcactgtggaccacagaaagataactga
ggcttaatggcagcaaaacttcctccagcctcagctagaattcctctctc
aaggcaacatggtaaagtatgaaaaagcaggacacttgatgtcctcttgt
ggctttcaaaccccctctccccccgatgcacttctatctgtctgtctgta
agcttgattgattgtatactttcattacaatatgcatttcataaatatgc
actcataaattcctatttaattgattatgacctattagtagactggatag
catttatgccaaagagcctcttaaagtgcaggagtaatgaaagctaccaa
cgcagag
gaattcctaagcctgataaacagcttcagtgaagtagctggatataaaat
taactcaaacaagtcaatggcctttctgtacacaaaggataaacagccaa
tgctataactttaaatgctaggaaaacatgatgctcttctaaacccagta
agcagcaggaaacacagacaattgggagagggaacagagggtcaatgaag
atagaaggaggagagttaacataacaaattttctttgaaattactataag
gaaacctaatgctttgtgtgctaatttaacacacacaatacaacatgccc
atgaccctacgcatgcacatgcacataaactgtctaggagattagtcctt
ctttcagctttgtggaaagtaaactaggatgcttgtgactaagaatatct
tataatatcttataataataatgaaatgtctgagcagccattgttactct
ttctccctgagattgtcacctcacccacaaggatctagtcactgaagagt
ccccccattttgcaaaatatgacgctttcctttgtaaagtatgggaagca
attgcagagggaaaattagtaaatgagaacaaaccaagagatgcaggcta
atcagtcctctgtggctacatgaatgacagaccaggccttggaatgggtt
tccttaaaaccttcctgtcagagtgcctggttggaagtctgagtgcagcc
ccaggggaaagccatcccagcatgaagaccactgaggtaagaaatacgtc
taattttatctatgaaaggttttatcttatattgctctttagacctctat
taaattacatcatcagaaaaactaccatttcccccagacccagtttcagt
gaggcataatatgtccttaatatcttgaaagctgggagaaaaaaaagtaa
tatgccattaactgggaataagattagctgaagtctgtacctgcagggca
attgataaaacaattactttaagatatcttgagactttcagtttcccacc
ctagagagcttcagtgttcatccctcactaataacaaggaaacaagaatt
aactgaaagttaattataggctagattcatctagaggggttaggacaaag
acttaattaagagaggatctgagtgatatccac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_124034823_124035988
seq2: B6Ng01-163C08.b_48_1204 (reverse)

seq1  CTCTGCGTTTGGTAGCCTTTCATTACTCCTGCACTTCTAAGAGGTCTTTT  50
      ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||   |||
seq2  CTCTGCG-TTGGTAG-CTTTCATTACTCCTGCACTT-TAAGAGGCTCTTT  47

seq1  GGCATAAATGCTATCCAAGTCTACTAATAGGTCATAATCAATTAAATAGG  100
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATAAATGCTATCC-AGTCTACTAATAGGTCATAATCAATTAAATAGG  96

seq1  ATTTAATGAGTGCATATTTATGAAATGCATATTGTAATGGAAAGTAATAC  150
      | || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  AATTTATGAGTGCATATTTATGAAATGCATATTGTAAT-GAAAGT-ATAC  144

seq1  AATCAATCAAGCTTACAGACAGACAGATAAGAAGTGCATCGGGGGGGAGA  200
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
seq2  AATCAATCAAGCTTACAGACAGACAGAT-AGAAGTGCATC-GGGGGGAGA  192

seq1  GGGGGGTTTGAAAGCCACAAGAGGACATCAAGTGTCCTGCTTTTTCATAC  250
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GGGGGTTTGAAAGCCACAAGAGGACATCAAGTGTCCTGCTTTTTCATAC  241

seq1  TTTACCATGTTGCCTTGAGAGAGGAATTCTAGCTGAGGCTGGAGGAAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCATGTTGCCTTGAGAGAGGAATTCTAGCTGAGGCTGGAGGAAGTT  291

seq1  TTGCTGCCATTAAGCCTCAGTTATCTTTCTGTGGTCCACAGTGATCCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGCCATTAAGCCTCAGTTATCTTTCTGTGGTCCACAGTGATCCACA  341

seq1  GTGCTGGGGTATCCAGTGGTGTGCAGCCACCCTCAAGTTCTTATATGCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGGGGTATCCAGTGGTGTGCAGCCACCCTCAAGTTCTTATATGCTT  391

seq1  GGAACTGACCTCAGGTCCTTGTGTTTGTACGGCTAGCATTATTCCCCACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTGACCTCAGGTCCTTGTGTTTGTACGGCTAGCATTATTCCCCACT  441

seq1  GAGGCATCTCTCCAGACTTCAAGTGAGGACATTTAAGGGAAAAAAAATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCATCTCTCCAGACTTCAAGTGAGGACATTTAAGGGAAAAAAAATAA  491

seq1  AAAAGCTGGACCTGGTAGCACAGGCCCCACTGTGGGGGCTAGAGGTAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCTGGACCTGGTAGCACAGGCCCCACTGTGGGGGCTAGAGGTAGGA  541

seq1  CAGCCAGAAGTTCAAGGGCTGTCTAGGCAGCTTAGTGAAAGCTTGTATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGAAGTTCAAGGGCTGTCTAGGCAGCTTAGTGAAAGCTTGTATTA  591

seq1  AAATGATAAATTACAAAATGTGTGGGAACAATTGCCTGGCATGGATGGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGATAAATTACAAAATGTGTGGGAACAATTGCCTGGCATGGATGGGG  641

seq1  CTTTAGATAGAATTTAAAAGTCAAAGGTAATATCCACAGGCCATGCACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGATAGAATTTAAAAGTCAAAGGTAATATCCACAGGCCATGCACAG  691

seq1  CTGGGAGACTATTCTGTTATACTCACCCCACTTAAGGAGGATGACGTATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAGACTATTCTGTTATACTCACCCCACTTAAGGAGGATGACGTATT  741

seq1  TTTGTGAAAGCTACTTTTTCCTAGAAAATACCGTTTTTCAGGGGTCATCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGAAAGCTACTTTTTCCTAGAAAATACCGTTTTTCAGGGGTCATCC  791

seq1  ATGGGAGCTATCATCTGATTCCTGCTGTTATTTGTACCTGATAGGAGAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAGCTATCATCTGATTCCTGCTGTTATTTGTACCTGATAGGAGAAT  841

seq1  GGATATCTGAATCCTATTGGTAGGGCCACAGGCCTGGGCAAAAATGACTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATCTGAATCCTATTGGTAGGGCCACAGGCCTGGGCAAAAATGACTG  891

seq1  ACGTTAGCAAAAGAGAAGTGAAGAAATTGGAATACACTGTTTGAGTGGGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTAGCAAAAGAGAAGTGAAGAAATTGGAATACACTGTTTGAGTGGGG  941

seq1  CTGGAAACAGTATTCTGGCTTCTCATAGACTCTTGATGTCTGCTGGTAGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAACAGTATTCTGGCTTCTCATAGACTCTTGATGTCTGCTGGTAGA  991

seq1  ATCCCCAACATCCTGTCCTGCCACTGGAATGAGAGGAACTGTTGGGGGCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCAACATCCTGTCCTGCCACTGGAATGAGAGGAACTGTTGGGGGCA  1041

seq1  ACAGCTCAGCCATGCATACTCTCGCCTAGGCCACCACTGCAAAACTCTGC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTCAGCCATGCATACTCTCGCCTAGGCCACCACTGCAAAACTCTGC  1091

seq1  AGAGTGGTTCCCCATGCAAAAGAATTGTAGGAGACTCAGATGCTGCCCAT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGGTTCCCCATGCAAAAGAATTGTAGGAGACTCAGATGCTGCCCAT  1141

seq1  GCTCACAGAAGAATTC  1166
      ||||||||||||||||
seq2  GCTCACAGAAGAATTC  1157

seq1: chr2_123872836_123873982
seq2: B6Ng01-163C08.g_67_1199

seq1  GAATTCCTAAGCCTGATAAACAGCTTCAGTGAAGTAGCTGGATATAAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAAGCCTGATAAACAGCTTCAGTGAAGTAGCTGGATATAAAAT  50

seq1  TAACTCAAACAAGTCAATGGCCTTTCTGTACACAAAGGATAAACAGCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCAAACAAGTCAATGGCCTTTCTGTACACAAAGGATAAACAGCCAA  100

seq1  TGCTATAACTTTAAATGCTAGGAAAACATGATGCTCTTCTAAACCCAGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATAACTTTAAATGCTAGGAAAACATGATGCTCTTCTAAACCCAGTA  150

seq1  AGCAGCAGGAAACACAGACAATTGGGAGAGGGAACAGAGGGTCAATGAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCAGGAAACACAGACAATTGGGAGAGGGAACAGAGGGTCAATGAAG  200

seq1  ATAGAAGGAGGAGAGTTAACATAACAAATTTTCTTTGAAATTACTATAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAGGAGGAGAGTTAACATAACAAATTTTCTTTGAAATTACTATAAG  250

seq1  GAAACCTAATGCTTTGTGTGCTAATTTAACACACACAATACAACATGCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCTAATGCTTTGTGTGCTAATTTAACACACACAATACAACATGCCC  300

seq1  ATGACCCTACGCATGCACATGCACATAAACTGTCTAGGAGATTAGTCCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCCTACGCATGCACATGCACATAAACTGTCTAGGAGATTAGTCCTT  350

seq1  CTTTCAGCTTTGTGGAAAGTAAACTAGGATGCTTGTGACTAAGAATATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAGCTTTGTGGAAAGTAAACTAGGATGCTTGTGACTAAGAATATCT  400

seq1  TATAATATCTTATAATAATAATGAAATGTCTGAGCAGCCATTGTTACTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATATCTTATAATAATAATGAAATGTCTGAGCAGCCATTGTTACTCT  450

seq1  TTCTCCCTGAGATTGTCACCTCACCCACAAGGATCTAGTCACTGAAGAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCCTGAGATTGTCACCTCACCCACAAGGATCTAGTCACTGAAGAGT  500

seq1  CCCCCCATTTTGCAAAATATGACGCTTTCCTTTGTAAAGTATGGGAAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCATTTTGCAAAATATGACGCTTTCCTTTGTAAAGTATGGGAAGCA  550

seq1  ATTGCAGAGGGAAAATTAGTAAATGAGAACAAACCAAGAGATGCAGGCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCAGAGGGAAAATTAGTAAATGAGAACAAACCAAGAGATGCAGGCTA  600

seq1  ATCAGTCCTCTGTGGCTACATGAATGACAGACCAGGCCTTGGAATGGGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTCCTCTGTGGCTACATGAATGACAGACCAGGCCTTGGAATGGGTT  650

seq1  TCCTTAAAACCTTCCTGTCAGAGTGCCTGGTTGGAAGTCTGAGTGCAGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAAAACCTTCCTGTCAGAGTGCCTGGTTGGAAGTCTGAGTGCAGCC  700

seq1  CCAGGGGAAAGCCATCCCAGCATGAAGACCACTGAGGTAAGAAATACGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGGAAAGCCATCCCAGCATGAAGACCACTGAGGTAAGAAATACGTC  750

seq1  TAATTTTATCTATGAAAGGTTTTATCTTATATTGCTCTTTAGACCTCTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTATCTATGAAAGGTTTTATCTTATATTGCTCTTTAGACCTCTAT  800

seq1  TAAATTACATCATCAGAAAAACTACCATTTCCCCCAGAACCAGTTTCAGT  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TAAATTACATCATCAGAAAAACTACCATTTCCCCCAGACCCAGTTTCAGT  850

seq1  GAGGCATAATATGTCCTTAATATCTTTGAAAGCTGGGAGAAAAAAAAAGT  900
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
seq2  GAGGCATAATATGTCCTTAATATC-TTGAAAGCTGGGAG-AAAAAAAAGT  898

seq1  AATATGCCATTAACTGGGAATAAGATTAGCTGAAGTCTGTACCTGCAGGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGCCATTAACTGGGAATAAGATTAGCTGAAGTCTGTACCTGCAGGG  948

seq1  CAATTGATAAAACAATTACTTTAAGATAATCTTGAGACTTTCAGTTTCCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGATAAAACAATTACTTTAAGAT-ATCTTGAGACTTTCAGTTTCCC  997

seq1  ACCCTAGAAGAGCTTCAAGTGGTCATCCCCCACTAATAACAAGGAAAACA  1050
      ||||||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||||||| |||||
seq2  ACCCTAG-AGAGCTTC-AGTGTTCATCCCTCACTAATAACAAGG-AAACA  1044

seq1  CAGAATAAACTGAAAAGTTAATTATTATGCTTAGATTCATCTAAGAGGTG  1100
       ||||| ||||| ||||||||||| || || ||||||||||| ||||| |
seq2  -AGAATTAACTG-AAAGTTAATTA-TAGGC-TAGATTCATCT-AGAGGGG  1089

seq1  TTAGGACAAAGACTTAAATATTAAAGAGAGGATCAGAGTGATA-CCAC  1147
      |||||||||||||||||    | ||||||||||| |||||||| ||||
seq2  TTAGGACAAAGACTTAA----TTAAGAGAGGATCTGAGTGATATCCAC  1133