BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-165E17
Chromosome2 (Build37)
Map Location 159,256,673 - 159,420,498
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneB230339M05Rik, LOC628935, BC054059, LOC545481, Slc32a1, Actr5, Ppp1r16b, 2310007D09Rik, Dhx35, LOC100043891
Downstream geneLOC100043689, Gm826, Mafb, LOC100043892
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-165E17.bB6Ng01-165E17.g
ACCDH957391DH957392
length1,2181,011
definitionDH957391|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165E17, 5' end.DH957392|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165E17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(159,419,273 - 159,420,498)(159,256,673 - 159,257,680)
sequence
gaattccacctcttgttccagaagcagctagaagactggcttccaggtgg
ctaggatgagggtcttaaagtccacacccacagtgacacacctactccaa
caaagccacacctaatattgctactccctgggctaagcatgtacaaacca
tgaaaaccattaagaagtttacgaagatgatagtatattctctcatttaa
tgttggcaacaatttacaatactctgaggtaacatgctatcctaatatta
ggaagttgagtccagccacagcatccttaatgtgcctgatctcctctcaa
ttaggaaaccatggcacaaaatagtgaaaaaagcccttgtaagtcgtagg
gacaggtattcaagatcatataactgtacttcagattatcctaagcagtc
agttcacggaacatgttactgagaaacaaccgcagcctactcctgacttg
tttgtttgactttgaagaatggatatatacattcattgcatcatattcaa
tatcactttacagttttgtatatttaaaagttataaattcagtatgaggc
agtctcttttacaaaaatatataacctacaaataaataacgataagggaa
cttgctatatagcattcttaaaattctaagtgagaattggttggggagac
cagcgttgcatatttcaatttgatatgtcacaatttaaaaattccaaata
caagcagttattgttcacctgactccttacaggtcactttttcagggcat
cttttttaaattagtattttcatccctaagtctactgcctccccagagca
cagtccagtgcctccttctttccctattttcttcctacacaaatgtctta
agattgcatgtcctttatggttttgcttcaatgtaccaacatgcagacac
acatgaggtacacaatactatctcaggaaagatttgttgatgagtataaa
agtcagaggcttctcaagaggagaaagcaataccaatgctcacacaagag
ttagtactagatacatacttatgagaattcgaaagcatggtagaaaattt
cttgattgttttttctaataacccaaaaaaacaatagaaaccaaacatgg
atagagaccacccggcataccctaacaatttatttaatgagcacaaactt
gatgttgtgtttgttcgtattttggcaatcactatagactctttcgaatt
cagctctattttgggaat
gaattcaacactgtttcctttgctgaaataaaatttgtgtgcaggtacta
tgctattacaccctaattttctctcttcccattcacctaataaaagcagc
cagggctcccttatttgcttaacagggtgggggcagagctctgggaacct
gctgttcctcagccaactcagatgttcaaggttcctactcttactctgtc
ccggactgtgggtggtctgagctgtcccaccttcccaaattacacatctg
cacacagctgggcagagaacattccacctgccctaccttcccagaatagc
aggacagtagaggtataagtcctcagagccctgtccttgagcgaaactat
ggaaaaccatgaacagaccttagcctttttacacttgccctcatctttcc
tgggagaagcatgtgttccaagaccccacatgacagatggtcaagattag
aaatcatgtcccccaaaagactgaataattcaggtaaagaagagtccatc
tgtgtagcagggaatccacctgacttatttatatgttctaaacacttaca
tgtatcatgggaccaagcatatgccagaccagtttattcactcagtcaac
aaggttcatttacaactaccaatcacccatggcttcctttcccgaaacat
tataagaccctgcactggggtctgtagcaaagaagaaaggaagagttgag
gatcctttgtggaagctcagttggtgagggctgggctgaaaggtcaggac
acctgtgtacaaaggtttgatgcagaagatcccactattttgttgaacca
ataagtcatcttgcattcctctggtgaaatgaaaattttagcagctactc
caggtttctgtgattcaaccctattttatgcttcaatcttttatgtctat
aaagcagggtccctgctgaaaatggtgtcaagaggattaggatcatatct
tgggaacagacatgaccaaagggagtcagtctcatggtgccttgatttta
atgaaatattc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_159419273_159420498
seq2: B6Ng01-165E17.b_45_1262 (reverse)

seq1  ATTCCCAAAATGATGACTGAAAATGTCGAAAGA-TCTA---TGATTGTCA  46
      ||||||||||| |   |||||    |||||||| ||||   |||||| ||
seq2  ATTCCCAAAAT-AGAGCTGAA---TTCGAAAGAGTCTATAGTGATTGCCA  46

seq1  AAATAACAAACAAACAAACAAACATCAATTTTGGTCAC-TTAATTAAATT  95
      |||| || ||||||||    |||||||| ||||  | | |||| ||||||
seq2  AAAT-ACGAACAAACA---CAACATCAAGTTTGTGCTCATTAAATAAATT  92

seq1  GTTTTAGGTATGCAGTGTG---TCTTTCCTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTT  142
      | ||  ||||||| | |||   ||| |||     |||||  ||| | || 
seq2  G-TTAGGGTATGCCGGGTGGTCTCTATCC----ATGTTTGGTTTCTATTG  137

seq1  TTTTTTTTGGTTATTAG-AAAAACATTCAAGAAATTTTTCTACCATGCTT  191
      ||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||
seq2  TTTTTTTGGGTTATTAGAAAAAACAATCAAGAAA-TTTTCTACCATGCTT  186

seq1  TCTGATTCTCATAAGTATGTATCTAGTACTAACTCTTGTGTGAGCATTGG  241
      ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAATTCTCATAAGTATGTATCTAGTACTAACTCTTGTGTGAGCATTGG  236

seq1  TATTGCTTTCTCCTCTTGAGAAGCCTCTGACTTTTATTACTCAATCAACA  291
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
seq2  TATTGCTTTCTCCTCTTGAGAAGCCTCTGACTTTTA-TACTC-ATCAACA  284

seq1  AATCTTTCCCTGAGATAGTATTGTGTACCTCATGTGTGTCTGCATGTTGG  341
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTT-CCTGAGATAGTATTGTGTACCTCATGTGTGTCTGCATGTTGG  333

seq1  TACATTGAAGCAAAACCATAAAGGACATGCAATCTTAAGACATTTGTGTA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTGAAGCAAAACCATAAAGGACATGCAATCTTAAGACATTTGTGTA  383

seq1  GGAAGAAAATAGGGAAAGAAGGAGGCACTGGACTGTGCTCTGGGGAGGCA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAAAATAGGGAAAGAAGGAGGCACTGGACTGTGCTCTGGGGAGGCA  433

seq1  GTAGACTTAGGGATGAAAATACTAATTTAAAAAAGATGCCCTGAAAAAGT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACTTAGGGATGAAAATACTAATTTAAAAAAGATGCCCTGAAAAAGT  483

seq1  GACCTGTAAGGAGTCAGGTGAACAATAACTGCTTGTATTTGGAATTTTTA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGTAAGGAGTCAGGTGAACAATAACTGCTTGTATTTGGAATTTTTA  533

seq1  AATTGTGACATATCAAATTGAAATATGCAACGCTGGTCTCCCCAACCAAT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTGACATATCAAATTGAAATATGCAACGCTGGTCTCCCCAACCAAT  583

seq1  TCTCACTTAGAATTTTAAGAATGCTATATAGCAAGTTCCCTTATCGTTAT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACTTAGAATTTTAAGAATGCTATATAGCAAGTTCCCTTATCGTTAT  633

seq1  TTATTTGTAGGTTATATATTTTTGTAAAAGAGACTGCCTCATACTGAATT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGTAGGTTATATATTTTTGTAAAAGAGACTGCCTCATACTGAATT  683

seq1  TATAACTTTTAAATATACAAAACTGTAAAGTGATATTGAATATGATGCAA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACTTTTAAATATACAAAACTGTAAAGTGATATTGAATATGATGCAA  733

seq1  TGAATGTATATATCCATTCTTCAAAGTCAAACAAACAAGTCAGGAGTAGG  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGTATATATCCATTCTTCAAAGTCAAACAAACAAGTCAGGAGTAGG  783

seq1  CTGCGGTTGTTTCTCAGTAACATGTTCCGTGAACTGACTGCTTAGGATAA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCGGTTGTTTCTCAGTAACATGTTCCGTGAACTGACTGCTTAGGATAA  833

seq1  TCTGAAGTACAGTTATATGATCTTGAATACCTGTCCCTACGACTTACAAG  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAGTACAGTTATATGATCTTGAATACCTGTCCCTACGACTTACAAG  883

seq1  GGCTTTTTTCACTATTTTGTGCCATGGTTTCCTAATTGAGAGGAGATCAG  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTTTTCACTATTTTGTGCCATGGTTTCCTAATTGAGAGGAGATCAG  933

seq1  GCACATTAAGGATGCTGTGGCTGGACTCAACTTCCTAATATTAGGATAGC  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATTAAGGATGCTGTGGCTGGACTCAACTTCCTAATATTAGGATAGC  983

seq1  ATGTTACCTCAGAGTATTGTAAATTGTTGCCAACATTAAATGAGAGAATA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTACCTCAGAGTATTGTAAATTGTTGCCAACATTAAATGAGAGAATA  1033

seq1  TACTATCATCTTCGTAAACTTCTTAATGGTTTTCATGGTTTGTACATGCT  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATCATCTTCGTAAACTTCTTAATGGTTTTCATGGTTTGTACATGCT  1083

seq1  TAGCCCAGGGAGTAGCAATATTAGGTGTGGCTTTGTTGGAGTAGGTGTGT  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCAGGGAGTAGCAATATTAGGTGTGGCTTTGTTGGAGTAGGTGTGT  1133

seq1  CACTGTGGGTGTGGACTTTAAGACCCTCATCCTAGCCACCTGGAAGCCAG  1191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGGGTGTGGACTTTAAGACCCTCATCCTAGCCACCTGGAAGCCAG  1183

seq1  TCTTCTAGCTGCTTCTGGAACAAGAGGTGGAATTC  1226
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTAGCTGCTTCTGGAACAAGAGGTGGAATTC  1218

seq1: chr2_159256673_159257680
seq2: B6Ng01-165E17.g_66_1076

seq1  GAATTCAACACTGTTTCCTTTGCTGAAATAAAATTTGTGTGCAGGTACTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACACTGTTTCCTTTGCTGAAATAAAATTTGTGTGCAGGTACTA  50

seq1  TGCTATTACACCCTAATTTTCTCTCTTCCCATTCACCTAATAAAAGCAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATTACACCCTAATTTTCTCTCTTCCCATTCACCTAATAAAAGCAGC  100

seq1  CAGGGCTCCCTTATTTGCTTAACAGGGTGGGGGCAGAGCTCTGGGAACCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCTCCCTTATTTGCTTAACAGGGTGGGGGCAGAGCTCTGGGAACCT  150

seq1  GCTGTTCCTCAGCCAACTCAGATGTTCAAGGTTCCTACTCTTACTCTGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTCCTCAGCCAACTCAGATGTTCAAGGTTCCTACTCTTACTCTGTC  200

seq1  CCGGACTGTGGGTGGTCTGAGCTGTCCCACCTTCCCAAATTACACATCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGACTGTGGGTGGTCTGAGCTGTCCCACCTTCCCAAATTACACATCTG  250

seq1  CACACAGCTGGGCAGAGAACATTCCACCTGCCCTACCTTCCCAGAATAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGCTGGGCAGAGAACATTCCACCTGCCCTACCTTCCCAGAATAGC  300

seq1  AGGACAGTAGAGGTATAAGTCCTCAGAGCCCTGTCCTTGAGCGAAACTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAGTAGAGGTATAAGTCCTCAGAGCCCTGTCCTTGAGCGAAACTAT  350

seq1  GGAAAACCATGAACAGACCTTAGCCTTTTTACACTTGCCCTCATCTTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAACCATGAACAGACCTTAGCCTTTTTACACTTGCCCTCATCTTTCC  400

seq1  TGGGAGAAGCATGTGTTCCAAGACCCCACATGACAGATGGTCAAGATTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGAAGCATGTGTTCCAAGACCCCACATGACAGATGGTCAAGATTAG  450

seq1  AAATCATGTCCCCCAAAAGACTGAATAATTCAGGTAAAGAAGAGTCCATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCATGTCCCCCAAAAGACTGAATAATTCAGGTAAAGAAGAGTCCATC  500

seq1  TGTGTAGCAGGGAATCCACCTGACTTATTTATATGTTCTAAACACTTACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAGCAGGGAATCCACCTGACTTATTTATATGTTCTAAACACTTACA  550

seq1  TGTATCATGGGACCAAGCATATGCCAGACCAGTTTATTCACTCAGTCAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCATGGGACCAAGCATATGCCAGACCAGTTTATTCACTCAGTCAAC  600

seq1  AAGGTTCATTTACAACTACCAATCACCCATGGCTTCCTTTCCCGAAACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTCATTTACAACTACCAATCACCCATGGCTTCCTTTCCCGAAACAT  650

seq1  TATAAGACCCTGCACTGGGGTCTGTAGCAAAGAAGAAAGGAAGAGTTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGACCCTGCACTGGGGTCTGTAGCAAAGAAGAAAGGAAGAGTTGAG  700

seq1  GATCCTTTGTGGAAGCTCAGTTGGTGAGGGCTGGGCTGAAAGGTCAGGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTTTGTGGAAGCTCAGTTGGTGAGGGCTGGGCTGAAAGGTCAGGAC  750

seq1  ACCTGTGTACAAAGGTTTGATGCAGAAGATCCCACTATTTTGTTGAACCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTGTACAAAGGTTTGATGCAGAAGATCCCACTATTTTGTTGAACCA  800

seq1  ATAAGTCATCTTGCATTCCTCTGGTGAAATGAAAATTTTAGCAGCTACTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTCATCTTGCATTCCTCTGGTGAAATGAAAATTTTAGCAGCTACTC  850

seq1  CAGGTTTCTGTGATTCAACCCTATTTTATGCTTCAATCTTTTATGTCTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTTCTGTGATTCAACCCTATTTTATGCTTCAATCTTTTATGTCTAT  900

seq1  AAAGCAGGGTCCCTGCTGAAAATGGTGTCAAAGAGGATTAGGATCATATC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGGGTCCCTGCTGAAAATGGTGTC-AAGAGGATTAGGATCATATC  949

seq1  TT-GGAACAGACATGACCAAA-GGAGTCAGTCTCATGGTGCCTTGA-TTT  997
      || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTGGGAACAGACATGACCAAAGGGAGTCAGTCTCATGGTGCCTTGATTTT  999

seq1  AATG-AATATTC  1008
      |||| |||||||
seq2  AATGAAATATTC  1011