BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-165P15
Chromosome2 (Build37)
Map Location 45,439,539 - 45,593,313
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042661, LOC100041337
Upstream geneGtdc1, Zeb2
Downstream geneLOC666604, LOC383690
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-165P15.bB6Ng01-165P15.g
ACCDH957885DH957886
length1,1371,083
definitionDH957885|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165P15, 5' end.DH957886|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165P15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,439,539 - 45,440,669)(45,592,098 - 45,593,313)
sequence
gaattcagaagagttacacccaatctgttgccttccacaaagtagacctt
tctggcttccttgttgataaaaagttgtctgtatgtttatctacaaagtg
ggcaccaggatcctgaccatgtaggttacttgaccttctgaattcaaaat
agttgatatgacatgggcaatagtcttatacattttgggactataactgg
ctggatctcttgtttttaatgtgctgctgtttgtgcatctgacttttaac
atgggttgctgaatttgaaactacttaataaaaaactgcaagggaaataa
acaaaaatgttttacaacacagtggctcagggttcctttaataggatatt
cttctgcacccagtgcaaaaccttgtaaaaattcaataaataattgttgg
ctgaattaataaatgcatgatgctcttggaacactttgttaatggtatag
aattatatatagttagaattggtagttatatttaaataattcatgtggat
atttccttaaatggtatgataaaaatgagagctgttgaaacagcagagta
gatttattatcttttaaactctttcttttcccaacaagtaaatctcatgt
tgcaaatattaactatgaaagcatcatataatatctacctggtatcataa
cctccttagaattcagacagtgaacatttataatcctaagtagggactat
ttaaggtaatgagttctgaataatatttattaactatgttttaatgatcc
atcctttttttattaaaaacattaaaatcttttaggagtcacttcataaa
tgtagttttaatttcttttactatattcatgggccactgctttcttaaga
aaagagataggtgattccggtttaaagaaacaaatactgtgctaatcttc
aggtatttctctttttgatatgcagtcgacttttcattactgtgctactg
aactatttgccagggatgggtcaatctggtgctgaagggagaaagcccag
aaaaagactaaatccttccaaattagtataagaaagtagcagagaggcat
gccattacacctacaggttacacatgtaaccaagggactttttggtacat
tttataacataggcctcaagatttctcagagattata
gaattctaaccacttgggtgactccaagcacactacagcctctctatgtt
cttatttttcattagaaaacattttgtaaagtattataaataacaatgct
tattatctaatcatatgtggtagacgtatcagtaaggttgctaagtagaa
aagaaatattggtagtaaaccttataggttaccagtccatgatctaagac
attgtttgtaatccttcatctattcatttaacccttgagaaataccagtt
ctgctttatatcaacatattttagagtctgtgcacagaaatctctgccga
aagcttgtaacaactgtgaaaaaacattgatcattaatgttagtttaaat
tcaaaataaaaagtaatgatcttttgttaagatacacacatggaatatta
aagatgtgtatatgtgtatgtatgtgtcctctcacatgtttggtgtgtgt
gtgtgtgtgcatgtgtgtgcgtgcaatagaaaaaaaaagagagaaattta
gatatattctcttgtataggaaaaatcgaacaaattggaaacctccaaaa
tattgaaatgttgaaagaattatgtaatatcaaagtaaccactttttaaa
aattatgttttttaatgaataagcattgttctttagggtacttttgtttt
acaacaatgaagagggaattcccatatgccctgccacaccccatatttca
tacacaatttttcccatcatatgtggcatttgtcaaccatgatatattat
tatcaataagaactctcaatttatataagagcaattctcctttattttat
attccataaaaggcatatttgaaagctgtatataaacgctcatgtccaat
gaaagcatactgcagaacttttcttgccttaaagcttgtttgcaatgcac
tttttctacctttcatagttaaacccactgactttgcagttaaatctttt
cctaaaatgtgtaaccggaatgttcacagtgttgcaactttgcaggtcag
gtacatcacttcacagtattccttttctgttcttctagccttccacagaa
ttccatttcaacattgcaataaaagttcccatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_45439539_45440669
seq2: B6Ng01-165P15.b_48_1184

seq1  GAATTCAGAAGAGTTACACCCAATCTGTTGCCTTCCACAAAGTAGACCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAAGAGTTACACCCAATCTGTTGCCTTCCACAAAGTAGACCTT  50

seq1  TCTGGCTTCCTTGTTGATAAAAAGTTGTCTGTATGTTTATCTACAAAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCTTCCTTGTTGATAAAAAGTTGTCTGTATGTTTATCTACAAAGTG  100

seq1  GGCACCAGGATCCTGACCATGTAGGTTACTTGACCTTCTGAATTCAAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACCAGGATCCTGACCATGTAGGTTACTTGACCTTCTGAATTCAAAAT  150

seq1  AGTTGATATGACATGGGCAATAGTCTTATACATTTTGGGACTATAACTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGATATGACATGGGCAATAGTCTTATACATTTTGGGACTATAACTGG  200

seq1  CTGGATCTCTTGTTTTTAATGTGCTGCTGTTTGTGCATCTGACTTTTAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATCTCTTGTTTTTAATGTGCTGCTGTTTGTGCATCTGACTTTTAAC  250

seq1  ATGGGTTGCTGAATTTGAAACTACTTAATAAAAAACTGCAAGGGAAATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTTGCTGAATTTGAAACTACTTAATAAAAAACTGCAAGGGAAATAA  300

seq1  ACAAAAATGTTTTACAACACAGTGGCTCAGGGTTCCTTTAATAGGATATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAATGTTTTACAACACAGTGGCTCAGGGTTCCTTTAATAGGATATT  350

seq1  CTTCTGCACCCAGTGCAAAACCTTGTAAAAATTCAATAAATAATTGTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGCACCCAGTGCAAAACCTTGTAAAAATTCAATAAATAATTGTTGG  400

seq1  CTGAATTAATAAATGCATGATGCTCTTGGAACACTTTGTTAATGGTATAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATTAATAAATGCATGATGCTCTTGGAACACTTTGTTAATGGTATAG  450

seq1  AATTATATATAGTTAGAATTGGTAGTTATATTTAAATAATTCATGTGGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATATATAGTTAGAATTGGTAGTTATATTTAAATAATTCATGTGGAT  500

seq1  ATTTCCTTAAATGGTATGATAAAAATGAGAGCTGTTGAAACAGCAGAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCTTAAATGGTATGATAAAAATGAGAGCTGTTGAAACAGCAGAGTA  550

seq1  GATTTATTATCTTTTAAACTCTTTCTTTTCCCAACAAGTAAATCTCATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTATTATCTTTTAAACTCTTTCTTTTCCCAACAAGTAAATCTCATGT  600

seq1  TGCAAATATTAACTATGAAAGCATCATATAATATCTACCTGGTATCATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAATATTAACTATGAAAGCATCATATAATATCTACCTGGTATCATAA  650

seq1  CCTCCTTAGAATTCAGACAGTGAACATTTATAATCCTAAGTAGGGACTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTTAGAATTCAGACAGTGAACATTTATAATCCTAAGTAGGGACTAT  700

seq1  TTAAGGTAATGAGTTCTGAATAATATTTATTAACTATGTTTTAATGATCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGTAATGAGTTCTGAATAATATTTATTAACTATGTTTTAATGATCC  750

seq1  ATCC-TTTTTTATTAAAAACATTAAAATCTTTTAGGAGTCACTTCATAAA  799
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTTTTTTATTAAAAACATTAAAATCTTTTAGGAGTCACTTCATAAA  800

seq1  TGTAGTTTTAA-TTCTTTTACTATATTCATGGGCCACTGCTTTCTTAAGA  848
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTTTTAATTTCTTTTACTATATTCATGGGCCACTGCTTTCTTAAGA  850

seq1  AAAGAGATTAGGTGATTCCGGTTTAAAGAAACAAATTACTGTGCTAATCT  898
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AAAGAGA-TAGGTGATTCCGGTTTAAAGAAACAAA-TACTGTGCTAATCT  898

seq1  TCAGGTATTTCTCTTTTTGATATGCAGTCGACTTTTCATTACTGTGCTAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTATTTCTCTTTTTGATATGCAGTCGACTTTTCATTACTGTGCTAC  948

seq1  TGAACTATTTGCCAGGGATGGG-CAATCTGGTGCTGAAGGGAGAAAGCCC  997
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTATTTGCCAGGGATGGGTCAATCTGGTGCTGAAGGGAGAAAGCCC  998

seq1  AGAAAAAGACTAAAT-CTTCCAAAATAGTAT-AGAAAGTAGGCAGAGAGG  1045
      ||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||| |||||||||
seq2  AGAAAAAGACTAAATCCTTCCAAATTAGTATAAGAAAGTA-GCAGAGAGG  1047

seq1  CATGCCATTACA-CTACAGGTAACACATGTAACACAAGGACTTTTGGTAA  1094
      |||||||||||| |||||||| |||||||||||  | |||||||| |  |
seq2  CATGCCATTACACCTACAGGTTACACATGTAACCAAGGGACTTTTTGGTA  1097

seq1  CATTTATAAACATA-GTCTCAGGA-TTCTCAGA-ATTATA  1131
      |||||   |||||| | |||| || |||||||| ||||||
seq2  CATTTTATAACATAGGCCTCAAGATTTCTCAGAGATTATA  1137

seq1: chr2_45592098_45593313
seq2: B6Ng01-165P15.g_69_1151 (reverse)

seq1  AATGGGAACTTTCATTCAGTATAGTAAGACTACAAAACCAATACAAACAC  50
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  TTTGCAAGACAATTGCCAGTTTGTCAGTAAAAATATGAGAGCATTTGAGC  100
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  TGAGAATCAGAGGTAAATGGGTAAACTGTACATCTAAATAGGAAACTATT  150
                                          ||| || |||| ||
seq2  ------------------------------------AAT-GGGAACTTTT  13

seq1  A-TGCAATGTTGAAATGAATTACTGT-GAAGGCTAGGAGGAAACAGAAAA  198
      | ||||||||||||||| | | |||| ||||||||| ||  |||||||||
seq2  ATTGCAATGTTGAAATGGAATTCTGTGGAAGGCTAGAAG--AACAGAAAA  61

seq1  -GAATACTGTGAAGTGATGTACCTGACCTGCAAAGTTGCAACACTGTGAA  247
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATACTGTGAAGTGATGTACCTGACCTGCAAAGTTGCAACACTGTGAA  111

seq1  CA-TCCGGTTACACATTTTAGG-AAAGATTTAACTGCAAAGTCAGTGGGT  295
      || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CATTCCGGTTACACATTTTAGGAAAAGATTTAACTGCAAAGTCAGTGGG-  160

seq1  TTTAACTATGAAAGGTAG-AAAAGTGCATTGCAAACAAGCTTTAAGGCAA  344
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACTATGAAAGGTAGAAAAAGTGCATTGCAAACAAGCTTTAAGGCAA  210

seq1  GAAAAGTTCTGCAGTATGCTTTCATTGGACATGAGCGTTTATATACAGCT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGTTCTGCAGTATGCTTTCATTGGACATGAGCGTTTATATACAGCT  260

seq1  TTC-AATATGCCTTTTATGGAATATAAAATAAAGGAGAATTGCTCTTATA  443
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATATGCCTTTTATGGAATATAAAATAAAGGAGAATTGCTCTTATA  310

seq1  TAAATTGAGAGTTCTTATTGATAATAATATATCATGGTTGACAAATGCCA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTGAGAGTTCTTATTGATAATAATATATCATGGTTGACAAATGCCA  360

seq1  CATATGATGGGAAAAATTGTGTATGAAATATGGGGTGTGGCAGGGCATAT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGATGGGAAAAATTGTGTATGAAATATGGGGTGTGGCAGGGCATAT  410

seq1  GGGAATTCCCTCTTCATTGTTGTAAAACAAAAGTACCCTAAAGAACAATG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATTCCCTCTTCATTGTTGTAAAACAAAAGTACCCTAAAGAACAATG  460

seq1  CTTATTCATTAAAAAACATAATTTTTAAAAAGTGGTTACTTTGATATTAC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTCATTAAAAAACATAATTTTTAAAAAGTGGTTACTTTGATATTAC  510

seq1  ATAATTCTTTCAACATTTCAATATTTTGGAGGTTTCCAATTTGTTCGATT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTCTTTCAACATTTCAATATTTTGGAGGTTTCCAATTTGTTCGATT  560

seq1  TTTCCTATACAAGAGAATATATCTAAATTTCTCTCTTTTTTTTTCTATTG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTATACAAGAGAATATATCTAAATTTCTCTCTTTTTTTTTCTATTG  610

seq1  CACGCACACACATGCACACACACACACACACCAAACATGTGAGAGGACAC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCACACACATGCACACACACACACACACCAAACATGTGAGAGGACAC  660

seq1  ATACATACACATATACACATCTTTAATATTCCATGTGTGTATCTTAACAA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATACACATATACACATCTTTAATATTCCATGTGTGTATCTTAACAA  710

seq1  AAGATCATTACTTTTTATTTTGAATTTAAACTAACATTAATGATCAATGT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCATTACTTTTTATTTTGAATTTAAACTAACATTAATGATCAATGT  760

seq1  TTTTTCACAGTTGTTACAAGCTTTCGGCAGAGATTTCTGTGCACAGACTC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCACAGTTGTTACAAGCTTTCGGCAGAGATTTCTGTGCACAGACTC  810

seq1  TAAAATATGTTGATATAAAGCAGAACTGGTATTTCTCAAGGGTTAAATGA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATATGTTGATATAAAGCAGAACTGGTATTTCTCAAGGGTTAAATGA  860

seq1  ATAGATGAAGGATTACAAACAATGTCTTAGATCATGGACTGGTAACCTAT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATGAAGGATTACAAACAATGTCTTAGATCATGGACTGGTAACCTAT  910

seq1  AAGGTTTACTACCAATATTTCTTTTCTACTTAGCAACCTTACTGATACGT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTTACTACCAATATTTCTTTTCTACTTAGCAACCTTACTGATACGT  960

seq1  CTACCACATATGATTAGATAATAAGCATTGTTATTTATAATACTTTACAA  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCACATATGATTAGATAATAAGCATTGTTATTTATAATACTTTACAA  1010

seq1  AATGTTTTCTAATGAAAAATAAGAACATAGAGAGGCTGTAGTGTGCTTGG  1193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTTCTAATGAAAAATAAGAACATAGAGAGGCTGTAGTGTGCTTGG  1060

seq1  AGTCACCCAAGTGGTTAGAATTC  1216
      |||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACCCAAGTGGTTAGAATTC  1083