BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-165O18
Chromosome2 (Build37)
Map Location 43,144,902 - 43,273,276
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLrp1b, LOC100041228
Downstream geneLOC100041245, Kynu, Arhgap15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-165O18.bB6Ng01-165O18.g
ACCDH957847DH957848
length1,0171,083
definitionDH957847|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165O18, 5' end.DH957848|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165O18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,144,902 - 43,145,930)(43,272,195 - 43,273,276)
sequence
gaattcataatcaaatatcttactttcccttattaaatcaagaatctatt
ttagattctcagttttctcctgggaatgccttagttcaagccatatactt
ttttgtgctttcaaactagtgttactgaaactccaatccactgaattagg
taaggtgcctagacagtttgagatggaaagtgaaattttgattttacagt
gagtgatattaatgtcattttacagtgccttttagaggtatttgatgata
caggaaattatacaatatcgtttccagggctgggagatcaatactcttgt
gagaaagcttgttaaccctcttggctcattcactgatagagactgcatgt
gctctactgccaaccaaactaatggccaagtcttacaagttaagaaacag
aaaactgtaagaaagtacagagttgtggtatagggaaagattcattattc
ctcctgtatataccaagaaacaaaattgtattctactgtccagctggaaa
aagataatgaacaaaacatttcagttgctttgtgctatgcctccattcct
ccctgactcacaggggaatgcctcacctcattattttaacagaacaatgc
tgtgtctttttttttttttttttttgagctgtcttgctatgagaggttgt
tcctatgggacatgtggttgtccagttaagcaactctcatgtatatctgc
ttaacttagaaagttagcctattttacttgttcatttaaaatcaaagttt
tcaatcaagtttatttagagttatctgaacatacatgatatgacctccaa
atttggttgccattttaactaactaacaaggtgtagagaaattttaatgc
agcaacatgactgatctgatcactcccaagattttgttggtttgtgtgtc
tccatgaaatgcagacacctataacctctctgactggaatgctttagtac
acacctttattccaaacactcacacattggcacttatcgagcagccctgg
atgatctgagaaagatt
gaattcatttatattcaaagcttgagatcacaagattatgtatatcaaga
cagctgtgcagtttttaaaataattctatcctttttgaattaacactatt
tttcccctctccatgtggattcactttgaatataaagtatttgcctaatc
aaaacctaggcaagaaactgagcacttgaagtgcataatgtatttccttg
tccaatggacaatggtggccaaagagagattgagaatttggaaataaatc
ttacttcatagtgttttccttttcatgaaaactgctagtggggagacatg
tggggaacggcgagcacagtagctgttagacattaaatataggacaaaaa
aggctggggaccgatcccaccatgcagcatccatgagctttctagccagt
gaacaataaacagcaaattatgactagcacagatggttcttttacttggg
aaaaaggaaacaaattggaagtgaaacccttctataagactttgtgtagt
ctgctaaatgttttccctggctcaaagtaatgaggggaacatgaggacac
ctggacacatgctaaatactgctcttaatttgttgatttctttggagaca
gaccttcacatcatagctcaagctagcctggaactcaaaagcaccccagg
ttagcctctgttcatagcagcccaccttctctagcctacttagctctgag
attctggacatgaactaccacattaagtactctaagttgttatgcttaag
tgaattgttgctttggcatttagtggtcatgggttatcttatgatatcag
agggacaagagatcggaaacttttaccaatgggaaatgaagaggtgatga
atcccttcatattcatagtagatgggggttgtgcagaacccttttttttt
aatggtggaagagaaatttactgcagataaaggggaacataagtagaggc
agggtatgttggggggagttcagagagaacttgagctggccatggtaaga
agtgggggaggagccacagactaggaggcctgggtcagaggcaggacttc
atttatgagggctggatggaaggtgtaatttac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_43144902_43145930
seq2: B6Ng01-165O18.b_43_1059

seq1  GAATTCATAATCAAATATCTTACTTTCCCTTATTAAATCAAGAATCTATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAATCAAATATCTTACTTTCCCTTATTAAATCAAGAATCTATT  50

seq1  TTAGATTCTCAGTTTTCTCCTGGGAATGCCTTAGTTCAAGCCATATACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATTCTCAGTTTTCTCCTGGGAATGCCTTAGTTCAAGCCATATACTT  100

seq1  TTTTGTGCTTTCAAACTAGTGTTACTGAAACTCCAATCCACTGAATTAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGCTTTCAAACTAGTGTTACTGAAACTCCAATCCACTGAATTAGG  150

seq1  TAAGGTGCCTAGACAGTTTGAGATGGAAAGTGAAATTTTGATTTTACAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTGCCTAGACAGTTTGAGATGGAAAGTGAAATTTTGATTTTACAGT  200

seq1  GAGTGATATTAATGTCATTTTACAGTGCCTTTTAGAGGTATTTGATGATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGATATTAATGTCATTTTACAGTGCCTTTTAGAGGTATTTGATGATA  250

seq1  CAGGAAATTATACAATATCGTTTCCAGGGCTGGGAGATCAATACTCTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAATTATACAATATCGTTTCCAGGGCTGGGAGATCAATACTCTTGT  300

seq1  GAGAAAGCTTGTTAACCCTCTTGGCTCATTCACTGATAGAGACTGCATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGCTTGTTAACCCTCTTGGCTCATTCACTGATAGAGACTGCATGT  350

seq1  GCTCTACTGCCAACCAAACTAATGGCCAAGTCTTACAAGTTAAGAAACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTACTGCCAACCAAACTAATGGCCAAGTCTTACAAGTTAAGAAACAG  400

seq1  AAAACTGTAAGAAAGTACAGAGTTGTGGTATAGGGAAAGATTCATTATTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTGTAAGAAAGTACAGAGTTGTGGTATAGGGAAAGATTCATTATTC  450

seq1  CTCCTGTATATACCAAGAAACAAAATTGTATTCTACTGTCCAGCTGGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGTATATACCAAGAAACAAAATTGTATTCTACTGTCCAGCTGGAAA  500

seq1  AAGATAATGAACAAAACATTTCAGTTGCTTTGTGCTATGCCTCCATTCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATAATGAACAAAACATTTCAGTTGCTTTGTGCTATGCCTCCATTCCT  550

seq1  CCCTGACTCACAGGGGAATGCCTCACCTCATTATTTTAACAGAACAATGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGACTCACAGGGGAATGCCTCACCTCATTATTTTAACAGAACAATGC  600

seq1  TGTGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGCTGTCTTGCTATGAGAGGTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGCTGTCTTGCTATGAGAGGTTGT  650

seq1  TCCTATGGGACATGTGGTTGTCCAGTTAAGCAACTCTCATGTATATCTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATGGGACATGTGGTTGTCCAGTTAAGCAACTCTCATGTATATCTGC  700

seq1  TTAACTTAGAAAGTTAGCCTATTTTACTTGTTCATTTAAAATCAAAGTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTTAGAAAGTTAGCCTATTTTACTTGTTCATTTAAAATCAAAGTTT  750

seq1  TCAATCAAGTTTATTTAGAGTTATCTGAACATACATGATATGACCTCCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCAAGTTTATTTAGAGTTATCTGAACATACATGATATGACCTCCAA  800

seq1  ATTTGGTTGCCATTTTAACTAACTAACAAGGTTGTAGAGAAATTTTAATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGTTGCCATTTTAACTAACTAACAAGG-TGTAGAGAAATTTTAATG  849

seq1  CAGCAACATGACTGATCTGATCACTCCCAAAGATTTTGTTGGTTTGTGTG  900
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAACATGACTGATCTGATCACTCCC-AAGATTTTGTTGGTTTGTGTG  898

seq1  TTCTCCATGAAATGCAGACACCTATAACCTCTCTGACTGGAATGCTTTAG  950
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TCTCCATGAAATGCAGACACCTATAACCTCTCTGACTGGAATGCTTTAG  947

seq1  TACACACCTTTAATCCAAAACACTCACAACAATGGCACCTAATCGAGAGG  1000
      |||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||||| || |||||   |
seq2  TACACACCTTTATTCC-AAACACTCAC-ACATTGGCA-CTTATCGA---G  991

seq1  CAGCCCATAGAATGAATCAGAGAAAGATT  1029
      ||||||   | ||| ||| ||||||||||
seq2  CAGCCC--TGGATG-ATCTGAGAAAGATT  1017

seq1: chr2_43272195_43273276
seq2: B6Ng01-165O18.g_68_1150 (reverse)

seq1  GTAAATTACA-CATCCAT-CAG-CCTCATTAAAATG-AGTCCTGCTCTTG  46
      |||||||||| | ||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||   ||
seq2  GTAAATTACACCTTCCATCCAGCCCTCAT--AAATGAAGTCCTGCCTCTG  48

seq1  ACCCAGGCTTCTTAGTCTGTGGCTCCT-CCCCAC-TCTTA-CATGGCCCA  93
      |||||||| || ||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| |||
seq2  ACCCAGGCCTCCTAGTCTGTGGCTCCTCCCCCACTTCTTACCATGG-CCA  97

seq1  GCTCCATGTTCTCTCTGGACTCCCCC--ACATACCCCTGCCTCTACTTAT  141
      ||| || |||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||||||||
seq2  GCT-CAAGTTCTCTCTGAACTCCCCCCAACATA-CCCTGCCTCTACTTAT  145

seq1  GTTCCCCCTTTTATCTGCAGTAAATTTTCTCTTCCACCATTAAAAAAAAA  191
      |||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCCC--TTTATCTGCAGTAAA-TTTCTCTTCCACCATTAAAAAAAAA  192

seq1  GGGTTCTGCACAACCCCCATCTACTATGAATATGAAGGGATTCATCACCT  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCTGCACAACCCCCATCTACTATGAATATGAAGGGATTCATCACCT  242

seq1  CTTCATTTCCCATTGGTAAAAGTTTCCGATCTCTTGTCCCTCTGATATCA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATTTCCCATTGGTAAAAGTTTCCGATCTCTTGTCCCTCTGATATCA  292

seq1  TAAGATAACCCATGACCACTAAATGCCAAAGCAACAATTCACTTAAGCAT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATAACCCATGACCACTAAATGCCAAAGCAACAATTCACTTAAGCAT  342

seq1  AACAACTTAGAGTACTTAATGTGGTAGTTCATGTCCAGAATCTCAGAGCT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACTTAGAGTACTTAATGTGGTAGTTCATGTCCAGAATCTCAGAGCT  392

seq1  AAGTAGGCTAGAGAAGGTGGGCTGCTATGAACAGAGGCTAACCTGGGGTG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGGCTAGAGAAGGTGGGCTGCTATGAACAGAGGCTAACCTGGGGTG  442

seq1  CTTTTGAGTTCCAGGCTAGCTTGAGCTATGATGTGAAGGTCTGTCTCCAA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGAGTTCCAGGCTAGCTTGAGCTATGATGTGAAGGTCTGTCTCCAA  492

seq1  AGAAATCAACAAATTAAGAGCAGTATTTAGCATGTGTCCAGGTGTCCTCA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATCAACAAATTAAGAGCAGTATTTAGCATGTGTCCAGGTGTCCTCA  542

seq1  TGTTCCCCTCATTACTTTGAGCCAGGGAAAACATTTAGCAGACTACACAA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCCCTCATTACTTTGAGCCAGGGAAAACATTTAGCAGACTACACAA  592

seq1  AGTCTTATAGAAGGGTTTCACTTCCAATTTGTTTCCTTTTTCCCAAGTAA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTATAGAAGGGTTTCACTTCCAATTTGTTTCCTTTTTCCCAAGTAA  642

seq1  AAGAACCATCTGTGCTAGTCATAATTTGCTGTTTATTGTTCACTGGCTAG  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACCATCTGTGCTAGTCATAATTTGCTGTTTATTGTTCACTGGCTAG  692

seq1  AAAGCTCATGGATGCTGCATGGTGGGATCGGTCCCCAGCCTTTTTTGTCC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTCATGGATGCTGCATGGTGGGATCGGTCCCCAGCCTTTTTTGTCC  742

seq1  TATATTTAATGTCTAACAGCTACTGTGCTCGCCGTTCCCCACATGTCTCC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTAATGTCTAACAGCTACTGTGCTCGCCGTTCCCCACATGTCTCC  792

seq1  CCACTAGCAGTTTTCATGAAAAGGAAAACACTATGAAGTAAGATTTATTT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTAGCAGTTTTCATGAAAAGGAAAACACTATGAAGTAAGATTTATTT  842

seq1  CCAAATTCTCAATCTCTCTTTGGCCACCATTGTCCATTGGACAAGGAAAT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATTCTCAATCTCTCTTTGGCCACCATTGTCCATTGGACAAGGAAAT  892

seq1  ACATTATGCACTTCAAGTGCTCAGTTTCTTGCCTAGGTTTTGATTAGGCA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTATGCACTTCAAGTGCTCAGTTTCTTGCCTAGGTTTTGATTAGGCA  942

seq1  AATACTTTATATTCAAAGTGAATCCACATGGAGAGGGGAAAAATAGTGTT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTTTATATTCAAAGTGAATCCACATGGAGAGGGGAAAAATAGTGTT  992

seq1  AATTCAAAAAGGATAGAATTATTTTAAAAACTGCACAGCTGTCTTGATAT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAAAAAGGATAGAATTATTTTAAAAACTGCACAGCTGTCTTGATAT  1042

seq1  ACATAATCTTGTGATCTCAAGCTTTGAATATAAATGAATTC  1082
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAATCTTGTGATCTCAAGCTTTGAATATAAATGAATTC  1083